View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19777_low_3 (Length: 596)
Name: NF19777_low_3
Description: NF19777
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19777_low_3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 588
Target Start/End: Original strand, 27990179 - 27990755
Alignment:
| Q |
13 |
aaaatgatacaactcaccatcaaattatagtttaacttattatatttcttgtatatatcatacgctacctatagttagttattagttagttgatgtgatt |
112 |
Q |
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| T |
27990179 |
aaaatgatacaactcaccatcaaattatagtttagcttattatatttctt----atatcatacgctacctatagttagttattagttagttgatgtgatt |
27990274 |
T |
|
| Q |
113 |
ctctacatacgagcacatagctatcatagaccatatactaacactataaatgttagttgtaacttcaacattcattaagagaaatgagtttgtttgatta |
212 |
Q |
| |
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|
| T |
27990275 |
ctctacatacgagcacatagctatcatagaccatatactaacactataaatgttagttgtaacttcaacattcattaagagaaatgagtttgtttgatta |
27990374 |
T |
|
| Q |
213 |
attttctctctcacaatagtcatttctaagaacttaaacaatagtaacttttttcaaacattgtaacaaatatgggagcataattccaaattttggtccg |
312 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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| T |
27990375 |
attttctctctcacaatagtcatttctaagaacttaaacaatagtaacttttttcaaacattgtaacaaatatgggagcataattccaaattttgatccg |
27990474 |
T |
|
| Q |
313 |
caaccgaaattggaggcgtagtataaaggttttaaatgttatattggatatatttatttgtgttttataccaatatcaaaattcacaaaataatttaaac |
412 |
Q |
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| T |
27990475 |
ctaccgaaattggaggcgtagtataaaggttttaaatgttatattggatgtatttatttgtattttgtaccaatatcaaaattcacaaaataattttaac |
27990574 |
T |
|
| Q |
413 |
ct------tatttcccaccattaattttatgaatgtgattgtttgacttgaaacaacttttatcaagcatacaaatacattgttaaactagaattagcta |
506 |
Q |
| |
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|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | |
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| T |
27990575 |
ctcaatcccatttcccaccattaattttatgaatgtgattgtttgacttgaaacaacttttatcaagcatacaaagacactgttaaactagaattagcaa |
27990674 |
T |
|
| Q |
507 |
tgggagatttcatnnnnnnnnnttgggatacaataaattttactcccttccgtcgcacaatagatgtcttatttgatgatgt |
588 |
Q |
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||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |
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|
| T |
27990675 |
tgggagatttcat-aaaaaaaattgggatacaataaattttactccctttcgtcgcacaatagatgtcctatttgacgatgt |
27990755 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 13 - 407
Target Start/End: Original strand, 28000635 - 28001019
Alignment:
| Q |
13 |
aaaatgatacaactcaccatcaaattatagtttaacttattatatttcttgtatatatcatacgctacctatagttagttattagttagttgatgtgatt |
112 |
Q |
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| T |
28000635 |
aaaaggatacaactcaccatcaaactatagtttagcttattatatttctt----atatcacacgctacctagagttagtt-----------gatgtgatt |
28000719 |
T |
|
| Q |
113 |
ctctacatacgagcacat----agctatcatagaccatatactaac-actataaatgttagttgtaacttcaacattcattaagagaaatgagtttgttt |
207 |
Q |
| |
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|
|
| T |
28000720 |
ttctgcataagagcacatgattagctatcatataccatatactaactactataaacgttagttgtaacttcaacattcattaagagaaatgagtttgttt |
28000819 |
T |
|
| Q |
208 |
gattaattttctctctcacaatagtcatttctaagaacttaaacaatagtaacttttttcaaacattgtaacaaatatgggagcataattccaaattttg |
307 |
Q |
| |
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|
|
| T |
28000820 |
gattaattttctctctcacaatagtcatttctaagaacttaaacaatagtaatttttttcaaacattgtaacaaatatgggagcataattccaaattttg |
28000919 |
T |
|
| Q |
308 |
gtccgcaaccgaaattggaggcgtagtataaaggttttaaatgttatattggatatatttatttgtgttttataccaatatcaaaattcacaaaataatt |
407 |
Q |
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|
| T |
28000920 |
gtccgcaaccacaataggatccgtagtataaaggttttaaatgttatattggatgtatttatttgtgttttgtaccaatataaaaattcataaaataatt |
28001019 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 423 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 10503452 - 10503404
Alignment:
| Q |
423 |
accattaattttatgaatgtgattgtttgacttgaaacaacttttatca |
471 |
Q |
| |
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||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
10503452 |
accattaatttgataaatgtgattgtttgacttgaaacaacatttatca |
10503404 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 331 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 10503561 - 10503491
Alignment:
| Q |
331 |
tagtataaaggttttaaatgttatattggatatatttatttgtgttttataccaatatcaaaattcacaaa |
401 |
Q |
| |
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||||||||||||||| |||||||||| || | ||||| ||||| |||||| |||||||||| ||| ||||| |
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| T |
10503561 |
tagtataaaggttttgaatgttatataggttgtatttgtttgtattttatcccaatatcaagatttacaaa |
10503491 |
T |
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