View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19791_low_12 (Length: 318)

Name: NF19791_low_12
Description: NF19791
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19791_low_12
NF19791_low_12
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-301)||(5284275-5284575)
chr7 (1-301)||(5289552-5289852)
chr7 (1-301)||(5302463-5302763)
chr7 (1-301)||(5310364-5310664)
chr7 (1-301)||(5315078-5315378)
chr7 (5-297)||(46706847-46707139)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-301)||(1492135-1492435)
chr5 (5-301)||(1504944-1505240)
chr5 (1-301)||(1477966-1478266)
chr5 (1-301)||(1482160-1482460)
chr5 (1-291)||(1499217-1499507)
chr5 (1-288)||(1509104-1509391)
chr5 (3-291)||(1486647-1486935)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-301)||(44128541-44128841)
chr1 (1-301)||(44132746-44133046)
chr1 (1-301)||(44141168-44141468)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-297)||(24163645-24163941)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-300)||(37859219-37859518)
chr3 (1-297)||(37863245-37863541)
chr3 (5-297)||(39030042-39030334)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-300)||(35250779-35251078)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 5284575 - 5284275
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284575 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 5284476  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284475 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 5284376  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5284375 ggccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggggccatgta 5284276  T
Q  301 t 301  Q
    |    
T  5284275 t 5284275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Original strand, 5289552 - 5289852
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5289552 acgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatat 5289651  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289652 ggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 5289751  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  5289752 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggggccatgta 5289851  T
Q  301 t 301  Q
    |    
T  5289852 t 5289852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 5302763 - 5302463
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302763 acgagcacctttgttgttctcagctagatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 5302664  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302663 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcagcttcgggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 5302564  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  5302563 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggggccatgta 5302464  T
Q  301 t 301  Q
    |    
T  5302463 t 5302463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 5310664 - 5310364
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5310664 acgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatat 5310565  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310564 ggacgaaggcccaagagttttgtgagttgataatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 5310465  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  5310464 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaaggtgccatgta 5310365  T
Q  301 t 301  Q
    |    
T  5310364 t 5310364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 5315378 - 5315078
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5315378 acgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgcaaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatat 5315279  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315278 gggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 5315179  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  5315178 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggggccatgta 5315079  T
Q  301 t 301  Q
    |    
T  5315078 t 5315078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 5 - 297
Target Start/End: Original strand, 46706847 - 46707139
Alignment:
Q  5 gcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggc 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||  |||| || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  46706847 gcacctttgttgttctcagccaaatcgttagccaaacgaagccccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggc 46706946  T
Q  105 gaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgacc 204  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46706947 gaagaccgaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccactagtagtgcaaacgattaagtgggtaatctttgactttggttgacc 46707046  T
Q  205 ccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccat 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  46707047 ccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctggcatccaatgaaggtgccat 46707139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 1492435 - 1492135
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1492435 acgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatat 1492336  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492335 ggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 1492236  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  1492235 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacttctaccaccaccatgtcttgtctagcatccaatgaaggtgccatgta 1492136  T
Q  301 t 301  Q
    |    
T  1492135 t 1492135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 5 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 1505240 - 1504944
Alignment:
Q  5 gcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggc 104  Q
    |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1505240 gcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggc 1505141  T
Q  105 gaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgacc 204  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1505140 gaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacaattaagtgagtaatctttgactttggctgacc 1505041  T
Q  205 ccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgtat 301  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  1505040 ccattcttttatagcttttacggcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggtgccatgtat 1504944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 1478266 - 1477966
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  1478266 acgagcacctttattgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgttggtacatcatatacctcttcacatat 1478167  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  1478166 ggacgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagcgccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaaagatcaagtgtgtaatctttgattttggtt 1478067  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||||||||    
T  1478066 ggccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacttctaccaccaccatgtcctgcctagcatccaatgacggtgccatgta 1477967  T
Q  301 t 301  Q
    |    
T  1477966 t 1477966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 1482460 - 1482160
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  1482460 acgagcacctttattattctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaagcatccttgttggtacatcatgtatctcttcacatat 1482361  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  1482360 ggacgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgtctacaccacttgtggtacaaaatattaagtgtgtaatctttgattttggtt 1482261  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  1482260 ggccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggcacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggtgccatgta 1482161  T
Q  301 t 301  Q
    |    
T  1482160 t 1482160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 1499507 - 1499217
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1499507 acgagcacctttgttattctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctgcataacaccctagttggtacatcatgtaccttttcacatat 1499408  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    |||  |||||| |||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||   ||||||||  ||||| || ||||| |||||||| ||||    
T  1499407 gggttaagacctaagagttttgttagttggtaatccgcaccaggcatgtctacaccactataggtgcaaaaaattaaatgtgtaatatttgacttcggtt 1499308  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaagg 291  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| || |||||||| |||||    
T  1499307 gaccccattcttcgatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtatctctaccgccatcatgtcttgcctagcatccaaagaagg 1499217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 1509391 - 1509104
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    ||||||| ||| ||| || ||||| ||||| || |||||| |||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1509391 acgagcatcttggttattttcagccaaatcctttgccaaatgaagcacagtgccacctgcaaaacacctttgttggtacatcatgtacctttttacatat 1509292  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    ||| ||||||| || |||||||| ||||||||||  ||||||| ||| || || |||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||| |    
T  1509291 gggtgaagacctaaaagtttggtaagttgataatgagctccagacatatcaacaccacttgtggtgcaaaagattaaatgtgtaatctttgattttggct 1509192  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatga 288  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  1509191 ggccccattcttttatagccttcactgcaacctcttttcctagcctaggtacctttacaaccaccatgtcttgcctagcatccaatga 1509104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 3 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 1486935 - 1486647
Alignment:
Q  3 gagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgg 102  Q
    ||||| |||| ||||||||||| || || |||||| |||| || || || || |||||||| || ||||||||||| ||||| |||| ||||||||  ||    
T  1486935 gagcatctttattgttctcagccaagtccttggcctaacgtagaacagtgccccctgcaaagcatccttgttggtatatcatataccgtttcacatccgg 1486836  T
Q  103 gcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttga 202  Q
    || |||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||  |||||  |||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||     
T  1486835 gcaaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgcctataccactcatggtgcaaaatattaagtgtgtaatctttgactttggttgg 1486736  T
Q  203 ccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaagg 291  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| || |||  ||||||||||||||| || |||||||| |||||    
T  1486735 ccctattcttttatagctttcactgcagcctcatttcctagcctaggcacgtctcgcaccaccatgtcttgcctagcatccaaagaagg 1486647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 44128841 - 44128541
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44128841 acgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatat 44128742  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44128741 gggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggtt 44128642  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  44128641 gaccccattcttttatggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggtgccatgta 44128542  T
Q  301 t 301  Q
    |    
T  44128541 t 44128541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 44133046 - 44132746
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44133046 acgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatat 44132947  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44132946 gggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggtt 44132847  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  44132846 gaccccattcttttatggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggtgccatgta 44132747  T
Q  301 t 301  Q
    |    
T  44132746 t 44132746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 44141468 - 44141168
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44141468 acgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatat 44141369  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44141368 gggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggtt 44141269  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  44141268 gaccccattcttttatggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggtgccatgta 44141169  T
Q  301 t 301  Q
    |    
T  44141168 t 44141168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 24163645 - 24163941
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||    
T  24163645 acgagaacctttgttgttctcagccaagtccttggccaagcgaagtaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatatacctttttacacat 24163744  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| | |||||||  |||||||| || ||||||||||||||||    
T  24163745 gggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatatctacaccacttatagtgcaaaatattaagtgtgtgatctttgactttggtt 24163844  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccat 297  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| || | |||||| ||||| |||||    
T  24163845 ggccccattcttttatagccttcacggctgcctcctttcctagtcttggtgcctctactaccaccatgtcttgcctagtatccaaagaaggtgccat 24163941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 300
Target Start/End: Original strand, 37859219 - 37859518
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  37859219 acgagcacctttgttgttttcagccaagtctttagccaaacgaagcaccgtgccaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatgtaacgcttcacatat 37859318  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    || ||||| |||||||| || || || ||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||| ||| | ||| |||||||| ||||| ||||    
T  37859319 ggacgaaggcccaagagctttgtcagctgatagtcggcaccgggcatgtccacgccactggtggtgcaaaagatgaggtgggtaatcttggacttaggtt 37859418  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    |||||||||| || || |||||   ||| ||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37859419 gaccccattccttgatggcctttgttgctgcctcttttcctagtcttggtacctccacaaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggtgccatgta 37859518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 37863245 - 37863541
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |  ||||||||     
T  37863245 acgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatac 37863344  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| || || ||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  37863345 gggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggtt 37863444  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccat 297  Q
    |||||||||| || ||||||||   ||||||||| || |||||  | ||||| || || |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||    
T  37863445 gaccccattccttgatagcctttgttgcagcctcttttcctagctttggtacttccacaaccaccatatcctgtcttgcatccaacgaaggtgccat 37863541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 5 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 39030334 - 39030042
Alignment:
Q  5 gcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggc 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  || |  |||| |||||||| ||||||||||||||||| || |  || |||||||| |    
T  39030334 gcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttacatatggac 39030235  T
Q  105 gaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgacc 204  Q
     ||| || ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||  |||||||  || |  ||||||| | ||||||| ||||||||    
T  39030234 aaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaaccattgacttaggttgacc 39030135  T
Q  205 ccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccat 297  Q
    |||||| || |||||||| | ||| || || || || ||  | ||||| ||  | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  39030134 ccattcattgatagcctttattgctgcttcttttccgagctttggtacttcctcaaccacaatgtcctgtcttgcatccaaagaaggtgccat 39030042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 84; Significance: 7e-40; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 35251078 - 35250779
Alignment:
Q  1 acgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| || | ||||||  |     
T  35251078 acgagcacctttattgttctcagccaaatctttagccaaacgaagaaccataccaccagcgaaacacccttgttggtacatcatataacgtttcaccgac 35250979  T
Q  101 gggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctactccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggtt 200  Q
    || ||||| || |  | ||| ||||| |||||||| || |||||||| || || ||||| ||  ||||||  || | |||||| ||||| ||||||||||    
T  35250978 ggacgaagtcctagcaattttgtgagctgataatcagcaccaggcatatccacaccactagtaatgcaaaatatgaggtgagtgatcttggactttggtt 35250879  T
Q  201 gaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggggccatgta 300  Q
    |||||||||| || || || ||   ||| || || || ||||  || || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  35250878 gaccccattccttgatcgcttttgttgctgcttcttttcctaaccttggcacctctactaccaccatatcttgtcttgcatccaatgatggtgccatgta 35250779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University