View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19782_low_1 (Length: 859)

Name: NF19782_low_1
Description: NF19782
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19782_low_1
NF19782_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (120-843)||(30730755-30731480)
chr2 (3-143)||(30731536-30731676)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (120-843)||(14670344-14671065)
chr1 (196-843)||(14704938-14705584)
chr1 (197-843)||(14685248-14685883)
chr1 (3-143)||(14670148-14670288)
chr1 (3-124)||(14676148-14676263)
chr1 (3-124)||(14683266-14683381)
chr1 (54-121)||(14653974-14654040)
chr1 (54-121)||(14663765-14663831)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (574-843)||(24058960-24059229)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 120 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 30731480 - 30730755
Alignment:
Q  120 aaacatcctcttcaactcctgaacacaannnnnnngtcaatggcatcctatcatatacaacacaatttggagaaacactctgataatctcccgccaaact 219  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30731480 aaacatcctcttcaactcttgaacccaacccaaccgtcaatggcatcctatcatatacaacacaatttggagaaacactctgataatctcccgccaaact 30731381  T
Q  220 aaggaaactaaataacccacctaatgtcttagggatttcctacttctgcttcgactttagacaaattcactaatatcccatctctatcagtaatcacata 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30731380 aaggaaactaaataacccacctaatgtcttagggatttcctacttctgcttcgactttagacaaattcactaatatcccatctctatcagtaatcacata 30731281  T
Q  320 tctcaagaattgaaattcactaaaacatgttataaatatatttactcgaaaaacttttagaaaactatgctttgttgaattaagaaactatattgactct 419  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30731280 tctcaataattgaaattcactaaaacatattataaatatatttactcgaaaaacttttagaaaactatgctttgttgaattaagaaactatattgactct 30731181  T
Q  420 aaannnnnnncaataaatataattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggaggctatggtttcaaacaacatcttca 519  Q
    |||       ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30731180 aaatttttttcaataaatacaattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggaggctatggtttcaaacaacatcttca 30731081  T
Q  520 atttcatccgtaaatccacttcctac--tggagtgtatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgccaactcaagatggagagcctcttcta 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30731080 atttcatccgtaaatccacttcctacactggagtgaatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgccaactcaagatggagagcctcttcta 30730981  T
Q  618 gttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccaagccaactctaaagccttgtttagagaatccatattcac 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30730980 gttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccatgccaactataaaaccttgtttagagaatccatattcac 30730881  T
Q  718 tttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacaatgccaaattcatctgttgcgttggaagggca 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30730880 tttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccgcaatgccaaattcatctgttgcgttggaagggca 30730781  T
Q  818 tcatctaaagcaggttttccacatat 843  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  30730780 tcatctaaagcaggttttccacatat 30730755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 3 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 30731676 - 30731536
Alignment:
Q  3 actacacacagagatcagtcttgtcttggttcccaaaggtgatgtgatgagttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttat 102  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30731676 actacacacagagattagtcttgtcttggttcccaaaggtgatgtgatgagttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttat 30731577  T
Q  103 ttatggcataccatgtgaaacatcctcttcaactcctgaac 143  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30731576 ttatagcataccatgtgaaacatcctcttcaactcctgaac 30731536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 618; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 618; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 120 - 843
Target Start/End: Original strand, 14670344 - 14671065
Alignment:
Q  120 aaacatcctcttcaactcctgaacacaannnnnnngtcaatggcatcctatcatatacaacacaatttggagaaacactctgataatctcccgccaaact 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14670344 aaacatcctcttcaactcctgaacacaacccccc-gtcaatggcatcctatcatatacaacacaatttggagaaacaatctgataatctcccgccaaact 14670442  T
Q  220 aaggaaactaaataacccacctaatgtcttagggatttcctacttctgcttcgactttagacaaattcactaatatcccatctctatcagtaatcacata 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14670443 aaggaaactaaataacccacctaatgtcttagggatttcctacttctacttcgactttagacaaattcactaatatcccatctctatcagtaatcacata 14670542  T
Q  320 tctcaagaattgaaattcactaaaacatgttataaatatatttactcgaaaaacttttagaaaactatgctttgttgaattaagaaactatattgactct 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14670543 tctcaagaattgaaattcactaaaacatattataaatatatttactcgaaaaacttttagaaaactatgctttgttgaattaagaaactatattgactct 14670642  T
Q  420 aaannnnnnncaataaatataattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggaggctatggtttcaaacaacatcttca 519  Q
    ||        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||    
T  14670643 aattttttttcaataaatacaattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttgaattaggaggctatggtt---aacaacatcttca 14670739  T
Q  520 atttcatccgtaaatccacttcctac--tggagtgtatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgccaactcaagatggagagcctcttcta 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14670740 atttcatccgtaaatccacttcctacactggagtgaatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgccaactcaagatggagagcctcttcta 14670839  T
Q  618 gttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccaagccaactctaaagccttgtttagagaatccatattcac 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14670840 gttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccatgccaactctaaaaccttgtttagagaatccatattcac 14670939  T
Q  718 tttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacaatgccaaattcatctgttgcgttggaagggca 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14670940 tttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacaatgccaaattcatctgttgcgttggaagggca 14671039  T
Q  818 tcatctaaagcaggttttccacatat 843  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  14671040 tcatctaaagcaggttttccacatat 14671065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 559; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 196 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 14705584 - 14704938
Alignment:
Q  196 actctgataatctcccgccaaactaaggaaactaaataacccacctaatgtcttagggatttcctacttctgcttcgactttagacaaattcactaatat 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14705584 actctgataatctcccgccaaactaaggaaa-tacat--cccacctaatgtcttagggatttcctacttctgcttccactttagacaaattcactaatat 14705488  T
Q  296 cccatctctatcagtaatcacatatctcaagaattgaaattcactaaaacatgttataaatatatttactcgaaaaacttttagaaaactatgctttgtt 395  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14705487 cccatctctatcagtaatcacatacctcaagaattgaaattcactaaaacatattataaatagatttactcaaaaaacttttagaaaactatgctttgtt 14705388  T
Q  396 gaattaagaaactatattgactctaaannnnnnncaataaatataattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggagg 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||       ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14705387 gaattaagaaactatattgactctaaatttttttcaataaatacaattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggagg 14705288  T
Q  496 ctatggtttcaaacaacatcttcaatttcatccgtaaatccacttcctac--tggagtgtatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgcca 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14705287 ctatggtttcaaacaacatcttcaatttcatccgtaaatccacttcctacactggagtgaatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgcca 14705188  T
Q  594 actcaagatggagagcctcttctagttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccaagccaactctaaagc 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  14705187 actcaagatggagagcctcttctagttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccatgccaactctaaaac 14705088  T
Q  694 cttgtttagagaatccatattcactttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacaatgccaaa 793  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14705087 cttgtttagagaatccatattcactttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacaatgccaaa 14704988  T
Q  794 ttcatctgttgcgttggaagggcatcatctaaagcaggttttccacatat 843  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14704987 ttcatctgttgcgttggaagggcatcatctaaagcaggttttccacatat 14704938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 197 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 14685883 - 14685248
Alignment:
Q  197 ctctgataatctcccgccaaactaaggaaactaaataacccacctaatgtcttagggatttcctacttctgcttcgactttagacaaattcactaatatc 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |         
T  14685883 ctctgataatctcccgccaaactaaggaaactaaataacccaacaaatgtcttagggatttcctacttctgctttgactttagacaaattcacca----- 14685789  T
Q  297 ccatctctatcagtaatcacatatctcaagaattgaaattcactaaaacatgttataaatatatttactcgaaaaacttttagaaaactatgctttgttg 396  Q
             ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||    ||||||||||||||| |||||||    
T  14685788 ---------tcagtaatcacatgtcccaagaattgaaattcactaaaacatattataaatagatttacttgaattttttttagaaaactatggtttgttg 14685698  T
Q  397 aattaagaaactatattgactctaaannnnnnn-caataaatataattatgataccactaaaatgaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggagg 495  Q
    ||||||||||||| ||||||||||          ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14685697 aattaagaaactacattgactctattttttttttcaataaatacaattatgataccactaaaataaccaactttaacaaatgagttgttaaattaggagg 14685598  T
Q  496 ctatggtttcaaacaacatcttcaatttcatccgtaaatccacttcctac--tggagtgtatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgcca 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14685597 ctatggtttcaaacaacatcttcaatttcatccataaatccacttcatacactggagcgaatagaagaatcctcattctcattcgaaacatgtgatgcca 14685498  T
Q  594 actcaagatggagagcctcttctagttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcacttccaagccaactctaaagc 693  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14685497 actcaagatggagagcctcttctagttgacataacacataccccattgatggtctgttctccggacgctcctccaagcacttccaagccaactctaaaac 14685398  T
Q  694 cttgtttagagaatccatattcactttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacaatgccaaa 793  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14685397 cttgtttagagaatccatattcactttgccaatcaaaaatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaacttaatgcccacattgccaaa 14685298  T
Q  794 ttcatctgttgcgttggaagggcatcatctaaagcaggttttccacatat 843  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14685297 ttcatctgttgcgttggaagggcatcatctaaagcaggttttccacatat 14685248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 3 - 143
Target Start/End: Original strand, 14670148 - 14670288
Alignment:
Q  3 actacacacagagatcagtcttgtcttggttcccaaaggtgatgtgatgagttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttat 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14670148 actacacacagagatcagtcttgtcttggttcccaaaggtgatgtgatgagttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttat 14670247  T
Q  103 ttatggcataccatgtgaaacatcctcttcaactcctgaac 143  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14670248 ttatagcataccatgtgaaacatcctcttcaactcctgaac 14670288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 3 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 14676263 - 14676148
Alignment:
Q  3 actacacacagagatcagtcttgtcttggttcccaaaggtgatgtgatgagttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttat 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  14676263 actacacacagagatcagtcttgtcttggttccaaaaggtgatg-----agttataactactataaaaccaaatacacaacactgacgttgcaaccttat 14676169  T
Q  103 ttatggcataccatgtgaaaca 124  Q
    |||| ||||||||| |||||||    
T  14676168 ttat-gcataccatatgaaaca 14676148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 3 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 14683381 - 14683266
Alignment:
Q  3 actacacacagagatcagtcttgtcttggttcccaaaggtgatgtgatgagttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttat 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  14683381 actacacacagagatcagtcttgtcttggttccaaaaggtgatg-----agttataactactataaaaccaaatacacaacactgacgttgcaaccttat 14683287  T
Q  103 ttatggcataccatgtgaaaca 124  Q
    |||| ||||||||| |||||||    
T  14683286 ttat-gcataccatatgaaaca 14683266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 121
Target Start/End: Original strand, 14653974 - 14654040
Alignment:
Q  54 ttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttatttatggcataccatgtgaa 121  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||    
T  14653974 ttataaccactataaaactaaataaacaacactgaagttgc-gacttatttatagcataccatatgaa 14654040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 121
Target Start/End: Original strand, 14663765 - 14663831
Alignment:
Q  54 ttataactactattaaaccaaatacacaacactgaagttgcaaacttatttatggcataccatgtgaa 121  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||    
T  14663765 ttataaccactataaaactaaataaacaacactgaagttgc-gacttatttatagcataccatatgaa 14663831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 574 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 24059229 - 24058960
Alignment:
Q  574 attcgaaacatgtgatgccaactcaagatggagagcctcttctagttgacataatacataccccatcggtggtctgttctcccgacgctcctccaagcac 673  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  24059229 attcaaaacatctgatgccaactcaagatggagagcctcttctagttgacataatatgtaccccattgatggtctgttcactcgacgctcctccaagcac 24059130  T
Q  674 ttccaagccaactctaaagccttgtttagagaatccatattcactttgccaatcaaatatgggtccatcatttcatgaaaggtaccctttttatcgcaac 773  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| |    
T  24059129 ttccaagccagctctaaaaccttgtttacagactccatattcactttgccagtcaaataagggtccatcatttcatgaaaagtgccctttttatggcagc 24059030  T
Q  774 ttaatgcccacaatgccaaattcatctgttgcgttggaagggcatcatctaaagcaggttttccacatat 843  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||    
T  24059029 ttaatgcccaaaatgccaaattcatctgctgcgttggaagggcatcatctagagcaggcttcccacatat 24058960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University