View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19786_low_5 (Length: 762)

Name: NF19786_low_5
Description: NF19786
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19786_low_5
NF19786_low_5
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (15-744)||(4652204-4652933)
chr7 (22-744)||(4665626-4666348)
chr7 (22-744)||(4629600-4630322)
chr7 (22-740)||(4642395-4643113)
chr7 (22-744)||(4671331-4672053)
chr7 (22-743)||(4660492-4661216)
chr7 (22-744)||(4635548-4636270)
chr7 (40-725)||(4784557-4785242)
chr7 (40-744)||(4816967-4817671)
chr7 (213-725)||(4862771-4863283)
chr7 (150-725)||(4697912-4698487)
chr7 (40-704)||(4712809-4713473)
chr7 (308-704)||(4846764-4847160)
chr7 (43-236)||(4676737-4676930)
chr7 (271-326)||(4676945-4677000)
chr7 (40-287)||(4854596-4854843)
chr7 (391-461)||(27539508-27539578)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (22-744)||(18926442-18927164)
chr4 (391-461)||(46271746-46271816)
chr4 (383-464)||(45191495-45191576)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 706; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 706; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 744
Target Start/End: Original strand, 4652204 - 4652933
Alignment:
Q  15 tataacaacttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652204 tataacaacttgactcattgatggacgttgagtcccatcatcatgcacacaactcaacgccagcttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaa 4652303  T
Q  115 ccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652304 ccccttaggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaaccaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcac 4652403  T
Q  215 gaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctgg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652404 gaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctgg 4652503  T
Q  315 atccaaataccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagcc 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652504 atccaaataccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccttgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagcc 4652603  T
Q  415 acccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaac 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652604 acccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctctgcatgaagataattcagccctctcgcggaac 4652703  T
Q  515 ccaatagaatctcaagcctcttcttccacggtaagggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaa 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652704 ccaatagaatctcaagcctcttcttccacggtaagggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaa 4652803  T
Q  615 aatcatttctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaactcgttggca 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4652804 aatcatttctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttggca 4652903  T
Q  715 ccttgttgagagccagatttgaggcgtttt 744  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652904 ccttgttgagagccagatttgaggcgtttt 4652933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 744
Target Start/End: Original strand, 4665626 - 4666348
Alignment:
Q  22 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 121  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  4665626 acttgactcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaagcaacttaacgccaacttgcaataatatttcaagtactcatctgtgatagaatccctta 4665725  T
Q  122 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 221  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  4665726 cgaatggatcaactatttgttcaattgccacaccttcatcgtaacattttttaaaccaacaaactagactagcagtattcttatccaaatcacgaaccaa 4665825  T
Q  222 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4665826 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaacgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattcgggatccaaa 4665925  T
Q  322 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatt 421  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| |||| |||||    
T  4665926 tatccgaggctccccttcaccatcgtgctgacatgggtagttgatatccctgtcggtcccaccttggataacccaaagtcggaaacctttgccatccatt 4666025  T
Q  422 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatag 521  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||    
T  4666026 tttcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttctgtttcacctcagtatgaagataattcagccctctcgctgcacccaaaag 4666125  T
Q  522 aatctcaagcctcttcttccacggtaagggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatt 621  Q
    |||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||     
T  4666126 aatctcaagcctctgcttccatgataggggctggttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatc 4666225  T
Q  622 tctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaactcgttggcaccttgtt 721  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  4666226 tctgtgtcgtcattgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgagagagcaattcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgtt 4666325  T
Q  722 gagagccagatttgaggcgtttt 744  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  4666326 gagagcctgatttgaggcgtttt 4666348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 744
Target Start/End: Original strand, 4629600 - 4630322
Alignment:
Q  22 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 121  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  4629600 acttgactcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaagcaacttaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcaactgtgatagaatccctta 4629699  T
Q  122 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 221  Q
     ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4629700 agaatggatcgactatttgttcaatcgccacaccttcattatggcatttttgaaaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 4629799  T
Q  222 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  4629800 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccaaacgagtacacgtcagattttagagttagcctttggagcatatagtattcgggatccaaa 4629899  T
Q  322 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatt 421  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |  || ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  4629900 tatccaaggctccccttcaccatcgtgctgacatgggtagtcgttattcctgtaggtcccaccttggataacccgaaatcagaaaccttagctacccatt 4629999  T
Q  422 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatag 521  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  4630000 tctcatccaacagtatgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtgcttcacctcagaatgaagataattcagccctctcgctgcacccaatag 4630099  T
Q  522 aatctcaagcctcttcttccacggtaagggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatt 621  Q
     ||||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||     
T  4630100 gatctcaagcctctgcttccatggtaggggctgattattggaaccatacagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatc 4630199  T
Q  622 tctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaactcgttggcaccttgtt 721  Q
    |||||||  |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  4630200 tctgtgttgtcattgcaatatcctacaagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgtt 4630299  T
Q  722 gagagccagatttgaggcgtttt 744  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  4630300 gagagcctgatttgaggcgtttt 4630322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 740
Target Start/End: Original strand, 4642395 - 4643113
Alignment:
Q  22 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 121  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||  | ||||| ||| | ||||    
T  4642395 acttgactcattgagggtcgttgaattccatcatcatgcaaacaacttaacgccaacttgcaataatattctaaacactcgcccgtgatggaatctctta 4642494  T
Q  122 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  4642495 ggaatggatccactatttgttcaatcgccacaccttcttcgtagcatcttttgaaccaacaaactagactagcagtattcttatccaaattacgaaccaa 4642594  T
Q  222 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 321  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||| |||    
T  4642595 aggtggcctagcacacaacacttcaagaagtaccacaccgaacgagtacacatctgattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaa 4642694  T
Q  322 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatt 421  Q
    ||||| ||||| || |||||||| ||||| |  ||||| || || |||||||| |||||||| || ||||| || || || ||||||||||| | |||||    
T  4642695 tacccaaggcttcctttcaccattgtgctgatgtgggtagtcgatatccctgtaggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctatccatt 4642794  T
Q  422 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatag 521  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  4642795 tttcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacctaatag 4642894  T
Q  522 aatctcaagcctcttcttccacggtaagggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatt 621  Q
    ||| |||||||||| | |||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  4642895 aatttcaagcctctgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcacaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccaaaatcatc 4642994  T
Q  622 tctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaactcgttggcaccttgtt 721  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4642995 tctgtgtcatcgttgcaatatcccacgagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcatgaactcgttggcaccttgtt 4643094  T
Q  722 gagagccagatttgaggcg 740  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  4643095 gagagcccgatttgaggcg 4643113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 744
Target Start/End: Original strand, 4671331 - 4672053
Alignment:
Q  22 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 121  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  | ||||||||| ||||||    
T  4671331 acttgactcattgagggtcgttgagttccatcatcatgcaagcaactcaacgccaacttgcaataatattccaaacactcacccgtgatagaatccctta 4671430  T
Q  122 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 221  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4671431 ggaatgaatccagtatttgttcaatcgccacaccttcatcgtagcatcttttaaaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcgcgaaccaa 4671530  T
Q  222 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 321  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||| |||    
T  4671531 aggtggcctagcacacaacacttcaagaagtaccacaccgaatgagtacacatctgattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaa 4671630  T
Q  322 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatt 421  Q
    ||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||| || |  ||||| || |||||||| || ||||| || || || ||||||||||| | |||||    
T  4671631 tacccaaggcttcctttcaccattgtgctgacgtgggtagttgttatccccgtgggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctatccatt 4671730  T
Q  422 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatag 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  4671731 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataatttagccctctcgcagcacccaatag 4671830  T
Q  522 aatctcaagcctcttcttccacggtaagggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatt 621  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||     
T  4671831 aatctcaagcctctgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcataaactcgtaaaccaaaatcatc 4671930  T
Q  622 tctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaactcgttggcaccttgtt 721  Q
    | ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| |    
T  4671931 tatgtgtcatcgtcgcaatatccaacgagggataccaagtgaatgtggcgaagttgagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgct 4672030  T
Q  722 gagagccagatttgaggcgtttt 744  Q
    ||||||| |||||||| ||||||    
T  4672031 gagagcccgatttgagccgtttt 4672053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 743
Target Start/End: Original strand, 4660492 - 4661216
Alignment:
Q  22 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 121  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||| |  |||    
T  4660492 acttgactcattgaaggtcgttgagtcccatcatcatgcaaacaacttaacgccaacttgcaataatattccaaacactcatccgtgatagaatctttta 4660591  T
Q  122 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 221  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  4660592 gggatggatccactatttgttcaatcgccacaccttcatcatagcatcttttaaaccaacaaactagactagttgtattcttatccaaatcgcgaaccaa 4660691  T
Q  222 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 321  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  4660692 tggtggcctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaacgagtacacttcagattttagagttaacctttggagcatatagtattggggatccaaa 4660791  T
Q  322 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaac---atgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccaccc 418  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||   ||| || || || ||||||||||||||||| || ||||| || || || ||||||||||| ||||    
T  4660792 tacccaaggctccccttcaccattgtgctgacgtgatgagtagtcgatatccctgtcggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctaccc 4660891  T
Q  419 atttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaa 518  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || ||||||||    
T  4660892 atttgtgatccaacaatatgttggtgctctttacgtcgcggtgtattattttgtgtttcacctcagcatgaagataatgcaaccctcttgctgaacccaa 4660991  T
Q  519 tagaatctcaagcctcttcttccacggtaagggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatc 618  Q
    ||| ||||||||||| | | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||    
T  4660992 taggatctcaagcctttgcctccaaggtaggggctggttattagaaccataaagatgctcgcagagagtaccgcgctgcatgaattcataaaccagaatc 4661091  T
Q  619 atttctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaactcgttggcacctt 718  Q
    || | |||||  ||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  4661092 atctatgtgttgtcattacaatatcccatgagggacaccaaatgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttgacacctt 4661191  T
Q  719 gttgagagccagatttgaggcgttt 743  Q
    |||||||||| ||||||||||||||    
T  4661192 gttgagagcccgatttgaggcgttt 4661216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 744
Target Start/End: Original strand, 4635548 - 4636270
Alignment:
Q  22 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 121  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||  || |||||  | ||||| ||| | ||||    
T  4635548 acttgactcattgagggtcgttgaattccatcatcatgcaaacaacttaacgccaacttgcaaaaatattcaaaacactcgcccgtgatggaatctctta 4635647  T
Q  122 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 221  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4635648 ggaatggatccaccatttgttcaatcgccacaccttcttcgtagcatcttttgaaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcgcgaaccaa 4635747  T
Q  222 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 321  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||| || || ||||| |||    
T  4635748 aggtggcctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacgtctgatttaagagtaagcctttggaacatatagtactcaggatctaaa 4635847  T
Q  322 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatt 421  Q
    ||||| | ||| ||||| || || ||||| || ||||| || || || |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| | |||||    
T  4635848 taccccaagcttcccttaacaattgtgctgacgtgggtagtcgatatacctgtcggtcccacctttgataacccaaaatcagaaaccttagctatccatt 4635947  T
Q  422 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatag 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| ||    
T  4635948 tctcatccaacaatatgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtttttaacctcagtatgaagataattcagccctctagctgcacccaaaag 4636047  T
Q  522 aatctcaagcctcttcttccacggtaagggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatt 621  Q
    ||| |||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||     
T  4636048 aatttcaagcctctgcttccatggtaggggttggttattagaaccataaagatactcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcatagaccagaatcatc 4636147  T
Q  622 tctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaactcgttggcaccttgtt 721  Q
    ||||| |  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  4636148 tctgtcttgtcgttgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatctcgttcatgaactcatttgcaccttgtt 4636247  T
Q  722 gagagccagatttgaggcgtttt 744  Q
    ||||||| ||  |||||||||||    
T  4636248 gagagcccgacctgaggcgtttt 4636270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 40 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 4785242 - 4784557
Alignment:
Q  40 cgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactattt 139  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| | ||| |||  |  |||||| ||||||| |||||   ||| |||||| |  | | ||| || ||||| || |    
T  4785242 cgttgatttccatcatcatgcaaacaatttaacaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatctttaatgaacgggtccaccatat 4785143  T
Q  140 gttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaa 239  Q
     ||||||| ||| |||||||| ||| ||| ||| |||| ||  | | | ||||||| | ||||||||||||  ||||||||| || ||||| ||||||||    
T  4785142 cttcaattaccataccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtctcgcacacaa 4785043  T
Q  240 cacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccctaggctacccttc 339  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||  |||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  4785042 cacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttc 4784943  T
Q  340 accatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgt 439  Q
    ||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4784942 accatagtgctgacatgggtcatcgacatccctgtaggtcccacttttgataacccaaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatgt 4784843  T
Q  440 tggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctcaagcctcttctt 539  Q
    | || |||||||||||||||||||| || ||||| ||| |  | ||||| ||||||| || ||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  4784842 ttgtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctctgctt 4784743  T
Q  540 ccacggtaag-ggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatttctgtgtcatcattgca 638  Q
    ||| |||||| || | |||||  || ||||||||||| ||||| ||| | ||  |||||||||| |||||||| | |||||| |||    | ||||||||    
T  4784742 cca-ggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcattgca 4784644  T
Q  639 atatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgaga 725  Q
    |||||| |  || || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||  |||||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  4784643 atatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttcacaccttgttgaga 4784557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 40 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 4817671 - 4816967
Alignment:
Q  40 cgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactattt 139  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| | ||| |||  |  |||||| ||||||| |||||   ||| |||||| |  | | ||| || ||||| || |    
T  4817671 cgttgatttccatcatcatgcaaacaatttaacaccatttgacaataacatttcaaacactcacttgttatagaatctttaatgaacgggtccaccatat 4817572  T
Q  140 gttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaa 239  Q
     ||||||| ||| |||||||| ||| ||| ||| |||| ||  | | | ||||||| | ||||||||||||   |||||||| || ||||| ||||||||    
T  4817571 cttcaattaccataccttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaccgaaccaacgggggtctcgcacacaa 4817472  T
Q  240 cacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccctaggctacccttc 339  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |  |||||  |||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  4817471 cacctcaagaagcacaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaatctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttc 4817372  T
Q  340 accatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgt 439  Q
    ||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4817371 accatagtgctgacatgggtcatcgacatccctgtaggtcccacttttgataacccaaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatgt 4817272  T
Q  440 tggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctcaagcctcttctt 539  Q
    | || |||||||| ||||||||||| || ||||| ||| |  | ||||| | ||||| || ||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  4817271 ttgtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcaaataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctctgctt 4817172  T
Q  540 ccacggtaag-ggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatttctgtgtcatcattgca 638  Q
    ||| |||||| || | |||||  || ||||||||||| ||||| ||| | ||  |||||||||| |||||||| | |||||| |||    | ||||||||    
T  4817171 cca-ggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcattgca 4817073  T
Q  639 atatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagccagatttgagg 738  Q
    |||||| |  || || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||  |||||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||| ||| ||     
T  4817072 atatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttaacaccttgttgagaaccaggtttaaga 4816973  T
Q  739 cgtttt 744  Q
    ||||||    
T  4816972 cgtttt 4816967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 213 - 725
Target Start/End: Original strand, 4862771 - 4863283
Alignment:
Q  213 acgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattct 312  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||||||||| | ||||||  | |  || ||||||    
T  4862771 acgaaccaatggtggtctcgcacacaacacctcaagaaggacaacaccgaaagaatacacgtcggattttagagtcaacctttgacgaaggtagtattct 4862870  T
Q  313 ggatccaaataccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttag 412  Q
    ||||| ||||| || || |||||||||||||  ||||| || || ||  ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||    
T  4862871 ggatctaaatatccaagactacccttcaccacggtgctgacgtgagtgatagacattcctgttggtcccacttttgataacccgaaatcagacaccttag 4862970  T
Q  413 ccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcgga 512  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||  |||||||||||||||  | ||| || || |     
T  4862971 ccacccatttttcatccaacaatatgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgc 4863070  T
Q  513 acccaatagaatctcaagcctcttcttccacggtaag-ggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaac 611  Q
     ||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||| || |  ||||  |||||||||||||| ||||  ||||| ||  |||||||||| ||||||||    
T  4863071 ccccaacagaatctcaagtctcttcttcca-agtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaac 4863169  T
Q  612 caaaatcatttctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaactcgttg 711  Q
     | |||||| ||     | || ||||||||||| | ||| || ||||||||||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||     
T  4863170 gagaatcatctcctcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcattt 4863269  T
Q  712 gcaccttgttgaga 725  Q
      ||||||||||||    
T  4863270 ataccttgttgaga 4863283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 150 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 4698487 - 4697912
Alignment:
Q  150 cacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaaga 249  Q
    ||||||||||| ||| ||| |||  ||| || | |||| ||| ||| | ||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  4698487 cacaccttcattgtaacatctttggaaccaaaagactaaactcgcttttttcttttccaaagaacgaaccaaaggtggtctcgcacacaatacctcaaga 4698388  T
Q  250 agcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccctaggctacccttcaccatcgtgc 349  Q
    ||||| ||||| || |||||||| || || ||||| || | ||||||  | |  || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||| | ||||    
T  4698387 agcacaacaccaaaagagtacacgtcggactttagggtcaacctttgacgaaggtagtattcgggatctaaatacccgagactacccttcaccttagtgc 4698288  T
Q  350 taacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctctt 449  Q
    | || |||||  | ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  4698287 tgacgtgggtcatcgacattcctgttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactctt 4698188  T
Q  450 cacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctcaagcctcttcttccacggtaag 549  Q
    ||| ||||||||||| || ||||| ||| |  | |||||||||||||  || ||||| || |  |||||||||||||| || |||||||||||  |||||    
T  4698187 cacatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgctgcccccaatagaatctcgagtctcttcttcca-agtaag 4698089  T
Q  550 -ggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatttctgtgtcatcattgcaatatcccacg 648  Q
     || | |||||  |||||||| ||||| ||||  ||||| ||  ||| |||||| || ||||| | |||||| ||||   | || ||||||||||| | |    
T  4698088 aggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatg 4697989  T
Q  649 agggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgaga 725  Q
    || || |||||||||||||| ||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  4697988 agagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccttgttgaga 4697912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 40 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 4713473 - 4712809
Alignment:
Q  40 cgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactattt 139  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||  |  |||||| ||||||| |||||   ||| |||||  || ||| ||| || ||||| || |    
T  4713473 cgttgatttccatcaccatgcaaacaactcaacaccatttcacaataacatttcaaacactcacttgttatagagtcctttatgaacgggtccaccatct 4713374  T
Q  140 gttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaa 239  Q
     ||||| |  ||||||||||| ||| |||||||| ||||||  ||| |   |  || | | ||||||||||  | || ||||||||||||| ||||||||    
T  4713373 cttcaactatcacaccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcactttttccttatccaaagaatgatccaaaggtggtctcgcacacaa 4713274  T
Q  240 cacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccctaggctacccttc 339  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| | | | |   | |  ||  | |||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  4713273 cacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatccaaatatcctatactacccttc 4713174  T
Q  340 accatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgt 439  Q
    ||||| ||||| ||||| ||  | || |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  4713173 accatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatat 4713074  T
Q  440 tggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctcaagcctcttctt 539  Q
    | || ||||| |||||||||||||| || || || ||| |  |  |||||||||||| ||  || || || | ||  |||||||| | ||| || |  ||    
T  4713073 ttgtactcttaacgtcacggtgtatgatattatgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtctttgatt 4712974  T
Q  540 ccacggtaag-ggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatttctgtgtcatcattgca 638  Q
    ||||  |||| || | |||||  |||||||| ||||  ||||  ||||| || |||| ||| || |||||||| | |||||| ||||  || ||||||||    
T  4712973 ccac-ctaagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgca 4712875  T
Q  639 atatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaa 704  Q
    |||||| | |||||| || |||||||| || |||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||    
T  4712874 atatccaatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaa 4712809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 308 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 4847160 - 4846764
Alignment:
Q  308 attctggatccaaataccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaac 407  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||  | || ||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  4847160 attctggatccaaatatcctatactacccttcaccatagtgcttacatgagtcattgatatcccggttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaac 4847061  T
Q  408 cttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctc 507  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| |  |  ||||||||||||||| ||| ||     
T  4847060 cttagccacccatttttcatccaacaatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaaccccctt 4846961  T
Q  508 gcggaacccaatagaatctcaagcctcttcttccacggtaag-ggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactca 606  Q
    || | ||| ||||||||||| || || |  ||||||  |||| || |  ||||  |||||||| ||||  ||||  ||||||||  |||||||||| |||    
T  4846960 gctgcacctaatagaatctcgagtctttgattccac-ctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagtaccacgttgcatgaagtca 4846862  T
Q  607 taaaccaaaatcatttctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaa 704  Q
    ||||| | |||||| ||||  || || ||||||||||| | |||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| | || ||| |||||||||||    
T  4846861 taaactagaatcatctctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaa 4846764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 236
Target Start/End: Original strand, 4676737 - 4676930
Alignment:
Q  43 tgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgtt 142  Q
    ||||| ||||||| ||||| | ||||||||  |||  | |||||||||| |||  |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  4676737 tgagtcccatcattatgcaaataactcaacatcaaagttcaataatattacaaaaactcctctatgatagaattccttaggaatggatccactatttgtt 4676836  T
Q  143 caattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcaca 236  Q
     ||||||||||  |||| | || ||| ||| |||| ||||||||| ||| |  || ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  4676837 taattgccacatattcaccctaacatctttgaaaccaacaaactaaactagtcgtcttcttgtctaaatcgcgaaccaaaggcggcctagcaca 4676930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 271 - 326
Target Start/End: Original strand, 4676945 - 4677000
Alignment:
Q  271 acatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccc 326  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  4676945 acatccgattttagagttagcctttggagcatgtaatattcaggatccaaataccc 4677000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 4854843 - 4854596
Alignment:
Q  40 cgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactattt 139  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||  |  |||||| ||||||| |||||   ||| |||||  || ||| |||||| ||||| || |    
T  4854843 cgttgatttccatcaccatgcaaacaactcaacaccatttgacaataaaatttcaaacactcacttgttatagagtcctttatgaatgggtccaccatct 4854744  T
Q  140 gttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaa 239  Q
     ||||| |  ||| ||||||| ||| |||||||| ||||||  ||| |   |  || | |||||||||||   | || ||||||||||||| ||||||||    
T  4854743 cttcaactatcactccttcattgtaacattttttgaacaaagcaaccatgttcacttttttcttatccaataaatgatccaaaggtggtctcgcacacaa 4854644  T
Q  240 cacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagt 287  Q
    || ||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4854643 catctcaagaagtacatcaccgaaagagtacacatcagactttagagt 4854596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 391 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 27539578 - 27539508
Alignment:
Q  391 aatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtg 461  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |  || ||||| ||  ||||||| ||||||||    
T  27539578 aatccaaaatcagaaaccttggccacccacttctcatctagtaaaatgtttgtagtcttcacatcacggtg 27539508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 18927164 - 18926442
Alignment:
Q  22 acttgactcattgatggacgttgagttccatcatcatgcacacaactcaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaacccctta 121  Q
    |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||||||||| |||| |    
T  18927164 acttgattcattgagggtcgttgagtcccatcatcatgcaaacaactcaacgccaacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgatagaatccctca 18927065  T
Q  122 ggaatggatccactatttgttcaattgccacaccttcatcgtagcattttttaaacaaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaa 221  Q
    |||||||||| || || |||| |||||  |||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||    
T  18927064 ggaatggatctacgatctgtttaattggaacaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaa 18926965  T
Q  222 aggtggtctagcacacaacacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaa 321  Q
    |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| |||    
T  18926964 aggtggccttgcacacaatacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaa 18926865  T
Q  322 taccctaggctacccttcaccatcgtgctaacatgggttgtagacatccctgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatt 421  Q
    ||||| || || ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| || |||||||| || ||||| || || || |||||||||||||||||||    
T  18926864 tacccaagactccccttcaccattgtgctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccacccatt 18926765  T
Q  422 tctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatag 521  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  18926764 tctcatccaataatatgttggtgcttttcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatac 18926665  T
Q  522 aatctcaagcctcttcttccacggtaagggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatt 621  Q
    |||||||||||| | ||||||  ||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||| || ||||||     
T  18926664 aatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatc 18926565  T
Q  622 tctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaacttgatctcattcatgaactcgttggcaccttgtt 721  Q
    ||| |||   | ||||| || || |||||||||||||  |||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18926564 tctttgttgccgttgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgagagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgtt 18926465  T
Q  722 gagagccagatttgaggcgtttt 744  Q
    ||||||| | |||||| ||||||    
T  18926464 gagagcctggtttgagacgtttt 18926442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 391 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 46271816 - 46271746
Alignment:
Q  391 aatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtg 461  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |  || ||||| ||  ||||||| ||||||||    
T  46271816 aatccaaaatcagaaaccttggccacccacttctcatctagtaaaatgtttgtagtcttcacatcacggtg 46271746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 383 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 45191576 - 45191495
Alignment:
Q  383 ctttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtat 464  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| || ||  | ||||||||||| | ||| || ||  |||||||||||||||||||    
T  45191576 ctttagataaaccaaaatcagaaaccttggcaacataattctcatccaagagtatatttgttgtcttcacgtcacggtgtat 45191495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University