View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19814_low_6 (Length: 376)

Name: NF19814_low_6
Description: NF19814
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19814_low_6
NF19814_low_6
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (7-364)||(48667221-48667578)
chr1 (122-364)||(48661626-48661868)
chr1 (125-364)||(48639974-48640213)
chr1 (147-364)||(48585401-48585618)
chr1 (124-364)||(48628940-48629182)
chr1 (149-364)||(48618046-48618261)
chr1 (149-364)||(48653194-48653409)
chr1 (151-209)||(11547460-11547518)
chr1 (19-78)||(48661906-48661965)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (124-274)||(19665377-19665527)
chr3 (37-87)||(19665278-19665328)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (220-364)||(27228241-27228385)
chr8 (127-364)||(27224050-27224281)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 48667578 - 48667221
Alignment:
Q  7 aaaaatatgcgaatcaccaacaaattggctactccaattggtgatggttctctaatgttccagttctttgatgacggtttacccgattatgctcaccctc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48667578 aaaaatatgcgaatcaccaacaaattagctactccaattggtgatggttctctaatgttccagttctttgatgacggtttacccgattatgctcaccctc 48667479  T
Q  107 ttgaccaccacaaaaaacttgagcttgttgggagacaatttatttctcaaatgataaagaatcatgctgattcgaacaaaccaatttcatgtattataaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48667478 ttgaccaccacaaaaaacttgagcttgttgggagacaatttatttctcaaatgataaagaatcatgctgattcgaacaaaccaatttcatgtattataaa 48667379  T
Q  207 caacccnnnnnnnccatgggttagtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttgttatggactaattcttgtgctgttttcaccatttgctat 306  Q
    ||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48667378 caaccctttttttccatgggttagtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttgttatggactaattctagtgctgttttcaccatttgctat 48667279  T
Q  307 gattatgtccacaaattgctacctttcccttcaaatgaagaaccttatattgatgttc 364  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48667278 gattatgtccacaaattgttacctttcccttcaaatgaagaaccttatattgatgttc 48667221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 122 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 48661868 - 48661626
Alignment:
Q  122 aacttgagcttgttgggagacaatttatttctcaaatgataaagaatcatgctgattcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaacccnnnnnnncc 221  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||       ||    
T  48661868 aacttgagcgtattgggagacagtttgtttctcaaatgatcaagaatcatgctgattcaaacaaaccaatttcatgtgtcataaacaatccatttcttcc 48661769  T
Q  222 atgggttagtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttgttatggactaattcttgtgctgttttcaccatttgctatgattatgtccacaaa 321  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||  || |||||||||| ||||||||||||    
T  48661768 atgggtttgtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttattatggactaattccagtgcagtttttgccgtttgctatgactatgtccacaaa 48661669  T
Q  322 ttgctacctttcccttcaaatgaagaaccttatattgatgttc 364  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48661668 ttggtacctttcccatcaaatgaagaaccttacattgatgttc 48661626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 125 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 48640213 - 48639974
Alignment:
Q  125 ttgagcttgttgggagacaatttatttctcaaatgataaagaatcatgctgattcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaacccnnnnnnnccatg 224  Q
    ||||| ||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||         |||||    
T  48640213 ttgaggttgctggcagacactttatttcacaaatgataaagaatcatgccgattcaaacaaaccattttcatgtatcataaacaactatttttttccatg 48640114  T
Q  225 ggttagtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttgttatggactaattcttgtgctgttttcaccatttgctatgattatgtccacaaattg 324  Q
    |||| ||||  | |||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||   |||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||     
T  48640113 ggtttgtgacgttgctaatgaacacaatattccttctgttttgtcatggactaattccgctgctgttttcaccacttactataactatgtccacaaatta 48640014  T
Q  325 ctacctttcccttcaaatgaagaaccttatattgatgttc 364  Q
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48640013 acatctttccctacaaatgaagaaccttatattgatgttc 48639974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 147 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 48585618 - 48585401
Alignment:
Q  147 tatttctcaaatgataaagaatcatgctgattcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaacccnnnnnnnccatgggttagtgatatagcttttgaa 246  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||          ||||||||| ||||| | |||  ||||    
T  48585618 tatttctcaaatgatcaagaatcatgctgatttaaacaaaccattttcatgtatcataaacaattatttttttccatgggtttgtgatgttgctaatgaa 48585519  T
Q  247 cacaatattccttctgctttgttatggactaattcttgtgctgttttcaccatttgctatgattatgtccacaaattgctacctttcccttcaaatgaag 346  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||   |||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||   |||||||||| |||||||||    
T  48585518 cacaatattccttctgttttatcatggactaattccgctgctgttttcaccacttactataactatgtccacaaattaacacctttccctacaaatgaag 48585419  T
Q  347 aaccttatattgatgttc 364  Q
    ||||||||||||||||||    
T  48585418 aaccttatattgatgttc 48585401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 124 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 48629182 - 48628940
Alignment:
Q  124 cttgagcttgttgggagacaatttatttctc--aaatgataaagaatcatgctgattcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaacccnnnnnnncc 221  Q
    ||||||||||||||||| || ||| ||| ||  ||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||| |||| ||       ||    
T  48629182 cttgagcttgttgggaggcagtttttttttctaaaatgatcaagaatcatgctgattcaagtaaaccaatttcatgtatcatatacaatccttttcttcc 48629083  T
Q  222 atgggttagtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttgttatggactaattcttgtgctgttttcaccatttgctatgattatgtccacaaa 321  Q
    ||||||| | ||| |||||||||||||  | |||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||| ||| || |||| | ||||||||||||    
T  48629082 atgggtttgcgatgtagcttttgaacatgacattccttctgctttatcatggaataattctagtgctgttttcgccacttactataactatgtccacaaa 48628983  T
Q  322 ttgctacctttcccttcaaatgaagaaccttatattgatgttc 364  Q
     |  ||||||| |||||| |   ||||||||||||||||||||    
T  48628982 cttgtaccttttccttcagaaacagaaccttatattgatgttc 48628940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 149 - 364
Target Start/End: Original strand, 48618046 - 48618261
Alignment:
Q  149 tttctcaaatgataaagaatcatgctgattcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaacccnnnnnnnccatgggttagtgatatagcttttgaaca 248  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||       ||||||||| ||||| |||||  ||||||    
T  48618046 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgattcaaacaaaccattttcatgtatcataaacaatccttttgttccatgggtttgtgatgtagctgatgaaca 48618145  T
Q  249 caatattccttctgctttgttatggactaattcttgtgctgttttcaccatttgctatgattatgtccacaaattgctacctttcccttcaaatgaagaa 348  Q
       ||||||||||||||||||||||| | | ||   |||||||||  |   || |||| | ||| |||||||| || ||| |||||||||| |   ||||    
T  48618146 tggtattccttctgctttgttatggattcaatcaactgctgttttttctgcttactataactatttccacaaactggtacgtttcccttcacaaacagaa 48618245  T
Q  349 ccttatattgatgttc 364  Q
    ||||||||||||||||    
T  48618246 ccttatattgatgttc 48618261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 149 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 48653409 - 48653194
Alignment:
Q  149 tttctcaaatgataaagaatcatgctgattcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaacccnnnnnnnccatgggttagtgatatagcttttgaaca 248  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| || ||       || |||||| ||||| |||||  ||||||    
T  48653409 tttctcaaatgatcaagaatcatgctgagtcaaacaaaccaatttcatgtctcataaataatccctttcttccttgggtttgtgatgtagctgatgaaca 48653310  T
Q  249 caatattccttctgctttgttatggactaattcttgtgctgttttcaccatttgctatgattatgtccacaaattgctacctttcccttcaaatgaagaa 348  Q
       ||||||||||| ||| ||||||  | | ||    |||||| | |||  || |||  | ||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  48653309 tggtattccttctgttttattatgggttcaatccaccgctgttcttaccgcttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaatgaagaa 48653210  T
Q  349 ccttatattgatgttc 364  Q
    ||||||||||||||||    
T  48653209 ccttatattgatgttc 48653194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 11547518 - 11547460
Alignment:
Q  151 tctcaaatgataaagaatcatgctgattcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaa 209  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  11547518 tctcaaatgatcaagaatcatgttgagtcaaacaaaccaatttcttgtatcataaacaa 11547460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 48661965 - 48661906
Alignment:
Q  19 atcaccaacaaattggctactccaattggtgatggttctctaatgttccagttctttgat 78  Q
    |||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||| |||||||||||    
T  48661965 atcaccaacaaattagcaactccgataggtgatggttctctcattttcgagttctttgat 48661906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 124 - 274
Target Start/End: Original strand, 19665377 - 19665527
Alignment:
Q  124 cttgagcttgttgggagacaatttatttctcaaatgataaagaatcatgctgattcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaacccnnnnnnnccat 223  Q
    |||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||||||  ||| || |||||||| ||||| || || |||||||| ||       ||||    
T  19665377 cttgagcttgttgggacaaagtttctttctcaaatgattaagaatcataatgagtcaaacaaacctatttcttgcatcataaacaatccttttcttccat 19665476  T
Q  224 gggttagtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttgttatgga 274  Q
    ||||| ||||| |||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  19665477 gggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatgga 19665527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 37 - 87
Target Start/End: Original strand, 19665278 - 19665328
Alignment:
Q  37 actccaattggtgatggttctctaatgttccagttctttgatgacggttta 87  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||    
T  19665278 actccaataggtgatggttctctcattttccacttctttgatgatggttta 19665328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 220 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 27228385 - 27228241
Alignment:
Q  220 ccatgggttagtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttgttatggactaattcttgtgctgttttcaccatttgctatgattatgtccaca 319  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||| | | |||||||||||||| ||||||| | | ||  ||||||||||| |   || |||| | ||| | ||||    
T  27228385 ccatgggttagtgatgtagctgctgaactcgagattccttctgctttattatggattcaatccggtgctgttttcgcagcttactataactattttcaca 27228286  T
Q  320 aattgctacctttcccttcaaatgaagaaccttatattgatgttc 364  Q
    || || ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  27228285 aactggtacgtttcccttcgaatgcagaaccttatattgatgttc 27228241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 27224281 - 27224050
Alignment:
Q  127 gagcttgttgggagacaatttatttctcaaatgataaagaatcatgctgattcgaacaaaccaatttcatgtattataaacaacccnnnnnnnccatggg 226  Q
    ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||      || || || | ||| ||||| ||||| |||||||| ||       |||||||    
T  27224281 gagcttgttgggaaacagtttctttctcaaatgatcaagaat------gagtcaaatacaccgatttcttgtatcataaacaatccttttcttccatggg 27224188  T
Q  227 ttagtgatatagcttttgaacacaatattccttctgctttgttatggactaattcttgtgctgttttcaccatttgctatgattatgtccacaaattgct 326  Q
    || ||||| ||||| ||||| |  | |||||||||||||| ||||||  | | ||| ||||||||||| ||  || |||| | ||| |||||||| || |    
T  27224187 tttgtgatgtagctgttgaaaatgagattccttctgctttattatgggttcaatctagtgctgttttcgccgcttactataactatttccacaaactggt 27224088  T
Q  327 acctttcccttcaaatgaagaaccttatattgatgttc 364  Q
    || |||||||||   ||||||||| |||||||||||||    
T  27224087 acgtttcccttcggttgaagaaccatatattgatgttc 27224050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University