View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1975_high_4 (Length: 408)

Name: NF1975_high_4
Description: NF1975
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1975_high_4
NF1975_high_4
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-386)||(31585690-31586071)
chr7 (4-380)||(31576283-31576653)
chr7 (2-398)||(31614815-31615205)
chr7 (4-398)||(31604949-31605337)
chr7 (1-395)||(31608540-31608928)
chr7 (1-395)||(31595337-31595725)
chr7 (1-398)||(31618550-31618941)
chr7 (9-379)||(31438593-31438957)
chr7 (37-379)||(33304745-33305083)
chr7 (16-379)||(31572420-31572774)
chr7 (1-379)||(31532645-31533014)
chr7 (1-379)||(31541302-31541671)
chr7 (159-273)||(32351742-32351856)
chr7 (318-362)||(32357255-32357299)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-398)||(52173868-52174259)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-371)||(15062948-15063303)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 386
Target Start/End: Original strand, 31585690 - 31586071
Alignment:
Q  1 tgatgcaggtactctagtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttataga 100  Q
    |||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  31585690 tgatgcaaatactctaaacctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcatatatagcattaggaaattggcttctataga 31585789  T
Q  101 tgaacttatccaatgatcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtga 200  Q
    | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31585790 taaacttacccaatgatcctttggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgatacaatgttgatgtgtga 31585889  T
Q  201 tgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcactt 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||       || ||||||||||||    
T  31585890 tgttctactaatgctagaaacttcatttatgaattcttctccatttcccttagtttcatttattactttcaccgccac------atgacgaccatcactt 31585983  T
Q  301 aaacttgcattgtacacaacaccatatcctccttgacctaattta--tctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctgtgtaact 386  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31585984 aaacatgctttgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctgtgtaact 31586071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 4 - 380
Target Start/End: Original strand, 31576283 - 31576653
Alignment:
Q  4 tgcaggtactctagtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttatagatga 103  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||  |||||||||||||    
T  31576283 tgcaagtactctagacctctagcaatgccaattgctatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacaaatagcgttaggaaattcacttttatagatga 31576382  T
Q  104 acttatccaatgatcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtgatgt 203  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  31576383 acttatccaatgatccattgggcatgaattcatatattagtgctcttttgtccacctcataacaaaagcctaaaagggacacaatgttcatgtgtgatgt 31576482  T
Q  204 tctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcacttaaa 303  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||      ||| ||||||||| |||||    
T  31576483 tcgactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcctttggattcatttattactttcaccgccac------ttgacgaccatcaattaaa 31576576  T
Q  304 cttgcattgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctgt 380  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31576577 cttgctttgtaaacaacaccatatcctccttggcctaatttatcccgaaatgagtttgtgatcctttttacttctgt 31576653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 2 - 398
Target Start/End: Original strand, 31614815 - 31615205
Alignment:
Q  2 gatgcaggtactctagtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttatagat 101  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||  ||||| |||||    
T  31614815 gatgcaagtactctagacctctagcgatgccaattgcaatttggaacaaagtgttccaattaaaatcacaaatagcattaggaaattcacttttgtagat 31614914  T
Q  102 gaacttatccaatgatcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtgat 201  Q
    |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||| ||    
T  31614915 gaaactatccaatgatcctttggacatgaattcatatattagtgctcttttgttcacctcataacaaaagcctaaaagggatacaatgttcatgtgtaat 31615014  T
Q  202 gttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcactta 301  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||       || ||||||||| |||    
T  31615015 gttcgactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttccctttgactcatttagtactttcaccgccac------atgacgaccatcaatta 31615108  T
Q  302 aacttgcattgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctgtgtaactgtatattcttgg 398  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  31615109 aacttgctttgtacacaacaccatatcctccttggcctaatttatctcggaaagagtttgttatcctttttacttctgtataactatatcttcttgg 31615205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 4 - 398
Target Start/End: Original strand, 31604949 - 31605337
Alignment:
Q  4 tgcaggtactctagtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttatagatga 103  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||  |||||||||||||    
T  31604949 tgcaagtactctagacctctagcaatgccaattgctatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacaaatagcgttaggaaattcacttttatagatga 31605048  T
Q  104 acttatccaatgatcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtgatgt 203  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  31605049 acttatccaatgatccattgggcatgaattcatatattagtgctcttttgtccacctcataacaaaagcctaaaagggacacaatgttcatgtgtgatgt 31605148  T
Q  204 tctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcacttaaa 303  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||      ||| ||||||||| |||||    
T  31605149 tcgactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcctttggattcatttattactttcaccgccac------ttgacgaccatcaattaaa 31605242  T
Q  304 cttgcattgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctgtgtaactgtatattcttgg 398  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||| |||||||||| |||| | ||||| ||| |||||||    
T  31605243 cttgctttgtaaacaacaccatatcctccttggcctaatttaactcggaaagagtttgttatcctttttatttctttataactatatcttcttgg 31605337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 31608540 - 31608928
Alignment:
Q  1 tgatgcaggtactctagtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttataga 100  Q
    ||||||| |||||| || |||||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |  ||||||   || |||||||    
T  31608540 tgatgcaagtactcgagacctctagcaatgccgatagcaacttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacaaacagcgtcaggaaatccactcttataga 31608639  T
Q  101 tgaacttatccaatgatcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtga 200  Q
    ||||||||||||  |||||| ||| |||| |||||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||    
T  31608640 tgaacttatccagggatcctttgggcatgtattcatatattagcgctcttttattcacctcataacaaaaacctaagagtgacacaatgttcaggtgtga 31608739  T
Q  201 tgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcactt 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||      ||| ||||||||  ||    
T  31608740 tgttctactgatgctagcaacttcatttatgaactcttccccatttccttttgactcgtttattactttcactgccac------ttgacgaccatccgtt 31608833  T
Q  301 aaacttgcattgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctgtgtaactgtatattct 395  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  31608834 aaacttgctttgtacacaacaccatatcctccatggcctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctgtataactgtatcttct 31608928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 31595337 - 31595725
Alignment:
Q  1 tgatgcaggtactctagtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttataga 100  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |  ||||||   ||||||||||    
T  31595337 tgatgcaagtactctaaacctctagcaatgccgatagcaatttggaacaaagtgttcgaatcaaaatcacaaacagcgtcaggaaatccacttttataga 31595436  T
Q  101 tgaacttatccaatgatcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtga 200  Q
    |||| || || | ||||||| ||| |||||| |||||||| | ||||||||| ||  |||| || ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31595437 tgaatttgtctagtgatcctttgggcatgaactcatatattagtgctcttttatttgcctcgtaacaataacctaaaagtgacacaatgttcatgtgtga 31595536  T
Q  201 tgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcactt 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||      ||| ||||||||  ||    
T  31595537 tgttctactgatgctagcaacttcatttatgaactcttccccatttccttttgactcgtttattactttcactgccac------ttgacgaccatccgtt 31595630  T
Q  301 aaacttgcattgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctgtgtaactgtatattct 395  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  31595631 aaacttgctttgtacacaacaccatatcctccgtggcctaatttatcacggaatgagtttgtgatcctttttacttctgcataactgtatcttct 31595725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Original strand, 31618550 - 31618941
Alignment:
Q  1 tgatgcaggtactctagtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttataga 100  Q
    ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||  ||||| ||||    
T  31618550 tgatgcaagtactctagacctttagcaatgccaattgcaattcgaaacaaagtgttccaatcaaaatcacaaatggcattaggaaattcacttttgtaga 31618649  T
Q  101 tgaacttatccaatgatcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtga 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |  |||||||||||| | || || ||| | |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  31618650 tgaacttatccaatgatcctttgggcatgaattcatatattagcgctcttttgttctcttcgtaacaatatcctaaaagcgacacaatgttcatatgtga 31618749  T
Q  201 tgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcactt 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||| |||||      ||| |||| || |  |    
T  31618750 tgtcctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttccctttgtctcgcttattactttcactgccac------ttgacgactattatat 31618843  T
Q  301 aaacttgcattgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctgtgtaactgtatattcttgg 398  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||  ||||||||||| |||| |||||||  ||||| ||| |||||||    
T  31618844 aaacttgctttgtagacaacaccataccctccttggcctaacttttctcgaaaatagtttgtgatcattttcacttctgcataactatatcttcttgg 31618941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 9 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 31438957 - 31438593
Alignment:
Q  9 gtactctagtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttatagatgaactta 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||   |||||||| |||||||||    
T  31438957 gtactctagtcctctagcaatgctaattgcaatatggaacattgtgttccaatccaaatcacaaatagcatttggaaatccacttttatatatgaactta 31438858  T
Q  109 tccaatgatcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtgatgttctac 208  Q
    || ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |  ||||||||| |||    
T  31438857 tctaatgacccattggacatgaattcatatatcaatgcacttttgttcttttcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgtgatgttttac 31438758  T
Q  209 taatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcacttaaacttgc 308  Q
    | ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||  | ||  |||||||||||||||| ||       || || ||||||  |||||||||    
T  31438757 ttatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtctcccttgcactcacttattactttcaccgcaac------atgacggccatcaggtaaacttgc 31438664  T
Q  309 attgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctg 379  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  31438663 tttgtacacaacaccatatcctccttgacccaacttatctcgaaatgagtttgtgaaccttttcacttctg 31438593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 37 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 33305083 - 33304745
Alignment:
Q  37 gcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttatagatgaacttatccaatgatcctctggacatgaattcat 136  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||| |||||||| |||||||  ||| ||   ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  33305083 gcaatttggtacattgtgttccaatccaaatcacaaatagcatcaggagatccacttatatggatgaacttatccaatgatcctttgggcatgaattcat 33304984  T
Q  137 atatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttga--tgtg---tgatgttctactaatgctagcaacttcatttatg 231  Q
    ||||||  ||||||||||||   ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |  ||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  33304983 atatcagagctcttttgttc---tcataacaaaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgtgacgtgacgttctactaatgctagcaacttcatttata 33304887  T
Q  232 aattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcacttaaacttgcattgtacacaacaccatatcctc 331  Q
    ||||||||||||||||||||  | || |||||||||||||| ||||||||       |||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33304886 aattcttctccatttcccttggactcttttattactttcactgccacttga------cgaccatcaggtaagcttgctttgtacacaacaccatatcctc 33304793  T
Q  332 cttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctg 379  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  33304792 cttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtcattctttttacttctg 33304745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 31572774 - 31572420
Alignment:
Q  16 agtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttatagatgaacttatccaatg 115  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||| || |||| ||||||||||| |||| ||| |  ||| | ||||||   |||||| |||||||||| || | ||    
T  31572774 agtcctctagctatgcctattgcaattcggtacaacgtgttccaatccaaattacaaagtgcactaggaaatccacttttaaagatgaacttgtctagtg 31572675  T
Q  116 atcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtgatgttctactaatgct 215  Q
    | ||  | | ||||||||||||||| | |||||||||||||   ||||| || || || |||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  31572674 aaccatttggcatgaattcatatattagtgctcttttgttc---tcataacagaaacccaaaagtgagacaatgttcacatgtgatgttctactaatgct 31572578  T
Q  216 agcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcacttaaacttgcattgtac 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||      ||| | |||||||  ||||||||| ||||||    
T  31572577 agcaacttcatttatgaattcttctccatctcccttagattcgtttattactttaaccgccac------ttgacaaccatcaggtaaacttgctttgtac 31572484  T
Q  316 acaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctg 379  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  31572483 acgacaccatatcctccttaacctaatttatctcgaaatgagtttgtcattcttttcacttctg 31572420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 379
Target Start/End: Original strand, 31532645 - 31533014
Alignment:
Q  1 tgatgcaggtactctagtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttataga 100  Q
    ||||||| ||| |||||||||  ||||||||| | |||||||||| |||| | ||||||||| |||  ||| |||||||  || ||    |||||   ||    
T  31532645 tgatgcaagtattctagtccttgagcaatgccgattgcaatttggtacaatgcgttccaatctaaactacaaatagcatcaggcaacccacttttgagga 31532744  T
Q  101 tgaacttatccaatgatcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtga 200  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||   ||||||||||| || |||||||| || ||||| |  |||||    
T  31532745 tgaatttatctaatgatcctctggacatgaattcatatattagtgctcttttgttc---tcatagcaaaaacccaaaagtgaaacgatgttcacatgtga 31532841  T
Q  201 tgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcactt 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||      ||  |||||||||  |    
T  31532842 tgttctactaatgcttgcaacttcatttgtgaattcttctctatttccctttgactcgtttattactttcaccgccac------ttcacgaccatcaggt 31532935  T
Q  301 aaacttgcattgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctg 379  Q
    ||  |||| ||||| || | |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  31532936 aagtttgctttgtaaaccataccatatcctccttgacccaatctgtctcgaaatgagtttgtcattcttttcacttctg 31533014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 379
Target Start/End: Original strand, 31541302 - 31541671
Alignment:
Q  1 tgatgcaggtactctagtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttataga 100  Q
    ||||||| ||| |||||||||| |||||| || | |||||||||| |||| || |||||||| |||  ||| |||||||   |||||   ||||||   |    
T  31541302 tgatgcaagtattctagtcctcgagcaattccgattgcaatttggtacaatgtcttccaatccaaactacaaatagcatcatgaaatccacttttaagaa 31541401  T
Q  101 tgaacttatccaatgatcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtga 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||| || ||| |||||||| | |||||||||||||   ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |  |||||    
T  31541402 tgaacttatccaatgatcctttgggcaagaactcatatattagtgctcttttgttc---tcataacaaaatcccaaaagtgagacaatgttcacatgtga 31541498  T
Q  201 tgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcactt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || ||||| | |||||| || ||      ||| |||||||||  |    
T  31541499 tgttctactaatgctagcaacttcatttatgaaatcttctccatttcccttagactcatttataattttcactgctac------ttgacgaccatcaggt 31541592  T
Q  301 aaacttgcattgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctg 379  Q
    ||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||| |||||||    
T  31541593 aagtttgctttgtaaacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaacgagtttgtcatttttttcacttctg 31541671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 159 - 273
Target Start/End: Original strand, 32351742 - 32351856
Alignment:
Q  159 ctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtgatgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcg 258  Q
    |||||| ||||| || |||||||| |||||||| |  ||||| |||||| |||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||| ||||||| | ||     
T  32351742 ctcataacaaaaacccaaaagtgaaacaatgttcacatgtgaggttctagtaattctatctacttcatttatgaaatcttttccatctccctttgaatca 32351841  T
Q  259 tttattactttcacc 273  Q
    ||||||| |||||||    
T  32351842 tttattattttcacc 32351856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 318 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 32357299 - 32357255
Alignment:
Q  318 aacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgt 362  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  32357299 aacaccaaatccttcttcacctaatttatctcgaaataagtttgt 32357255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 52174259 - 52173868
Alignment:
Q  1 tgatgcaggtactctagtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttataga 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |  | ||||   ||||||||||    
T  52174259 tgatgcaagtactctagtcctttagcaatgccaattgcaatttggaacaaagtgttccaattaaaatcacaaacagcttcagaaaatccacttttataga 52174160  T
Q  101 tgaacttatccaatgatcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtga 200  Q
    |||||| |||||||||||||  |  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  52174159 tgaactgatccaatgatccttggcgcatgaattcatatattagtgctcttttgttcacctcataacaatagcctaaaagtgacacaatgttcacgtgtga 52174060  T
Q  201 tgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcactt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||||||| || |||||      ||| |||||||||  |    
T  52174059 tgttctactaatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatccccctttaactcgtttattactttaacagccac------ttgacgaccatcaggt 52173966  T
Q  301 aaacttgcattgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttttacttctgtgtaactgtatattcttgg 398  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||| | ||||| ||| |||||||    
T  52173965 aaacttgctttgtatacaacaccatatcctccttggcctaatttatctcggaaagattttgtgatcctttttatttctctataactatatcttcttgg 52173868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 131; Significance: 8e-68; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 15063303 - 15062948
Alignment:
Q  10 tactctagtcctctagcaatgccaactgcaatttggaacaaagtgttccaatcaaaatcacatatagcatttggaaattggcttttatagatgaacttat 109  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| | | |||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||   ||||| || ||||||||||    
T  15063303 tactctagacctcgagcaatgccaattacgatttggaataatgtgttccaatccaaatcacaaatagcatttggaaatccacttttgtatatgaacttat 15063204  T
Q  110 ccaatgatcctctggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcacctcatagcaaaagcctaaaagtgacacaatgttgatgtgtgatgttctact 209  Q
    | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| || |||||||| |||| ||| || ||||||||| |  |    
T  15063203 ctaatgatccattggacatgaattcatatatcaatgctcttttgttcttctcataacaaaaacccaaaagtgaaacaacgttcatatgtgatgtttttgt 15063104  T
Q  210 aatgctagcaacttcatttatgaattcttctccatttcccttttattcgtttattactttcaccgccacttgtggttgtcgaccatcacttaaacttgca 309  Q
     ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  | ||| |||| ||||||||||| ||       || || ||||||  |||||| ||     
T  15063103 tatgcttgcaacttcatttataaattcttctccgtttcccttgcactcgcttatcactttcaccgctac------atgacggccatcaggtaaactggct 15063010  T
Q  310 ttgtacacaacaccatatcctccttgacctaatttatctcgaaatgagtttgtgatcctttt 371  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  15063009 ttgtaaacaacaccatatcctccttggcccaacttatctcgaaacgagtttgtgaacctttt 15062948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University