View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19762_low_2 (Length: 867)

Name: NF19762_low_2
Description: NF19762
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19762_low_2
NF19762_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-862)||(53703961-53704803)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 819; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 819; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 53704803 - 53703961
Alignment:
Q  20 gtgtgatgatttcatagctaaaattgtattttcaacaagcccttcgcttagcgatgaattcgttgcacttgctattgttgatgtttatagttgtaataat 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  53704803 gtgtgatgatttcatagctaaaattgtattgtcaacaagcccttcgcttagcgatgaattcgttgcacttgctattgttgatggttatagttgtaataat 53704704  T
Q  120 ctggctttctgtaaaaaaggttatgattcttggattttcctaaccaaaaagaatgattactatttttgggaagatgttgtgtattacaatggattgtttt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53704703 ctggctttctgtaaaaaaggttatgattcttggattttcctaaccaaaaagaatgattactatttttgggaagatgttgtgtattacaatggattgtttt 53704604  T
Q  220 atgctgtcagcaaaggaggaacaattgctgtgtgcgatgttaatagtcatcgagtttccatttttcagatgacggtgcctgttcaattctccggggatat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53704603 atgctgtcagcaaaggaggaacaattgctgtgtgcgatgttaatagtcatcgagtttccatttttcagatgacggtgcctgttcaattctccggggatat 53704504  T
Q  320 tcactatgtggtgttctctggtgaggatatgttgttggtaaatcggattttggaagaggatttttcggatgaacccaattatgatatgcttgtgtatagg 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53704503 tcactatgtggtgttctctggtgaggatatgttgttggtaaatcgggttttggaagaggatttttcggatgaacccaattatgatatgcttgtgtatagg 53704404  T
Q  420 acggtgggatttacggtttttaagatggattggaatgccatggcatggaatagaattgaagcgttgggtgataaggctttgtttgttggggtgaattctt 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53704403 acggtgggatttacggtttttaagatggattggaatgccatggcatggaatagaattgaagcgttgggtgataaggctttgtttgttggggtgaattctt 53704304  T
Q  520 caatgtgtttttctgctggtgattttgtaggatgttgtggagattgtatctatttcacggatgattattcagagggtaatcatgatgatgcttgtgggaa 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  53704303 caatgtgtttttctgctggtgattttgtaggatgttgtggagattgtatctatttcacggatgattattcagaggataatcatgatgatgcttgtgggaa 53704204  T
Q  620 acatgattttggcatctttagattatatgatgggatcattgacccgctattgcccagttattctcgaaattcatattctctgttagaatgcccacttcca 719  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  53704203 acatgattttggcatctttagattatatgatgggatcattgacccgctattgcccagttattctcgaaattcatattctcggttagaatgcccacttcca 53704104  T
Q  720 atttggatttcgccaaatccttgctaagttgtgtaagttactaagtttagctgcctgtgtttatcagtgtcttatttaggccaatttccaaatgtgctgt 819  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53704103 atttggatttcgccaaatccttgctaagttgtgtaagttactaagtttagctgcctgtgtttatcagtgtcttatttaggccaatttccaaatgtgctgt 53704004  T
Q  820 tcaaaagattgccttattgttgtatcgtgtatattcatctcac 862  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  53704003 tcaaaagattgccttattgttgtatcgtgtatattcatgtcac 53703961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University