View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19763_high_3 (Length: 556)

Name: NF19763_high_3
Description: NF19763
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19763_high_3
NF19763_high_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (16-549)||(32331203-32331736)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (16-549)||(37916913-37917462)
chr4 (16-413)||(33834295-33834704)
chr4 (16-177)||(27519044-27519205)
chr4 (435-549)||(33834706-33834820)
chr4 (16-261)||(7566786-7567023)
chr4 (16-104)||(23298956-23299044)
chr4 (56-102)||(37076501-37076547)
chr4 (16-76)||(27464405-27464465)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (16-506)||(18416581-18417087)
chr1 (16-193)||(19937312-19937489)
chr1 (269-430)||(52963904-52964065)
chr1 (59-243)||(52963682-52963862)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (284-474)||(37000616-37000804)
chr8 (16-76)||(37000334-37000394)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (16-261)||(8984320-8984557)
chr7 (56-108)||(42357794-42357846)
[»] scaffold0411 (1 HSPs)
scaffold0411 (357-439)||(9892-9974)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (479-527)||(55250384-55250432)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 458; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 32331736 - 32331203
Alignment:
Q  16 aaaatatgttcttgatatcttgaaagagacatggattcttgattgtaaaccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttctacataatcaagga 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32331736 aaaatatgttcttgatatcttgaaagagacatggattcttgattctaatccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttctacataatcaagga 32331637  T
Q  116 gagccatctcctaacctaggcagatagatgaggttagttgggaaaccgaattatcttactatgaccagaccatatattccgttttctgttggtgttgtga 215  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  32331636 gagccatatcctaacctaggcagatagatgaggttagttgggaaaccgaattatcttactatgaccagaccgtatatttcgttttctgttggtgttgtga 32331537  T
Q  216 atgtatttataaactcaccttgtgatagtaattggaatgacgtggtttggaaaggtcacttgggaaatgacttgtttatttcgagagaggccataccaac 315  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32331536 atctatttataaactcaccttgtgatagtaattggaatgtcgtggttcggaaaggtcacttgggaaatgacttgtttatttcgacagaggccataccaac 32331437  T
Q  316 attgttgtatattcaaatccagattgggaagatgatgttattgatagaagatcaacatcaagttattgtattttgattggaggaaacttaatctcatgga 415  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32331436 attgttgtatattcaaatgcagattgggaagatgatgttattgatagaagatcaacatcaagttattgtattttgattggaggaaacttaatctcatgga 32331337  T
Q  416 ggagtaaaaagcaaaccgttgttgcaaggtcaagtacagagacagagtagcgtgctatgtcctacactacctgtgaacttttatggttgaaacatttatt 515  Q
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||    
T  32331336 aaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtacagagatagagtagtgtgctatgtcctacactaccagtgaacttttatggttgaactatttatt 32331237  T
Q  516 acaagagttgaaaatttatgagcttggccctatg 549  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32331236 acaagagttgaaattttatgagcttggccctatg 32331203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 7e-69; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 16 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 37917462 - 37916913
Alignment:
Q  16 aaaatatgttcttgatatcttgaaagagacatggattcttgattgtaaaccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttctacataatcaagga 115  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||   || || || |||||||||||| |||| |||||||||    
T  37917462 aaaatacgttcttgatattttggaagagacagtgatgcttgattgtaaatcagttgatactcatatggaccccaatgtgaagcttttacagaatcaagga 37917363  T
Q  116 gagccatctcctaacctaggcagatagatgaggttagttgggaaaccgaattatcttactatgaccagaccatatattccgttttctgttggtgttgtga 215  Q
    ||    | |||| ||| | ||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  37917362 gatttgtatcctgacccaagcagatacagaaggttagttgggaaactgaattatcttactatgactagaccagatatttcgtttgctgttagtgttgtga 37917263  T
Q  216 atgtatttataaactcaccttgtgatagtaattggaatgacgtggtttgga----------------aaggtcacttgggaaatgacttgtttatttcga 299  Q
     |  |||| | |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||                | |||||| ||| ||| ||||||||||||  ||    
T  37917262 gtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctggaaaaggacttgtttattcaga 37917163  T
Q  300 gagaggccataccaacattgttgtatattcaaatccagattgggaagatgatgttattgatagaagatcaacatcaagttattgtattttgattggagga 399  Q
     ||| | | || ||| ||||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||| | |||||||||||| || ||| |||||||| || |||| ||||||    
T  37917162 cagaagacgtatcaatattgttggatattcagatgcagattgggcagatgatgtgaatgatagaagatctacttcaggttattgtgttctgatgggagga 37917063  T
Q  400 aacttaatctcatggaggagtaaaaagcaaaccgttgttgcaaggtcaagtacagagacagagtagcgtgctatgtcctacactacctgtgaacttttat 499  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||   ||||| |||| |||| |  |  |||| |||||||||||||    
T  37917062 aacttaatttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtactgaggtggagtatcgtgttatggcacatgctacttgtgaacttttat 37916963  T
Q  500 ggttgaaacatttattacaagagttgaaaatttatgagcttggccctatg 549  Q
    ||||||| || || ||  ||||||||||| ||| ||| || || ||||||    
T  37916962 ggttgaagcacttgttggaagagttgaaattttgtgaactaggtcctatg 37916913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 413
Target Start/End: Original strand, 33834295 - 33834704
Alignment:
Q  16 aaaatatgttcttgatatcttgaaagagacatggattcttgattgtaaaccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttctacataatcaagga 115  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | || || || |||||||||||| |||| |||||||||    
T  33834295 aaaatacgttcttgatattttggaagagacagggatgcttgattgtaaaccagttgatactcctatggaccccaatgtgaagcttttacagaatcaagga 33834394  T
Q  116 gagccatctcctaacctaggcagatagatgaggttagttgggaaaccgaattatcttactatgaccagaccatatattccgttttctgttggtgttgtga 215  Q
    ||    | |||| ||| |||||||||    |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  33834395 gatttgtatcctgacccaggcagata----aggttagttgggaagctgaattatcttactatgactagaccagatatttcgtttgctgttagtgttgtga 33834490  T
Q  216 atgtatttataaactcaccttgtgatagtaattggaatgacgtggtttgg----------------aaaggtcacttgggaaatgacttgtttatttcga 299  Q
     |  |||| | |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||                || |||| | ||| ||| |||||||||||| |||    
T  33834491 gtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcgcctggaaaaggacttgtttattccga 33834590  T
Q  300 gagaggccataccaacattgttgtatattcaaatccagattgggaagatgatgttattgatagaagatcaacatcaagttattgtattttgattggagga 399  Q
     ||||| |||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||| || |||||| | |||||||||||| || ||| |||||||| || | || ||||||    
T  33834591 cagaggacataccaatattgttggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctacttcaggttattgtgttctaatgggagga 33834690  T
Q  400 aacttaatctcatg 413  Q
    |||||||| |||||    
T  33834691 aacttaatttcatg 33834704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 16 - 177
Target Start/End: Original strand, 27519044 - 27519205
Alignment:
Q  16 aaaatatgttcttgatatcttgaaagagacatggattcttgattgtaaaccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttctacataatcaagga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| || |||||||||||||||| |||| |  | || | ||||||||||||| |||| ||||| |||    
T  27519044 aaaatatgttcttgatatcttgggagaaacatggatgctcgattgtaaaccagttgctactcctttggaccataatgtgaagcttttacaaaatcatgga 27519143  T
Q  116 gagccatctcctaacctaggcagatagatgaggttagttgggaaaccgaattatcttactat 177  Q
    |||   | |||| | | || |||||| | |||| |||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  27519144 gagtggtatcctgatccagacagatacaggaggctagttgtgaaactgaattatctcactat 27519205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 435 - 549
Target Start/End: Original strand, 33834706 - 33834820
Alignment:
Q  435 tgttgcaaggtcaagtacagagacagagtagcgtgctatgtcctacactacctgtgaacttttatggttgaaacatttattacaagagttgaaaatttat 534  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||| |  |  |||| ||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||| |    
T  33834706 tgttgcaaggtcaagtactgaggcggagtatcgtgctatggcacatgctacttgtgaacttttatggttgaaacacttgttggaagagttgaaattttgt 33834805  T
Q  535 gagcttggccctatg 549  Q
    || || || ||||||    
T  33834806 gaactaggtcctatg 33834820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 7567023 - 7566786
Alignment:
Q  16 aaaatatgttcttgatatcttgaaagagacatggattcttgattgtaaaccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttctacataatcaagga 115  Q
    |||||| ||||| |||||||   |||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||| |||| || || |||||||||||| ||        ||||    
T  7567023 aaaatacgttctcgatatctatgaagagaca-ggatgcttgagtgtaaactagttgatactcccatggaccccaatgtgaagctttta--------agga 7566933  T
Q  116 gagccatctcctaaccta-ggcagatagatgaggttagttgggaaaccgaattatcttactatgaccagaccatatattccgttttctgttggtgttgtg 214  Q
    ||||| | |||||||| | |||| ||| | ||||||  ||||||  | ||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||  || | ||||||||    
T  7566932 gagccgtatcctaacccaaggcacatacaggaggttgattgggaggctgaattatctcactatgactagaccagatatttcgtttgatggtagtgttgtg 7566833  T
Q  215 aatgtatttataaactcaccttgtgatagtaattggaatgacgtggt 261  Q
    | |  | || | |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  7566832 agtcaacttctgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggt 7566786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 23299044 - 23298956
Alignment:
Q  16 aaaatatgttcttgatatcttgaaagagacatggattcttgattgtaaaccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttctac 104  Q
    ||||||||||||||| |||||| |  ||||| | || | |||||||||| |||||||| || | || |||||||||||||| |||||||    
T  23299044 aaaatatgttcttgacatcttggagaagacaagaatgcctgattgtaaatcagttgatgctcctatggaacctaatgtgaaacttctac 23298956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 56 - 102
Target Start/End: Original strand, 37076501 - 37076547
Alignment:
Q  56 gattgtaaaccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttct 102  Q
    ||||||||||||||||||||| | || || |||||||||||||||||    
T  37076501 gattgtaaaccagttgatactcctatggatcctaatgtgaagcttct 37076547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 27464465 - 27464405
Alignment:
Q  16 aaaatatgttcttgatatcttgaaagagacatggattcttgattgtaaaccagttgatact 76  Q
    |||||||||| || |||||||| |||| ||| |||| || |||||||||||| ||||||||    
T  27464465 aaaatatgtttttcatatcttggaagaaacaaggatgctcgattgtaaaccaattgatact 27464405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 18417087 - 18416581
Alignment:
Q  16 aaaatatgttcttgatatcttgaaagagacatggattcttgattgtaaaccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttctacataatcaagga 115  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| | ||  | || |||||||||||| |||| |||||||||    
T  18417087 aaaatacgttcttgatattttggaagagatagggatgcttgattgtaaaccagttgatactcctatgaaccccaatgtgaagcttttacagaatcaagga 18416988  T
Q  116 gagccatctcctaacctaggcagatagatgaggttagttgggaaaccgaattatcttactatgaccagaccatatattccgttttctgttggtgttgtga 215  Q
    ||    | |||| ||| ||| ||||| |  || ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||  |||| |||||||||    
T  18416987 gatttgtatcctgacccaggaagatacagaagtttagttgggaagctgaattatcttactatgactagaccagatatttcgtttgatgttagtgttgtga 18416888  T
Q  216 atgtatttataaactcaccttgtgatagtaattggaatgacgtggtttgga----------------aaggtcacttgggaaatgacttgtttatttcga 299  Q
     |  |||| | |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |                | |||||| ||| ||| ||||||||||||   |    
T  18416887 gtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggtttgaatcttgaggtatattaaagggtcacctggaaaaggacttgtttattcata 18416788  T
Q  300 gagaggccataccaacattgttgtatattcaaatccagattgggaagatgatgttattgatagaagatcaacatcaagttattgtattttgattggagga 399  Q
     ||||| |||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||| || |||||| | |||||||||||| || ||| |||||||| || | || ||||||    
T  18416787 cagaggacataccaatattgttggatattcatatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctacttcaggttattgtgttctaatgggagga 18416688  T
Q  400 aacttaatctcatggaggagtaaaaagcaaaccgttgttgcaaggtcaagtacagagacagagtagcgtgctatgtcctacactacctgtgaacttttat 499  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||| |  |  |||| |||||||||||||    
T  18416687 aacttaatttcatggaaaagtaaaaagaaaactgttgttgcaaggtcaagtactgaggcggagtatcgtgctatgacacatgctacttgtgaacttttat 18416588  T
Q  500 ggttgaa 506  Q
    | |||||    
T  18416587 gattgaa 18416581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 19937489 - 19937312
Alignment:
Q  16 aaaatatgttcttgatatcttgaaagagacatggattcttgattgtaaaccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttctacataatcaagga 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| || |||||||||||||||   |||||  |     
T  19937489 aaaatatgttcttgatatcttggaagaaacaaggatgcttgattgtaaaccggttgatactcctatagatcccaatgtgaagcttctatggaatcagcgg 19937390  T
Q  116 gagccatctcctaacctaggcagatagatgaggttagttgggaaaccgaattatcttactatgaccagaccatatatt 193  Q
    ||||||| ||  |||| | ||| ||| |  |||||||||| ||||| |||| | || |||||||| | ||||||||||    
T  19937389 gagccatatctgaacccatgcaaatacagaaggttagttgagaaactgaatcacctcactatgacaaaaccatatatt 19937312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 269 - 430
Target Start/End: Original strand, 52963904 - 52964065
Alignment:
Q  269 ggtcacttgggaaatgacttgtttatttcgagagaggccataccaacattgttgtatattcaaatccagattgggaagatgatgttattgatagaagatc 368  Q
    |||||| ||| ||| ||||| ||||||  || |||||||||| ||| ||||||| ||||||| || ||||||| | || |||||||| |||||||| |||    
T  52963904 ggtcacctggaaaaggacttatttattcagacagaggccataacaatattgttggatattcagatgcagattgagcaggtgatgttaatgatagaatatc 52964003  T
Q  369 aacatcaagttattgtattttgattggaggaaacttaatctcatggaggagtaaaaagcaaa 430  Q
     |  ||| |||||||| |||| || |||||||||||||| ||||||   |||||||||||||    
T  52964004 tagttcaggttattgtgttttaatgggaggaaacttaatttcatgggaaagtaaaaagcaaa 52964065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 243
Target Start/End: Original strand, 52963682 - 52963862
Alignment:
Q  59 tgtaaaccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttctacataatcaaggagagccatctcctaacctaggcagatagatgaggttagttggga 158  Q
    |||||||||||||||||| | || || || |||||||||||| |||  ||||||| ||||   | | |||||| ||||    ||||||||||||||||||    
T  52963682 tgtaaaccagttgatactcctatggaccccaatgtgaagcttttactgaatcaagtagagttgtattctaacccaggc----agatgaggttagttggga 52963777  T
Q  159 aaccgaattatcttactatgaccagaccatatattccgttttctgttggtgttgtgaatgtatttataaactcaccttgtgatag 243  Q
    | | ||||||||| |||  ||| |||||| ||| |  ||||  |||| ||||||| | |  |||| | |||||||||||||||||    
T  52963778 agctgaattatctcactgcgactagaccagatactttgtttgttgttagtgttgtaagtcaatttctgaactcaccttgtgatag 52963862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 284 - 474
Target Start/End: Original strand, 37000616 - 37000804
Alignment:
Q  284 gacttgtttatttcgagagaggccataccaacattgttgtatattcaaatccagattgggaagatgatgttattgatagaagatcaacatcaagttattg 383  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||| ||||||| || || |||||| || |||||| | |||||||||||| || ||  |||||||    
T  37000616 gacttgtttattcagacagaggccataccaatattgttggatattcagatgcaaattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatccacttc--gttattg 37000713  T
Q  384 tattttgattggaggaaacttaatctcatggaggagtaaaaagcaaaccgttgttgcaaggtcaagtacagagacagagtagcgtgctatg 474  Q
    | || | || |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||    
T  37000714 tgttctaatgggaggaaacttaatttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtacagaggcggagtatcgtgctatg 37000804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 76
Target Start/End: Original strand, 37000334 - 37000394
Alignment:
Q  16 aaaatatgttcttgatatcttgaaagagacatggattcttgattgtaaaccagttgatact 76  Q
    |||||| ||| | ||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  37000334 aaaatacgttttcgatatcttggaagaaacatggatgcttaattgtaaaccagatgatact 37000394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 261
Target Start/End: Original strand, 8984320 - 8984557
Alignment:
Q  16 aaaatatgttcttgatatcttgaaagagacatggattcttgattgtaaaccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttctacataatcaagga 115  Q
    |||||| ||||| |||||||   |||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||| | ||||| || |||||||||||| ||        ||||    
T  8984320 aaaatacgttctcgatatctatgaagagaca-ggatgcttgagtgtaaactagttgatactcctatagaccccaatgtgaagctttta--------agga 8984410  T
Q  116 gagccatctcctaaccta-ggcagatagatgaggttagttgggaaaccgaattatcttactatgaccagaccatatattccgttttctgttggtgttgtg 214  Q
    ||||| | |||| ||| | |||| ||| | ||||||  ||||||  | ||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||  || | ||||||||    
T  8984411 gagccgtatcctgacccaaggcacatacaggaggttgattgggaggctgaattatctcactatgactagaccagatatttcgtttgatggtagtgttgtg 8984510  T
Q  215 aatgtatttataaactcaccttgtgatagtaattggaatgacgtggt 261  Q
    | |  | || | |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  8984511 agtcaacttctgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggt 8984557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 56 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 42357846 - 42357794
Alignment:
Q  56 gattgtaaaccagttgatacttccatagaacctaatgtgaagcttctacataa 108  Q
    ||||||||||||||||||||| | || || ||||||||||||||||| |||||    
T  42357846 gattgtaaaccagttgatactcctatggatcctaatgtgaagcttcttcataa 42357794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0411 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0411
Description:

Target: scaffold0411; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 357 - 439
Target Start/End: Original strand, 9892 - 9974
Alignment:
Q  357 tgatagaagatcaacatcaagttattgtattttgattggaggaaacttaatctcatggaggagtaaaaagcaaaccgttgttg 439  Q
    ||||||| |||| |||||| |||||||| |||| ||||| ||||| || ||| ||||||  || ||||||||||| |||||||    
T  9892 tgatagatgatctacatcaggttattgtgttttcattggtggaaatttgatcacatggaatagcaaaaagcaaactgttgttg 9974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 479 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 55250432 - 55250384
Alignment:
Q  479 acactacctgtgaacttttatggttgaaacatttattacaagagttgaa 527  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  55250432 acactacctgagaactttcatggttgaaatacttactacaagagttgaa 55250384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University