View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19769_low_3 (Length: 768)

Name: NF19769_low_3
Description: NF19769
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19769_low_3
NF19769_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-759)||(42183841-42184583)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 650; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 650; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 42184583 - 42183841
Alignment:
Q  17 ttattatgataagaactttcattggtcattccaagtttgttgttatgcatcagagggttccatcttgaattagaagcaccaagggaaattggatctccat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184583 ttattatgataagaactttcattggtcattccaagtttgttgttatgcatcagagggttccatcctgaattagaagcaccaagggaaattggatctccat 42184484  T
Q  117 tcagcatccactccaagccccttttcattcattcaattcaccaaatcaataacaaactagaaaaagtccatattattaacaacataaaacaaaacattta 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42184483 tcagcatccactccaagccccttttcattca----attcaccaaatcaataacaaactagaaaaagtccatattattaacaacataaaacaaagcattta 42184388  T
Q  217 tctctgaagagtgaatttcatagaggnnnnnnnnn----tcaagctttattatgttgattttgtttttgttttagagtttagagtctttagaccaaatca 312  Q
    |||||||||||||||||| |||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184387 tctctgaagagtgaatttaatagaggaagaaaaaaaaaatcaagctttattatgttgattttgtttttgttttagagtttagagtctttagaccaaatca 42184288  T
Q  313 caacaaaacatgaaagtgaataagggaaaatcagataaactaaatcaaaagtacaaaacaaaacataggcatagtacatgtttggattcatgataaattt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184287 caacaaaacatgaaagtgaataagggaaaatcagataaactaaatcaaaagtacaaaacaaaacataggcatagtacatgtttggattcatgataaattt 42184188  T
Q  413 agaagaaccacagattttagcaaaagctatactttgaagcttaagccttcaacaaaatcacattggcaacctgatttcatgaaactcatatgatatgaat 512  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184187 agaagaatcacagattttagcaaaagctatacttagaagcttaagccttcaacaaaatcacattggcaacctgatttcatgaaactcatatgatatgaat 42184088  T
Q  513 caaaacatgtgattctaaacagatatagcaaaagacagatataaactcaccttggttgcttatttgaaccctcaaagctgctattatgcaaagcaaggga 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42184087 caaaacatgtgattctaaacagatatagcaaaatacagatataaactcaccttggttgcttatttgaaccctcaaagctgctattatgcaaagaaaggga 42183988  T
Q  613 agattggagataaggatgaaggggagtagaagcaagaaaatgtgatgaagatccatattttcttgtagttggattaggagcagccatagtaaaatcaggc 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  42183987 agattggagataaggatgaaggggagtagaagcaagaaaatgtgatgaagatccatattttcttgtagttggattaggaacagccacagtaaaatcaggc 42183888  T
Q  713 acagaaaaagggttagaatcacaacgagcctttttgatttgatgatg 759  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42183887 acagaaaaagggttagaatcacaacgagcctttttgatttgatgatg 42183841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University