View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19757_high_17 (Length: 572)

Name: NF19757_high_17
Description: NF19757
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19757_high_17
NF19757_high_17
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (16-552)||(19468026-19468562)
chr1 (460-553)||(43634942-43635033)
chr1 (285-539)||(9586688-9586942)
chr1 (285-541)||(9581118-9581374)
chr1 (11-72)||(17352166-17352227)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (138-547)||(51764089-51764498)
chr3 (11-545)||(13470254-13470788)
chr3 (288-552)||(51113580-51113844)
chr3 (285-388)||(514521-514624)
chr3 (175-224)||(514405-514454)
chr3 (17-71)||(514247-514301)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (17-387)||(21833906-21834276)
chr4 (449-553)||(55505068-55505172)
chr4 (402-551)||(53761685-53761834)
chr4 (120-292)||(53761410-53761582)
chr4 (27-539)||(55908260-55908778)
chr4 (470-541)||(532236-532307)
chr4 (11-385)||(547119-547499)
chr4 (285-376)||(371135-371226)
chr4 (102-228)||(641280-641406)
chr4 (11-73)||(3438166-3438228)
chr4 (285-385)||(570737-570840)
chr4 (339-552)||(1600455-1600671)
chr4 (259-385)||(570551-570677)
chr4 (285-387)||(1548219-1548321)
chr4 (330-389)||(3438404-3438463)
chr4 (286-388)||(12121251-12121353)
chr4 (490-552)||(12121458-12121520)
chr4 (291-388)||(641115-641212)
chr4 (490-547)||(1519143-1519200)
chr4 (488-541)||(1537766-1537819)
chr4 (489-541)||(1489361-1489413)
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (10-541)||(6588844-6589375)
chr6 (275-540)||(6394912-6395177)
chr6 (16-545)||(6416009-6416538)
chr6 (273-540)||(6410054-6410321)
chr6 (285-552)||(7119193-7119460)
chr6 (285-552)||(7131671-7131938)
chr6 (33-385)||(14820893-14821251)
chr6 (285-387)||(6423418-6423520)
chr6 (285-547)||(10579532-10579794)
chr6 (275-533)||(6426566-6426824)
chr6 (285-386)||(6432363-6432464)
chr6 (274-552)||(19632475-19632750)
chr6 (287-385)||(8913783-8913881)
chr6 (315-552)||(6402896-6403133)
chr6 (175-387)||(6602885-6603103)
chr6 (435-545)||(7994128-7994238)
chr6 (347-388)||(9411555-9411596)
chr6 (468-552)||(6585216-6585300)
chr6 (330-388)||(6594447-6594505)
chr6 (451-540)||(6432209-6432298)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (139-499)||(10169780-10170140)
chr7 (139-499)||(10177305-10177665)
chr7 (11-545)||(10614636-10615170)
chr7 (192-349)||(10167377-10167534)
chr7 (273-386)||(15091935-15092048)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (11-385)||(17627572-17627952)
chr8 (243-385)||(17636148-17636290)
chr8 (314-406)||(32151483-32151575)
chr8 (285-552)||(18315066-18315336)
chr8 (49-114)||(5767215-5767280)
chr8 (516-552)||(27922544-27922580)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (79-227)||(28532075-28532223)
chr5 (11-388)||(41889067-41889450)
chr5 (232-386)||(28525213-28525367)
chr5 (31-102)||(20477624-20477695)
chr5 (11-149)||(12846038-12846176)
chr5 (285-388)||(41901331-41901434)
chr5 (435-552)||(41889500-41889617)
chr5 (507-547)||(20478100-20478140)
chr5 (285-388)||(32267675-32267778)
chr5 (138-220)||(38267196-38267278)
chr5 (16-73)||(32267996-32268053)
chr5 (273-373)||(20477866-20477966)
chr5 (516-552)||(41901562-41901598)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (27-539)||(1037196-1037714)
chr2 (245-388)||(32785528-32785671)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (420-552)||(1395-1527)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (451-540)||(586-675)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 16 - 552
Target Start/End: Original strand, 19468026 - 19468562
Alignment:
Q  16 ctggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttgtcttc 115  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||  |||| | ||||||||||||||||||     || |||||||||||||||   ||||| | |||||||||     
T  19468026 ctggaatcttttgtttgttatccaagtgtgcaggtttgcaacatttggatcttcaacgtgctgggtttttgaatgatcactatgttgataagttgtcttt 19468125  T
Q  116 gtaccttgatgatttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgag 215  Q
    ||  |||| ||||||  | || |||||||||||| | ||| |  | |||||| ||||  |||||||| |||| | |||||| |||| |||||||||||||    
T  19468126 gtttcttggtgatttagtgtctataaaccttagtgaatgtatggacctcacatattcaaccttgtttacactcgttaggaattgtccttcacttagtgag 19468225  T
Q  216 atcaaaatggaatctattgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgaca 315  Q
    ||||||||||||  ||||||| |||||| |||| | ||||||||||||| |  ||| |||||||||   ||||||||||||| |||||| |||||||| |    
T  19468226 atcaaaatggaaaatattgggagtaagagtgtagagaattctgattctttgccggattttggtgtattccctcaattaaagtatctctacttggctgaga 19468325  T
Q  316 attcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgt 415  Q
    ||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||     ||| |  |||||||| ||||  |    
T  19468326 attcatggttaagcgatgaaaacatcataatgtttgcttccatttttcccaatttgcagctgcttgatttgaactcatgcaaccacatatcggaaggcat 19468425  T
Q  416 tggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagcta 515  Q
    | | ||||||||||  || |||| ||| |||||| |||| ||| ||||| ||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||  ||| ||| ||||     
T  19468426 ttgtcaagttttaaggaggtgttctaatattaggcatttaaacttagcccactgttcaagagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctg 19468525  T
Q  516 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatg 552  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  19468526 gaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatg 19468562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 460 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 43635033 - 43634942
Alignment:
Q  460 tagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatgg 553  Q
    ||||||||||||||| |||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43635033 tagcctactgttcaatagtgaac--acttggaatgacctttagagtcccccagctagaggcgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatgg 43634942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 285 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 9586942 - 9586688
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 384  Q
    |||||||| ||||||||  |||||| |  ||||  ||||||||  ||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||     
T  9586942 cctcaattgaagtctcttgatttgggtcgcaatcaatggttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatc 9586843  T
Q  385 tgagaagttgccaaaacatatcgaa---aggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaa 481  Q
    || |   ||||   |||||||| ||   |||| || | ||||||||| |||| |||||| |||||||  |||||||| ||   |  |||||  | || ||    
T  9586842 tgtgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttacaaagatgttgtcagattagacatttgaacata---tcttgttctcctgtaaa 9586746  T
Q  482 cctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatataca 539  Q
    |||| ||| ||| || |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9586745 cctacttgaaattaattttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatataca 9586688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 285 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 9581374 - 9581118
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 384  Q
    |||||||||||||||||  |||||| | |||||  ||| ||||  ||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||     
T  9581374 cctcaattaaagtctcttgatttgggtcacaatcaatgtttaagagataaaaacatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatc 9581275  T
Q  385 tgagaagttgccaaaacatatcgaa---aggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaa 481  Q
    || |   ||||   |||||||| ||   |||| || | |||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| ||   |  |||||  | || ||    
T  9581274 tgcgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttaaaaagatgttgtcagattagacatttgaacata---tcttgttctcctgtaaa 9581178  T
Q  482 cctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaa 541  Q
     ||| ||| ||| || |||  | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9581177 actacttgaaattaattttgaactccccaagctagaggtgttgaacttgtcatgtacaaa 9581118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 17352227 - 17352166
Alignment:
Q  11 ttatactggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaa 72  Q
    |||| ||||||  |||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||    
T  17352227 ttatgctggaactttttctttgttatccaagtgccaacgtatccaacattaggatcttcaaa 17352166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 118; Significance: 6e-60; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 138 - 547
Target Start/End: Original strand, 51764089 - 51764498
Alignment:
Q  138 ataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgagatcaaaatggaatctattgggg 237  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||||  | || |||||| || | ||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||   ||||||     
T  51764089 ataaaccttagtggttgtcctaagctcaccaaatcagccttgcttactcttgctaggtattgtccttcacttggtgagatcaaaatggaaaacattggga 51764188  T
Q  238 gtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaag 337  Q
       |   |||| | ||||||||||||| | |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  51764189 cggattgtgtagagaattctgattctttggtggactttggtgtataccctcaattaaagtctctctatctgggtgaaaatacatggttaagtgatgaaag 51764288  T
Q  338 catcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgt 437  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    |||| |   |||||| ||||||||  |  |||||||||  || |||    
T  51764289 catcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaaaggtgtctgtgaagttttaaggagatgt 51764388  T
Q  438 tgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatata 537  Q
    | |||||||||| ||||||||||| || | ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||  ||| ||  |||| ||||||||  ||||||||| ||    
T  51764389 tctaagattaggcatttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcattta 51764488  T
Q  538 caaaggttga 547  Q
    |||| |||||    
T  51764489 caaaagttga 51764498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 11 - 545
Target Start/End: Original strand, 13470254 - 13470788
Alignment:
Q  11 ttatactggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttg 110  Q
    |||| ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |   | ||  |||| |||||||||||| |||| | || |||    
T  13470254 ttatgctggaatatttcgtttgttatccaagtgtcaaggcatccaacatttagatcttga---gcttttgtttctgaatgatcaacatgttctccaattg 13470350  T
Q  111 tcttcgtaccttgatgatttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcactta 210  Q
    |||||||  |||  || |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||| | |  || |||| ||||||  |||| || |||| |  |||||    
T  13470351 tcttcgtttcttagtggtttgatgtccataaaccttagttgttgtcttaagctcacaaaattagctttgtatgcactcactagaaactgtcctctactta 13470450  T
Q  211 gtgagatcaaaatggaatctattgggg---gtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctattt 307  Q
    |||||||||||||||||   || |||    ||| || |||| | ||||||||    | | | ||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  13470451 gtgagatcaaaatggaaggaatagggaagagtatgagtgtagagaattctgaaaaattggtcgaggttggtgtataccctcaattaaagtctctctattt 13470550  T
Q  308 ggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcg 407  Q
    ||   | |||  |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   ||||| |   | ||||     
T  13470551 gggaaaaaatcaatggttaagtgatgaaggcatcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcagctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatca 13470650  T
Q  408 aaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcc 507  Q
    |||||| || | ||||||||||  |  ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  || |||||| ||| ||||||||||||||   || |    
T  13470651 aaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttc 13470750  T
Q  508 cccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggtt 545  Q
    || | || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13470751 ccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggtt 13470788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 288 - 552
Target Start/End: Original strand, 51113580 - 51113844
Alignment:
Q  288 caattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttga 387  Q
    ||||||||||||||| | |||| | ||||| |||||||||  ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |    
T  51113580 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagatgagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 51113679  T
Q  388 gaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaat 487  Q
        |||| |  | |||||  ||||| || | ||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||  |||| |||||||||| | |||| ||| |    
T  51113680 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 51113779  T
Q  488 tggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatg 552  Q
    |||||||||||||  ||  ||| | || ||||||||  |||||||| |||||| |||||| ||||    
T  51113780 tggaatgaactttgaagctcccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatg 51113844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 285 - 388
Target Start/End: Original strand, 514521 - 514624
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 384  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||| | | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||    
T  514521 cctcaattaaaatctctctatttggctcacaattcatgcttaagagatgaaaaccttataatgtttgcttcaattttcccgaatttgcagctaattgatt 514620  T
Q  385 tgag 388  Q
    ||||    
T  514621 tgag 514624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 175 - 224
Target Start/End: Original strand, 514405 - 514454
Alignment:
Q  175 ccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgagatcaaaatg 224  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  514405 ccttgtttgcacttgttaagaactgtccttcacttagtgagatcaaaatg 514454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 17 - 71
Target Start/End: Original strand, 514247 - 514301
Alignment:
Q  17 tggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaa 71  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| || | |||||||||||| ||||||||    
T  514247 tggaatcttttctttgttatccaaatgtaaatggatacaacatttgaatcttcaa 514301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 4e-58; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 387
Target Start/End: Original strand, 21833906 - 21834276
Alignment:
Q  17 tggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttgtcttcg 116  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||  |||| ||| | ||||||||||||||| || | |    |||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||     
T  21833906 tggaatcttttgtttgttatccaaaggtcatggtgtccaacatttggatcttgaagataacatgtttctgaatgatcaacatgttgtccagttgtattca 21834005  T
Q  117 taccttgatgatttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgaga 216  Q
    |  |||| ||||||||| || ||||||||||||  ||||  ||||||||| ||   ||| |||||| |||||| || ||| |||||||| ||||||||||    
T  21834006 tttcttggtgatttgatttccataaaccttagtggttgtgataagctcactgaacgtgctttgtttacacttgttaagaactgtcattcgcttagtgaga 21834105  T
Q  217 tcaaaatggaatctattgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaa 316  Q
    |||||||||||  ||||||| |||||| |  |   |||||||| |||| | |||| ||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||    |||    
T  21834106 tcaaaatggaacatattgggagtaagagtcgagggaattctgaatctttggtggattttggtgtgtaccctcaattaaagtctctctttttgggccgcaa 21834205  T
Q  317 ttcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttga 387  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  21834206 ttcatggttaaatgatgaaagaatcataatgtttgcttcaattttccccaatttacagctgcttgatttga 21834276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 449 - 553
Target Start/End: Original strand, 55505068 - 55505172
Alignment:
Q  449 gaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgac 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55505068 gaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgac 55505167  T
Q  549 gatgg 553  Q
    |||||    
T  55505168 gatgg 55505172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 402 - 551
Target Start/End: Original strand, 53761685 - 53761834
Alignment:
Q  402 atatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaacttta 501  Q
    ||||| |||||| || | ||||||||||  || |||||||| |||||| |||||||| ||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||     
T  53761685 atatctaaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttg 53761784  T
Q  502 gagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgat 551  Q
     ||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||| || ||| |||||    
T  53761785 tagttcccaagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgat 53761834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 120 - 292
Target Start/End: Original strand, 53761410 - 53761582
Alignment:
Q  120 cttgatgatttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgagatca 219  Q
    |||| ||||||| | || ||||||||||||| ||||  |||| ||||| | |  |||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||    
T  53761410 cttggtgatttggtgtccataaaccttagtcgttgttataagatcacaaaattggccttgtttgcacttgctaaaaactgtccttcacttagtgagatca 53761509  T
Q  220 aaatggaatctattgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaatt 292  Q
    ||||||||   || |||  | ||| |||| | |||||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||    
T  53761510 aaatggaaagaatagggaatgagattgtagagaattctgaatcttcgatggagcttggtgtataccctcaatt 53761582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 27 - 539
Target Start/End: Original strand, 55908260 - 55908778
Alignment:
Q  27 tctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttgtcttcgtaccttgatg 126  Q
    ||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||      |||| ||||||||||   ||| |   ||||||||| ||  |||| ||    
T  55908260 tctttgttatccaagtgtc---gtatacaacatttggatcttcaaaatgccacgtttatgaatgatcacgatgtcgcagagttgtctttgtttcttggtg 55908356  T
Q  127 atttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgagatcaaaatgga 226  Q
    ||||| | || |||||||||||| | |||   | ||||||||| || ||| |||||||||| | |||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  55908357 atttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttattgaggtcaaaatgga 55908456  T
Q  227 atcta-----ttggggg-taagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattca 320  Q
    |   |     |||||||  |||| |||| |||||||| ||| ||||||||| | || | || | | |||||||||||| ||| |||| |||  |||||      
T  55908457 acacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaatttttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccatttagcttgcaatttt 55908556  T
Q  321 tggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatc-ga--aaggtgttg 417  Q
      ||||    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||    ||||| |||||||| ||  ||||| ||     
T  55908557 cagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtattt 55908656  T
Q  418 gccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctaga 517  Q
    |  ||||| |||  || ||||||||| ||||  |||||||  ||||||||||||||| |||||| ||| || |||| ||||||| ||| ||  |  ||||    
T  55908657 gtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattaga 55908756  T
Q  518 ggtgttgaacttgtcatataca 539  Q
    |||||| ||||||||| |||||    
T  55908757 ggtgtttaacttgtcacataca 55908778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 470 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 532307 - 532236
Alignment:
Q  470 ttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaa 541  Q
    ||||| |||||| ||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  532307 ttcaagagtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaa 532236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 11 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 547499 - 547119
Alignment:
Q  11 ttatactggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttg 110  Q
    |||| ||||||| | || ||| || |||||||| |||  ||| |||||||| |||||||||||   ||  ||||||| | |||||| |||| || | |||    
T  547499 ttatgctggaatatcttgttttttgtccaagtgccaacatatccaacatttagatcttcaaaatgctgtttttttgactaatcaacatgttcttgacttg 547400  T
Q  111 tcttcgtaccttgatgatttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcactta 210  Q
    |||| ||  |||| |||||||   |  |||||||||||||| |||    | |||||| |||  |||||||||||||| | ||| || |||  ||||||||    
T  547399 tctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcactta 547300  T
Q  211 gtgagatcaaaatggaa-tc-----tattgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctcta 304  Q
    ||||||||||||||||| ||      ||||||    ||| |||| | |||||| ||||||  | ||| |||| ||||   |||||||| ||||||||| |    
T  547299 gtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctcca 547200  T
Q  305 tttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgattt 385  Q
    ||||||| | ||||||||  |||  |||||||||||||  |||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
T  547199 tttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgattt 547119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 285 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 371226 - 371135
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagct 376  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||  | | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  371226 cctcaattaaaatctctctatttggctcacaattcatggttaagagatgaataccttataatgtttgcttcaattttcctgaatttgcagct 371135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 102 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 641406 - 641280
Alignment:
Q  102 gttcagttgtcttcgtaccttgatgatttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtc 201  Q
    ||||| |||||||||| ||||    ||||||| || ||||||||||||||||||  |||||||||| | ||  ||||||||||||||||| | || ||||    
T  641406 gttcaattgtcttcgttccttagcaatttgatctctataaaccttagtcattgtggtaagctcacaaaatcaaccttgtttgcacttgctggaaattgtc 641307  T
Q  202 attcacttagtgagatcaaaatggaat 228  Q
     |||||||| ||| || ||||||||||    
T  641306 cttcacttaatgatattaaaatggaat 641280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 11 - 73
Target Start/End: Original strand, 3438166 - 3438228
Alignment:
Q  11 ttatactggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaa 73  Q
    |||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3438166 ttatgctgaaatcttttctctgttatccaagtgtcaatgtatacaacatttggatcttcaaaa 3438228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 285 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 570840 - 570737
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattat---gtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttg 381  Q
    |||||||| |||||||| |  |||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||   |||||||||||||||||| |||||||| || ||||    
T  570840 cctcaattgaagtctctatccttggctcacaatacatggttaagtgatgaaaacattattataatgtttgcttccattttccccaatttgcaactacttg 570741  T
Q  382 attt 385  Q
    ||||    
T  570740 attt 570737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 1600671 - 1600455
Alignment:
Q  339 atcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatc-gaa--aggtgttggccaagttttaaaaagtt 435  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||   |||||||| |||  |||| || | ||||||||||  || |    
T  1600671 atcataatgtttgcttccaattttcccaatttgcaactgcttgatttgagcagttgcattaacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttaaggagat 1600572  T
Q  436 gttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcata 535  Q
     || ||| |||||  |||||||| ||||| | ||||||| | |||| ||    ||||||||||||  ||| |   | || ||||||||||||||||||||    
T  1600571 tttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttcttaaactggaggtgttgaacttgtcata 1600472  T
Q  536 tacaaaggttgacgatg 552  Q
    ||||| |||||||||||    
T  1600471 tacaagggttgacgatg 1600455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 259 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 570677 - 570551
Alignment:
Q  259 attcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccat 358  Q
    ||||||| |||||||||| |||| | | |||||| |||||||| |  ||| ||  |||| ||||||||| |||||||| |||  | ||||||||||| ||    
T  570677 attcttcaatggaatttgttgtaaaccatcaattgaagtctctattcttgactcgcaatacatggttaagtgatgaaaacattttaatgtttgcttctat 570578  T
Q  359 tttccctaatttgcagctgcttgattt 385  Q
    |||||| ||||||||| | ||||||||    
T  570577 tttccccaatttgcagatacttgattt 570551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 285 - 387
Target Start/End: Original strand, 1548219 - 1548321
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 384  Q
    |||||||||||||| |||| |||| || |||||||| | ||||  ||||||| |||||  || ||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  1548219 cctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatt 1548318  T
Q  385 tga 387  Q
    |||    
T  1548319 tga 1548321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 389
Target Start/End: Original strand, 3438404 - 3438463
Alignment:
Q  330 gatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgaga 389  Q
    ||||||||| || | |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  3438404 gatgaaagcctcttgatgttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgaga 3438463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 286 - 388
Target Start/End: Original strand, 12121251 - 12121353
Alignment:
Q  286 ctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgattt 385  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |   | | |||||||| | |||||||||||||  | | |||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  12121251 ctcaattaaagtctctccatttgatttcgagtacatggttacaagatgaaagcatcaaaaggattgcttccgttttccccaatttgcaattgcttgattt 12121350  T
Q  386 gag 388  Q
    |||    
T  12121351 gag 12121353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 490 - 552
Target Start/End: Original strand, 12121458 - 12121520
Alignment:
Q  490 gaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatg 552  Q
    |||||||||||  ||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  12121458 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatg 12121520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 641212 - 641115
Alignment:
Q  291 ttaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgag 388  Q
    ||||||| |||| |||||||| | ||||  ||| |||  ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||| ||||| | | |||||||||||||    
T  641212 ttaaagtgtctccatttggctcataatttttggctaagagatgaaaacataataatgtttgcttccatgttcccaaatttacggttgcttgatttgag 641115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 490 - 547
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519200
Alignment:
Q  490 gaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttga 547  Q
    |||||||||||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttga 1519200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 488 - 541
Target Start/End: Original strand, 1537766 - 1537819
Alignment:
Q  488 tggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaa 541  Q
    |||||||||||||  ||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1537766 tggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaa 1537819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 489 - 541
Target Start/End: Original strand, 1489361 - 1489413
Alignment:
Q  489 ggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaa 541  Q
    ||||||||||||  ||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1489361 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaa 1489413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 103; Significance: 6e-51; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 541
Target Start/End: Original strand, 6588844 - 6589375
Alignment:
Q  10 attatactggaatcttttctttattatccaagtgtca---aggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttca 106  Q
    |||||| |||| |||||| ||| ||||||| ||||||   | || | ||||||||||||||| || | | |  |||| |||||||||||| ||||||  |    
T  6588844 attataatggactcttttatttgttatccatgtgtcataaaagtttccaacatttggatcttgaagataataggtttctgaatgatcaacatgttgtcga 6588943  T
Q  107 gttgtcttcgtaccttgatgatttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattca 206  Q
     |||||||| |  |||| ||||||| | ||  ||||||||||| ||||   |||| ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| || |    
T  6588944 attgtcttcctttcttggtgatttggtgtccgtaaaccttagtaattgcagtaagatcacagaatcagctttgtttgcacttgctaggaagtgtccttta 6589043  T
Q  207 cttagtgagatcaaaatggaatctattgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatt 306  Q
    ||| ||||||||| |||||||  |||| ||||||    ||||   |||| ||| ||| ||    |  ||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  6589044 cttggtgagatcacaatggaaaatattaggggtag---tgtagcaaattatgaatctccggcatatattggtgttcatcctcaattaaagtctctctatt 6589140  T
Q  307 tggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatc 406  Q
    ||| | | ||||||||||||| ||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||  || |||||||||| |    |||  | ||||||||    
T  6589141 tgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatc 6589240  T
Q  407 gaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtc 506  Q
     |||||| || | ||||| || | ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||   | |||||| ||| ||||||||||||||  |||     
T  6589241 taaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagtt 6589340  T
Q  507 ccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaa 541  Q
    |||  ||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  6589341 cccatgctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaa 6589375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 275 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 6395177 - 6394912
Alignment:
Q  275 tggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcag 374  Q
    ||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||| |   ||||  |||||||  |||||||  ||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||    
T  6395177 tggtgtataccctcagttaaactctctctatttgggtacaaattactggttaatagatgaaataatcataatgtttacttccattttccccaatttacag 6395078  T
Q  375 ctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaa 474  Q
    || |||||||||| | |||||  | | |||||  ||||| || | ||||||||||| |  ||||||||| |||   |||||||| |||| | ||||||||    
T  6395077 ctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 6394978  T
Q  475 cagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaa 540  Q
     |||||| |||  |||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  6394977 aagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaa 6394912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 6416538 - 6416009
Alignment:
Q  16 ctggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttgtcttc 115  Q
    ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||    ||  |||| | |||||||||| |||||| || |||||| |    
T  6416538 ctggaatatttcgtttgttatccaagtgtcaaggcatccaacatttgaatcttgaac---tttcgtttcttaatgatcaacatgttgtccaattgtctcc 6416442  T
Q  116 gtaccttgatgatttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgag 215  Q
    ||  |||  || |||||| || ||||||||||||  ||| |||||||||||| | | ||| |||| ||||||  |||| || |||| |  |||||| |||    
T  6416441 gtttcttagtggtttgatgtccataaaccttagttgttgccttaagctcacaaaatatgctttgtatgcactcactagaaactgtcctctacttagcgag 6416342  T
Q  216 atcaaaatggaatctattgggg---gtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctg 312  Q
    ||||||||||||   || |||    ||| || |||| | ||||||||    | | | || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||       
T  6416341 atcaaaatggaaggaatagggaagagtatgagtgtagagaattctgaaaaattggtcgagtttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaa 6416242  T
Q  313 acaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaagg 412  Q
    | |||  ||||||||  |||||| | ||||| |||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||  |   | ||||  ||||    
T  6416241 aaaataaatggttaagcgatgaaggtatcataatgttttcttccaacttccccaatttgcagctgcttgatttgaatcgttgtaatctcttatctgaagg 6416142  T
Q  413 tgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccag 512  Q
    | || | ||||||||||| |  |||||||||||| || |||||||| ||||||  |||  || |||||| |||  ||||||| |||||  ||| ||| |     
T  6416141 tatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttcccaac 6416042  T
Q  513 ctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggtt 545  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6416041 ctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggtt 6416009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 273 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 6410321 - 6410054
Alignment:
Q  273 tttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgc 372  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||||| || ||||| |    
T  6410321 tttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttggattacaatacatcgttaagtgatgaaataatcattttgtttgcttccatttttcccaatttac 6410222  T
Q  373 agctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttc 472  Q
    | || ||||||||||   |||||||  | |||||  ||||| || | ||||||||| | |  ||||||||| ||| | ||||| || ||||||| ||       
T  6410221 aactacttgatttgacgggttgccagcaaatatctgaaggtatttgtcaagttttacagaaatgttgtaagcttaagcatttggacttagcctattgcaa 6410122  T
Q  473 aacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaa 540  Q
    || |||||| |||  |||||||||||||  ||| ||| ||||  |||||||||||| |||| ||||||    
T  6410121 aaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaa 6410054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 285 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 7119460 - 7119193
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 384  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | |   |||| | |||||| ||||||||  ||  | || || |||||| ||||||| ||||| || || |||||||    
T  7119460 cctcagttaaagtctctctatttaggtagaaatttacggttaactgatgaaaaaattgtaatattagcttcctttttccccaatttacaacttcttgatt 7119361  T
Q  385 tgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacct 484  Q
    |||  | |||| | ||||||||  ||||| || | ||||||||||  || |||| ||||||||   |||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||    
T  7119360 tgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagct 7119261  T
Q  485 aattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatg 552  Q
    | ||||||||||||||   || | |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  7119260 acttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatg 7119193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 285 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 7131938 - 7131671
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 384  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | |   |||| | |||||| ||||||||  ||  | || || |||||| ||||||| ||||| || || |||||||    
T  7131938 cctcagttaaagtctctctatttaggtagaaatttacggttaactgatgaaaaaattgtaatattagcttcctttttccccaatttacaacttcttgatt 7131839  T
Q  385 tgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacct 484  Q
    |||  | |||| | ||||||||  ||||| || | ||||||||||  || |||| ||||||||   |||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||    
T  7131838 tgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagct 7131739  T
Q  485 aattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatg 552  Q
    | ||||||||||||||   || | |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  7131738 acttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatg 7131671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 33 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 14821251 - 14820893
Alignment:
Q  33 ttatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttgtcttcgtaccttgatgatttga 132  Q
    |||||||||| || | |||||||||||||||| |||||||  | | | ||| | ||| |||||| ||||||| | || | || ||  |||| | |||||     
T  14821251 ttatccaagtctccatgtatacaacatttggaacttcaaagcacttattttctaaataatcaacatgttgttgatttttgtttgtgtcttggtaatttgg 14821152  T
Q  133 tatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgagatcaaaatggaat---- 228  Q
    |||| |||||||||| |  ||||| | | ||||||||  |  |||||||| |||| | |||||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||        
T  14821151 tatctataaaccttaatttttgtcatcatctcacagaaacaaccttgttttcactcgttaggaactgttattcacttattgaagtcaaaatggaatgcac 14821052  T
Q  229 --ctattgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggtta 326  Q
      ||||||||    ||||||||   ||||| |||||||   | || | ||||||| | |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  14821051 ggctattgggaaagagaatgtagggaattcagattctttagttgagtatggtgtataccctcaattgaagtctctctatttgggtcacaattcatggtta 14820952  T
Q  327 aatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgattt 385  Q
    ||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||    
T  14820951 aatgatgaaataatcattttgtatgcttccattttcccaaatttaaagctacttgattt 14820893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 285 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 6423520 - 6423418
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  | || |||||||    
T  6423520 cctcaattaaagtctctctatttgggttacacttcgtggttaagtgatgaaatcatcataatgtttgcttccattttccctaatttaaaactacttgatt 6423421  T
Q  385 tga 387  Q
    |||    
T  6423420 tga 6423418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 285 - 547
Target Start/End: Original strand, 10579532 - 10579794
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 384  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |   ||||||| ||||  ||||||||  || || ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  10579532 cctcaattaaaatctctctatttgggtagaaattcattgttacgtgatgaaatgattataatgttagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatt 10579631  T
Q  385 tgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacct 484  Q
    |||  | |||| || |||||||  ||||| ||   ||||||| |  ||| ||| ||||||||| | |||||||| ||||| | ||| ||| |||||| |     
T  10579632 tgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaacttagccaaatgtccaagagtgaagcg 10579731  T
Q  485 aattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttga 547  Q
    | || |||| ||  ||  | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10579732 acttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttga 10579794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 275 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 6426824 - 6426566
Alignment:
Q  275 tggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcag 374  Q
    ||||||| | |||||||| |||||||||||| ||| |   ||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||    
T  6426824 tggtgtataccctcaattgaagtctctctatctgggtagaaattcatggttaagtgatgaaatcatcataatgtatgcttccattttccccaatttacag 6426725  T
Q  375 ctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaa 474  Q
    || ||||||||||    |||||   | |||||  ||||| || |  |||||||||  |  ||||||||| |||   |||||||| |||| | ||||||||    
T  6426724 ctacttgatttgaaggtttgccgtgaaatatctgaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaa 6426625  T
Q  475 cagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtca 533  Q
      ||||| |||  |||||||||||||  ||| ||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  6426624 acgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtca 6426566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 285 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 6432464 - 6432363
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 384  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||   ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||    
T  6432464 cctcagttaaagtctctctatttgggtcacaattcatggttaaggaatgaaaggatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcaacatcttgatt 6432365  T
Q  385 tg 386  Q
    ||    
T  6432364 tg 6432363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 274 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 19632750 - 19632475
Alignment:
Q  274 ttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgca 373  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |   |||| | |||||| ||||||||  || |  ||||| |||||  |||| || |||||| |    
T  19632750 ttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggtcgaaatttacggttaagtgatgaaaagattacaatgttcgcttcgttttttcccaatttgta 19632651  T
Q  374 gctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttca 473  Q
    || |||||||||||   ||||| |  ||||||| || | | || | |||||||||| |   ||||||||||| | | |||||||| || |    ||||||    
T  19632650 gcggcttgatttgaatcgttgctattacatatctaatgctatttgtcaagttttaaga---tgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttca 19632554  T
Q  474 acagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatg 552  Q
    | ||| |||||| ||||||| ||||||  ||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  19632553 atagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagctagaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatg 19632475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 287 - 385
Target Start/End: Original strand, 8913783 - 8913881
Alignment:
Q  287 tcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgattt 385  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||  | ||||||||  ||||||||||    
T  8913783 tcaattaaagtctctttatttgggtgacaatttgtggttaacggatgaaatcatcataatgtttgcttccattttttccaatttgcatatgcttgattt 8913881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 6403133 - 6402896
Alignment:
Q  315 aattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtg 414  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| |  |||||||||||||| || | |||||| |  ||||| ||| |  | ||| |    |||||  |||||     
T  6403133 aattcatggttgagtgatgaaagcatcataagttttgcttccatttttcccagtttgcaacatcttgaattgcgttggtgcgatcgtatatctgaaggta 6403034  T
Q  415 ttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagct 514  Q
    || | ||||||||||  || |||||||| |||||| |||||||| || |    ||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||  ||| ||||| ||    
T  6403033 tttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttccccaact 6402934  T
Q  515 agaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatg 552  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  6402933 agaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatg 6402896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 387
Target Start/End: Original strand, 6602885 - 6603103
Alignment:
Q  175 ccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgagatcaaaatggaatc------tattgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgat 268  Q
    |||||||| |||||| ||  || |||| |||||||||||||||||||||||||        |||||||    |||||||| | |||  |||||||  |||    
T  6602885 ccttgttttcacttgttaaaaactgtccttcacttagtgagatcaaaatggaagacacagatattgggaaagagaatgtagagaataatgattctatgat 6602984  T
Q  269 ggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaat 368  Q
    |||  ||||| || | ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| || | |||  ||||| |||||||||||   | |||| | |    
T  6602985 ggatattggtatataccctcaattaaagtctctctatttaggtgacaatttatggttaagtgttcaaaaaatcataatgtttgcttcttctatccccagt 6603084  T
Q  369 ttgcagctgcttgatttga 387  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  6603085 ttgcagctacttgatttga 6603103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 435 - 545
Target Start/End: Original strand, 7994128 - 7994238
Alignment:
Q  435 tgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcat 534  Q
    ||||||||||| ||| |||||||| ||||| | ||| ||| |||||| ||| | ||||||||||||  ||| ||  ||||||||||||||||| |||||     
T  7994128 tgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaa 7994227  T
Q  535 atacaaaggtt 545  Q
    |||||| ||||    
T  7994228 atacaagggtt 7994238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 347 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 9411596 - 9411555
Alignment:
Q  347 gtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgag 388  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9411596 gtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgag 9411555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 468 - 552
Target Start/End: Original strand, 6585216 - 6585300
Alignment:
Q  468 tgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatg 552  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||  |||  ||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  6585216 tgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagttacccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatg 6585300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 330 - 388
Target Start/End: Original strand, 6594447 - 6594505
Alignment:
Q  330 gatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgag 388  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||||||    
T  6594447 gatgaaaacatcatattgtttgcttctattttccccactttggagctgcttgatttgag 6594505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 451 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 6432298 - 6432209
Alignment:
Q  451 atttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaa 540  Q
    |||||||| ||||||| |||  || |||||| |||  |||||||||||||  ||| ||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  6432298 atttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaa 6432209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 139 - 499
Target Start/End: Original strand, 10169780 - 10170140
Alignment:
Q  139 taaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgagatcaaaatggaatctattggggg 238  Q
    ||||||||||||| ||| |  || ||||| ||||  ||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |    
T  10169780 taaaccttagtcaatgtttggagatcacatattcatccttgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttagtgagatcaaaatggaaaatatagggag 10169879  T
Q  239 taagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagc 338  Q
    ||||| | || | ||||||||||||| |  ||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||  ||||||  |    
T  10169880 taagagtttagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctcaattgaagtctctctatttggcttacaatacatgggtaagggatgaacac 10169979  T
Q  339 atcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgtt 438  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||    |||| |  |||||||| ||||  || | ||||||||||  || ||||    
T  10169980 atcataatgttttcttccatttttcctaatttgaagctgtttgatttgaactcttgcaatcacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgtt 10170079  T
Q  439 gtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactt 499  Q
     ||| |||||| |||| ||  ||||| ||||||||| |||||| ||| ||| | |||||||    
T  10170080 ctaatattaggcatttaaatttagcccactgttcaagagtgaatctacttgaagtgaactt 10170140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 139 - 499
Target Start/End: Original strand, 10177305 - 10177665
Alignment:
Q  139 taaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgagatcaaaatggaatctattggggg 238  Q
    ||||||||||||| ||| |  || ||||| ||||  ||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |    
T  10177305 taaaccttagtcaatgtttggagatcacatattcatccttgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttagtgagatcaaaatggaaaatatagggag 10177404  T
Q  239 taagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagc 338  Q
    ||||| | || | ||||||||||||| |  ||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||  ||||||  |    
T  10177405 taagagtttagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctcaattgaagtctctctatttggcttacaatacatgggtaagggatgaacac 10177504  T
Q  339 atcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcgaaaggtgttggccaagttttaaaaagttgtt 438  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||    |||| |  |||||||| ||||  || | ||||||||||  || ||||    
T  10177505 atcataatgttttcttccatttttcctaatttgaagctgtttgatttgaactcttgcaatcacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgtt 10177604  T
Q  439 gtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactt 499  Q
     ||| |||||| |||| ||  ||||| ||||||||| |||||| ||| ||| | |||||||    
T  10177605 ctaatattaggcatttaaatttagcccactgttcaagagtgaatctacttgaagtgaactt 10177665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 11 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 10615170 - 10614636
Alignment:
Q  11 ttatactggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttg 110  Q
    |||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| ||    ||  |||| |||||||||||| |||||| || |||    
T  10615170 ttatgctggaatctattgtttattatccaagtgtcaaggcttccaacatttggatcttgaac---ttccgtttctgaatgatcaacatgttgtccaattg 10615074  T
Q  111 tcttcgtaccttgatgatttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcactta 210  Q
    ||||| |  |||| ||||||||| || ||||||||||||  |||| ||||||||||| | |   | |||| ||||||  ||| ||| |||| |  ||||     
T  10615073 tcttcatttcttggtgatttgatgtccataaaccttagttgttgtgttaagctcacaaaattatctttgtatgcactcactaagaactgtcctctacttg 10614974  T
Q  211 gtgagatcaaaatggaatctattgggg---gtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctattt 307  Q
    |||| ||||||||||||   ||||||    ||| || |||| | ||||||||||| | |  ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  10614973 gtgaaatcaaaatggaaggaattgggaagagtacgagtgtagagaattctgattcattggcggagtttggtgtataccctcaattaaagtctctctattt 10614874  T
Q  308 ggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatcg 407  Q
    ||   | |||   |||||||  |||||| |||| || | ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||   ||||| |   | |||      
T  10614873 gggaaaaaatcagtggttaagcgatgaaggcattataaagtttgcttccaatttccccaatttgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttatat 10614774  T
Q  408 aaaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcc 507  Q
     ||||| || | ||||||||||  |  ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  || |||||| ||| ||||||||||| ||   || |    
T  10614773 gaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttc 10614674  T
Q  508 cccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggtt 545  Q
    || | || |||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  10614673 ccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggtt 10614636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 192 - 349
Target Start/End: Original strand, 10167377 - 10167534
Alignment:
Q  192 aggaagtgtcattcacttagtgagatcaaaatggaatctattgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaat 291  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||| | || | ||||||||||||| |  ||| ||||||||| | |||||||    
T  10167377 aggaattgtccttcacttagtgagatcaaaatggaaaatatagggagtaagagtttagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctcaat 10167476  T
Q  292 taaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtt 349  Q
    | |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||  ||||||  |||||| |||||    
T  10167477 tgaagtctctctatttggcttacaatacatgggtaagggatgaacacatcataatgtt 10167534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 273 - 386
Target Start/End: Original strand, 15091935 - 15092048
Alignment:
Q  273 tttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgc 372  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||| |||||||| |||||  ||  |||||||||||||||| || ||      
T  15091935 tttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttggctcacaattaccggttaagtgatgaaatcatcagaatacttgcttccattttccccaacttag 15092034  T
Q  373 agctgcttgatttg 386  Q
    |||| |||||||||    
T  15092035 agctacttgatttg 15092048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 7e-29; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 11 - 385
Target Start/End: Original strand, 17627572 - 17627952
Alignment:
Q  11 ttatactggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttg 110  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||  |   | | ||||||||| |||||| | || || |||||    
T  17627572 ttattctggaatattttctttgttatccatgtgtcaatgtatccaacatttggatcttcagtatgcttattttttgaataatcaacatatttttgagttg 17627671  T
Q  111 tcttcgtaccttgatgatttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcactta 210  Q
    ||||| |  |||| | ||||| | ||  ||||||||||| ||||||  | ||||   || || ||||||||| |||| | ||| || |||| ||||||||    
T  17627672 tcttcatttcttggtaatttggtgtctgtaaaccttagttattgtcggatgctcgacgaatcagccttgttttcactcgttagtaaatgtccttcactta 17627771  T
Q  211 gtgagatcaaaatggaat------ctattgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctcta 304  Q
     |||||| ||||||||||      |||||||||   ||| | || | |||||| |||||| | |||| || | ||||   ||||||||||| ||||||||    
T  17627772 atgagataaaaatggaatgcacatctattggggaagagagtctaaagaattctaattctttggtggatttcgttgtaagccctcaattaaaatctctcta 17627871  T
Q  305 tttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgattt 385  Q
    |||||||  |||||||| | ||   ||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  17627872 tttggctttcaattcattgctatgcgatgaaaacatcaaaatgtttgcttccattttccccaatttgcaactgcttgattt 17627952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 243 - 385
Target Start/End: Original strand, 17636148 - 17636290
Alignment:
Q  243 aatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatca 342  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||| | |||| |||| | |||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||  ||||||||| |||    
T  17636148 aatgtagagaattctaattcttcgatgaattttgttgtaaaccctcaatttaagtctctccatttgccttacaattcatggttaagagatgaaagcctca 17636247  T
Q  343 ttatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgattt 385  Q
    | | | | | | |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17636248 taaagctcgataccattttccccaatttgcagctgcttgattt 17636290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 314 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 32151575 - 32151483
Alignment:
Q  314 caattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatc 406  Q
    ||||||||||||||   |||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  32151575 caattcatggttaacatatgataacatcaaaatgtttgcttccattttccctaatttgcaactgcttgatttgaggtgttgccataacatatc 32151483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 285 - 552
Target Start/End: Original strand, 18315066 - 18315336
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 384  Q
    ||||||||||||||||||  |||  ||  ||||||||||||||  || ||||||||||  || ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  18315066 cctcaattaaagtctctccgttttacttgcaattcatggttaagagaggaaagcatcaaaatattttcttccattttccccaatttgcagttgcttgatt 18315165  T
Q  385 tgagaagttgccaaaacatatc-ga--aaggtgttggccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactg-ttcaacagtga 480  Q
    ||||    ||| | |||||| | ||  ||||| || | |||||||||  |||||||| | |||||||  | |||||| ||| ||  || ||||| | |||    
T  18315166 tgagctactgcgataacatacctgaagaaggtatttgtcaagttttacgaagttgttctgagattagacagttgaacttag-ctcgtgattcaagaatga 18315264  T
Q  481 acctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatg 552  Q
    | |||  |||||||||||||| ||| ||| | || |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  18315265 agctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatg 18315336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 114
Target Start/End: Original strand, 5767215 - 5767280
Alignment:
Q  49 gtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttgtctt 114  Q
    |||| |||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||  |||||| | |||||||||    
T  5767215 gtatccaacatttggatcttcaatatactgattttttgaatgatcattgtgttgctgagttgtctt 5767280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 516 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 27922580 - 27922544
Alignment:
Q  516 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatg 552  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  27922580 gaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatg 27922544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 53; Significance: 4e-21; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 79 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28532223 - 28532075
Alignment:
Q  79 agtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttgtcttcgtaccttgatgatttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgcctt 178  Q
    ||||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||  |||| ||||||||| || || ||||||||| |||||  |||||| ||||| ||  | ||    
T  28532223 agtttctgaatgatcaacatgttatccagttgtcttcgtttcttggtgatttgatgtccatcaaccttagtaattgtgataagctaacagaatcatcttt 28532124  T
Q  179 gtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgagatcaaaatggaa 227  Q
    ||||||||| |||||||| |||| || |||| ||||||||| |||||||    
T  28532123 gtttgcactcgctaggaactgtcctttacttggtgagatcacaatggaa 28532075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 11 - 388
Target Start/End: Original strand, 41889067 - 41889450
Alignment:
Q  11 ttatactggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttg 110  Q
    |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||  ||| |||| ||||||||||||||| ||||  ||| ||||| || ||| ||||||  |||||    
T  41889067 ttatgctggaatcttttgtttactatccaagtgtgaacatatccaacttttggatcttcaaaatattgtttttctgaatcataaacatgttgtggagttg 41889166  T
Q  111 tcttcgtaccttgatgatttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcactta 210  Q
    ||||| |  |||| ||||||| |||| |||||| | | |||||||   |  |||||||| || || || |||||||||  || ||| |||| |||||||     
T  41889167 tcttcatttcttggtgatttggtatctataaacttgaatcattgttcgatactcacagaatcagcattctttgcacttcttaagaattgtccttcacttt 41889266  T
Q  211 gtgagatcaaaatggaa------tctattgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctcta 304  Q
    |||  ||||||||||||      | ||||||     ||| | || | |  ||| | |||| |||||| |||| || | | ||||||||||||  |||       
T  41889267 gtgttatcaaaatggaacacacgtgtattggaaaatagagtctaaagagctctaaatctttgatggattttgttgcataccctcaattaaagcatcttcg 41889366  T
Q  305 tttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgag 388  Q
    ||||||| | ||| ||||||||   ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41889367 tttggctcaaaatccatggttatcagatgaagacatcataatgtttgcttccattttccctaatttgcagctacttgatttgag 41889450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 232 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 28525367 - 28525213
Alignment:
Q  232 ttgggggtaagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatga 331  Q
    |||||||||||| || | | || | |||||||| || | | |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||  ||    
T  28525367 ttgggggtaagagtgaagaaaactatgattctttgacgaagtttggtctacatcctcaattaaagtctctcaatttgtgtgacaattcatggttaaggga 28525268  T
Q  332 tgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttg 386  Q
     ||||  ||||| | |||||||||||||||||  |||||| || ||||| |||||    
T  28525267 cgaaaatatcataaggtttgcttccattttccacaatttggaggtgcttaatttg 28525213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 31 - 102
Target Start/End: Original strand, 20477624 - 20477695
Alignment:
Q  31 tattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttg 102  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||| |||||    
T  20477624 tattatccaagtgtccatgtatacaacatttggatcttcaaaagacttattttctgaatgatcaacttgttg 20477695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 11 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 12846176 - 12846038
Alignment:
Q  11 ttatactggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttg 110  Q
    ||||||||||||||||   || |||||||||||||||    |||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||| | ||||     
T  12846176 ttatactggaatctttcgcttgttatccaagtgtcaattattacaacatttagatcttcaactgactgagtttttgaatgatcaacatgttgctaagtta 12846077  T
Q  111 tcttcgtaccttgatgatttgatatcaataaaccttagt 149  Q
    |||| |   |||| ||||||||| || |||||| |||||    
T  12846076 tctttgcttcttggtgatttgatttctataaacgttagt 12846038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 285 - 388
Target Start/End: Original strand, 41901331 - 41901434
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 384  Q
    ||||||||||||| |||    |||||| ||||| | ||||||  |||||||  |||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41901331 cctcaattaaagtatcttcgattggctcacaatccgtggttatttgatgaagacatcacaatgttcgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatt 41901430  T
Q  385 tgag 388  Q
    ||||    
T  41901431 tgag 41901434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 435 - 552
Target Start/End: Original strand, 41889500 - 41889617
Alignment:
Q  435 tgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcat 534  Q
    |||||||| |||||  |||||||| || ||   ||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| ||| ||| |  | |||||||||||||| ||||    
T  41889500 tgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcat 41889599  T
Q  535 atacaaaggttgacgatg 552  Q
    ||||||| ||||| ||||    
T  41889600 atacaaaagttgatgatg 41889617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 507 - 547
Target Start/End: Original strand, 20478100 - 20478140
Alignment:
Q  507 ccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttga 547  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20478100 ccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttga 20478140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 285 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 32267778 - 32267675
Alignment:
Q  285 cctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatt 384  Q
    ||||||||||||| |||   ||||||| ||||| ||||| ||  |||||||   ||||  ||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  32267778 cctcaattaaagtatcttcgtttggctcacaatccatggctatttgatgaatatatcaccatgcttgcttccatcttctccaatttgcagctgcttgatt 32267679  T
Q  385 tgag 388  Q
    ||||    
T  32267678 tgag 32267675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 138 - 220
Target Start/End: Original strand, 38267196 - 38267278
Alignment:
Q  138 ataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgagatcaa 220  Q
    |||||||||||| |||||  ||| ||| || ||||||| || |||||||| | |||||| |||| ||||||||||||| ||||    
T  38267196 ataaaccttagttattgtactaacctctcatattctgctttttttgcactcgttaggaactgtccttcacttagtgaggtcaa 38267278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 32268053 - 32267996
Alignment:
Q  16 ctggaatcttttctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaa 73  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||  | | ||||| ||||||||||||||    
T  32268053 ctggaatcctttctttactatccaagtgtcaacatttccaacacttggatcttcaaaa 32267996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 273 - 373
Target Start/End: Original strand, 20477866 - 20477966
Alignment:
Q  273 tttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgc 372  Q
    ||||||||| | |||| ||| ||||||||||| |||| | | ||| ||||||||| ||||||||  || || || |||||||| || ||||| |||||||    
T  20477866 tttggtgtatatcctcgattgaagtctctctacttgggtcataatccatggttaagtgatgaaataataataatatttgcttctatgttccccaatttgc 20477965  T
Q  373 a 373  Q
    |    
T  20477966 a 20477966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 516 - 552
Target Start/End: Original strand, 41901562 - 41901598
Alignment:
Q  516 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatg 552  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  41901562 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatg 41901598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 49; Significance: 9e-19; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 27 - 539
Target Start/End: Original strand, 1037196 - 1037714
Alignment:
Q  27 tctttattatccaagtgtcaaggtatacaacatttggatcttcaaaagattgagtttttgaatgatcaacgtgttgttcagttgtcttcgtaccttgatg 126  Q
    ||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||      |||| ||||||||||   ||| |   ||||||||| ||  |||| ||    
T  1037196 tctttgttatccaagtgtc---gtatacaacatttggatcttcaaaatgccacgtttatgaatgatcacgatgtcgcagagttgtctttgtttcttggtg 1037292  T
Q  127 atttgatatcaataaaccttagtcattgtcttaagctcacagattctgccttgtttgcacttgctaggaagtgtcattcacttagtgagatcaaaatgga 226  Q
    ||||| | || |||||||||||| | |||   | ||||||||| || ||| |||||||||| | |||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||    
T  1037293 atttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagactcggccatgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttattgaggtcaaaatgga 1037392  T
Q  227 atcta-----ttggggg-taagaatgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattca 320  Q
    |   |     |||||||  |||| |||| |||||||| ||||||||||||| | || | || | | |||||||||||| ||| ||||  ||  |||||      
T  1037393 acacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattcttcgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccatttaacttgcaatttt 1037492  T
Q  321 tggttaaatgatgaaagcatcattatgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgagaagttgccaaaacatatc-ga--aaggtgttg 417  Q
      ||||    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||    ||||| |||||||| ||  ||||| ||     
T  1037493 cagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtattt 1037592  T
Q  418 gccaagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctaga 517  Q
    |  |||||||||  || ||||||||| ||||  |||||||  ||||||||| ||||| |||||| ||| || |||| ||||||| ||| ||  |  ||||    
T  1037593 gtgaagttttaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattaga 1037692  T
Q  518 ggtgttgaacttgtcatataca 539  Q
    |||||| ||||||||| |||||    
T  1037693 ggtgtttaacttgtcacataca 1037714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 245 - 388
Target Start/End: Original strand, 32785528 - 32785671
Alignment:
Q  245 tgtacataattctgattcttcgatggaatttggtgtacagcctcaattaaagtctctctatttggctgacaattcatggttaaatgatgaaagcatcatt 344  Q
    |||||| |||||| |||||| |||||| |||| ||||   ||||||||||||| |||| ||||||||  |||||  |||||||  |||||||||||||      
T  32785528 tgtacaaaattctaattctttgatggattttgttgtaatccctcaattaaagtttctccatttggctcgcaattattggttaagagatgaaagcatcagg 32785627  T
Q  345 atgtttgcttccattttccctaatttgcagctgcttgatttgag 388  Q
    |||||| |||| |||||  | |||||||| || |||||||||||    
T  32785628 atgttttcttctattttttccaatttgcaactacttgatttgag 32785671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 420 - 552
Target Start/End: Original strand, 1395 - 1527
Alignment:
Q  420 caagttttaaaaagttgttgtaagattaggaatttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagagg 519  Q
    ||||||||||  || |||| |||||||||  |||||||| ||||||  |||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||  ||| ||  |||||||||    
T  1395 caagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaagctagagg 1494  T
Q  520 tgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatg 552  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  1495 tgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatg 1527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 451 - 540
Target Start/End: Original strand, 586 - 675
Alignment:
Q  451 atttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccagctagaggtgttgaacttgtcatatacaa 540  Q
    |||||||  ||||||||||||||| |||||| ||| || |||| ||||||| ||| ||  |  |||||||||| ||||||||| ||||||    
T  586 atttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaa 675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University