View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF19800_low_5 (Length: 624)
Name: NF19800_low_5
Description: NF19800
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19800_low_5 |
 | |
|
| [»] chr8 (2 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 558; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 2905809 - 2905207
Alignment:
| Q |
20 |
ggctacacgctcagagactattgtaggagttagtcgggcttgcatacacgagacaacataattagatcatagtgatgagataaattagatgagtgactaa |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2905809 |
ggctacacgctcagagactattgtaggagttagtcgggcttgcatacacgagacaacataattagatcatagtgatgagataaattagatgagtgactaa |
2905710 |
T |
|
| Q |
120 |
atgaggcatcatattgtagaaaaagagcaaagttgaaaagggaagaatccacaccaacacaatgatatttatgtccttgagtagtgattctgaagaaaat |
219 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
2905709 |
atgaggcatcatattgtagaaaaagagcaaagttgaaaagggaagaatccacaccaagacaatgatatttatgtccttgagtagtgattctaaataaaat |
2905610 |
T |
|
| Q |
220 |
tgaaaaggaaaattaaggatttagattctccatgatattgagttatatgtactgattgaatgatatgtggtgtaaatgataactacgtgagaaatgtaat |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2905609 |
tgaaaaggaaaattaaggatttagattctccatgatattgagttatatgtactgattgaatgatatgtggtgtaaatgataactacgtgagaaatgtaat |
2905510 |
T |
|
| Q |
320 |
ataaaaaagttttaaatatgattttagtctccacaaatatattatcttatgttgttagtctctgttaacatttgtttgtatactaattaaggtgtgactc |
419 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
2905509 |
agaaaaaagttttaaatatgattttagtctccac--atatattattttatgttattagtctctgttaacatttgtttgcatactaattaagatgtgactc |
2905412 |
T |
|
| Q |
420 |
tctcaacaacccaaatgccaaatgatggcaataatgatgcgttgttgaataaaaagagcatatagtttgaatcaattttcagggatgaaattagcaagac |
519 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2905411 |
tctcaacaacccaaatgccaaatgatggcaataatgatgcgttgttgaataaaaagagcatatagtttgaatcaattttcagggatgaaattagcaagac |
2905312 |
T |
|
| Q |
520 |
caagctcactcgcaaatatcaatacttatcctcaaatgtttttattagagtttctgggaagtaaaaattacaataaacagtgattctttcgttcatttta |
619 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2905311 |
caagctcactcgcaaatatcaatacttatcctcaaatgtttttattagagtttctgggaagtaaaaattacaataaaaagtgattctttcgttcatttta |
2905212 |
T |
|
| Q |
620 |
agctt |
624 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
2905211 |
agctt |
2905207 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 2853783 - 2853177
Alignment:
| Q |
20 |
ggctacacgctcagagactattgtaggagttagtcgggcttgcatacacgagacaacataattagatcatagtgatgagataaattagatgagtgactaa |
119 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
2853783 |
ggctacacgtttggagactattgtaggagttagtcgggcttgtgtacacgagacaacataattagataatagtgttgagataaattagatgagtgattaa |
2853684 |
T |
|
| Q |
120 |
atgaggcatcatattgtagaaaaagagcaaagttgaaaagggaagaatccacaccaacacaatgatatttatgtccttgagtagtga----ttctgaaga |
215 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |
|
|
| T |
2853683 |
atgaggcatcatattgtagaaaaagagcaaagttgaaaagggaagaatccacaccaaaacaatgatatttatgtccttgagtagtgagtgattctaaata |
2853584 |
T |
|
| Q |
216 |
aaattgaaaaggaaaattaaggatttagattctccatgatattgagttatatgtactgattgaatgatatgtggtgtaaatgataactacgtgagaaatg |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2853583 |
aaattgaaaaggaaaattaaggatttagattctccatgatattgagttatatgtactgattgaatgatatgtggtgtaaatgataactacgtgagaaatg |
2853484 |
T |
|
| Q |
316 |
taatataaaaaagttttaaatatgattttagtctccacaaatatattatcttatgttgttagtctctgttaacatttgtttgtatactaattaaggtgtg |
415 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |
|
|
| T |
2853483 |
taatagaaaaaagttttaaatatgattttagtctccaca--tatattattttatgttattagtctctgttaacatttgtttgcatactaattaagatgtg |
2853386 |
T |
|
| Q |
416 |
actctctcaacaacccaaatgccaaatgatggcaataatgatgcgttgttgaataaaaagagcatatagtttgaatcaattttcagggatgaaattagca |
515 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2853385 |
actctctcaacaacccaaatgccaaatgatggcaataatgatgcgttgttgaataaaaagagcatatagtttgaatcaattttcagggatgaaattagca |
2853286 |
T |
|
| Q |
516 |
agaccaagctcactcgcaaatatcaatacttatcctcaaatgtttttattagagtttctgggaagtaaaaattacaataaacagtgattctttcgttcat |
615 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2853285 |
agaccaagctcactcgcaaatatcaatacttatcctcaaatgtttttattagagtttctgggaagtaaaaattacaataaaaagtgattctttcgttcat |
2853186 |
T |
|
| Q |
616 |
tttaagctt |
624 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
2853185 |
tttaagctt |
2853177 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University