View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19773_low_66 (Length: 275)
Name: NF19773_low_66
Description: NF19773
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19773_low_66 |
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|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 21 - 248
Target Start/End: Original strand, 36445240 - 36445467
Alignment:
| Q |
21 |
agagaggtaataagacaagataacacattcatcattttttggaaaagcttatcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcc |
120 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36445240 |
agagaggtaataagacaagataacacattcatcattttttggaaaagcttatcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcc |
36445339 |
T |
|
| Q |
121 |
cgaagaaatatctatctatactatatagtggcaagatagataaatacaccattatatcaacacacaacattatttttattcatgaaatatattactgaga |
220 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36445340 |
cgaagaaatatctatctatactatatagtggcaagatagataaatacaccattatatcaacacacaacattatttttattcatgaaatatattactgaga |
36445439 |
T |
|
| Q |
221 |
aagagtgcatggtgcatgaagatagata |
248 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36445440 |
aagagtgcatggtgcatgaagatagata |
36445467 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 21 - 248
Target Start/End: Original strand, 36467709 - 36467936
Alignment:
| Q |
21 |
agagaggtaataagacaagataacacattcatcattttttggaaaagcttatcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcc |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36467709 |
agagaggtaataagacaagataacacattcatcattttttggaaaagcttatcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcc |
36467808 |
T |
|
| Q |
121 |
cgaagaaatatctatctatactatatagtggcaagatagataaatacaccattatatcaacacacaacattatttttattcatgaaatatattactgaga |
220 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36467809 |
cgaagaaatatctatctatactatatagtggcaagatagataaatacaccattatatcaacacacaacattatttttattcatgaaatatattactgaga |
36467908 |
T |
|
| Q |
221 |
aagagtgcatggtgcatgaagatagata |
248 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
36467909 |
aagagtgcatggtgcatgaagatagata |
36467936 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 40 - 248
Target Start/End: Original strand, 36435354 - 36435567
Alignment:
| Q |
40 |
ataacacattcatcatttttt-ggaaaagctta----tcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcccgaagaaatatcta |
134 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36435354 |
ataacgcattcatcatttttttggaaaagcttaataatcatcgttacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcccgaagaaatatcta |
36435453 |
T |
|
| Q |
135 |
tctatactatatagtggcaagatagataaatacaccattatatcaacacacaacattatttttattcatgaaatatattactgagaaagagtgcatggtg |
234 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
36435454 |
tctatactatatagtggcaagatagataaatacaccattatatcaacacacaacattatttttattcatgaaatatattactgagaaagagtacatggtg |
36435553 |
T |
|
| Q |
235 |
catgaagatagata |
248 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |
|
|
| T |
36435554 |
catgaagatagata |
36435567 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 185 - 244
Target Start/End: Original strand, 36411144 - 36411203
Alignment:
| Q |
185 |
caacattatttttattcatgaaatatattactgagaaagagtgcatggtgcatgaagata |
244 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |
|
|
| T |
36411144 |
caacattatttttattcatgaaatatattactaagaaagagtgtatggtgcatgatgata |
36411203 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 55 - 109
Target Start/End: Original strand, 36411013 - 36411067
Alignment:
| Q |
55 |
ttttttggaaaagcttatcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatac |
109 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
36411013 |
ttttttggaaaagcttatcatcgttacaaatacatagtcttatgcaaatttatac |
36411067 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 163
Target Start/End: Original strand, 36475606 - 36475716
Alignment:
| Q |
52 |
tcattttttggaaaagcttatcatcattacaaa-tacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcccgaagaaatatctatctatactatatagtg |
150 |
Q |
| |
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|||||||||||||| ||| |||||| | ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| | ||| |||||||| |
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|
| T |
36475606 |
tcattttttggaaacgctcatcatcgtcacaaaatacatagattgttgcaaatttatacatgatttccactaatgaaatatctatat-tac-atatagtg |
36475703 |
T |
|
| Q |
151 |
gcaagatagataa |
163 |
Q |
| |
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|||||||||||| |
|
|
| T |
36475704 |
acaagatagataa |
36475716 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 43 - 116
Target Start/End: Original strand, 36492558 - 36492631
Alignment:
| Q |
43 |
acacattcatcattttttggaaaagcttatcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgattt |
116 |
Q |
| |
|
||||||||| || || ||| ||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36492558 |
acacattcaccacttcttgcaaaagctcatccccatcacagatacatagattgatgcaaatttatacatgattt |
36492631 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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