View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19793_low_36 (Length: 239)

Name: NF19793_low_36
Description: NF19793
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19793_low_36
NF19793_low_36
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-239)||(7745761-7745999)
chr2 (4-223)||(7711596-7711818)
chr2 (4-216)||(7733906-7734121)
chr2 (4-182)||(7726484-7726662)
chr2 (1-182)||(7699570-7699751)
chr2 (29-182)||(7704299-7704452)
chr2 (112-175)||(7766681-7766744)
chr2 (112-175)||(7774008-7774071)
chr2 (57-105)||(7766766-7766814)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 231; Significance: 1e-128; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 7745999 - 7745761
Alignment:
Q  1 tacaagggggtgtgaagtggacaatttttggtggaaattctatggtcttggtgagtaaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaatgagcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7745999 tacaagggggtgtgaagtggacaatttttggtggaaattctatggccttggtgagtaaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaatgagcc 7745900  T
Q  101 aagaactgctgttgtgattggtggacaccaattggaggacaatctattggagtttgatttggtttcttctaaattaggattctcttctttgctccaacaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7745899 aagaactgctgttgtgattggtggacaccaattggaggacaatctattggagtttgatttggtttcttctaaattaggattctcttccttgctccaacaa 7745800  T
Q  201 gatgcaagttgttccagatcagaatagtaaaagtttcat 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7745799 gatgcaagttgttccagatcagaatagtaaaagtttcat 7745761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 4 - 223
Target Start/End: Original strand, 7711596 - 7711818
Alignment:
Q  4 aagggggtgtgaagtggacaatttttggtggaaattctatggtcttggtgagtaaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaatgagccaag 103  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7711596 aaggaggtgtggagtggacaatttttggtggaaattcaatggtgttggtgagtaaaaatgttgcatgtcttggatttgtggatggtggtaaagagccaag 7711695  T
Q  104 aactgctgttgtgattggtggacaccaattggaggacaatctattggagtttgatttggtttcttctaaattaggatt---ctcttctttgctccaacaa 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||| |||||||  |||    
T  7711696 aacagctgttgtgattggtggacaccaattggaggacaatctattggagtttgatttgatttcttctaaattaggattcagctcttccttgctccttcaa 7711795  T
Q  201 gatgcaagttgttccagatcaga 223  Q
     ||| ||||||||||||||||||    
T  7711796 aatggaagttgttccagatcaga 7711818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 4 - 216
Target Start/End: Original strand, 7733906 - 7734121
Alignment:
Q  4 aagggggtgtgaagtggacaatttttggtggaaattctatggtcttggtgagtaaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaatgagccaag 103  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7733906 aaggaggtgtggagtggacaatttttggtggaaattctatggtcttggtgagtaaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaaagagccaag 7734005  T
Q  104 aactgctgttgtgattggtggacaccaattggaggacaatctattggagtttgatttggtttcttctaaattaggatt---ctcttctttgctccaacaa 200  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||  |||    
T  7734006 aacagctgttgttattggtggacaccagttggaggacattgtattggagtttgatttggtttcttctaaattaggattcagctcttccttgctccttcaa 7734105  T
Q  201 gatgcaagttgttcca 216  Q
     |||||||||||||||    
T  7734106 aatgcaagttgttcca 7734121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 4 - 182
Target Start/End: Original strand, 7726484 - 7726662
Alignment:
Q  4 aagggggtgtgaagtggacaatttttggtggaaattctatggtcttggtgagtaaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaatgagccaag 103  Q
    |||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7726484 aaggtggtgtggagtggataattttcggtggaaattcaatggttttggtgaataaaaatgttgcatgtcttggatttgtggatggtggtaaagagccaag 7726583  T
Q  104 aactgctgttgtgattggtggacaccaattggaggacaatctattggagtttgatttggtttcttctaaattaggattc 182  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7726584 aacagctgttgttattggtggacaccagttggaggacattgtattggagtttgatttggtttcttctaaattaggattc 7726662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 182
Target Start/End: Original strand, 7699570 - 7699751
Alignment:
Q  1 tacaagggggtgtgaagtggacaatttttggtggaaattctatggtcttggtgagtaaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaatgagcc 100  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  7699570 tacaaggtggtgtagagtggacaatttacggtggaaattcaatggtgttggtgaataaaaaggtagcaagtcttggatttgtggatggtggtaaaaagcc 7699669  T
Q  101 aagaactgctgttgtgattggtggacaccaattggaggacaatctattggagtttgatttggtttcttctaaattaggattc 182  Q
    || |||  | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  7699670 aacaacatcagttgttattggtgggcaccaattggaggacaatctactggagtttgatttagtttcatctaaattaggattc 7699751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 29 - 182
Target Start/End: Original strand, 7704299 - 7704452
Alignment:
Q  29 tggtggaaattctatggtcttggtgagtaaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaatgagccaagaactgctgttgtgattggtggacac 128  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||   |  |||| |||||||| |||    
T  7704299 tggtggaaattcaatggtgttggtgaataaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaaagaaccaagaagatcaattgttattggtgggcac 7704398  T
Q  129 caattggaggacaatctattggagtttgatttggtttcttctaaattaggattc 182  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  7704399 caattggaggagaatctattggagtttgatttagtttcttccaaattaggattc 7704452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 7766744 - 7766681
Alignment:
Q  112 ttgtgattggtggacaccaattggaggacaatctattggagtttgatttggtttcttctaaatt 175  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  7766744 ttgttattggtggacatcaattggaagacaatcttttggtgtttgatttggcttcttccaaatt 7766681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 7774071 - 7774008
Alignment:
Q  112 ttgtgattggtggacaccaattggaggacaatctattggagtttgatttggtttcttctaaatt 175  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||| |||||    
T  7774071 ttgttattggtggacatcaattggaggacaatcttttggtgtttgatttagcttcttccaaatt 7774008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 57 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 7766814 - 7766766
Alignment:
Q  57 aaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaatgagccaagaa 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||||||    
T  7766814 aaaaatgtagcatgtcttggatttgttgatggagggacagagccaagaa 7766766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University