View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19777_low_2 (Length: 598)

Name: NF19777_low_2
Description: NF19777
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19777_low_2
NF19777_low_2
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (4-582)||(13412-13990)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (4-582)||(14404863-14405441)
chr8 (7-582)||(5607419-5607994)
chr8 (7-582)||(5627376-5627951)
chr8 (4-581)||(6309847-6310424)
chr8 (7-581)||(5549936-5550510)
chr8 (4-564)||(13165045-13165605)
chr8 (4-582)||(32633413-32633991)
chr8 (267-582)||(5571518-5571833)
chr8 (300-581)||(12176975-12177256)
chr8 (300-581)||(12421403-12421684)
chr8 (277-581)||(12188273-12188577)
chr8 (277-581)||(12432701-12433005)
chr8 (300-514)||(9394141-9394355)
chr8 (408-468)||(5649854-5649914)
chr8 (408-474)||(5603257-5603323)
chr8 (408-474)||(5632047-5632113)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (309-580)||(19492705-19492976)


Alignment Details
Target: scaffold0363 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 582
Target Start/End: Original strand, 13412 - 13990
Alignment:
Q  4 atgtccaagaatatatttttctctttatcatccaattcataataactcaatctgagtattgaatcaatttcgttgtttggaannnnnnncagtttagcta 103  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||       |||||||||||    
T  13412 atgtccaaaaatatatctttctctttatcatccaattcatcataactcaatctgaatatagaatcaatttcgttgtttggaatttttttcagtttagcta 13511  T
Q  104 atgcacaatcccattcaatttcacttttacaacgaagtaatgatcccaatactttcaaagctaaagggtttcctttggcataatcaattgctctttttga 203  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  13512 atgcacagtcccattcaatttcacttttacaacgaagtaaagatcccaatactttcaaagctaacgggtttccgttggcataatcaactgctctttttga 13611  T
Q  204 gagctccacatatccaaccttaggtgagactttgtcaaaagcattcaagcaaaaaagcttaacggaatttcgggaattcatcttcttaatctcataaatt 303  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  13612 gagctccacatatccatccttaggcgagactttgtcaaaagcattcatgctaaaaagcttaacggaattgcgggagttcatcttcttaacttcataaatt 13711  T
Q  304 ttgtcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagtttt 403  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13712 ttgtcgattcctccacttatcagcacatgcttatccctcgtagtcacgatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagtttt 13811  T
Q  404 gcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgtcaat 503  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  13812 gaagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatagatggtattagtttgggactgtcaat 13911  T
Q  504 atcaagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtc 582  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13912 atcaagatcttcccttagtaacttggaaagaagtttgttgcacgcgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtc 13990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 14405441 - 14404863
Alignment:
Q  4 atgtccaagaatatatttttctctttatcatccaattcataataactcaatctgagtattgaatcaatttcgttgtttggaannnnnnncagtttagcta 103  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||       |||||||||||    
T  14405441 atgtccaaaaatatatctttctctttatcatccaattcatcataactcaatctgaatatagaatcaatttcgttgtttggaatttttttcagtttagcta 14405342  T
Q  104 atgcacaatcccattcaatttcacttttacaacgaagtaatgatcccaatactttcaaagctaaagggtttcctttggcataatcaattgctctttttga 203  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  14405341 atgcacagtcccattcaatttcacttttacaacgaagtaaagatcccaatactttcaaagctaacgggtttccgttggcataatcaactgctctttttga 14405242  T
Q  204 gagctccacatatccaaccttaggtgagactttgtcaaaagcattcaagcaaaaaagcttaacggaatttcgggaattcatcttcttaatctcataaatt 303  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  14405241 gagctccacatatccatccttaggcgagactttgtcaaaagcattcatgctaaaaagcttaacggaattgcgggagttcatcttcttaacttcataaatt 14405142  T
Q  304 ttgtcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagtttt 403  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14405141 ttgtcgattcctccacttatcagcacatgcttatccctcgtagtcacgatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagtttt 14405042  T
Q  404 gcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgtcaat 503  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  14405041 gaagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatagatggtattagtttgggactgtcaat 14404942  T
Q  504 atcaagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtc 582  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14404941 atcaagatcttcccttagtaacttggaaagaagtttgttgcacgcgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtc 14404863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 582
Target Start/End: Original strand, 5607419 - 5607994
Alignment:
Q  7 tccaagaatatatttttctctttatcatccaattcataataactcaatctgagtattgaatcaatttcgttgtttggaannnnnnncagtttagctaatg 106  Q
    ||||| |||||||||| |||| | | ||||||||||| | |||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||| |       ||||||| ||||||    
T  5607419 tccaaaaatatattttgctctgttttatccaattcattaaaactcattctaaatatagaatcaatttcgttgtttggcatttttttcagtttatctaatg 5607518  T
Q  107 cacaatcccattcaatttcacttttacaacgaagtaatgatcccaatactttcaaagctaaagggtttcctttggcataatcaattgctctttttgagag 206  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5607519 cacaatcccattctttttcacttttacaacgaagtaatgatcccaatactttcaaagctaaagggtttcctctggcataatcaattgctctttttgagag 5607618  T
Q  207 ctccacatatccaaccttaggtgagactttgtcaaaagcattcaagcaaaaaagcttaacggaatttcgggaattcatcttcttaatctcataaattttg 306  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   | | |||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||| |     
T  5607619 ctccacatatccatccttaggtgagactttgtcaaaagcattcaagctaaaaattctgagggaatttcgggagttcatcttcttaacttcatatattgtc 5607718  T
Q  307 tcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagttttgca 406  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5607719 ttaattcctccacttatcagcacatgtttatccctagtagtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgca 5607818  T
Q  407 gaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgtcaatatc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5607819 gaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatc 5607918  T
Q  507 aagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtc 582  Q
    ||||||||   | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5607919 aagatcttcttttagtaacttacaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgactttttgatacttctgtc 5607994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 5627951 - 5627376
Alignment:
Q  7 tccaagaatatatttttctctttatcatccaattcataataactcaatctgagtattgaatcaatttcgttgtttggaannnnnnncagtttagctaatg 106  Q
    ||||| |||||||||| |||| | | ||||||||||| | |||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||| |       ||||||| ||||||    
T  5627951 tccaaaaatatattttgctctgttttatccaattcattaaaactcattctaaatatagaatcaatttcgttgtttggcatttttttcagtttatctaatg 5627852  T
Q  107 cacaatcccattcaatttcacttttacaacgaagtaatgatcccaatactttcaaagctaaagggtttcctttggcataatcaattgctctttttgagag 206  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5627851 cacaatcccattctttttcacttttacaacgaagtaatgatcccaatactttcaaagctaaagggtttcctctggcataatcaattgctctttttgagag 5627752  T
Q  207 ctccacatatccaaccttaggtgagactttgtcaaaagcattcaagcaaaaaagcttaacggaatttcgggaattcatcttcttaatctcataaattttg 306  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   | | |||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||| |     
T  5627751 ctccacatatccatccttaggtgagactttgtcaaaagcattcaagctaaaaattctgagggaatttcgggagttcatcttcttaacttcatatattgtc 5627652  T
Q  307 tcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagttttgca 406  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5627651 ttaattcctccacttatcagcacatgtttatccctagtagtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgca 5627552  T
Q  407 gaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgtcaatatc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5627551 gaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatc 5627452  T
Q  507 aagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtc 582  Q
    ||||||||   | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5627451 aagatcttcttttagtaacttacaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgactttttgatacttctgtc 5627376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 581
Target Start/End: Original strand, 6309847 - 6310424
Alignment:
Q  4 atgtccaagaatatatttttctctttatcatccaattcataataactcaatctgagtattgaatcaatttcgttgtttggaannnnnnncagtttagcta 103  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||  |||||||||       ||||||||| |    
T  6309847 atgtctaaaaatatatctttctctttatcatccaattcattataactcaatctgaatataaaatcaatttcagtgtttggaatttctttcagtttagcca 6309946  T
Q  104 atgcacaatcccattcaatttcacttttacaacgaagtaatgatcccaatactttcaaagctaaagggtttcctttggcataatcaattgctctttttga 203  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6309947 gtgcacaatcccattcaatttcacttttacaacgaagtaatgatcccaatactttcaaagctaaaggatttcctttggcataatcaactgctctttttga 6310046  T
Q  204 gagctccacatatccaaccttaggtgagactttgtcaaaagcattcaagcaaaaaagcttaacggaatttcgggaattcatcttcttaatctcataaatt 303  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  6310047 gagctccacatatccatccttaggtgagacttttccaaaagcattcaagctgaaaagctggagggaattttgggaattcatcttcttaacttcataaatt 6310146  T
Q  304 ttgtcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagtttt 403  Q
    || ||||| ||||| |||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6310147 ttttcaatccctccacttatcaagacatgcttatccctagtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagtttt 6310246  T
Q  404 gcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgtcaat 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||  |||||||||| ||||| ||| |||||    
T  6310247 gcagaagttctgaattatgtacatcatctattacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcattgatggtattaatttggaagtatcaat 6310346  T
Q  504 atcaagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgccttttcgatacttctgt 581  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||    
T  6310347 atcaagatcttccctgagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgatcccatgtctctttgatacttctgt 6310424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 5550510 - 5549936
Alignment:
Q  7 tccaagaatatatttttctctttatcatccaattcataataactcaatctgagtattgaatcaatttcgttgtttggaannnnnnncagtttagctaatg 106  Q
    ||||| |||||||||| |||| | | ||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |       |||||||||| |||    
T  5550510 tccaaaaatatattttgctctgttttatccaattcattaaaactcaatctgaatatagaatcaatttcattgtttggtatttttctcagtttagctgatg 5550411  T
Q  107 cacaatcccattcaatttcacttttacaacgaagtaatgatcccaatactttcaaagctaaagggtttcctttggcataatcaattgctctttttgagag 206  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5550410 cacaatcccattctttttcatttttacaactaagtaatgatcccaatacttgtaaagctaaagggtttcctctggcataatcaattgctctttttgagag 5550311  T
Q  207 ctccacatatccaaccttaggtgagactttgtcaaaagcattcaagcaaaaaagcttaacggaatttcgggaattcatcttcttaatctcataaattttg 306  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    | |||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||| |     
T  5550310 ctccacatatccatccttaggtgagactttgttaaaagcattcaaacaaaaaagtcggagggaatttcgggagttcatcttcttaacttcatatattgtc 5550211  T
Q  307 tcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagttttgca 406  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5550210 ttaattcctccacttatcagcacatgtttatccctagtagtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgca 5550111  T
Q  407 gaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgtcaatatc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5550110 gaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatc 5550011  T
Q  507 aagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgccttttcgatacttctgt 581  Q
    ||||||||   | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  5550010 aagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgt 5549936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 4 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 13165605 - 13165045
Alignment:
Q  4 atgtccaagaatatatttttctctttatcatccaattcataataactcaatctgagtattgaatcaatttcgttgtttggaannnnnnncagtttagcta 103  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||   ||||||||||   || | ||       ||||||||  |    
T  13165605 atgtccaaaaatatatttttctctttatcatccaattcattataactccatcttagtatcctatcaatttcggcattggaaattttctccagtttagaca 13165506  T
Q  104 atgcacaatcccattcaatttcacttttacaacgaagtaatgatcccaatactttcaaagctaaagggtttcctttggcataatcaattgctctttttga 203  Q
     |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  13165505 gtgcacaattccattctatttcacttttgcaacgaagtgatgatcccaaaactttcagagctaaagggatgcctttggcgtaatcaatcgctctttttga 13165406  T
Q  204 gagctccacatatccaaccttaggtgagactttgtcaaaagcattcaagcaaaaaagcttaacggaatttcgggaattcatcttcttaatctcataaatt 303  Q
    |||||||||| ||||  |||||||  ||||  ||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||    
T  13165405 gagctccacaaatccctccttagggaagacagtgtcaaaagcattcaagcagaaaagctggagggaattttgggagttcatcttcttaacttcataaatt 13165306  T
Q  304 ttgtcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagtttt 403  Q
    |  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13165305 tcttcaattcctccacttatcagcacatgcttatccctagtcgtcacaatgactgtgctaccagctcctaaccaaccatgtcccactccaatcaagtttt 13165206  T
Q  404 gcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgtcaat 503  Q
    | |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||  |||||||||| |||| |||||  |||    
T  13165205 gtagaagttccgaggtatgtacgtcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcctgatcatggatggtattactttgagagtggtaat 13165106  T
Q  504 atcaagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgc 564  Q
    |||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13165105 atcaaggtcttcccctagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtcattgattccatgc 13165045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 4 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 32633991 - 32633413
Alignment:
Q  4 atgtccaagaatatatttttctctttatcatccaattcataataactcaatctgagtattgaatcaatttcgttgtttggaannnnnnncagtttagcta 103  Q
    |||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| | |||   ||| |||||    || ||||       |||||||||||    
T  32633991 atgtccagaaatatgtttttctctttatcatctaattcattataactccatctcattatcttatcgatttctgcattgggaatttccttcagtttagcta 32633892  T
Q  104 atgcacaatcccattcaatttcacttttacaacgaagtaatgatcccaatactttcaaagctaaagggtttcctttggcataatcaattgctctttttga 203  Q
    ||||||| | |||||| ||||||||||| | || ||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||| |||    
T  32633891 atgcacagttccattctatttcacttttgctacaaagaaatgatcccaaaacttttagagctaaagggttgcctttggcgtaatcaatcactctttctga 32633792  T
Q  204 gagctccacatatccaaccttaggtgagactttgtcaaaagcattcaagcaaaaaagcttaacggaatttcgggaattcatcttcttaatctcataaatt 303  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||||  | ||| ||||| || ||||| |  ||||  | || ||||    
T  32633791 gagctccacatatccctccttaggtaagactttgtcaaaagcattgaagctgaaaagctggagggagtttcgagagttcatttctttaacttgatgaatt 32633692  T
Q  304 ttgtcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagtttt 403  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||  || ||||||||||||||||    
T  32633691 ttgtcaattcctccactaaccagcacatgcttatcccttgtcgttacaatgactatgctaccatctcctagccaaccattcccgactccaatcaagtttt 32633592  T
Q  404 gcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgtcaat 503  Q
    ||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||  |||||||||| ||||| ||  |||||    
T  32633591 gcagaagttccaaagtatgaacatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaat 32633492  T
Q  504 atcaagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtc 582  Q
    ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32633491 atcaagatcttcccttagtaacttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtc 32633413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 267 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 5571833 - 5571518
Alignment:
Q  267 ggaatttcgggaattcatcttcttaatctcataaattttgtcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctacca 366  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  5571833 ggaattttgggagttcatcttcttaacttcataaatttcgtcaattcctccacttatcagcacatgtttatccctagtcgtcacaatgactatgctacca 5571734  T
Q  367 gatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttc 466  Q
    | ||| |||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||   | |||||||||    
T  5571733 ggtccaagccaaccacctctcactccaatcaagtcttgcagaagttcagagttatgtacatcatctaatacaatgaaagatttcatatgtctgagtcttc 5571634  T
Q  467 ttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgcct 566  Q
    |  ||||||  | ||| |||| ||||||||||||||||  |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  5571633 tcttgatcatggctgggattactttgggagtgtcaatacgaagatcttcccctagtaacttggaaagaagtttgttgcacgtgtaattgattccatgctt 5571534  T
Q  567 tttcgatacttctgtc 582  Q
    ||| || |||||||||    
T  5571533 ttttgaaacttctgtc 5571518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 300 - 581
Target Start/End: Original strand, 12176975 - 12177256
Alignment:
Q  300 aattttgtcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaag 399  Q
    ||||| |||||||||||| | | ||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || ||| |||| ||  ||||||||||     
T  12176975 aatttcgtcaattcctcctcctgtcaacacatgcttatctctggttgtcacaatgactctgctaccaactccaaggcaatcatgccctgctccaatcaaa 12177074  T
Q  400 ttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgt 499  Q
    || |  ||||||||| || || | |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| |  | | || ||||| ||||| ||| ||||| |    
T  12177075 ttatctagaagttctaaagtacgaacatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtct 12177174  T
Q  500 caatatcaagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgccttttcgatacttctgt 581  Q
    |||||| |||||||| ||  |||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||  ||||| || || ||| |||||||    
T  12177175 caatatgaagatcttcccctagtaacttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgt 12177256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 300 - 581
Target Start/End: Original strand, 12421403 - 12421684
Alignment:
Q  300 aattttgtcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaag 399  Q
    ||||| |||||||||||| | | ||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || ||| |||| ||  ||||||||||     
T  12421403 aatttcgtcaattcctcctcctgtcaacacatgcttatctctggttgtcacaatgactctgctaccaactccaaggcaatcatgccctgctccaatcaaa 12421502  T
Q  400 ttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgt 499  Q
    || |  ||||||||| || || | |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| |  | | || ||||| ||||| ||| ||||| |    
T  12421503 ttatctagaagttctaaagtacgaacatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtct 12421602  T
Q  500 caatatcaagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgccttttcgatacttctgt 581  Q
    |||||| |||||||| ||  |||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||  ||||| || || ||| |||||||    
T  12421603 caatatgaagatcttcccctagtaacttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgt 12421684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 277 - 581
Target Start/End: Original strand, 12188273 - 12188577
Alignment:
Q  277 gaattcatcttcttaatctcataaattttgtcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagcc 376  Q
    |||||||| |||| ||  |||| ||||| |||||||||||| |   ||| |||||  ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||| || |    
T  12188273 gaattcattttctcaacttcatgaatttcgtcaattcctcctcccgtcaacacatacttatctctggttgtcacaatgactctgctaccagctccaaggc 12188372  T
Q  377 aaccatgtcccactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaa 476  Q
    || |||| ||  |||||||||| || |  ||||||||| || || | |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| |  | | ||     
T  12188373 aatcatgccctgctccaatcaaattatttagaagttctaaaatacgaacatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccat 12188472  T
Q  477 agatggtattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgccttttcgatact 576  Q
    ||||| ||||| ||| ||||| ||||||| |||||||| ||  |||| ||| ||||||||| ||||| |||||||| |||  ||||| || || ||| ||    
T  12188473 agatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagtagcttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattct 12188572  T
Q  577 tctgt 581  Q
    |||||    
T  12188573 tctgt 12188577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 277 - 581
Target Start/End: Original strand, 12432701 - 12433005
Alignment:
Q  277 gaattcatcttcttaatctcataaattttgtcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagcc 376  Q
    |||||||| |||| ||  |||| ||||| |||||||||||| |   ||| |||||  ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||| || |    
T  12432701 gaattcattttctcaacttcatgaatttcgtcaattcctcctcccgtcaacacatacttatctctggttgtcacaatgactctgctaccagctccaaggc 12432800  T
Q  377 aaccatgtcccactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaa 476  Q
    || |||| ||  |||||||||| || |  ||||||||| || || | |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| |  | | ||     
T  12432801 aatcatgccctgctccaatcaaattatttagaagttctaaaatacgaacatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccat 12432900  T
Q  477 agatggtattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgccttttcgatact 576  Q
    ||||| ||||| ||| ||||| ||||||| |||||||| ||  |||| ||| ||||||||| ||||| |||||||| |||  ||||| || || ||| ||    
T  12432901 agatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagtagcttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattct 12433000  T
Q  577 tctgt 581  Q
    |||||    
T  12433001 tctgt 12433005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 300 - 514
Target Start/End: Original strand, 9394141 - 9394355
Alignment:
Q  300 aattttgtcaattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaag 399  Q
    ||||| |||||| |||| || ||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||  || ||||||||| ||| || ||| |||| || |||||||||||     
T  9394141 aatttcgtcaatccctctgcctatcaacacatgcttatctctggttgtcacaatttctctgctaccagctccaaggcaatcatgccctactccaatcaaa 9394240  T
Q  400 ttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgt 499  Q
    ||||  ||||||| | || |||| |  || |||||||||||||| | |||||||  ||||||||||    | | || ||||| ||||| |||||||||||    
T  9394241 ttttctagaagttttaaagtatgaatgtcgtctagtacaatgaaagctttcatgtgtttgagtctttacataaccatagatgatattactttgggagtgt 9394340  T
Q  500 caatatcaagatctt 514  Q
    ||||| |||||||||    
T  9394341 caataccaagatctt 9394355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 408 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 5649914 - 5649854
Alignment:
Q  408 aagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttctt 468  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  5649914 aagttctgaagtacgtacatcatctaatacaatgaaagcttttatgcttttgagtcttctt 5649854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 408 - 474
Target Start/End: Original strand, 5603257 - 5603323
Alignment:
Q  408 aagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatc 474  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||| ||| | ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  5603257 aagttctgaagtacgtacatcatctaatacaacgaaagcttttatgcttttgagtcttcttatgatc 5603323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 408 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 5632113 - 5632047
Alignment:
Q  408 aagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatc 474  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||| ||| | ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  5632113 aagttctgaagtacgtacatcatctaatacaacgaaagcttttatgcttttgagtcttcttatgatc 5632047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 309 - 580
Target Start/End: Original strand, 19492705 - 19492976
Alignment:
Q  309 aattcctccgcttatcagcacatgtttatccctggtcgtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagttttgcaga 408  Q
    ||||||||| ||| |||||||||  | |||||| || |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  || | ||| ||||||  ||| ||||    
T  19492705 aattcctccacttttcagcacatcctcatccctagtagtcacaatgactatgctaccagctcctagccaaccacctctctctctaatcaaagttttcaga 19492804  T
Q  409 agttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaatgatttcatgcttttgagtcttcttctgatcaaagatggtattagtttgggagtgtcaatatcaa 508  Q
      ||||| | || | |||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||  ||| ||  ||||  |||| | | || ||||| |||| ||    
T  19492805 gtttctggactacgaacatcatctagtacaatgaaagctttcattcctttgagtcttctaatgaccatggatgacattactataggcgtgtcgatattaa 19492904  T
Q  509 gatcttgcctaagtaacttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgccttttcgatacttctg 580  Q
     ||||| ||  |||||  |||||| |||||| ||  | ||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||    
T  19492905 catcttccccgagtaatgtggaaacaagttttttataagtgaaattgattccattcctttttgattcttctg 19492976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University