View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19813_low_1 (Length: 851)

Name: NF19813_low_1
Description: NF19813
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19813_low_1
NF19813_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-823)||(39325941-39326751)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 784; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 784; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 823
Target Start/End: Original strand, 39325941 - 39326751
Alignment:
Q  15 caaaggagtgtaggtgccccactagaaaataaacactatgatttgtaaaaacttgaattgactagtcaatgtggtaactagtcaaattggggcatattct 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39325941 caaaggagtgtaggtgccccactagaaaataaacactatgatttgtaaaaacttgaattgactagtcaatgttgtaactagtcaaattggggcatattct 39326040  T
Q  115 tcattgcctttttgccctttcacttaagtcaaagccataattgagttacttttaatgtggttacaagtaatatgttgtaacttaggtggatagcacaagc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39326041 tcattgcctttttgccctttcacttaagtcaaagccataattgagttacttttaatgtggttacaagtaatatgttgtaacttaggtggataccacaagc 39326140  T
Q  215 atgcatccttaacggtgattattttgttcat--ttgtgtgtgtttttcttacaaagcagttgtacattgcgacctcacatacacattgccggtaaggaaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326141 atgcatccttaacggtgattattttgttcatatttgtgtgtgtttttcttacaaagcagttgtacattgcgacctcacatacacattgccggtaaggaaa 39326240  T
Q  313 ataatggcaaatcattgctctttgatttgcatcctacttgaggagaactcgtggaactagagctttgcttttacgtgcctaatcatcaatttcacatcat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326241 ataatggcaaatcattgctctttgatttgcatcctacttgaggagaactcgtggaactagagctttgcttttacgtgcctaatcatcaatttcacatcat 39326340  T
Q  413 tatttccaattggctcgttactcaaggtcaagtgagtcgtagcacctaacttaaagggtaaaataataagttggtcgagttttattttctagtattcaaa 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326341 tatttccaattggctcgttactcaaggtcaagtgagtcgtagcacctaacttaaagggtaaaataataagttggtcgagttttattttctagtattcaaa 39326440  T
Q  513 tttaagatcaatagcaatatattttgcatgttacccgctacagagttgaaaataggccagatcgaacgagaagtactatgatatgacctattcggctata 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326441 tttaagatcaatagcaatatattttgcatgttacccgctacagagttgaaaataggccggatcgaacgagaagtactatgatatgacctattcggctata 39326540  T
Q  613 tgtattcgacctttaccgtattctttgtgccaaacctaacttaaagggttgtcttgaaatcctcatttgtctcatactaccatagtaccattcattgttt 712  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326541 tgtattcgacgtttaccgtattctttgtgccaaacctaacttaaagggttgtcttgaaatcctcatttgtctcatactaccatagtaccattcattgttt 39326640  T
Q  713 ccgctgtgcaatttgtgccaaatggtgaatatgaaatcgaccatgccaacatcaacctttttctatttgcagggaaatgccaatggtccttgatctcaaa 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39326641 ccgctgtgcaatttgtgccaaatggtgaatatgaaatcgaccatgccaacatcaacctttttctatttgcagggaaatgccaatggtccttgatctcaaa 39326740  T
Q  813 ttaaccttttc 823  Q
    |||||||||||    
T  39326741 ttaaccttttc 39326751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University