View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19773_high_32 (Length: 394)

Name: NF19773_high_32
Description: NF19773
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19773_high_32
NF19773_high_32
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (18-376)||(14662180-14662520)
chr2 (20-268)||(45338515-45338758)
chr2 (20-268)||(45336203-45336446)
chr2 (21-268)||(17648811-17649057)
chr2 (18-90)||(132783-132855)
chr2 (18-109)||(1454025-1454116)
chr2 (269-307)||(14646408-14646446)
chr2 (323-376)||(14645955-14646008)
chr2 (116-265)||(132632-132781)
chr2 (116-167)||(1453989-1454041)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (20-268)||(32797950-32798193)
chr5 (20-268)||(32800262-32800505)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (18-268)||(44734096-44734341)
chr8 (18-267)||(44731786-44732030)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (18-268)||(48023955-48024205)
chr3 (18-268)||(28784457-28784702)
chr3 (18-268)||(48707650-48707901)
chr3 (47-268)||(48025095-48025316)
chr3 (63-268)||(48027291-48027496)
chr3 (47-268)||(48024535-48024756)
chr3 (18-140)||(5354567-5354688)
chr3 (21-90)||(5913489-5913558)
chr3 (101-179)||(5907771-5907850)
chr3 (204-268)||(5907718-5907781)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (20-268)||(1550100-1550343)
chr1 (18-268)||(9535199-9535444)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (18-268)||(22804553-22804800)
chr4 (27-219)||(7230928-7231118)
chr4 (187-268)||(44640115-44640196)
chr4 (125-179)||(44640169-44640224)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (20-268)||(13111073-13111321)
chr7 (18-221)||(13108778-13108982)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-221)||(6723449-6723654)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 14662520 - 14662180
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||    
T  14662520 actacaaatatatagagccaagccataaacttgcttgtaaaactgaacataagatctgcacgaaatctactcttaagcactagtcattattacctagcaa 14662421  T
Q  118 cactaggcatcattaccta-ggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacaga 216  Q
    || ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  14662420 caatagacatcattacctagggactgttttacttactaaataagcaacgatctaattatgacacttatacataaacaagcaacactttaattatgacaga 14662321  T
Q  217 aaacagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaacagcatccaaggagcaaacaccagaagtgacctcaacctgannnnnnnnn 316  Q
    ||        |||||| ||      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||             
T  14662320 aa--------acataagta-----gaaaacaaaaaaatatcaatctccaacagcatccaaagagcaaacaccagaagtgacctcaacctga------tct 14662240  T
Q  317 nnnnnntcagacacatatttatcttcgataatgttgccaaacctgctagaatgtctagaa 376  Q
          ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14662239 ctctcttcagacagatatttatcttcgataatgttgccaaacctgctagaatgtctagaa 14662180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 20 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 45338758 - 45338515
Alignment:
Q  20 tacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaaca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  45338758 tacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactc-taaacactagtcatcattacctaagaacc 45338660  T
Q  120 ctaggcatcattacctaggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaaaa 219  Q
     |||  ||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  45338659 atagatatcattacctaggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaa 45338562  T
Q  220 cagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
     | ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45338561 taacaacac--aattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 45338515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 20 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 45336446 - 45336203
Alignment:
Q  20 tacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaaca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  45336446 tacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactc-taaacactagtcatcattacctaagaacc 45336348  T
Q  120 ctaggcatcattacctaggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaaaa 219  Q
     |||  ||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||    
T  45336347 atagatatcattacctaggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaaatatgacacttaaacttacacaagcaacacattaattatgacagaaaa 45336250  T
Q  220 cagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
     | ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45336249 taacaacac--aattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 45336203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 21 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 17649057 - 17648811
Alignment:
Q  21 acaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaacac 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |     
T  17649057 acaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagattgaacataaaatatgcactaaatctactc-taaacactagtcatcattacctaagaatat 17648959  T
Q  121 taggcatcattacct-aggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacag-aaa 218  Q
    ||| ||||||||||| ||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||| |   |||||||||||| |||    
T  17648958 tagacatcattacctaaggactattttacatacttaataagcaacaatctaattatgaca--ttaacttaaacaagcaacaagctaattatgacagaaaa 17648861  T
Q  219 acagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
    |||||| |||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  17648860 acagcagcacacaagtaattaacaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 17648811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 132855 - 132783
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactct 90  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||    
T  132855 actacaaatatatagaggcaagccataagtctgcctgtaagactgaaaatcaaatctgcaataaatctactct 132783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 1454116 - 1454025
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaa-tctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcatta 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | || |||||| |||||| |||||||| | |||| ||||| |||||||||    
T  1454116 actacaaatatatagagccaagccataagctttcttgtaaaattgaaaataaaactctgcagtaaatcta-ttttaaacactagtcatcatta 1454025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 269 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 14646446 - 14646408
Alignment:
Q  269 gcatccaaggagcaaacaccagaagtgacctcaacctga 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14646446 gcatccaaggagcaaacaccagaagtgacctcaacctga 14646408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 323 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 14646008 - 14645955
Alignment:
Q  323 tcagacacatatttatcttcgataatgttgccaaacctgctagaatgtctagaa 376  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  14646008 tcagacacatgtttatcttcgatcatgttgtcaaacctgctagaatgtttagaa 14645955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 132781 - 132632
Alignment:
Q  116 aacactaggcatcattacctag-gactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgaca 214  Q
    |||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||     |||||| ||| | | ||||| | |||    
T  132781 aacactagccatcattacttagtgactactttacttaataaataagcagctacctaattatgacacttacttaaaaacaagcaacaatctaatttttaca 132682  T
Q  215 gaaaacagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctcca 265  Q
    ||||  |||| || | || |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  132681 gaaataagcagca-aaaaataattaataaaacagaaaaatctcaatctcca 132632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 116 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 1454041 - 1453989
Alignment:
Q  116 aacactaggcatcattacctagg-actgctttacttactaaataagcaacaat 167  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  1454041 aacactagtcatcattatctagggacttctttacttactaaacaagcaacaat 1453989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 163; Significance: 6e-87; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 20 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 32798193 - 32797950
Alignment:
Q  20 tacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaaca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  32798193 tacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactc-taaacactagtcatcattacctaagaacc 32798095  T
Q  120 ctaggcatcattacctaggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaaaa 219  Q
     |||  ||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  32798094 atagatatcattacctaggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaa 32797997  T
Q  220 cagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
     | ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32797996 taacaacac--aattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 32797950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 20 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 32800505 - 32800262
Alignment:
Q  20 tacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaaca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  32800505 tacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactc-taaacactagtcatcattacctaagaacc 32800407  T
Q  120 ctaggcatcattacctaggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaaaa 219  Q
     |||  ||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  32800406 atagatatcattacctaggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaa 32800309  T
Q  220 cagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
     | ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32800308 taacaacac--aattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 32800262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 153; Significance: 5e-81; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 44734341 - 44734096
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaa 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||    
T  44734341 actacaaatatatagagtcaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactc-taaacactagtcatcattacctaagaa 44734243  T
Q  118 cactaggcatcattacctaggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaa 217  Q
    |  ||| |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  44734242 ccatagacatcattacctaggact--cttacttaccaaataagcaacaacctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaa 44734145  T
Q  218 aacagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
    || | ||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44734144 aataacaacac--aattaatttttaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 44734096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 44732030 - 44731786
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaa 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  44732030 actacaaatatatagagtcaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactc-taaacactagtcatcatcacctaagaa 44731932  T
Q  118 cactaggcatcattacctaggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaa 217  Q
    |  ||  |||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  44731931 ccatatacatcattacctaggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaa 44731834  T
Q  218 aacagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaac 267  Q
    || | ||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44731833 aataacaacac--aattaatttttaaatcagaaaaatatcaatctccaac 44731786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Original strand, 48023955 - 48024205
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaa 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||      
T  48023955 actacaaatatatagagtcaagccataagcttgcttgtaagactgaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactagtcatcattacctaagtt 48024054  T
Q  118 cactaggcatcattacc-taggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacaga 216  Q
    || ||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  || |||||||||||||||||    
T  48024055 cattagacatcattaccttgggactgttttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttatacataaacaagtaacactttaattatgacaga 48024154  T
Q  217 aaacagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
    ||||||||  | | || ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||    
T  48024155 aaacagcagtaga-aaataattaacaaaagagaaaaatatcaatctccaaca 48024205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 28784702 - 28784457
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaa 117  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||    
T  28784702 actacaaatatatagaatcaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactc-taaacactagtcatcattacctaagaa 28784604  T
Q  118 cactaggcatcattacctaggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaa 217  Q
    |  ||| |||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||||    
T  28784603 ccatagacatcattacctaggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaactataacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgagagaa 28784506  T
Q  218 aacagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
    || | ||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28784505 aataacaacac--aattaatttttaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 28784457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Original strand, 48707650 - 48707901
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaa 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  48707650 actacaaatatatagagtcaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctacactaaatctact-ttaaacactagtcatcattacctaaaaa 48707748  T
Q  118 cactaggcatcattacctaggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgac------acttaaacttaaacaaacaatactttaattatg 211  Q
    |  ||| |||||||||||||||||   |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||      |||||||||||||||| ||| || |||||||||    
T  48707749 ccatagacatcattacctaggact--cttacttaccaaataaacaacaatctaactatgacacttaaacttaaacttaaacaagcaacacattaattatg 48707846  T
Q  212 acagaaaacagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
    |||||||| | ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48707847 acagaaaataacaacac--aattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 48707901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 47 - 268
Target Start/End: Original strand, 48025095 - 48025316
Alignment:
Q  47 cttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaacactaggcatcattacctagg-actgctt 145  Q
    |||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| || || | || ||    
T  48025095 cttgcttgtaagaaggaacataaaatctacactaaatctactcttaagcactagtcatcattacctaagaacaatagacatcattaacttgggattgttt 48025194  T
Q  146 tacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaaaacagcaacacataattaattattaaaa 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  | | || ||||||  ||||    
T  48025195 tacttactaaataagcaacaatctaattatgacatttatacataaacaagcaacactttaattatgacagaaaacagcagtaga-aaataattaacaaaa 48025293  T
Q  246 cagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  48025294 cagaaaaatatcaatctccaaca 48025316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 63 - 268
Target Start/End: Original strand, 48027291 - 48027496
Alignment:
Q  63 aacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaacactaggcatcattaccta-ggactgctttacttactaaataagc 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  48027291 aacataaaatctacactaaatctactcttaagcactagtcatcattacctaagaacaatagacatcattacctagggactgttttacttactaaataagc 48027390  T
Q  162 aacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaaaacagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatc 261  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||| ||||||| |||||||| |||  | | || ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  48027391 aacaatctaattatgacacttatacataaacaagcaacacttaaattatggcagaaaacggcagta-aaaaataattaacaaaacagaaaaatatcaatc 48027489  T
Q  262 tccaaca 268  Q
    |||||||    
T  48027490 tccaaca 48027496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 47 - 268
Target Start/End: Original strand, 48024535 - 48024756
Alignment:
Q  47 cttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaacactaggcatcattacctagg-actgctt 145  Q
    |||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| || |||| ||    
T  48024535 cttgcttgtaagaaggaacataaaatctacactaaatctactattaagcactagtcatcattacctaagaacaataaacatcattaccttgggactgttt 48024634  T
Q  146 tacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaaaacagcaacacataattaattattaaaa 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||  | | || ||||||  ||||    
T  48024635 tacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttatacataaacatgcaacattttaattatgacagaaaacagcagtaga-aaataattaacaaaa 48024733  T
Q  246 cagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
    || ||||||||||||||||||||    
T  48024734 cataaaaatatcaatctccaaca 48024756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 140
Target Start/End: Original strand, 5354567 - 5354688
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  5354567 actacaaatatatagagccaagccataagcttacttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactc-taaacactagtcattattacctaagaa 5354665  T
Q  118 cactaggcatcattacctaggac 140  Q
    |  ||  ||||||||||||||||    
T  5354666 ccataaacatcattacctaggac 5354688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 21 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 5913558 - 5913489
Alignment:
Q  21 acaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactct 90  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5913558 acaaatatatagagtcaaaccataagcttgcttgtaagattgaacataaaatctgcattaaatctactct 5913489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 101 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 5907850 - 5907771
Alignment:
Q  101 tcatcattacctaagaacactaggcatcattacctag-gactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgaca 179  Q
    ||||||||||||||||||  ||  ||| ||||||||| ||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5907850 tcatcattacctaagaaccgtatacattattacctagagactttttcacttgctaaataagcaacaatctaattatgaca 5907771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 204 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 5907781 - 5907718
Alignment:
Q  204 taattatgacagaaaacagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
    ||||||||||||||||   ||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5907781 taattatgacagaaaattacaa-acacaagtaattattaaaccagaaaaatatcaatctccaaca 5907718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 151; Significance: 9e-80; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 20 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 1550343 - 1550100
Alignment:
Q  20 tacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaaca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  1550343 tacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactc-taaacactagtcatcattacctaagaacc 1550245  T
Q  120 ctaggcatcattacctaggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaaaa 219  Q
     |||  ||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||| ||||    
T  1550244 atagatatcattacctaggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttatacaagcaacacattaattatgacataaaa 1550147  T
Q  220 cagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
     | ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1550146 taacaacac--aattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 1550100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 9535444 - 9535199
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaa 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||    
T  9535444 actacaaatatatagagtcaagccataaacttgcttgtaagactaaacataaaatctacactaaatctactc-taaacactagtcatcattacctaagaa 9535346  T
Q  118 cactaggcatcattacctaggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaa 217  Q
    |  |||  ||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| ||||||||    
T  9535345 ccatagaaatcattacctaggact--cttacttaccaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattttgacagaa 9535248  T
Q  218 aacagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
    || | ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9535247 aataacaacac--aattaattattaaaccagaaaaatatcaatctccaaca 9535199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 22804800 - 22804553
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  22804800 actacaaatatatagagccaagccataagtctgtttgtaagactaaacataaaatctgcattaaatctactctaaa-cactagtcatcattacctaagaa 22804702  T
Q  118 cactaggcatcattacctaggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaa 217  Q
    |  ||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  | |||||||||| ||||    
T  22804701 ccatagacatcattacctaggactcttttacttaccaaataagcagcaatctaattatggcacttaaacttaaacaagcaacgcattaattatgagagaa 22804602  T
Q  218 aacagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
    || | ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22804601 aataacaacac--aattaattattaaaccagaaaaatatcaatctccaaca 22804553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 219
Target Start/End: Original strand, 7230928 - 7231118
Alignment:
Q  27 atatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaacactaggca 126  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||  ||| ||    
T  7230928 atatagagccaagccataaactttcttggaagattgaacataaaatctgcactaaatctgctc-taaacactagtcatcattacctaggaaccatagaca 7231026  T
Q  127 tcattaccta-ggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaaaa 219  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||    
T  7231027 tcattacctacggactactttacttactaaataagcagcaatctaattatgacact--aacttaaacaagcaacaatctaattatgacagaaaa 7231118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 44640196 - 44640115
Alignment:
Q  187 ttaaacaaacaatactttaattatgacagaaaa-cagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
    ||||| |||||| | | |||||||||||||||| || ||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44640196 ttaaataaacaaaaatctaattatgacagaaaaacaacaacaca-aatcatttattaaaccagaaaaatatcaatctccaaca 44640115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 125 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 44640224 - 44640169
Alignment:
Q  125 catcattacctag-gactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgaca 179  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  44640224 catcattacctagtgactactttacttattaaataaacaaaaatctaattatgaca 44640169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 268
Target Start/End: Original strand, 13111073 - 13111321
Alignment:
Q  20 tacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaaca 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13111073 tacaaatatattgagccaagccataagcttgcttgtaagagtgagcataaaatttgcactaaatctactcttaagcactagtcatcattacctaagaaca 13111172  T
Q  120 ctaggcatcattaccta-ggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacagaaa 218  Q
     ||| ||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  13111173 atagacattattacctagggactattttacttactaaataagcaacaatctaattatggcacttctacataaacaagcaacactttaattatgacagaaa 13111272  T
Q  219 acagcaacacataattaattattaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 268  Q
    ||||||  | | || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  13111273 acagcagta-aaaagtaattaacaaaacagaaaaatatcaatctccaaca 13111321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 13108778 - 13108982
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacataaaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaagaa 117  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  13108778 actacaaatatatggagtcaagccataagtttgcttgtaagactgaatataaaatatgttctaaatctactcttaagcactagtcatcattacccaagaa 13108877  T
Q  118 cactaggcatcattaccta-ggactgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgacaga 216  Q
    || || | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  13108878 caatatgtatcattacctagggactgttttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttataaataaacaagcaacactttaattatgacaga 13108977  T
Q  217 aaaca 221  Q
    |||||    
T  13108978 aaaca 13108982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6723654 - 6723449
Alignment:
Q  18 actacaaatatatagagccaagccataagcttgcttgtaagactaaacata--aaatctgcactaaatctactcttaagcactaatcatcattacctaag 115  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||  |||| || | |||||||||||| || ||| | |||||||||||||||    
T  6723654 actataaatatatagagccaagtcataagtttgtttgtaagactcaacatataaaatttgtattaaatctactctaaa-cacgagtcatcattacctaag 6723556  T
Q  116 aacactaggcatcattacctagg-actgctttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaaacaatactttaattatgaca 214  Q
    |||| ||  ||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  6723555 aacaataaacattatcacctagggactgttttacttactaaataagcaacaatctaattatgacacttacacttaaacaagcaacactttaattatgaca 6723456  T
Q  215 gaaaaca 221  Q
    |||||||    
T  6723455 gaaaaca 6723449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University