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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19757_high_36 (Length: 424)
Name: NF19757_high_36
Description: NF19757
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19757_high_36 |
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| [»] chr3 (1 HSPs) |
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| [»] chr1 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 38579548 - 38579126
Alignment:
| Q |
1 |
tattgagagatacaattgacagccactagtaacttaacagaaagtaactctgatttgattactgataattataatttgtgacaccactcatactgtaatg |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38579548 |
tattgagagatacaattgacagccactagtaacttaacagaaagtaactctgatttgattactgataattataatttgtgacaccactcatactgtaatg |
38579449 |
T |
|
| Q |
101 |
caatccaatttactctaacgcagtatatattctaaaaatgtctagtctatt---aattttcttattttctaaagctgcatatttgtatgtccactttctt |
197 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
38579448 |
caatccaatttactctaacgcagtatatattctaaaaatgtctagtctattcataattttcttattttctaaagctgcatatttgtatgtccactt-ctt |
38579350 |
T |
|
| Q |
198 |
ataatgcaatctatttttgatataattgatgttgatattacaattttattatagatagtttttcatacaaatatttgattctaatttttataacatcaaa |
297 |
Q |
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||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
38579349 |
ataatgcaatctaattttgatataattgatgttgatattacaattttattatagatagtttttcatacaaatatttgattctaatttttataacatcaaa |
38579250 |
T |
|
| Q |
298 |
tgcaagtatgttgtaatattgatttttaagtcaattgaatttcctatctgaatgcttttgttaacaattttatttaacaacaactcagtcaagcaatttg |
397 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |
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|
| T |
38579249 |
tgcaagtatgttgtaatattgatttctaagtcaattgaatttcctatctgaatgcttttgttaacaattttatttaa---caactcagtcaagcagtttg |
38579153 |
T |
|
| Q |
398 |
ttaatccccggacataaaaatggatcc |
424 |
Q |
| |
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||||||||| ||||||||||||||||| |
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| T |
38579152 |
ttaatcccctgacataaaaatggatcc |
38579126 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 35 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 33377185 - 33376805
Alignment:
| Q |
35 |
taacagaaagtaactctgatttgattactgataattataatttgtgacaccactcatactgtaatgcaatccaatttactctaacgcagtatatattcta |
134 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |
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|
| T |
33377185 |
taacagaaagtaactctgatttgattgctgataat-ataatttgtgacaccactcatactgtaatgcagtccaatttactctaacgctgtatatattcta |
33377087 |
T |
|
| Q |
135 |
aaaatgtctagtctatt---aattttcttattttctaaagctgcatatttgtatgtccactttcttataatgcaatctatttttgatataattgatgttg |
231 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |
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|
| T |
33377086 |
aaaatgtctagtttattcataatttttttattttctaaagctgcatatttgtatgtccactt-cttataatgcaattcaattttgatataattgatgttg |
33376988 |
T |
|
| Q |
232 |
atattacaattttattatagatagtttttcatacaaatatttgattctaatttttataacatcaaatgcaagtatgttgtaatattgatttttaagtcaa |
331 |
Q |
| |
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| T |
33376987 |
atattacaattttattatagatagtttttcatacaaatatttgattctagtttttacaacatcaaatgcaagtatgttgtaatattgatttttaagtcaa |
33376888 |
T |
|
| Q |
332 |
ttgaatttcctatctgaatgcttttgttaacaattttatttaacaacaactcagtcaagcaatttgttaatccccggacataaaaatggatcc |
424 |
Q |
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|
| T |
33376887 |
ttgaatttcttatctgaatgcttttgttaacaatt-------acaacaactgagtcaagcagtttattagt---cggacataaaaatggatcc |
33376805 |
T |
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