View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19757_low_6 (Length: 704)

Name: NF19757_low_6
Description: NF19757
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19757_low_6
NF19757_low_6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-689)||(38919339-38920016)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 674; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 674; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 689
Target Start/End: Original strand, 38919339 - 38920016
Alignment:
Q  12 caaatattactagaaaattgatttttccaaaacctatttttgattcttctaagcttttcccgcccaaaaatatttcgggatttgaccctagaagtggtat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919339 caaatattactagaaaattgatttttccaaaacctatttttgattcttctaagcttttcccgcccaaaaatatttcgggatttgaccctagaagtggtat 38919438  T
Q  112 cgccaaagaaaatatagtttgcaaaatttttgtttttaatgctgacgtggttgaaaatctaagagcaaaatatattaattttaatcctacacgcgttgag 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919439 cgccaaagaaaatatagtttgcaaaatttttgtttttaatgctgacgtggttgaaaatctaagagcaaaatatattaattttaatcctacacgcgttgag 38919538  T
Q  212 gctttatcggcttttatttggagtcgttatgttgatgttatttataatgatggtgtgcaaagaaactatggtgtggttcatgcggtgaatttgcgccaaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919539 gctttatcggcttttatttggagtcgttatgttgatgttatttataatgatggtgtgcaaagaaactatggtgtggttcatgcggtgaatttgcgccaaa 38919638  T
Q  312 aaatggaaccatcattacctttagaatcgtttggtaactatttgcgatttacaataacgattccgaagatgaatagtggagaagagtgttacgggttagc 411  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919639 aaatggaaccaccattacctttagaatcgtttggtaactatttgcgatttacaataacgattccgaagatgaatagtggagaagagtgttacgggttagc 38919738  T
Q  412 gaagcaagtgagagatgagataaagaagattgataaagaatatgtgaagaaggttcaagaaggtaaggagcatttggaatttcttaaggaaagttttgat 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919739 gaagcaagtgagagatgagataaagaagattgataaagaatatgtgaagaaggttcaagaaggtaaggagcatttggaatttcttaaggaaagttttgat 38919838  T
Q  512 agagtgattgtgaaggaggaattggttgtgtttaattttaccagtttgtgtaggtttcctttgtatgatgctgattttggttgggggaaacctatttggg 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919839 agagtgattgtgaaggaggaattggttgtgtttaattttaccagtttgtgtaggtttcctttgtatgatgctgattttggttgggggaaacctatttggg 38919938  T
Q  612 ttggttcaactgctttgaattttaagaatttggttgtgtttgttgattgtaaggatgggggtggtattgaggcctatg 689  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919939 ttggttcaactgctttgaattttaagaatttggttgtgtttgttgattgtaaggatgggggtggtattgaggcctatg 38920016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University