View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19800_high_5 (Length: 624)
Name: NF19800_high_5
Description: NF19800
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19800_high_5 |
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| [»] chr8 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 558; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 2905809 - 2905207
Alignment:
| Q |
20 |
ggctacacgctcagagactattgtaggagttagtcgggcttgcatacacgagacaacataattagatcatagtgatgagataaattagatgagtgactaa |
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Q |
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2905809 |
ggctacacgctcagagactattgtaggagttagtcgggcttgcatacacgagacaacataattagatcatagtgatgagataaattagatgagtgactaa |
2905710 |
T |
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| Q |
120 |
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219 |
Q |
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| T |
2905709 |
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2905610 |
T |
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| Q |
220 |
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319 |
Q |
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2905609 |
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2905510 |
T |
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| Q |
320 |
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419 |
Q |
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2905412 |
T |
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Q |
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| T |
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2905312 |
T |
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| Q |
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619 |
Q |
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| T |
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2905212 |
T |
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620 |
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624 |
Q |
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2905211 |
agctt |
2905207 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 2853783 - 2853177
Alignment:
| Q |
20 |
ggctacacgctcagagactattgtaggagttagtcgggcttgcatacacgagacaacataattagatcatagtgatgagataaattagatgagtgactaa |
119 |
Q |
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2853783 |
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2853684 |
T |
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| Q |
120 |
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Q |
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2853584 |
T |
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Q |
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T |
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| Q |
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415 |
Q |
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2853483 |
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2853386 |
T |
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| Q |
416 |
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515 |
Q |
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| T |
2853385 |
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2853286 |
T |
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516 |
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615 |
Q |
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T |
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624 |
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