View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19769_high_1 (Length: 836)

Name: NF19769_high_1
Description: NF19769
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19769_high_1
NF19769_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-828)||(2572015-2572833)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 724; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 724; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 2572833 - 2572015
Alignment:
Q  17 aacaaatcaatcttcaaaaacaggagatgttcaaaccaccatgtagcctcagagaagttatttctcaagctgttgttactgcttgtgtcacaagaaaact 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2572833 aacaaatcaatcttcaaaaacaggagatgttcaaaccaccatgtagcctcagagaagttatttctcaagctgttgttactgcttgtgtcacaagaaaact 2572734  T
Q  117 ggaagctggatctgttggaagaacatgtgtatggacttgtaacaagacatggagaagctagtctttctattaattgatccatgattctgtctagaatttc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2572733 ggaagctggatctgttggaagaacatgtgtatggacttgtaacaagacatggagaagctagtctttctattaattgatccatgattctgtctagaatttc 2572634  T
Q  217 taagtaacctttggaaggaaatgattcttgacattgtttcaatgcttccatgagctcaaaccacgtccaaaaacgaatcccatcaagaaaattttcaata 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2572633 taagtaacctttggaaggaaatgattcttgaaattgtttcaatgcttccatgagctcgaaccacgtccaaaaacgaatcccatcaagaaaattttcaata 2572534  T
Q  317 tgaggcttcaagcttggtgcttctagactatcacactcttccatctccaaaaattgagcagcagaacatagtatggacacattggatgaagttaactcca 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2572533 tgaggcttcaagcttggtgcttctagactatcacactcttccatctccaaaaattgagcagcagaacatagcatggacacattggatgaagttaactcca 2572434  T
Q  417 tgttgctgttattgtagcaaagcctaattatgaactcaaaggcatgtgataaaattcatcatatggaattattcacc-------nnnnnnnnnnntcatc 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||                  |||||    
T  2572433 tgttgctgttattgtagcaaagcctaattatgaactcaaaggcatgtgataaaattcatcatatgtaattattcaccaaaaaaaaaaaaaaaaaatcatc 2572334  T
Q  510 atggaattaaatgacagaaaattaaatactccataaaagattgagaatttgaaacaataaattatgagggatcatgcttgaaagaaagagaaaacattaa 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2572333 atggaattaaatgacagaaaattaaatactccataaaagattgagaatttgaaacaataaattatgagggatcatgcttgaaagaaagagaaaagattaa 2572234  T
Q  610 tattgcacttcgtggaatccataatgatgacgggttttgtaagaaggtccacttgtgacatgcttgcagtatttttaatcatggtgtaatgcaacgttaa 709  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2572233 taatgcacttcgtggaatccataatgatgaagggttttgtaagaaggtccacttgtgacatgcttgaagtatttttaatcatggtgtaatgcaacgttaa 2572134  T
Q  710 gcgtgacaacttatcattgtgttggaagtaatcaatattttcactaaagaaacagcaagttacttataaacaaaaaagagtttcaccttgtttataatga 809  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2572133 gtgtgacaacttatcattgtgttggaagtaatcaatattttcactaaagaaacagcaagttacttataaacaaaaaagagtttcaccttgtttataatga 2572034  T
Q  810 aagcttcttctcctttgct 828  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2572033 aagcttcttctcctttgct 2572015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University