View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19787_low_14 (Length: 443)

Name: NF19787_low_14
Description: NF19787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19787_low_14
NF19787_low_14
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (18-407)||(4711819-4712208)
chr7 (21-407)||(4845762-4846148)
chr7 (21-390)||(4666917-4667286)
chr7 (16-413)||(4653476-4653870)
chr7 (16-325)||(4630971-4631277)
chr7 (63-370)||(4662990-4663294)
chr7 (21-367)||(4696940-4697283)
chr7 (21-428)||(4783585-4783989)
chr7 (21-406)||(4816014-4816396)
chr7 (21-367)||(4636859-4637202)
chr7 (21-364)||(4863927-4864267)
chr7 (21-228)||(4643848-4644052)
chr7 (274-424)||(4647471-4647619)
chr7 (21-235)||(4672837-4673048)
chr7 (255-367)||(4643673-4643785)
chr7 (252-370)||(4672675-4672793)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (21-407)||(18925492-18925875)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 407
Target Start/End: Original strand, 4711819 - 4712208
Alignment:
Q  18 gtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711819 gtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaag 4711918  T
Q  118 aatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttac 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711919 aatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactttac 4712018  T
Q  218 tgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712019 tgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgt 4712118  T
Q  318 gagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712119 gagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 4712208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 21 - 407
Target Start/End: Original strand, 4845762 - 4846148
Alignment:
Q  21 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 120  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||   | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||    
T  4845762 tatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaat 4845861  T
Q  121 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 220  Q
    ||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4845862 atccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgc 4845961  T
Q  221 aagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 320  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845962 aagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 4846061  T
Q  321 tttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 407  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  4846062 tttgatctgcttaccaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaactatatgctgatgtgatt 4846148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 4667286 - 4666917
Alignment:
Q  21 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 120  Q
    |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||     | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||    
T  4667286 tatagagtcagcgttggtgaaagtcaagttccacctggtgacgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaat 4667187  T
Q  121 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 220  Q
    ||||||||||  |||||| |  || ||||  ||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  4667186 atccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaaactatttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgc 4667087  T
Q  221 aagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 320  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4667086 aagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgag 4666987  T
Q  321 tttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaac 390  Q
    ||||||  || ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||    
T  4666986 tttgattggcatatcaagaatccaggtgatagagtttttcagatttttatagatgatattatggctgaac 4666917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 16 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 4653870 - 4653476
Alignment:
Q  16 cagtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaa 115  Q
    |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |  |||| ||||| |||| | || ||    
T  4653870 cagtttatagtgtcaacgttggtgaaaatcaagttccaccaaacctagatactggtttgtttcgtaattgggataacgattatcctcgttacttagagaa 4653771  T
Q  116 agaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatacttt 215  Q
    | ||||||||| ||||||||||| || || || ||   ||||||  ||||||  ||||||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||||| |     
T  4653770 acaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtataccta 4653674  T
Q  216 actgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacattttt 315  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |  |||||||||||||| |||||||||||||    
T  4653673 actgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacattttt 4653574  T
Q  316 gtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgg 413  Q
    |||| ||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| | |||||||||| | | |||||||||||| |||||    
T  4653573 gtgaatttgattggcgtatcaaggataaaggtgatagagttttccagatatttatacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatgtgatttcatgg 4653476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 16 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 4631277 - 4630971
Alignment:
Q  16 cagtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaa 115  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||    
T  4631277 cagtttatagagtcaacgctggtgaaaatcaagttccaccaaattatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaa 4631178  T
Q  116 agaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatacttt 215  Q
    |||||||||||  |||||||||| |  || ||||    |||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||     
T  4631177 agaatatccacttagtgtatcaagttattttggac---atcatctaaactatttaaacaataccatttcaaattacactgcaccagaagctgtttactta 4631081  T
Q  216 actgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacattttt 315  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4631080 actgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacattttt 4630981  T
Q  316 gtgagtttga 325  Q
    ||||||||||    
T  4630980 gtgagtttga 4630971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 63 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 4663294 - 4662990
Alignment:
Q  63 gatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaa 162  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||| || || ||||   ||||||| ||    
T  4663294 gatacaggtatgtttcgttattgggaaaatgattctcctcgttacttggagatagaatatccacaaagtgtatcaagtgattttgga---gatcatctaa 4663198  T
Q  163 actatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaac 262  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  4663197 actatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaac 4663098  T
Q  263 ttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcag 362  Q
    |||||||||  | |||||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||  ||||||||||||||| | ||||||    
T  4663097 ttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaatgtttcag 4662998  T
Q  363 atatttat 370  Q
    || |||||    
T  4662997 atttttat 4662990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 21 - 367
Target Start/End: Original strand, 4696940 - 4697283
Alignment:
Q  21 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 120  Q
    ||||||||||| || |||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||    
T  4696940 tatagagtcaatgtgggtggcaatcaagttccaccaaaccaagatactggtatgtttcgtaactgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaat 4697039  T
Q  121 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 220  Q
    ||||||||||  |||||| || || |  |    ||||||  ||||||  |||||| |||||||  || |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  4697040 atccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgc 4697136  T
Q  221 aagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 320  Q
    |||||||  |||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4697137 aagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaatttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgag 4697236  T
Q  321 tttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 367  Q
    ||||||| || |||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  4697237 tttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagagtctttcaaatatt 4697283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 21 - 428
Target Start/End: Original strand, 4783585 - 4783989
Alignment:
Q  21 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||| ||||| |    
T  4783585 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagt 4783684  T
Q  121 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 220  Q
    | |||   |||||||||| ||  | |  |    || | | ||  |||  |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  4783685 acccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgc 4783781  T
Q  221 aagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 320  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783782 aagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 4783881  T
Q  321 tttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtg 420  Q
    ||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || ||  |||||| ||||||||||||    ||||||||||| |  |||  |||||    
T  4783882 tttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtg 4783981  T
Q  421 ctcctttg 428  Q
    ||||||||    
T  4783982 ctcctttg 4783989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 406
Target Start/End: Original strand, 4816014 - 4816396
Alignment:
Q  21 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||| ||||| |    
T  4816014 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagt 4816113  T
Q  121 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 220  Q
    | |||   |||||||||| ||  | |  |    || | | ||  |||  |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  4816114 acccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgc 4816210  T
Q  221 aagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 320  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816211 aagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 4816310  T
Q  321 tttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgat 406  Q
    ||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || ||  |||||| |||||||||||  |  |||||||||||    
T  4816311 tttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaactttttgctgatgtgat 4816396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 21 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 4637202 - 4636859
Alignment:
Q  21 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||| |    
T  4637202 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattggggcaatgattttcctctttacttggagaaagagt 4637103  T
Q  121 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 220  Q
    | |||   |||||||||| ||  | |  |    || | | ||  |||  |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  4637102 acccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgc 4637006  T
Q  221 aagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 320  Q
    ||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4637005 aagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 4636906  T
Q  321 tttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 367  Q
    ||||||  || ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  4636905 tttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatatt 4636859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 4864267 - 4863927
Alignment:
Q  21 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 120  Q
    ||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||     | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||    
T  4864267 tatagagtcaatgtcggtgaaagtcaagttccaccgggtgatgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaat 4864168  T
Q  121 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 220  Q
    ||||||||||  |||||| || || |  |    ||||||  ||||||  |||||| |||||||  || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  4864167 atccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgc 4864071  T
Q  221 aagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 320  Q
    ||||||||| |||  | |||  |||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4864070 aagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 4863971  T
Q  321 tttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagat 364  Q
    ||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||  ||||||||    
T  4863970 tttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagat 4863927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 21 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 4644052 - 4643848
Alignment:
Q  21 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 120  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||| ||| |||    
T  4644052 tatagagtcaacgttggtcgaattcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaacaat 4643953  T
Q  121 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 220  Q
    |||| | ||| ||||||| || ||||| |    |||||| |||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||||    
T  4643952 atccgctaagcgtatcaaatgattatgaa---catcatctaaactatttaaaaaatgccattccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgc 4643856  T
Q  221 aagaagtt 228  Q
    ||||||||    
T  4643855 aagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 274 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 4647619 - 4647471
Alignment:
Q  274 aagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaa 373  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   | ||| ||||||  |||||||| ||||||||| || |||||  |    
T  4647619 aagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatataaagaattcaggtgatacagtttttcatatgtttataga 4647522  T
Q  374 tgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcc 424  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4647521 tgatattttggctgaacattatgctgatgtgattgcatgggctggtgctcc 4647471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 21 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 4673048 - 4672837
Alignment:
Q  21 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 120  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||     | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||| |||| ||| |||    
T  4673048 tatagagtcaacgttggtgaaagtcaagttccaccgggtgacgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcatggttacttggagaaacaat 4672949  T
Q  121 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 220  Q
    ||||||  |||||||||| ||  |||   |   ||||||  |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| | |||||    
T  4672948 atccacttagtgtatcaagtgagtat---atgcatcatctcaactttttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgc 4672852  T
Q  221 aagaagttatggaat 235  Q
    |||||||||||||||    
T  4672851 aagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 255 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 4643785 - 4643673
Alignment:
Q  255 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 354  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||    
T  4643785 aatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtgatagag 4643686  T
Q  355 tttttcagatatt 367  Q
    | |||||||||||    
T  4643685 tctttcagatatt 4643673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 252 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 4672793 - 4672675
Alignment:
Q  252 tataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgata 351  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||| ||||||||    
T  4672793 tataatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgata 4672694  T
Q  352 gagtttttcagatatttat 370  Q
    |||  |||||||| |||||    
T  4672693 gagcctttcagatttttat 4672675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 153; Significance: 6e-81; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 21 - 407
Target Start/End: Original strand, 18925492 - 18925875
Alignment:
Q  21 tatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaat 120  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||   | || ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||| |||| ||| |||    
T  18925492 tatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttcctcgttacttggagaaacaat 18925591  T
Q  121 atccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgc 220  Q
    |||||| ||||||||||| || || |  |    || |||  |||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  18925592 atccactaagtgtatcaaatgattttacac---ataatctcaactatataaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgc 18925688  T
Q  221 aagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgag 320  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||   ||||||||| ||||||| || |||||||| |||    
T  18925689 aagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgag 18925788  T
Q  321 tttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatt 407  Q
    ||||||  || ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||| | | ||||||||||||    
T  18925789 tttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgtgatt 18925875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University