View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19786_low_9 (Length: 700)
Name: NF19786_low_9
Description: NF19786
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19786_low_9 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 31769077 - 31768402
Alignment:
| Q |
18 |
ataggtgatgaaggtggcaatgtttatgtaat-----tcttatagaaggttttgggtcaacggtaccaagcaggcagccacatataagttgtaggtacat |
112 |
Q |
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| T |
31769077 |
ataggtgatgaaggtggcaatgtttatgtaatgtaattcttatagaaggttttgggtcaacggtaccaagcaggcagccacatataagttgtaggtacat |
31768978 |
T |
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| Q |
113 |
tatgacttgaaatattatataagttgacaactctaacaagtaaataactatagcctagttgctatattttcattcatcaaataatgaaagttggtaaatt |
212 |
Q |
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| T |
31768977 |
tatgacttcaaatattttataagttgacaactctaacaagtaaataactatagcctagttgctatattttcattcatcaaataatgaaagttggtaaatt |
31768878 |
T |
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| Q |
213 |
ttgattctatataaatcatacctctatagctagatactcacaaaaacaagatcttagctgaaatcaaagtctaatacaagcatatagcaaatggattctc |
312 |
Q |
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| T |
31768877 |
ttgattctatataaatcatccctctatagctagatactcacaaaaaca---tcttagctcaaatcaaagtctaatacaagcatatagcaaatggattctc |
31768781 |
T |
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| Q |
313 |
gtatccaatactatcttgtgatttttatggtcacttttgcaacaactttgagtcctaccattgcaaaactgactccaaattattacgacagaatttgtcc |
412 |
Q |
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| T |
31768780 |
gtttccaattc------gtgctttttgtggtcacttttgcaacaattttgagtcctaccattgcaaagctgactccaaattattatgacagaatttgtcc |
31768687 |
T |
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| Q |
413 |
taaggcattgccaatcataaaatcaattgtcaagcaagcaattattcgtgagccacgcatgggagcatcattgctacgtttgcatttccatgactgcttt |
512 |
Q |
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| T |
31768686 |
taaggcattgccagtcataaagtcaattgttaagcaagcaattattcgtgagccacgcatgggagcatcattgctacgtttgcatttccatgactgcttt |
31768587 |
T |
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| Q |
513 |
gttaatgtaagttagttgattacatttataaaattatgtttagctttattatagtcacaatacagttaatttatatacatatttatgtatgtgtaatgtg |
612 |
Q |
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| T |
31768586 |
gttaatgtaagttagttgattacatttataaaattatgtttagctttattatagtcacaatacagttaatttatatacatatttatgtatgtgtaatgtg |
31768487 |
T |
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| Q |
613 |
atactgttatcaaattgtcac-----------aatcacttatgttataaatagtctaatacatgaacattgtgaatctacacagg |
686 |
Q |
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| T |
31768486 |
atactgttatcaaattgtcacaattacatatgaatcacttatgttatacatagtctaatacatgaacattgtgaatctacacagg |
31768402 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 76 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 31762690 - 31762242
Alignment:
| Q |
76 |
taccaagcaggcagccacatataagttgtaggtacattatgacttgaaatattatataagttgacaactctaacaagtaaataactatagcctagttgct |
175 |
Q |
| |
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|
| T |
31762690 |
taccaagcaggcgagcacatataagtagtaggtacattatgacttgaaatattatataagttgacaactctaacaagtaaataactatagcccagttgct |
31762591 |
T |
|
| Q |
176 |
atattttcattcatcaaataatgaaagttggtaaattttgattctatataaatcatacctctatagctagatactcacaaaaacaagatcttagctgaaa |
275 |
Q |
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| T |
31762590 |
atattttcattcatcaaaaaataaaagttgctacatttccattctatataaatcatccctctatagctagatactcacaaaaacaaaatctttgctcaaa |
31762491 |
T |
|
| Q |
276 |
tcaaagtctaata----caagcatatagcaaa-tggattctcgtatccaatactatcttgtgatttttatggtcacttttgcaacaactttgagtcctac |
370 |
Q |
| |
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| T |
31762490 |
ttatagtctcatatacacaagcatagagtaaaatggattctcgtatccaattc------gtgctatttgtggtcacttttgcaacaattttgagccctac |
31762397 |
T |
|
| Q |
371 |
cattgcaaaactgactccaaattattacgacagaatttgtcctaaggcattgccaatcataaaatcaattgtcaagcaagcaattattcgtgagccacgc |
470 |
Q |
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|
| T |
31762396 |
cattgcaaaactgactccaaattattatgacagaatttgtcccaaggcattgccaatcataaattcaattgttaagcaagcaattattcgtgagccacgc |
31762297 |
T |
|
| Q |
471 |
atgggagcatcattgctacgtttgcatttccatgactgctttgttaatgtaagtt |
525 |
Q |
| |
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|
|
| T |
31762296 |
atgggagcatcattgctacgtttgcatttccatgactgctttgttaacgtaagtt |
31762242 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 129 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 31754958 - 31754561
Alignment:
| Q |
129 |
atataagttgacaactctaacaagta---aataactatagcctagttgctatattttcattcatcaaataatgaaagttggtaaattttgattctatata |
225 |
Q |
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| T |
31754958 |
atataggttgataactctaacaagtagtaaataactatggcctagttgctatattttcattcataaaaaaataaaagttgatcaattttgattctatata |
31754859 |
T |
|
| Q |
226 |
--aatcatacctctatagctagatactcacaaaaacaagatcttagctgaaatcaaagtctaatacaagcatatagcaaa-tggattctcgtatccaata |
322 |
Q |
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| T |
31754858 |
taaaccacccctctatagctagatactcacaaaaacaaaatcttagctcaaatcaaagtctcatacaagcatatagtaaaatgaattctcgtatccaaa- |
31754760 |
T |
|
| Q |
323 |
ctatcttgtgatttttatggtcacttttgcaacaactttgagtcctaccattgcaaaactgactccaaattattacgacagaatttgtcctaaggcattg |
422 |
Q |
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||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||| |||||| || |||||||| |
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| T |
31754759 |
-----ttgtgttttttgtggtcacttttgcaacaattttgagtcctaccattgcaaaactgtcttctaattattatgacgaaatttgcccacaggcattg |
31754665 |
T |
|
| Q |
423 |
ccaatcataaaatcaattgtcaagcaagcaattattcgtgagccacgcatgggagcatcattgctacgtttgcatttccatgactgctttgttaatgtaa |
522 |
Q |
| |
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| T |
31754664 |
ccaatcataaagtcggttgttaagcaagcaattattcgtgagccacgcatgggagcatcgttgctacgtttgcatttccatgactgctttgttaacgtga |
31754565 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 467 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 31799353 - 31799294
Alignment:
| Q |
467 |
acgcatgggagcatcattgctacgtttgcatttccatgactgctttgttaatgtaagtta |
526 |
Q |
| |
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|||||| |||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |
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| T |
31799353 |
acgcattggagcatctcttctacgcttgcattttcatgactgcttcgttaatgtaagtta |
31799294 |
T |
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