View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19782_low_2 (Length: 841)
Name: NF19782_low_2
Description: NF19782
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19782_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 806; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 806; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 822
Target Start/End: Original strand, 39933999 - 39934820
Alignment:
| Q |
1 |
atgtatgtcacaaataatctacatcaagaaactgaatttaggaactagattgagagaaaggtactgaagaaattaatgacaatttatgatttctcatcta |
100 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
39933999 |
atgtatgtcacaaataatctacatccagaaactgaatttaggaactagattgagagaaaggtactgaagaaattaatgacaatttatgatttctcatcta |
39934098 |
T |
|
| Q |
101 |
agtgaaaatgtgacatcatacatgtatttatagctacatagatgtgtaacagtactctaactaactttctacattggtttactaactgtaactaattaca |
200 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39934099 |
agtgacaatgtgacatcatacatgtatttatagctacatagatgtgtaacagtactctaactaactttctacattggtttactaactgtaactaattaca |
39934198 |
T |
|
| Q |
201 |
acacgctaactagcctcatcaatgtttgttagatcagtaacttgttgtgcaagtcactaagaattgctacatatcttgacagtctttttcatagaatgta |
300 |
Q |
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|
|
| T |
39934199 |
acacgctaactagcctcatcaatgtttgttagatcagtaacttgttgtgcaagtcactaagaattgctacatatcttgacagtctttttcatagaatgta |
39934298 |
T |
|
| Q |
301 |
ggagagaagaacttatcatcattatcacttattccaaccataacaatatcatttatcatcatttcaaatcttcttaaatatcttcatatttgtaagaaat |
400 |
Q |
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|
|
| T |
39934299 |
ggagagaagaacgtatcatcattatcacttattccaaccataacaatatcatttatcatcatttcaaatcttcttaaatatcttcatatttgtaagaaat |
39934398 |
T |
|
| Q |
401 |
agagcacagtaaataatacacaaagttgatagctccaaacacgactaacatccaatacacattatcaaccttgccatgatttatttcatcaggtaaccaa |
500 |
Q |
| |
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|
| T |
39934399 |
agagcacagtaaataatacacaaagttgatagctccaaacacgactaacatccaatacacattatcaaccttgccatgatttatttcatcaggtaaccaa |
39934498 |
T |
|
| Q |
501 |
tcagtactcctacgaacttggtcaattaaagcagtgctcaagtaaaaagcaattcctataagcattgaaatcattgcagttgatgtgctcttaagtgatt |
600 |
Q |
| |
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|
|
| T |
39934499 |
tcagtactcctacgaacttggtcaattaaagcagtgctcaagtaaaaagcaattcctataagcattgaaatcattgcagttgatgtgctcttaagtgatt |
39934598 |
T |
|
| Q |
601 |
gtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaattgtggaaaaaaccataacacggacat |
700 |
Q |
| |
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|
|
| T |
39934599 |
gtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaattgtggaaaaaaccataacacggacat |
39934698 |
T |
|
| Q |
701 |
ggaaacattatatgcacatgtgctaatttgagtctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctgctcatattc |
800 |
Q |
| |
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| T |
39934699 |
ggaaacattatatgcacatgtgctaatttgagtctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctgctcctattc |
39934798 |
T |
|
| Q |
801 |
gctggagcggcataagtgattt |
822 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
39934799 |
gctggagcggcataagtgattt |
39934820 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 383 - 814
Target Start/End: Complemental strand, 39695732 - 39695303
Alignment:
| Q |
383 |
ttcatatttgtaagaaatagagcacagtaaataatacacaaagttgatagctccaaacacgactaacatccaatacacattatcaaccttgccatgattt |
482 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39695732 |
ttcatacttgtaagaaatagagcacaataggtaatacacaaagttgatacctccaaacactactaacatccaatacacattatcaaccttgccatgattt |
39695633 |
T |
|
| Q |
483 |
atttcatcaggtaaccaatcagtactcctacgaacttggtcaattaaagcagtgctcaagtaaaaagcaattcctataagcattgaaatcattgcagttg |
582 |
Q |
| |
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|
| T |
39695632 |
atttcatcaggtaaccaatcagtactcctacgaacttggtcaattaaagcagtgctcaaataaaaagcaattcctataagcattgaaatcattgctgttg |
39695533 |
T |
|
| Q |
583 |
atgtgctcttaagtgattgtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaattgtggaaa |
682 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
39695532 |
atgtgttcttaagtgattgtggaaattgttggtagtagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaa |
39695433 |
T |
|
| Q |
683 |
aaaccataacacggacatggaaacattatatgcacatgtgctaatttgagtctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaagaacagtcaaca |
782 |
Q |
| |
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||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39695432 |
caaccataacacagacatggaaacat--tatgcacatgtactaatttgagtctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaagaacagtcaaca |
39695335 |
T |
|
| Q |
783 |
catgtcctgctcatattcgctggagcggcata |
814 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
39695334 |
catgtcctgctcctattcgttggagcggcata |
39695303 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 372 - 814
Target Start/End: Complemental strand, 39704652 - 39704215
Alignment:
| Q |
372 |
tcttaaatatcttcatatttgtaagaaatagagcacagtaaataatacacaaagttgatagctccaaacacgactaacatccaatacacattatcaacct |
471 |
Q |
| |
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|
| T |
39704652 |
tcttaaacattttcatacttgtaagaaatagagcacagtaagtaatacacaaagttgatagctccaaacatgaccaacatccaatacacattatcaacct |
39704553 |
T |
|
| Q |
472 |
tgccatgatttatttcatcaggtaaccaatcagtactcctacgaacttggtcaattaaagcagtgctcaagtaaaaagcaattcctataagcattgaaat |
571 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39704552 |
tgccatgatttatttcatcaggtaaccaatcagtactcctacgaacttggtcaattaaagcagtgctcaaataaaaagcaatacctataagcattgaaat |
39704453 |
T |
|
| Q |
572 |
cattgcagttgatgtgctcttaagtgattgtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacact |
671 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39704452 |
cattgcagttgatgtgatcttaagtgattgtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacact |
39704353 |
T |
|
| Q |
672 |
aattgtggaaaaaaccataacacggacatggaaacattatatgcacatgtgctaatttgagtctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaag |
771 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
39704352 |
aattgtggaaacaaccataacacagacatttccac-----atgcacatgtaccaatttgagcctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaag |
39704258 |
T |
|
| Q |
772 |
aacagtcaacacatgtcctgctcatattcgctggagcggcata |
814 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| ||| |||||| || || |||||| |
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|
| T |
39704257 |
aacagtcaacacatgtcctactcctattcgttgaagtggcata |
39704215 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 350 - 808
Target Start/End: Original strand, 39928701 - 39929154
Alignment:
| Q |
350 |
catttatcatcatttcaaatcttcttaaatatcttcatatttgtaagaaatagagcacagtaaataatacacaaagttgatagctccaaacacgactaac |
449 |
Q |
| |
|
|||||||||| | ||| ||| ||||||| || |||||| ||||||| | ||| || | ||| |||||||||||||| ||| | || | | ||||||| |
|
|
| T |
39928701 |
catttatcataacatcacatcctcttaaacattttcatacttgtaaggagaagaacaaaataagtaatacacaaagtttatacccccgagtaggactaac |
39928800 |
T |
|
| Q |
450 |
atccaatacacattatcaaccttgccatgatttatttcatcaggtaaccaatcagtactcctacgaacttggtcaattaaagcagtgctcaagtaaaaag |
549 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
39928801 |
atccagtacacattgtcaatcttcccatgatttatgtcatcaggtaaccaatcagtactcctacgaacttgatcaattaatgcattgctcatgtaaaaag |
39928900 |
T |
|
| Q |
550 |
caattcctataagcattgaaatcattgcagttgatgtgctcttaagtgattgtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagc |
649 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
39928901 |
caacccctataagcattgaaaccgttgcagttgatgtgctctttagcgattgtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaacgc |
39929000 |
T |
|
| Q |
650 |
ttctccaataccaaccaacactaattgtggaaaaaaccataacacggacatggaaacattatatgcacatgtgctaatttgagtctctttgattcaacaa |
749 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
39929001 |
ttctccgataccaaccaacactaattgtggaaacaaccataatacagacattgaaac-----atgttcatgcgctaatttgagtctcttcgattcaacaa |
39929095 |
T |
|
| Q |
750 |
gagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctgctcatattcgctggagc |
808 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||| | |||||| |
|
|
| T |
39929096 |
gagcagagaccaccatgccaagaacattgaacacatgtcctactcctatttgatggagc |
39929154 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 4e-56; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 575 - 814
Target Start/End: Original strand, 38061603 - 38061837
Alignment:
| Q |
575 |
tgcagttgatgtgctcttaagtgattgtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaat |
674 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |
|
|
| T |
38061603 |
tgcagttgatgtgctcttcagtgactgtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaatactcaccagcattaat |
38061702 |
T |
|
| Q |
675 |
tgtggaaaaaaccataacacggacatggaaacattatatgcacatgtgctaatttgagtctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaagaac |
774 |
Q |
| |
|
|||||||| || |||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| || |||| |
|
|
| T |
38061703 |
tgtggaaacaaacataacacagacatttccac-----atgaacatgtgctaatttgagtctttttgtctcaacaagagcggagacaaccatacccagaat |
38061797 |
T |
|
| Q |
775 |
agtcaacacatgtcctgctcatattcgctggagcggcata |
814 |
Q |
| |
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|||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
38061798 |
ggtcaacacatagcctactcctattcgttggagcggcata |
38061837 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 474 - 550
Target Start/End: Original strand, 38059050 - 38059126
Alignment:
| Q |
474 |
ccatgatttatttcatcaggtaaccaatcagtactcctacgaacttggtcaattaaagcagtgctcaagtaaaaagc |
550 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||| | | |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
38059050 |
ccatgatttatgtcatctggtaaccaattagtaatcctatggatttggtcaactaaagtagtgctcaagttaaaagc |
38059126 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 560 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 4847209 - 4847134
Alignment:
| Q |
560 |
aagcattgaaatcattgcagttgatgtgctcttaagtgattgtggaaattgttgataatagaatgtaacttgtcca |
635 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||| || | ||||||||||||||| || || |||||||||| |||| |
|
|
| T |
4847209 |
aagcattgaaatcattggagttgatgtgctcaaaaattattgtggaaattgtttgtagtaaaatgtaacttctcca |
4847134 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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