View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19762_low_1 (Length: 928)

Name: NF19762_low_1
Description: NF19762
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19762_low_1
NF19762_low_1
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-912)||(31181550-31182468)
chr7 (319-912)||(31138157-31138753)
chr7 (388-911)||(31100849-31101375)
chr7 (388-903)||(31056411-31056932)
chr7 (426-738)||(31213671-31213983)
chr7 (68-112)||(31181523-31181567)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 832; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 832; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 912
Target Start/End: Original strand, 31181550 - 31182468
Alignment:
Q  1 aaaatttgagaaagacttgggaaattttgcaataaaaatatgacttcaaaatttgtaataatgttcccttagagcaatagaaaaatatgaccataaaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31181550 aaaatttgagaaagacttgggaaattttgcaataaaaatatgactttaaaatttgtaataatgttcccttagagcagtagaaaaatatgaccataaaatt 31181649  T
Q  101 tgaggaagacttttgaccaacaagtttaacatagtctcattttcacacatactgtgtacccattatttccaatagaaaatatattcccacagccacatgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31181650 tgaggaagacttttgaccaacaagtttaacatagtctcattttcacacatactgtgtacccattattaccaatagaaaatatattcccacagccacatgg 31181749  T
Q  201 nnnnnnnnnnnatacaattgctattcacacatagtcatactttgctttatcaaacttataaatatacagatccctgaaaaattcataaatcatctaacaa 300  Q
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31181750 tttttttttttatacaattgctattcacacatagtcatactttgctttatcaaacttataaatatacagatccctgaaaaattcataaatcatctaacaa 31181849  T
Q  301 tattcattagaaaaa-------ctacttgaataatggcactatccacattcatcatgattctgttcataattttgttcacttcatggccacaagctgtag 393  Q
    ||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31181850 tattcattagaaaacaatccatctacttgaataatggcactatccacattcatcatgattctgttcataattttgttcacttcatggccacaagctgtag 31181949  T
Q  394 ctcaagacagtgaagcaaaatcagcactattaaaatggaaaaatagctttgacaatccaagtcaagctctcttgccaacttggaaaaataccacaaatcc 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31181950 ctcaagacagtgaagcaaaatcagcactattaaaatggaaaaatagctttgacaatccaagtcaagctctcttgccaacttggaaaaataccacaaatcc 31182049  T
Q  494 atgcagatggcaaggaattcattgtgacaagtccaattcaattactaccataaaccttgaaagttttggactaaaaggtacacttgactctctcacattt 593  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31182050 atgcagatggcaaggaattcattgtgacaagtccaattcaattactaccataaaccttgaaagtttaggactaaaaggtacacttcactctctcacattt 31182149  T
Q  594 tcttcattcacaaacctcacaaccctaaatatctatgataacaacttttatggaaccattcctccacaaattggtaacctctcaaaaataaattcattga 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31182150 tcttcattcacaaacctcacaaccctaaatatctatgataacaacttttatggaaccattcctccacaaattggtaacctctcaaaaataaattcattga 31182249  T
Q  694 atttttctcgaaatcctattgatggttccatccctcaagaaatgttcaccttaaaaagtttacaaaatattgattttttgtattgtaaattaagtggagc 793  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31182250 atttttctcgaaatcctattgatggttccatccctcaagaaatgttcaccttaaaaagtttacaaaatattgattttttgtattgtaaattaagtggagc 31182349  T
Q  794 aattcctaattccataggaaatttaaccaacctattgtatctagatttaggaggcaacaatttcgttggcactcctattcctcctgagattggaaaattg 893  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31182350 aattcctaattccataggaaatttaaccaacctattgtatctagatttaggaggcaacaatttcgttggcactcctattcctcctgtgattggaaaattg 31182449  T
Q  894 aacaaattatggtttctat 912  Q
    |||||||||||||||||||    
T  31182450 aacaaattatggtttctat 31182468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 319 - 912
Target Start/End: Original strand, 31138157 - 31138753
Alignment:
Q  319 cttgaataatggcactatccacattcatcatgattctgttcataattttgttcac---ttcatggccacaagctgtagctcaagacagtgaagcaaaatc 415  Q
    ||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||  ||||||| ||| ||||||    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||      
T  31138157 cttgaataagggcagtatccactttcattatgatcatgttcattattctgttcatgatttcatggccacaagctgtagctgaagatagtgaagcacaa-- 31138254  T
Q  416 agcactattaaaatggaaaaatagctttgacaatccaagtcaagctctcttgccaacttggaaaaataccacaaatccatgcaga---tggcaaggaatt 512  Q
     ||  | |||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |   ||| ||||||||    
T  31138255 -gctttgttaaaatggaaacatagctttgacaaccaaagccagtctctcttgtcaacttggaaaaataccacaaatacatgcacaaaatggaaaggaatt 31138353  T
Q  513 cattgtgacaagtccaattcaattactaccataaaccttgaaagttttggactaaaaggtacacttgactctctcacattttcttcattcacaaacctca 612  Q
      ||||||||| || || || ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||     
T  31138354 ttttgtgacaactcgaaatccatttctaccataaaccttgaaaattttggactaaaaggtacacttcactctctcactttttcttcattctcaaatctcc 31138453  T
Q  613 caaccctaaatatctatgataacaacttttatggaaccattcctccacaaattggtaacctctcaaaaataaattcattgaatttttctcgaaatcctat 712  Q
     ||| ||||| || ||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  31138454 aaacactaaacatttacaataactacttttatggaaccattcccccacaaattggtaacatctcaaaaataaatacattgaatttttctctaaatcctat 31138553  T
Q  713 tgatggttccatccctcaagaaatgttcaccttaaaaagtttacaaaatattgattttttgtattgtaaattaagtggagcaattcctaattccatagga 812  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31138554 tgatggttccatccctcaagaaatgttcacattaaaaagtttacaaaatattgatttttccttttgtaaactaagtggagcaattcctaattccatagga 31138653  T
Q  813 aatttaaccaacctattgtatctagatttaggaggcaacaatttcgttggcactcctattcctcctgagattggaaaattgaacaaattatggtttctat 912  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31138654 aatttatccaacctattgtatctagatttaggaggcaacaatttcgttggcactcctattcctcctgagattggaaaattgaacaaattatggtttctat 31138753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 388 - 911
Target Start/End: Original strand, 31100849 - 31101375
Alignment:
Q  388 ctgtagctcaagacagtgaagcaaaatcagcactattaaaatggaaaaatagctttgacaatccaagtcaagctctcttgccaacttggaaaaataccac 487  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||||||| | |||||||  | ||||| |||||||||||||||||||    
T  31100849 ctgtggctgaagacagtgaagcaaaattagcactcttaaaatggaaagctagctttgacaaccaaagtcaaagtatcttgtcaacttggaaaaataccac 31100948  T
Q  488 aaatccatgcag---atggcaaggaattcattgtgacaagtccaattcaattactaccataaaccttgaaagttttggactaaaaggtacacttgactct 584  Q
    ||||||||||||   ||||  ||||||| | |||||||| ||||||   ||| |||||||| | |||| || ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  31100949 aaatccatgcagcaaatggagaggaattgagtgtgacaaatccaatctcatttctaccatagatcttgcaaatttaggactaaaaggtacacttcactct 31101048  T
Q  585 ctcacattttcttcattcacaaacctcacaaccctaaatatctatgataacaacttttatggaaccattcctccacaaattggtaacctctcaaaaataa 684  Q
    ||||| || ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| |||||    
T  31101049 ctcaccttctcttcattccccaacctcataaccctaaatatctataacaaccacttttatggaaccattcctccacaaataggtaacttgtcaagaataa 31101148  T
Q  685 attcattgaatttttctcgaaatcctattgatggttccatccctcaagaaatgttcaccttaaaaagtttacaaaatattgattttttgtattgtaaatt 784  Q
    || |||||||||||||   ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| || |  |||||| ||    |||||||||| | ||||| | |    
T  31101149 atacattgaatttttcaaaaaatcctattattggttccatccctcaagaaatgtacacattgaggagtttaaaaggccttgattttttcttttgtacact 31101248  T
Q  785 aagtggagcaattcctaattccataggaaatttaaccaacctattgtatctagatttaggaggcaacaatttcgttggcactcctattcctcctgagatt 884  Q
    |||||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||   |||   ||| |||||||||||||||    
T  31101249 aagtggagaaattgataaatccataggaaatttaaccaacctatcatatctagatttaggaggtaacaatttttctggtggtcccattcctcctgagatt 31101348  T
Q  885 ggaaaattgaacaaattatggtttcta 911  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  31101349 ggaaaattgaagaaattaaggtatcta 31101375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 388 - 903
Target Start/End: Original strand, 31056411 - 31056932
Alignment:
Q  388 ctgtagctcaagacagtgaagcaaaatcagcactattaaaatggaaaaatagctttgacaatccaagtcaagctctcttgccaacttggaaaaataccac 487  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| | | ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  31056411 ctgttgctgaagatagtgaagcaaaattagcactattgaaatggaaagatagctttgacgaccaaagtcaaactctcttgtcaacttggaaaaataacac 31056510  T
Q  488 aaatccatg------cagatggcaaggaattcattgtgacaagtccaattcaattactaccataaaccttgaaagttttggactaaaaggtacacttgac 581  Q
    |||||||||      || ||||  ||||||| | |||||||| |||||||  ||| ||||||||   |||| || ||| ||| |||||||||||||| ||    
T  31056511 aaatccatgcaaacccaaatggagaggaattaagtgtgacaaatccaatttcatttctaccataggtcttgcaaatttaggattaaaaggtacacttcac 31056610  T
Q  582 tctctcacattttcttcattcacaaacctcacaaccctaaatatctatgataacaacttttatggaaccattcctccacaaattggtaacctctcaaaaa 681  Q
    |||||||| || ||||||||  | ||||||   |   || | |||  | | |||  ||||||||||||||| ||  |||| ||||||||| | ||||| |    
T  31056611 tctctcaccttctcttcatttcccaacctccttatgatagacatccgtaacaactccttttatggaaccatccccgcacagattggtaacttgtcaaaca 31056710  T
Q  682 taaattcattgaatttttctcgaaatcctattgatggttccatccctcaagaaatgttcaccttaaaaagtttacaaaatattgattttttgtattgtaa 781  Q
    ||| |   |||| ||||      |||  | |||||||||||||||| ||||||||||  || |||| | ||||||||    ||||| |||  | ||||||    
T  31056711 taagtattttgacttttaaaaataattattttgatggttccatcccccaagaaatgtgtacattaacaggtttacaattccttgatatttccttttgtaa 31056810  T
Q  782 attaagtggagcaattcctaattccataggaaatttaaccaacctattgtatctagatttaggaggcaacaatttcgttggcactcctattcctcctgag 881  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||    |||    |||||||||||||||    
T  31056811 attaaatggagcaattcctaaatccataggaaacttaaccaacctatcatatcttattttaggaggcaacaattggtctggtggacctattcctcctgag 31056910  T
Q  882 attggaaaattgaacaaattat 903  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||    
T  31056911 attggtaaattaaacaatttat 31056932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 426 - 738
Target Start/End: Original strand, 31213671 - 31213983
Alignment:
Q  426 aaatggaaaaatagctttgacaatccaagtcaagctctcttgccaacttggaaaaataccacaaatccatgcagatggcaaggaattcattgtgacaagt 525  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |  || ||||||||  || ||||||||| ||  || || | ||||||||  ||| |||||||||| |||||||| |    
T  31213671 aaatggaaagatagctttgacaaccacagccaagctctgctgtcaacttggacaagaactacgagtccatgcaactgggaaggaattcaatgtgacaaat 31213770  T
Q  526 ccaattcaattactaccataaaccttgaaagttttggactaaaaggtacacttgactctctcacattttcttcattcacaaacctcacaaccctaaatat 625  Q
    |||| || ||  |||||||||| |||| || || |||||||||||||| |||  || |||| |  || || |||||| | ||||||   | |||||||||    
T  31213771 ccaaatccatctctaccataaatcttgcaaattatggactaaaaggtaaactccacactcttagtttctcatcattccccaacctcctcatcctaaatat 31213870  T
Q  626 ctatgataacaacttttatggaaccattcctccacaaattggtaacctctcaaaaataaattcattgaatttttctcgaaatcctattgatggttccatc 725  Q
    ||   | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||||| |||||||||||||   ||||||||||  ||||||||||    
T  31213871 cttcaacaacaacttttatgggaccattcctccacaaataggtaacttgtcaagaataaatacattgaatttttcaaaaaatcctattattggttccatc 31213970  T
Q  726 cctcaagaaatgt 738  Q
    |||  ||||||||    
T  31213971 cctatagaaatgt 31213983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 68 - 112
Target Start/End: Original strand, 31181523 - 31181567
Alignment:
Q  68 cttagagcaatagaaaaatatgaccataaaatttgaggaagactt 112  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31181523 cttagagcaatggaaaaatatgaccataaaatttgagaaagactt 31181567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University