View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19773_low_7 (Length: 599)

Name: NF19773_low_7
Description: NF19773
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19773_low_7
NF19773_low_7
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (17-589)||(600081-600653)
chr5 (304-422)||(5324929-5325048)
chr5 (517-589)||(641118-641191)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (247-573)||(6946820-6947146)
chr1 (491-578)||(13058280-13058368)
chr1 (310-399)||(13058429-13058517)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (103-453)||(24413115-24413467)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (73-453)||(44031186-44031572)
chr3 (310-385)||(10280381-10280456)
chr3 (465-588)||(10280207-10280330)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (102-469)||(29508934-29509302)
chr7 (304-570)||(9231293-9231555)
chr7 (514-573)||(29508861-29508921)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (491-578)||(19813443-19813531)
chr2 (455-586)||(22884142-22884274)
chr2 (304-423)||(22884022-22884141)
chr2 (304-423)||(23000022-23000141)
chr2 (310-406)||(5535589-5535684)
chr2 (515-570)||(30960755-30960811)
chr2 (310-400)||(19813294-19813383)
chr2 (517-571)||(7647699-7647754)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 516; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 600653 - 600081
Alignment:
Q  17 actgttgtcaccgtggtgttgtggtggctgcggttgttgttttaaaaaagagtcagttcgcatccacttcgttgttcatttaactttgggttgtgattca 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  600653 actgctgtcaccgtggtgttgtggtggctgcggttgttgttttaaaaaacagtcagttcgcatccacttcgttgttcatttaactttgggttgtgattca 600554  T
Q  117 gattgtaatgctcgaaagggagacgactttgtgatcatggcctgcttcagtttgattcgaggctgtaaacttactgtggttttcgtcgcagtaagtggtg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  600553 gattgtaatgctcgaaagggagacgactttgtgatcatggcctgcttcagtttgattcgaggctgtaaacttactgtggttttcgtcgcagtaagtggtg 600454  T
Q  217 ggtacgtgaagttggnnnnnnngtgttggaggacaatttcatttaccagttttgatacaaagcaacgatctttgctattgttcgtgattgttaggcttga 316  Q
     ||||||||||||||       ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  600453 cgtacgtgaagttggttttttcgtgttggagaacaatttcatttaccagttttgatacaaaggaacgatctttgctattgttcgtgattgttaggcttga 600354  T
Q  317 aaaagcattgatgcatgttgtgattgttgctaacatggggttgttggaacgtgaacttgattgtgttggtggtcgattcattcgctgtattgagaattga 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  600353 aaaagcattgatgcatgttgtgattgttgctaacatggggttgttggaacgtgaacttgatcgtgttggtggtcgattcattcgccgtattgagaattga 600254  T
Q  417 agactcatcttggtctgatgttggtcaacctatatggtctcaaatcctttttgatcatttggattcattgttggttaatgaattcttggggtacatgttg 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  600253 agactcatcttggtctgatgttggtcaacctatatggtctcaaatcctttttgatcatttggattcattgttggttaatgaattcttggggtacatgttg 600154  T
Q  517 ttttggactcaaaagagtcggtatgcttgttgctgatggtgcaggaagttgatggtatgtgacccgttctgtg 589  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  600153 ttttagactcgaaagagtcggtatgcttgttgctgatggtgcaggaagttgatggtatgtgacccgttctgtg 600081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 304 - 422
Target Start/End: Original strand, 5324929 - 5325048
Alignment:
Q  304 ttgttaggcttgaaaaagcattgatgcatgttgtgattgttgc-taacatggggttgttggaacgtgaacttgattgtgttggtggtcgattcattcgct 402  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||  |||||||| ||    
T  5324929 ttgtttggcttgaaagagcattgatgtttgttgtgattgttgtgtaacagggggttgttggaacgtgaatttgaccgtgttggcggtgaattcattcact 5325028  T
Q  403 gtattgagaattgaagactc 422  Q
     ||||||||| | |||||||    
T  5325029 ttattgagaagtaaagactc 5325048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 517 - 589
Target Start/End: Original strand, 641118 - 641191
Alignment:
Q  517 ttttggactcaaaagagtcggta-tgcttgttgctgatggtgcaggaagttgatggtatgtgacccgttctgtg 589  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| | |||| || |||||||    
T  641118 ttttggactcgaaagagtcggtaatgcttgttgctgatggtgcagggagctgatggcacgtgatcctttctgtg 641191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 247 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 6947146 - 6946820
Alignment:
Q  247 ggacaatttcatttaccagttttgatacaaagcaacgatctttgctattgttcgtgattgttaggcttgaaaaagcattgatgcatgttgtgattgttgc 346  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||  |||    
T  6947146 ggacaatttcatttaccagtgttgttacaaatgaacgatctttactattgttcgtacttgttaggtttgaaagagcattgatgcatgctgtgatt--tgc 6947049  T
Q  347 taacatggggttgttggaacgtgaacttgattgtgttggtggtcgattcattcgctgtattgagaattgaagactcatcttggtctgatgttggtcaacc 446  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  6947048 taatagggggttgttggaacgtgaatttgatcgtgttggtggtcaattcattcgccgtattgagaagagtagactcatcttggtctgatgctcgtcaacc 6946949  T
Q  447 tatat-ggtctcaaatcctttttgatcatttggattcattgttggttaatgaattcttggggtacatgttgttttggactcaaaagagtcg-gtatgctt 544  Q
    ||||| |||||  ||||| |||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||| |||| ||||   ||||||||||||| |||||||||   ||||||    
T  6946948 tatatgggtctttaatccgttttgatcctttgcattaattgttggttcatgaattgttggagtacggattgttttggactcgaaagagtcgtcaatgctt 6946849  T
Q  545 gttgctgatggtgcaggaagttgatggta 573  Q
    ||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  6946848 gttacggatggtgcagggagttgatggta 6946820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 491 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 13058368 - 13058280
Alignment:
Q  491 ttaatgaattcttggggtacatgttgttttggactcaaaagagtcggta-tgcttgttgctgatggtgcaggaagttgatggtatgtga 578  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||| |||||| ||||||| | || |||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  13058368 ttaatgaattgttggggtacaaattgtttgggactcgaaagagttgttaatgcttgatgttgatggtgcagggagttgatggtacgtga 13058280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 310 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 13058517 - 13058429
Alignment:
Q  310 ggcttgaaaaagcattgatgcatgttgtgattgttgctaacatggggttgttggaacgtgaacttgattgtgttggtggtcgattcattc 399  Q
    ||||||||||||| ||||||| | ||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||| | ||||  |||||||  |||||| |||||    
T  13058517 ggcttgaaaaagcgttgatgcctattgtggttgttattaaca-ggggttgttggaacgtgcatttgaccgtgttggcagtcgatacattc 13058429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 145; Significance: 5e-76; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 103 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 24413467 - 24413115
Alignment:
Q  103 tgggttgtgattcagattgtaatgctcgaaagggagacgactttgtgatcatggcctgcttcagtttgattcgaggctgtaaacttactgtggttttcgt 202  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||| || | |||||||||| |||||| ||| || ||||||||  |||||||||||  || |||||||||    
T  24413467 tgggttgtgattcggattgtggtgctcgaaagggcgatggctttgtgatcgtggcctactttaggttgattcgtagctgtaaacttgttgcggttttcgt 24413368  T
Q  203 cgcagtaagtggtgggtacgtgaagttggnnnnnnn--gtgttggaggacaatttcatttaccagttttgatacaaagcaacgatctttgctattgttcg 300  Q
    |||| ||||||||| |||  |||| ||||         ||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||  || |||||||| |||||||||    
T  24413367 cgcattaagtggtgtgtatatgaaattggattgtttccgtgttggcggacaatttcatttaccggtgttgttacaaatgaatgatctttgttattgttcg 24413268  T
Q  301 tgattgttaggcttgaaaaagcattgatgcatgttgtgattgttgctaacatggggttgttggaacgtgaacttgattgtgttggtggtcgattcattcg 400  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| | |||||||    
T  24413267 taattgttaggcttgaaaaagcattgatgcctgctgtgattgtcgcttacagggggttgttggaacgtgaatttgatcgtgttggcggtcaactcattcg 24413168  T
Q  401 ctgtattgagaattgaagactcatcttggtctgatgttggtcaacctatatgg 453  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  24413167 ctgtattgagaagagtagactcatcttggtctgatgctcgtcaacctatatgg 24413115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 73 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 44031572 - 44031186
Alignment:
Q  73 ttcgcatccacttcgttgttcatttaactttgggttgtgattcagattgtaatgctcgaaagggagacgactttgtgatcatggcctgcttcagtttgat 172  Q
    ||||||||||||| |||| || || ||||||||||||||||||  ||| |  ||||||||| || || | |||||||||| |||||| |||||| |||||    
T  44031572 ttcgcatccactttgttggtccttcaactttgggttgtgattcgaattttggtgctcgaaaaggcgatggctttgtgatcgtggcctacttcaggttgat 44031473  T
Q  173 tcgaggctgtaaacttactgtggttttcgtcgcagtaagtggtgggtacgtgaagttggnnnnnnn--gtgttggaggacaatttcatttaccagttttg 270  Q
    ||| ||  ||||||||  || ||||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||         ||||||| | |||||||||||||||||| |||    
T  44031472 tcgtggtcgtaaacttgttgcggttttcgtcgcattaagtggtgtgtacatgaaattggattgtttccgtgttggcgaacaatttcatttaccagtgttg 44031373  T
Q  271 atacaaagcaacgatctttgctattgttcgtgattgttaggcttgaaaaagcattgatgcatgttgtgattgttgctaacatg----gggttgttggaac 366  Q
     ||||||  || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | || ||||||||| ||| |||||    |||||||||||||    
T  44031372 ttacaaatgaatgatctttgttattgttcgtaattgttaggcttgaaaaggcattgatacctgctgtgattgtcgcttacatgcatggggttgttggaac 44031273  T
Q  367 gtgaacttgattgtgttggtggtcgattcattcgctgtattgagaattgaagactcatcttggtctgatgttggtcaacctatatgg 453  Q
     |||| ||||| ||||||| |||| |||||||||  ||||||||||  | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  44031272 atgaatttgatcgtgttggcggtcaattcattcgtcgtattgagaagagtagactcatcttggtctgatgctcgtcaacctatatgg 44031186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 310 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 10280456 - 10280381
Alignment:
Q  310 ggcttgaaaaagcattgatgcatgttgtgattgttgctaacatggggttgttggaacgtgaacttgattgtgttgg 385  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||| ||||  |||||||    
T  10280456 ggcttgaaaaaacgttgatgcatgttgtgattgttgttaacagggggttattggaatgtgaatttgaccgtgttgg 10280381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 465 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 10280330 - 10280207
Alignment:
Q  465 ttttgatcatttggattcattgttggttaatgaattcttggggtacatgttgttttggactcaaaagagtcggta-tgcttgttgctgatggtgcaggaa 563  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||  |||||||||  |||||| | |||| ||||||||  || ||||||||  | |||||| | | |    
T  10280330 ttttgatcctttgaattcatt-ttgtttaatgaattggtggggtacagattgtttggaactcgaaagagtcattaatgcttgtttttcatggtgtaagga 10280232  T
Q  564 gttgatggtatgtgacccgttctgt 588  Q
    |||||||||| |||| |||||||||    
T  10280231 gttgatggtacgtgatccgttctgt 10280207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 102 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 29509302 - 29508934
Alignment:
Q  102 ttgggttgtgattcagattgtaatgctcgaaagggagacgactttgtgatcatggcctgcttcagtttgattcgaggctgtaaacttactgtggttttcg 201  Q
    |||||||||||||   | |||||||||| |||||| || | |||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||  |||||||  ||||||||| |    
T  29509302 ttgggttgtgatttgaactgtaatgctctaaagggcgatgtctttgtgatcgtggcctgcttcaggttgattcgtggccataaacttgttgtggtttttg 29509203  T
Q  202 tcgcagtaagtggtgg-gtacgtgaagttggnnnnnnng--tgttggaggacaatttcatttaccagttttgatacaaagcaacgatctttgctattgtt 298  Q
    ||||||||||||||   |||| |||| ||||          |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||    
T  29509202 tcgcagtaagtggttttgtacatgaaattgggttgttttcatgttggcggacaatttcatttaccagtgttgttacaaaggaacgatctttgctatggtt 29509103  T
Q  299 cgtgattgttaggcttgaaaaagcattgatgcatgttgtgattgttgctaacatggggttgttggaacgtgaacttgattgtgttggtggtcgattcatt 398  Q
    | | ||||||| ||||||||  || ||||||| || ||| |  |||||||||| |||| || ||||||||||| ||||| ||| ||| |||| |||||||    
T  29509102 cataattgttaagcttgaaagggcgttgatgcctgctgtaa--gttgctaaca-gggggtggtggaacgtgaatttgatcgtgatggaggtcaattcatt 29509006  T
Q  399 cgctgtattgagaattgaagactcatcttggtctgatgttggtcaacctatatg-gtctcaaatcctttttg 469  Q
    ||  |||||||||| |||||| || | ||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  29509005 cgacgtattgagaagtgaagaatctttttggtctgatgcttgtcaacctatatgagtcttaaatccgttttg 29508934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 304 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 9231555 - 9231293
Alignment:
Q  304 ttgttaggcttgaaaaagcattgatgcatgttgtgattgttgctaacatggggttgttggaacgtgaacttgattgtgttggtggtcgattcattcgctg 403  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||| | |||||| |||||||| ||| ||||  |||||   ||||||||||||||| |    
T  9231555 ttgtttggcttgaaagagcgttgatgcctgttgtgattgttggtaaaagggggtttttggaacgcgaatttgaccgtgttcacggtcgattcattcgccg 9231456  T
Q  404 tattgagaattgaagactcatcttggtctgatgttggtcaacctatatggtctcaaatcctttttgatcatttggattcattgttggttaatgaattctt 503  Q
    |||  |||| |||||||||||||||| | | || | | |||| |||||||||| ||||||  ||||||| |||| || | ||    || |||||||| ||    
T  9231455 tatcaagaagtgaagactcatcttggccagctgct-gacaacttatatggtcttaaatccgctttgatcctttgaatccgtt----gtaaatgaattgtt 9231361  T
Q  504 ggggtacatgttgttttggactcaaaagagtcggt-atgcttgttgctgatggtgcaggaagttgatg 570  Q
    ||||| ||   ||||||| |||| ||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  9231360 ggggttcagactgttttgaactcgaaagagtcgttaatgcttgctgctgatagtgcaggaagttgatg 9231293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 514 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 29508921 - 29508861
Alignment:
Q  514 ttgttttggactcaaaagagtcggta-tgcttgttgctgatggtgcaggaagttgatggta 573  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  29508921 ttgttttggactcgaaagagtcgataatgcttgttgcggatggcgcatgaagttgatggta 29508861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 491 - 578
Target Start/End: Original strand, 19813443 - 19813531
Alignment:
Q  491 ttaatgaattcttggggtacatgttgttttggactcaaaagagtcggt-atgcttgttgctgatggtgcaggaagttgatggtatgtga 578  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  19813443 ttaatgaattgttggggtacatattgttttggactcaaaagagtcgttaatgcttgttgctgatggagcagggagttgatggtacgtga 19813531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 455 - 586
Target Start/End: Original strand, 22884142 - 22884274
Alignment:
Q  455 ctcaaatcctttttgatcatttggattcattgttggttaatgaattcttggggtacatgttgttttggactcaaaagagtcggta-tgcttgttgctgat 553  Q
    |||||||||  ||||||| |||| |||| |||||| |||||||||| || |||| || ||||||| |||||| |||||||   || ||||||||||||||    
T  22884142 ctcaaatccgctttgatcctttgaattctttgttgattaatgaattgttagggtgcaggttgtttgggactcgaaagagtgtttaatgcttgttgctgat 22884241  T
Q  554 ggtgcaggaagttgatggtatgtgacccgttct 586  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  22884242 ggtgcagggagttgatggtatgtgatccgttct 22884274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 304 - 423
Target Start/End: Original strand, 22884022 - 22884141
Alignment:
Q  304 ttgttaggcttgaaaaagcattgatgcatgttgtgattgttgctaacatggggttgttggaacgtgaacttgattgtgttggtggtcgattcattcgctg 403  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||||  || |  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||  |    
T  22884022 ttgtttggcttgaaagagctttgatgtctgctaagattgttgttaacaagaggttgttggaacgtgaatttgaccgtgttggaggtcgattcattcgacg 22884121  T
Q  404 tattgagaattgaagactca 423  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  22884122 tattgagaagtgaagactca 22884141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 304 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 23000141 - 23000022
Alignment:
Q  304 ttgttaggcttgaaaaagcattgatgcatgttgtgattgttgctaacatggggttgttggaacgtgaacttgattgtgttggtggtcgattcattcgctg 403  Q
    ||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||| | ||||||| ||||  ||||| | ||| |||||||||||      
T  23000141 ttgtttggcttgaaagagcattaatgtatgttgtgattgttgttaatagggggttgttaggacgtgaatttgaccgtgtttgcggtggattcattcgcca 23000042  T
Q  404 tattgagaattgaagactca 423  Q
    |||| |||| ||||||||||    
T  23000041 tatttagaagtgaagactca 23000022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 310 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 5535684 - 5535589
Alignment:
Q  310 ggcttgaaaaagcattgatgcatgttgtgattgttgctaacatggggttgttggaacgtgaacttgattgtgttggtggtcgattcattcgctgtat 406  Q
    ||||| ||||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  5535684 ggcttaaaaaagccttgatgtctattgtgattgttgttaacatggg-ttgttggaacgtgaatttgaccgtgttggcggtcaattcattcgccgtat 5535589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 515 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 30960811 - 30960755
Alignment:
Q  515 tgttttggactcaaaagagtcggta-tgcttgttgctgatggtgcaggaagttgatg 570  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30960811 tgttttggactcgaaagagtcggtaatgcttgttgctgatggtgcagggagttgatg 30960755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 310 - 400
Target Start/End: Original strand, 19813294 - 19813383
Alignment:
Q  310 ggcttgaaaaagcattgatgcatgttgtgattgttgctaacatggggttgttggaacgtgaacttgattgtgttggtggtcgattcattcg 400  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||| | || ||||||||||  |||| ||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  19813294 ggcttgaaaaagcgttgatgccggttgtgattgttgttaata-ggagttgttggaagatgaatttgatcgtgttggcgatcgattcattcg 19813383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 517 - 571
Target Start/End: Original strand, 7647699 - 7647754
Alignment:
Q  517 ttttggactcaaaagagtcggta-tgcttgttgctgatggtgcaggaagttgatgg 571  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  7647699 ttttggactcgaaagagtcggtaatgcttgttgctaatggtgcagggagctgatgg 7647754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University