View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19773_low_18 (Length: 511)

Name: NF19773_low_18
Description: NF19773
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19773_low_18
NF19773_low_18
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (166-505)||(22457238-22457577)
chr3 (166-505)||(22480219-22480558)
chr3 (19-422)||(22435442-22435857)
chr3 (19-505)||(22366652-22367150)
chr3 (111-444)||(22629232-22629577)
chr3 (111-438)||(22356785-22357124)
chr3 (111-438)||(22441540-22441879)
chr3 (122-439)||(22466742-22467071)
chr3 (111-438)||(22352605-22352945)
chr3 (161-497)||(22634194-22634542)
chr3 (164-381)||(37929608-37929837)
chr3 (225-438)||(22430008-22430213)
chr3 (167-292)||(30988255-30988380)
chr3 (220-290)||(22180855-22180925)
chr3 (115-177)||(22430235-22430297)
chr3 (223-294)||(22106161-22106232)
chr3 (223-294)||(22116535-22116606)
chr3 (221-279)||(21947072-21947130)
chr3 (220-294)||(22054152-22054226)
chr3 (226-294)||(22035970-22036038)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (165-288)||(29604388-29604511)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (227-272)||(871755-871800)
chr7 (227-272)||(1233032-1233077)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 166 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 22457577 - 22457238
Alignment:
Q  166 atgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcattttttagtcgattgtctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccc 265  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||  ||| | |   | |||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||    
T  22457577 atgccgaaagagatatgcaagcttagaaagttacgccatttcctaggctacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccc 22457478  T
Q  266 tacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtctt 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22457477 tacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtctt 22457378  T
Q  366 gatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgcaaacggatatggcaca 465  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22457377 gatcggtgttaggagcggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaagtggagaaactacaaattcgcgcaaacggatatgacaca 22457278  T
Q  466 gttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttc 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22457277 gttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttc 22457238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 166 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 22480558 - 22480219
Alignment:
Q  166 atgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcattttttagtcgattgtctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccc 265  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||  ||| | |   | |||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||    
T  22480558 atgccgaaagagatatgcaagcttagaaagttacgccatttcctaggctacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccc 22480459  T
Q  266 tacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtctt 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480458 tacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtctt 22480359  T
Q  366 gatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgcaaacggatatggcaca 465  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22480358 gatcggtgttaggagcggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaagtggagaaactacaaattcgcgcaaacggatatgacaca 22480259  T
Q  466 gttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttc 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480258 gttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttc 22480219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 22435857 - 22435442
Alignment:
Q  19 cctcatgatttgggaaggttgaaccacttgaaannnnnnngggtcagggtgattggagnnnnnnnttctgaacttccgaagtccctttgccggctcgtga 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||       || |||||||||||||||       |||||||||||| || ||| || ||  ||||||||    
T  22435857 cctcatgatttgggaagtttgaaccacttgaaattttttgggttcagggtgattggagaaaaatattctgaacttccaaaatccattggcatgctcgtga 22435758  T
Q  119 acctagagactttagatttaagatctacaaagtttgagaatcgtaatatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcattttttagtcgattg 218  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  22435757 acctagagactttggatttaagatctacagagtttgaaaatcgtaatatgccaaaggaggtttgcaagcttagaaagctacgtcattttttaggcgattc 22435658  T
Q  219 tctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaa--------- 309  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || | ||| | |||||||  || ||| |||||             
T  22435657 tctgtctttgattcatttgaaggatggtattggaggcatgacatcgctacaaactctaagtaaagttaaattagatgatggtgaagatgaaaatgataat 22435558  T
Q  310 ---gtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcct 406  Q
       || ||| ||||||||  |||||||||||| ||||  || || |||||||||| |||| | | ||||||  ||  ||| |||||||||||||||||||    
T  22435557 agggtagtagagctaatcatagagctaggaaagctaacacagcttagggaattgggcttggttgttgttagtggtaaatatatgagtgctatatcttcct 22435458  T
Q  407 caatcaatgagatgca 422  Q
    |||||||| |||||||    
T  22435457 caatcaataagatgca 22435442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 22367150 - 22366652
Alignment:
Q  19 cctcatgatttgggaaggttgaaccacttgaaannnnnnngggtcagggtgattggagnnnnnnnttctgaacttccgaagtccctttgccggctcgtga 118  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||       || |||||| || |||||       |||||||||||| || ||| || ||  ||| ||||    
T  22367150 cctcatgatttaggaagtttgaaccacttgaaatatttttggttcagggggaatggagaaagaaattctgaacttccaaaatccattggcatgcttgtga 22367051  T
Q  119 acctagagactttagatttaagatctacaaagtttgagaatcgtaatatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcattttttagtcgattg 218  Q
    ||||||||||||| |||||||||   ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || |    
T  22367050 acctagagactttggatttaagagaaacagagtttaaaaatcgtaatatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccattttttaggctatcg 22366951  T
Q  219 tctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttattta------gatggcggcgaaaatga---- 308  Q
    | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||       |||  |  ||||||||        
T  22366950 tatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatgaagatgaaaatgataat 22366851  T
Q  309 --agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcct 406  Q
      ||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| |    
T  22366850 agagtcgtagagctaattgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttctt 22366751  T
Q  407 caatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgcaaacggatatggcacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttc 505  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||||||| | ||| | | |  || |||||  ||| | |||||  || ||||||||||||| |||||||||||||    
T  22366750 caatcaataagatgcaacaactggagaaactaaatattagtggagtcgaatatgagacattcattgatctggatttgaattcacccccacctatgcttc 22366652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 111 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 22629577 - 22629232
Alignment:
Q  111 gctcgtgaacctagagactttagatttaagatctacaaagtttgagaatcgtaatatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcatttttta 210  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||  || || |  ||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  22629577 gctcgtgaacctagagactttggatttaagacatagaatgactgaaaatcgtaatatgccaaaggagatttgcatgcttagaaagctacgccatttttta 22629478  T
Q  211 gtcgattgtctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat------ggcggcgaaa 304  Q
    | |  | || ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||| |||||||      |  |  ||||    
T  22629477 ggcattcgtatgtctttgattgagttgaaggatagtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatagtgtttgtttagatgataaggaagatgaaa 22629378  T
Q  305 atga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctat 398  Q
    ||||      ||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  22629377 atgataatagagtggtagagctaatcgaagatctaggaaagctaaatcagctaagggaattggtcttgctcggtgttaggagtaaatatatgagtgctat 22629278  T
Q  399 atcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaatt 444  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  22629277 atcttcctcaatcaataagatgcaacaattggagaaactacaaatt 22629232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 111 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 22357124 - 22356785
Alignment:
Q  111 gctcgtgaacctagagactttagatttaagatctacaaagtttgagaatcgtaatatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcatttttta 210  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  22357124 gctcgtgaacctagagactttggatttaagatctccaaaatttgaacatcctaatatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccatttatta 22357025  T
Q  211 gtcgattgtctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttag------atggcggcgaaa 304  Q
    | | | | | |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |  |||||||||||      |||  |  ||||    
T  22357024 ggcaactttatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatcgctacaaactctaaatagtgtttatttagatgattatgaagatgaaa 22356925  T
Q  305 atga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctat 398  Q
    ||||      ||| ||| || ||||  ||||||| |||||||||||||| || |||||||||  ||||| |||| ||| ||||  ||| ||||||| |||    
T  22356924 atgataatagagttgtagagttaatagaagagctgggaaaactaaagcagcttagggaattgagcttgagcggtcttaagagtaaatatatgagtggtat 22356825  T
Q  399 atcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaacta 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22356824 atcttcctcaatcaatgagatgcaaaaattggagaaacta 22356785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 111 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 22441879 - 22441540
Alignment:
Q  111 gctcgtgaacctagagactttagatttaagatctacaaagtttgagaatcgtaatatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcatttttta 210  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| | ||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22441879 gctcgtgaacctagagactttggatttaagagatacatattttgtaaatgataatatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccatttttta 22441780  T
Q  211 gtcgattgtctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttattta---gatggcg---gcgaaa 304  Q
    | | || || ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||  | |||   ||| | |   | ||||    
T  22441779 ggctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagtggagtacacttaaatgatagtgaacgtgaaa 22441680  T
Q  305 atga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctat 398  Q
    ||||      ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| |||||| ||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  22441679 atgataatagagttgtagagctaatccaagagctaggaaagctaaaacagctaaggaaattgggcttgaccggtgttaggagtaaatatatgagtgctat 22441580  T
Q  399 atcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaacta 438  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  22441579 atctttctcaatcaacgagatgcaacaattggagaaacta 22441540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 122 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 22467071 - 22466742
Alignment:
Q  122 tagagactttagatttaagatctacaaagtttgagaatcgtaatatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcattttttagtcgattgtct 221  Q
    |||||||||| |||||||||| ||  || | ||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |    
T  22467071 tagagactttggatttaagatatagcaattatgaaattcgtgatatgccaaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccatttattaggcgattgtat 22466972  T
Q  222 gtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttag------atggcggcgaaaatga------a 309  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||      |||  |  ||||||||      |    
T  22466971 gtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatctctacaaactctaagtgaagtttatttagatgagaatgaagatgaaaatgataataga 22466872  T
Q  310 gtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaa 409  Q
    || ||| ||||||| |||||||||||||| |||||  |  ||||  |||||  |||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  22466871 gtagtagagctaattcaagagctaggaaagctaaataagataagaaaattgagcttgataggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaa 22466772  T
Q  410 tcaatgagatgcaaaaaatggagaaactac 439  Q
    ||||| | |||||| |||||||||||||||    
T  22466771 tcaatcaaatgcaacaaatggagaaactac 22466742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 111 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 22352945 - 22352605
Alignment:
Q  111 gctcgtgaacctagagactttagatttaagatctacaaagtttgagaatcgtaatatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcatttttta 210  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||  ||| |     |||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  22352945 gctcgtgaacctagagactttggatttaagagttgcactgttcgcattgcgtaatatgttaaaggagatttgcaagcttagaaagttacgccatttttta 22352846  T
Q  211 gtcgattgtctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaa-ctctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaa 309  Q
    | | |     |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  || ||| |||||    
T  22352845 ggcaaccaaatgtctttgattcaattgaaagatggtattggaggcatgacatccctacaaaactctaagtgatgtttatttagatgaaggagaagatgaa 22352746  T
Q  310 ------------gtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgcta 397  Q
                || ||| |||||||  ||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||  |||||||||||||  ||| |||||||||     
T  22352745 aatgacagtagagttgtagagctaattgaagagctaggaaagctaaatcagctaagggagttggtcttgtacggtgttaggagtaaatatatgagtgctc 22352646  T
Q  398 tatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaacta 438  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22352645 tatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaacta 22352605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 161 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 22634542 - 22634194
Alignment:
Q  161 gtaatatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcattttttagtcgattgtctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgac 260  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| | ||    ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  22634542 gtaatatgcccaaggagatttgcaagcttaaaaagctacgccattttataggctatcaaatgtctctgattcagttgaaggatggtattggaggcatgac 22634443  T
Q  261 atccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatga------------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcac 348  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |  |  ||| ||||            ||||||| || ||||  ||||||||||||| ||||||||     
T  22634442 atccctacaaactctaaatgaggtttatttagacgatgatgaagatgaagatgataatagagtggtagagttaatagaagagctaggaaagctaaagcag 22634343  T
Q  349 ctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcg 448  Q
    || ||||||||   |||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||| | ||| | |    
T  22634342 cttagggaattaagcttggtcggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaacaagatgcaacaattggagaaactaaatattagag 22634243  T
Q  449 caaacggatatggcacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacc 497  Q
     || | |||||  |||| | ||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  22634242 gaatcagatataacacattcattgatatggatttgaattcacccccacc 22634194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 164 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 37929837 - 37929608
Alignment:
Q  164 atatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcattttttagtcgattgtctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatc 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |  |    |||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||    
T  37929837 atatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgttgttttttaggctctgaaatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcctgacatc 37929738  T
Q  264 cctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatga------------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcaccta 351  Q
    |||||||||||||  ||| || ||||||||||  |  ||| ||||            ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  37929737 cctacaaactctaaatgaagtatatttagatgatgatgaagatgaaaatgataatagagttgtagagctaatccaagagctaggaaagctaaaacagcta 37929638  T
Q  352 agggaattggtcttgatcggtgttaggagt 381  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  37929637 agggaattgggcttggccggtgttaggagt 37929608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 225 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 22430213 - 22430008
Alignment:
Q  225 tttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatc 324  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |  |  ||| ||||||     | |  |||     
T  22430213 tttgattgaattgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagggaggtttatttagacgatgatgaagatgaag-----atgacaat- 22430120  T
Q  325 caagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaa 424  Q
      |||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||      
T  22430119 --agagctaggaaagctaaatcagctaagggaattgggcttggccggtgtttggagtaaatatatgagtgctttatgttcctcaatcaatcagatgcacg 22430022  T
Q  425 aaatggagaaacta 438  Q
    || |||||||||||    
T  22430021 aattggagaaacta 22430008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 167 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 30988380 - 30988255
Alignment:
Q  167 tgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcattttttagtcgattgtctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccct 266  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || | | |  | | ||||||||||||||  | ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  30988380 tgccaaaggagattagcaagcttagaaagctaagacatcttatcggcactggactgtctttgattcagttaaaggatggtattggagagatgacatccct 30988281  T
Q  267 acaaactctacgtgatgtttatttag 292  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||    
T  30988280 acaaacgctacgttatgttaatttag 30988255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 220 - 290
Target Start/End: Original strand, 22180855 - 22180925
Alignment:
Q  220 ctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttattt 290  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| |||  |||||||||    
T  22180855 ctgtctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtactgtttattt 22180925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 22430297 - 22430235
Alignment:
Q  115 gtgaacctagagactttagatttaagatctacaaagtttgagaatcgtaatatgccgaaggag 177  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| || || |||||| |||| |||||||||| |||||    
T  22430297 gtgaacctagagactttggatttaagatatataaggtttgaaaatcataatatgccgcaggag 22430235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 294
Target Start/End: Original strand, 22106161 - 22106232
Alignment:
Q  223 tctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 294  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  22106161 tctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtcgtgtttctttagat 22106232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 294
Target Start/End: Original strand, 22116535 - 22116606
Alignment:
Q  223 tctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 294  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  22116535 tctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtcgtgtttctttagat 22116606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 221 - 279
Target Start/End: Original strand, 21947072 - 21947130
Alignment:
Q  221 tgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgt 279  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  21947072 tgtctttgattcaattaaagaatggtattggagagatgaagtccctacaaactctacgt 21947130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 220 - 294
Target Start/End: Original strand, 22054152 - 22054226
Alignment:
Q  220 ctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 294  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||  ||| |||| ||||| ||| |||||| |||||||    
T  22054152 ctgtctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccgtacagactctgcgtaatgtttctttagat 22054226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 226 - 294
Target Start/End: Original strand, 22035970 - 22036038
Alignment:
Q  226 ttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 294  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  22035970 ttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtcgtgtttctttagat 22036038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 165 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 29604511 - 29604388
Alignment:
Q  165 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgtcattttttagtcgattgtctgtctttgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatcc 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| |    || |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  29604511 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctgcgccattttctaggcttgagtatgtcttggattcaattgaaggatggtcttggaggcatgacattc 29604412  T
Q  265 ctacaaactctacgtgatgtttat 288  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  29604411 ctacaaactctacgtgaagtttat 29604388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 227 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 871800 - 871755
Alignment:
Q  227 tgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaac 272  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  871800 tgattcaattaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaac 871755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 227 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 1233077 - 1233032
Alignment:
Q  227 tgattcaactgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaac 272  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  1233077 tgattcaattaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaac 1233032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University