View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19759_low_2 (Length: 815)

Name: NF19759_low_2
Description: NF19759
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19759_low_2
NF19759_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-802)||(13214583-13215368)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 742; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 742; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 13215368 - 13214583
Alignment:
Q  17 agccatctcatttactgctccaattcctgccccatatacgtttcaattggctcaatctcgtccagtgtcaaaaaatacatgtttctttaaccttccagtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13215368 agccatctcatttactgctccaattcccgccccatatacgtttcaattggctcaatctcgtccagtgtcaaaaaatacatgtttctttaaccttccagtt 13215269  T
Q  117 aagcctcaacaagccaagagctggactcacgccacagatgaaaatggcaacagaatcatcagcctgcaaatgaggtacatctttttcttatgtcatgtat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13215268 aagcctcaacaagccaagagctggactcacgccacagatgaaaatggcaccagaatcatcagcctgcaaatgaggtaaatctttttcttatgtcatgtat 13215169  T
Q  217 gacttataaagtcttattgtctttggaagatttgtgcatgtaagttactgcttcaaatctgatatgttctgcgtcttggaaatgtcaaaacttgttttag 316  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13215168 gacttataaagtcttactgtctttggaagatttgtgcatgtaagttactgcttcaaatctgatatgttctgcgtcttggaaatgtcaaaacttgttttag 13215069  T
Q  317 ttgcatttgaataatctttgaaccacctagtgctagctcacatctaattccaagactgtcaattgtgttggtccattgcaagtgcttgtaaatgtgtttc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13215068 ttgcatttgaataatctttgaaccacctagtgctagctcgcatctaattccaagactgtcaattgtgttggtccattgcaagtgcttttaaatgtgtttc 13214969  T
Q  417 tctagtgtgctagtaaatgtatttaactgcgcttaaataatctcttcttagagcatgcatttccatatggttgttttgcactttagtcagagattaaaga 516  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13214968 tctggtgtgctagtaaatgtatttaactgcgcttaaataatctcttcttagagcatgcatttccatatggttgttttgcactttagtcagagattaaaga 13214869  T
Q  517 tttatacaaagtgattatgattgtcatcatctttgaattccattacattttacatttatatgcaaaatcactgacacttgtctggaagctcatgatggtt 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13214868 tttatacaaagtgattatgattgtcatcatctttgaattccattacattttacatttatatgcaaaattactgacacttgtctggaagctcatgatggtt 13214769  T
Q  617 tttcatatctttgattacgttccagggacttgaaaaacacaaagaacgtagaaaaccttggaaaggaggttgctggcctcatggaatctggtgaaactcg 716  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13214768 tttcatatctttgattatgttccagggacttgaaaaacgcaaagaacgtagaaaaccttggaaaggaggttgctggcctcatggaatctggtgaaactcg 13214669  T
Q  717 cactcttgctgagtatatggaaaatgggtggagttttatggacaacctttggttattgcaccttccaagcaaaagcaagaatgatg 802  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13214668 cactcttgctgagtatatggaaaatgggtggagttttatggacaacctttggttattgcaccgtccaagcaaaagcaagaatgatg 13214583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University