View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19764_low_8 (Length: 428)

Name: NF19764_low_8
Description: NF19764
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19764_low_8
NF19764_low_8
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (18-414)||(4972014-4972412)
chr5 (18-408)||(4697401-4697794)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-414)||(6886236-6886635)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-409)||(3411505-3411899)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (18-414)||(22190816-22191215)
chr6 (18-278)||(20141763-20142023)
chr6 (309-409)||(20141659-20141762)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (18-414)||(12747782-12748181)
chr1 (18-414)||(12758772-12759171)
chr1 (18-414)||(24685645-24686032)
chr1 (21-327)||(37023190-37023495)
chr1 (18-327)||(37022099-37022408)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-414)||(39490856-39491255)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (21-319)||(8097894-8098192)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Original strand, 4972014 - 4972412
Alignment:
Q  18 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4972014 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttaaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcac 4972113  T
Q  118 caaagtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaa 217  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  4972114 caaagtacagatttgatgtaggatatgaagagtcggatatcaagtttataatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattgtttcag-ccttctcaa 4972212  T
Q  218 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggcacgacgataaacaagctcactttgtagcattataaaagtg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  4972213 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaaggcacgacgataaacaagcgcactctgtagcattataaaagtg 4972312  T
Q  318 gaattccatcg---aacacaatctaatctcaatctgatggttgtatcaatatcactaacagttctaacatattcggaaaaaagtaatgttctactctctg 414  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  4972313 gaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatctgatggttgtatcaatatcaccaatagttctaacacattcggaaaaaagtagtgttctactttctg 4972412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 18 - 408
Target Start/End: Original strand, 4697401 - 4697794
Alignment:
Q  18 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcac 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4697401 ttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcagataagatcttatgaggcactcaatcttccatatttcac 4697500  T
Q  118 caaagtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaa 217  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  4697501 caaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagcccttctcca 4697600  T
Q  218 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggcacgacgataaacaagctcactttgtagcattataaaagtg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  4697601 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcattatataagtg 4697700  T
Q  318 gaattccatcg---aacacaatctaatctcaatctgatggttgtatcaatatcactaacagttctaacatattcggaaaaaagtaatgttctac 408  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  4697701 gaattccatcgggtaacacaatctaatctcaatcctatggttgtatcaatgtcaccaacaattctaacacattcggaaaaaagtagtgttctac 4697794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Original strand, 6886236 - 6886635
Alignment:
Q  18 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcac 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6886236 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccatcttttgaatcaaaagatcttcacttctcaaataagatcttatgaggcactcaatcttccatatttcac 6886335  T
Q  118 caaagtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaa 217  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  6886336 caaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagcccttctcca 6886435  T
Q  218 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggcacgacgataaacaagctcactttgtagcattataaaagtg 317  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  6886436 ctcctcacttgtaggacaacatttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcattataaaagtg 6886535  T
Q  318 gaattccatcg---aacacaatctaatctcaatctgatggttgtatcaatatcactaacagttctaacatattcggaaaaaagtaatgttctactctctg 414  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  6886536 gaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatggttgtatcaatatcaccaacagttctaacacattcggaaaaaagtagtgttctactttctg 6886635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 18 - 409
Target Start/End: Original strand, 3411505 - 3411899
Alignment:
Q  18 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3411505 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactcaatcttccatatttcac 3411604  T
Q  118 caaagtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaa 217  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  3411605 caaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagcccttctcca 3411704  T
Q  218 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggcacgacgataaacaagctcactttgtagcattataaaagtg 317  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  3411705 ctcttcacttgtaggacaacgcttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcattataaaagtg 3411804  T
Q  318 gaattccatcg---aacacaatctaatctcaatctgatggttgtatcaatatcactaacagttctaacatattcggaaaaaagtaatgttctact 409  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  3411805 gaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatggttgtatcaatatcaccaacagttctaacacattcggaaaaaagtagtgttctact 3411899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Original strand, 22190816 - 22191215
Alignment:
Q  18 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22190816 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactcaatcttccatatttcac 22190915  T
Q  118 caaagtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaa 217  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  22190916 caaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagcccttctcca 22191015  T
Q  218 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggcacgacgataaacaagctcactttgtagcattataaaagtg 317  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  22191016 ctcttcacttgtaggacaacgcttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcattataaaagtg 22191115  T
Q  318 gaattccatcg---aacacaatctaatctcaatctgatggttgtatcaatatcactaacagttctaacatattcggaaaaaagtaatgttctactctctg 414  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  22191116 gaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatggttgtatcaatatcaccaacagttctaacacattcagaaaaaagtagtgttctactttctg 22191215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 20142023 - 20141763
Alignment:
Q  18 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20142023 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactcaatcttccatatttcac 20141924  T
Q  118 caaagtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaa 217  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  20141923 caaaatacagatttgatgtaggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatggtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattgtttcagcccttctcca 20141824  T
Q  218 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggca 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  20141823 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaaggca 20141763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 309 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 20141762 - 20141659
Alignment:
Q  309 ataaaagtggaattccatcgaa---cacaatctaatctcaatctgatggttgtatcaatatcactaacagttctaacatattcggaaaaaagtaatgttc 405  Q
    |||||||| ||||||||||||    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  20141762 ataaaagttgaattccatcgagtatcacaatctaatctcaatccaatggttgtatcaatatcaccaacagttctaacacattcggaaaaaagtagtgttc 20141663  T
Q  406 tact 409  Q
    ||||    
T  20141662 tact 20141659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 12748181 - 12747782
Alignment:
Q  18 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcac 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12748181 ttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactcaatcttccatatttcac 12748082  T
Q  118 caaagtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaa 217  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  12748081 caaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagcccttctcca 12747982  T
Q  218 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggcacgacgataaacaagctcactttgtagcattataaaagtg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12747981 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactttgtagcattataaaagtg 12747882  T
Q  318 gaattccatcg---aacacaatctaatctcaatctgatggttgtatcaatatcactaacagttctaacatattcggaaaaaagtaatgttctactctctg 414  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||| ||||| ||| ||||    
T  12747881 gaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatggttgtatcaatatcaccaacaattctaacacattctgaaaaaagtagtgttcgactttctg 12747782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 12759171 - 12758772
Alignment:
Q  18 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcac 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12759171 ttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactcaatcttccatatttcac 12759072  T
Q  118 caaagtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaa 217  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  12759071 caaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagcccttctcca 12758972  T
Q  218 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggcacgacgataaacaagctcactttgtagcattataaaagtg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12758971 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactttgtagcattataaaagtg 12758872  T
Q  318 gaattccatcg---aacacaatctaatctcaatctgatggttgtatcaatatcactaacagttctaacatattcggaaaaaagtaatgttctactctctg 414  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||| ||||| ||| ||||    
T  12758871 gaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatggttgtatcaatatcaccaacaattctaacacattctgaaaaaagtagtgttcgactttctg 12758772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Original strand, 24685645 - 24686032
Alignment:
Q  18 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcac 117  Q
    |||||||||||  ||||||||||| ||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||  |    
T  24685645 ttatcaaatttatccttcatacttccagccacgttttgaatcaaaatatattcacttgtcaaatatgatcttataagacactctatcttccatattttgc 24685744  T
Q  118 caaagtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaa 217  Q
    ||||||||| ||            |||||||| |||||||||||||||||||| || | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24685745 caaagtacaaat------------atgaagagtcggatatcaagtttgtaatattgtagaatgacttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcca 24685832  T
Q  218 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggcacgacgataaacaagctcactttgtagcattataaaagtg 317  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||| || || | |||| || ||||||| |||||||    
T  24685833 ctcctcaattgtaggacaacacttaaaatttgaatcgcgcaaacttaagctataaaaggcacgacgatgaataatcgcactctgaagcattaaaaaagtg 24685932  T
Q  318 gaattccatcg---aacacaatctaatctcaatctgatggttgtatcaatatcactaacagttctaacatattcggaaaaaagtaatgttctactctctg 414  Q
    ||||||| |||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||  ||||||||| ||||    
T  24685933 gaattccttcgagtaacacaatctgatctcaatctgatggttgtatcaatatcaccaacatttctaacacattcagaaaaaagtggtgttctactttctg 24686032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 21 - 327
Target Start/End: Original strand, 37023190 - 37023495
Alignment:
Q  21 tcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcaccaa 120  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  37023190 tcaaatttttccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagat-ttataaggcactctatcttccatatttcaccga 37023288  T
Q  121 agtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaactc 220  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37023289 agtacaaatttgatgtaggaaatgaagaaccagatatcaagtttgtaatattgtaaaatggcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctccactc 37023388  T
Q  221 ctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggcacgacgataaacaagctcactttgtagcattataaaagtggaa 320  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||| ||  ||||  || | |||| |  |||||||||||||||||     
T  37023389 atcacttgtaggacaaaacttaaaatttgaatcatgcaaacttaagctataaaaggcatgataataattaatcgcactatcaagcattataaaagtggag 37023488  T
Q  321 ttccatc 327  Q
    |||||||    
T  37023489 ttccatc 37023495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 37022408 - 37022099
Alignment:
Q  18 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcac 117  Q
    ||||||||| |  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| |    
T  37022408 ttatcaaatgtttccttcatacttccagccatgttttgaatcaaaagatcttcatttgtcaaataagatcttataagacactctagcttccatatttctc 37022309  T
Q  118 caaagtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaa 217  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37022308 caaagtacaaatttgatggaggatatgaagagtcgcatatcaagtttgtaatattgtaaaatggcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcca 37022209  T
Q  218 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggcacgacgataaacaagctcactttgtagcattataaaagtg 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| ||||||||| ||||||||||||  || | |||| || |||||| ||||||||    
T  37022208 ctcatcacttgtaggacaacacttaaaatttgaattgcgcaaacttaagctataaaaagcacgacgataattaatcgcactctgaagcattctaaaagtg 37022109  T
Q  318 gaattccatc 327  Q
    || |||||||    
T  37022108 gagttccatc 37022099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 290; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Original strand, 39490856 - 39491255
Alignment:
Q  18 ttatcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcac 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39490856 ttatcaaatttcaccttcatattttcagccattttttgaattaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactcaatcttccatatttcac 39490955  T
Q  118 caaagtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaa 217  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  39490956 caaagtacagatttgatgtaggatatgaagagccagatatcaagtttgtaatagtgaaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcagcccttctcca 39491055  T
Q  218 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggcacgacgataaacaagctcactttgtagcattataaaagtg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  39491056 ctcctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccgtaaacttaagctataaaatgcacgacgataaacaagcgcactctgtagcattataaaagtg 39491155  T
Q  318 gaattccatcg---aacacaatctaatctcaatctgatggttgtatcaatatcactaacagttctaacatattcggaaaaaagtaatgttctactctctg 414  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||| ||||| ||| ||||    
T  39491156 gaattccatcgagtaacacaatctaatctcaatcctatggttgtatcaatatcaccaacaattctaacacattcagaaaaaagtagtgttcgactttctg 39491255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 21 - 319
Target Start/End: Original strand, 8097894 - 8098192
Alignment:
Q  21 tcaaatttcaccttcatactttcagccattttttgaatcaaaagatcttcacttgtcaaataagatcttatgaggcactctatcttccatatttcaccaa 120  Q
    ||||||||  |||||||| ||  |||||| ||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||| ||||    
T  8097894 tcaaatttttccttcatagttctagccatgttttgaatcaacaaatcctcacttatcaaataagatcttacaatacactctatcttccatatttctccaa 8097993  T
Q  121 agtacatatttgatataggatatgaagagccggatatcaagtttgtaatagtgaaaaatagcttcaaaatatcacacattgtttcagcccttctcaactc 220  Q
    | |||| |||||||  |||||| |||||   |||||||||| |||| ||| || ||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||  ||||    
T  8097994 aatacaaatttgatgcaggataagaagacggggatatcaagcttgtgatattgtaaaatggcttcaaaatctcacacattatttcaacccttcttcactc 8098093  T
Q  221 ctcacttgtaggacaacacttaaaatttgaatcccataaacttatgctataaaaggcacgacgataaacaagctcactttgtagcattataaaagtgga 319  Q
     ||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||  || | |||| || |||||||||||||||||    
T  8098094 atcacttgtaggacaacacttaaaattgaaatcgcaaaaacttaagctataaaaagcacgacgataattaatcgcactctgaagcattataaaagtgga 8098192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University