View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19822_low_6 (Length: 323)

Name: NF19822_low_6
Description: NF19822
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19822_low_6
NF19822_low_6
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (1-309)||(7748152-7748460)
chr3 (1-297)||(6898250-6898546)
chr3 (5-309)||(6592928-6593232)
chr3 (1-309)||(6140436-6140744)
chr3 (1-309)||(6723650-6723958)
chr3 (1-295)||(6263846-6264140)
chr3 (1-308)||(6880667-6880974)
chr3 (3-309)||(6243467-6243773)
chr3 (1-291)||(13272124-13272414)
chr3 (1-309)||(6167047-6167355)
chr3 (1-309)||(6257352-6257660)
chr3 (1-297)||(6915263-6915559)
chr3 (1-309)||(6850849-6851157)
chr3 (1-116)||(6236068-6236183)
chr3 (5-134)||(5297070-5297199)
chr3 (30-116)||(8469900-8469986)
chr3 (16-114)||(8570544-8570642)
chr3 (1-41)||(4390488-4390528)
[»] scaffold0958 (1 HSPs)
scaffold0958 (16-116)||(1382-1481)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 7748460 - 7748152
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7748460 ttattgattgccaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 7748361  T
Q  101 atctagcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7748360 atctagcttgaaaagggtcatcctttgtgggtcttgggtcattgaatccaccctagagaaaattttatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagtt 7748261  T
Q  201 gaagacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttcctatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7748260 gaagacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttcctatt 7748161  T
Q  301 tgccttttg 309  Q
    |||||||||    
T  7748160 tgccttttg 7748152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 6898546 - 6898250
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6898546 ttattgattgccaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgagctagaactaaagagatgtgatggcattttgataaatgaattgcc 6898447  T
Q  101 atctagcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagtt 200  Q
    ||| |||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||  ||| ||||||    
T  6898446 atccagcttgaaaaaggccatcctttgtggaactcaggtcattgaatccgccctagagaaaattctatttagcagtgcctttcttgaagtgttagaagtt 6898347  T
Q  201 gaagacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttcct 297  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6898346 gaagacttctttggtcaaaatctagaatggtcctctttggatatgtgtagctgtaattcactttgcactctaactataacaggttggcactcttcct 6898250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 5 - 309
Target Start/End: Original strand, 6592928 - 6593232
Alignment:
Q  5 tgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgccatct 104  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||     
T  6592928 tgattgccaagagttggaggcttcaattcccaaggctgataatatcactgagctagaactgaagagatgtgatgacattttgataaatgaatatccatcc 6593027  T
Q  105 agcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagttgaag 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||| |    
T  6593028 agcttgaaaagggtcatcctttgtggaactcaggtcattaaatcctccctagagaaaattctatttaacagtgtctttcttgaagagttggaagttgagg 6593127  T
Q  205 acttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttcctatttgcc 304  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  6593128 acttctttgattcaaatctagaatggtcctctttggacatgtgtagctgtaattctcttcgcactttaactataacaggttggcactcttcctccttgcc 6593227  T
Q  305 ttttg 309  Q
    |||||    
T  6593228 ttttg 6593232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 6140744 - 6140436
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 100  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6140744 ttattgattgcgaagagttggaggcttcaattcccaaggctgctaatatcagtgatatagaactaaagagatgtgatggcattttgataaatgaattgcc 6140645  T
Q  101 atctagcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagtt 200  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || || ||||||||| |||||||||||    
T  6140644 atcaagcttgaaaagggccatcctttgtggaactcacgtcattgaatccaccctagagaaagttctaattaatagtgcctttcttgaagagttggaagtt 6140545  T
Q  201 gaagacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttcctatt 300  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |  |    
T  6140544 gaagacttctttggtcaaaatatggaatggtcctctttgtatatgtgtagctgttattcccttcgcactttaactataacaggttggcactcttcttcct 6140445  T
Q  301 tgccttttg 309  Q
    |||||||||    
T  6140444 tgccttttg 6140436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Original strand, 6723650 - 6723958
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 100  Q
    |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  6723650 ttattgattgccaagagctggaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtaagctagaactaaagagatgtgatgatattttgataaatgaattgcc 6723749  T
Q  101 atctagcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagtt 200  Q
     |||| |||||||| |||||||||| ||||| ||||  |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||    
T  6723750 ctctaccttgaaaacggtcatccttggtggaactcgcatcattcgatcctccctagagaaaattctatttaacagtgcctttctagaagagttggaagtt 6723849  T
Q  201 gaagacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttcctatt 300  Q
    ||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  6723850 gaagacttctttgatcataatctagaatggtcctctttggatatgtgtagctgtaattctcttcgcactctaactataacaggttggcactcttcctcct 6723949  T
Q  301 tgccttttg 309  Q
    |||||||||    
T  6723950 tgccttttg 6723958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 6264140 - 6263846
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 100  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  6264140 ttattgattgccaagagttggaggcttcaattcctaatgctgctaatatcagtgatatagagctaaagagatgtgatggcatttttataaataaattgcc 6264041  T
Q  101 atctagcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagtt 200  Q
    ||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||| |  ||||||||    
T  6264040 atcaagcttggaaagggccatcctttgtggaactcatgtcattgaaaccaccctagagaaaattctagttagcagtgcctttcttgaagaactggaagtt 6263941  T
Q  201 gaagacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttc 295  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  6263940 gaagacttctttggtccaaatctagaatggtcctctttgaatatgtgtagctgtaattcccttcgcactttaactataacaggttggcactcttc 6263846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6880974 - 6880667
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 100  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  6880974 ttattgattgccaagagttggcggcttcaattcccaaggctgctaatatcactgagctagaactaaagagatgtgatgacattttgataaatgaattgcc 6880875  T
Q  101 atctagcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagtt 200  Q
    |||||  ||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| | || ||| | || ||||||||| |||||||||||    
T  6880874 atctaaattgaaaagaatcatcctttgtggaactcaggtcattcaatcaaccctagagcaaattttgttgaactgtgcctttcttgaagagttggaagtt 6880775  T
Q  201 gaagacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttcctatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |  |    
T  6880774 gaagacttctttggtccaaatctagaatggtcctctttggacatgtgcagctgcaattctcttcgcactctaactataacaagttggcactcttcttcct 6880675  T
Q  301 tgcctttt 308  Q
    ||||||||    
T  6880674 tgcctttt 6880667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 3 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 6243773 - 6243467
Alignment:
Q  3 attgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgccat 102  Q
    |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||    
T  6243773 attgattgccaagatttggaggcttcaattcccattgcttataatatcattcagctagaactaaagagatgtgatggcattttgataaataaattgtcat 6243674  T
Q  103 ctagcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagttga 202  Q
    | | |||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| | |||||||||||    
T  6243673 ccaacttgaaaaaggtcatcctttgtggaactcagatcattgaatccgccctagagaaaattctatttaacagtacctttcttgaagaattggaagttga 6243574  T
Q  203 agacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttcctatttg 302  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||||||||  |||    
T  6243573 agacttctttggtcaaaatctagaatggtcctctttggatatgcgtagctgtaattctcttcgcactttaaccataacaagttggcactcttcctccttg 6243474  T
Q  303 ccttttg 309  Q
    |||||||    
T  6243473 ccttttg 6243467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 13272124 - 13272414
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 100  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13272124 ttattgattgccaagagttggaggcttcaattcctaatgctgctaatatcagtgatatagaactaaagagatgtgatggcatttttataaatgaattgcc 13272223  T
Q  101 atctagcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagtt 200  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||  ||||||||||||||||||| |||  ||  | ||||||||| |  ||||||||    
T  13272224 atcaagcttgaaaagggccatcctttgtggaactcatgtcattgaaatcaccctagagaaaattctagttagtagtccctttcttgaagaactggaagtt 13272323  T
Q  201 gaagacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcact 291  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  13272324 gaagacttctttggtccaaatctagaatggtcctctttggatatgtgtagttgtaattcccttcgcactttaactataacaggttggcact 13272414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 6167355 - 6167047
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 100  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  6167355 ttattgattgcgaagagttggaggcttcaattcccaaggctgctaatatcagtgatatagaactaaagagatgtgatggcatttcgataaatgaattgcc 6167256  T
Q  101 atctagcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagtt 200  Q
    |||  |||||| ||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || || |||||| || |||||||||||    
T  6167255 atcatgcttgataagggccatcctttgtggaactcacgtcattgaatccaccctagagaaagttctaattaatagtgcctttcttaaagagttggaagtt 6167156  T
Q  201 gaagacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttcctatt 300  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||| | |||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |  |    
T  6167155 gaagacttctttggtcgaaatatggaatggttctctttgtatatgtgtagctgttattcccttcgcactttaactataacaggttggcactcttcttcct 6167056  T
Q  301 tgccttttg 309  Q
    |||||||||    
T  6167055 tgccttttg 6167047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 6257660 - 6257352
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 100  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6257660 ttattgattgcgaagagttggaggctttaattccaaaggctgctaatatcagtgatatagaactaaagagatgtgatggcattttgataaatgaattgcc 6257561  T
Q  101 atctagcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagtt 200  Q
    ||| |||||||||| || ||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || || ||||||||| |||||||||||    
T  6257560 atcaagcttgaaaacggccatcctttgtggcactcacgtcattgaatccaccctagagaaagttctaattaatagtgcctttcttgaagagttggaagtt 6257461  T
Q  201 gaagacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttcctatt 300  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| | || ||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |    
T  6257460 gaagacttctttggtcgaaatatggaatggtcctctttgcatgtgtgtagctgttattccctttgcactctaactataacaggttggcactcttcttcct 6257361  T
Q  301 tgccttttg 309  Q
    |||||||||    
T  6257360 tgccttttg 6257352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 6915559 - 6915263
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 100  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||    
T  6915559 ttattgattgccaagagttggcggcttcaattccgatggctgctaatatcagtgagctagaactaaagagatgtgatgacatattgataaatgagttgcc 6915460  T
Q  101 atctagcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagtt 200  Q
    | ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||| | ||  |||||||| | |||||||||    
T  6915459 agctaccttgaaaagagtcatcctttgtggaactcaggtcattcgatcctccctagagcaaattttatttaactgtgccattcttgaagaattggaagtt 6915360  T
Q  201 gaagacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttcct 297  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||    
T  6915359 gaagacttctttggtccaaatctagaatggtcctctttggacatgtgtagctgtaattctcttcgtgctttaactataacaggttggcactcttcct 6915263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Original strand, 6850849 - 6851157
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 100  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||  | | | ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| || ||    
T  6850849 ttattgattgccaagagttggcggcttcaattcccaagatttacattatcagtgagctagaactaaagagatgtgatgacatattgataaatgagttacc 6850948  T
Q  101 atctagcttgaaaagggtcatcctttgtggatctcgggtcattgaatccaccctagagaaaattctatttaacagcgcttttcttgaaaagttggaagtt 200  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||| | || ||||||||| ||||| |||||    
T  6850949 atctaccttgaaaagagtcatcctttgcggaactcaggtcattccatcctccctagagcaaattttatttaactgtgcctttcttgaagagttgaaagtt 6851048  T
Q  201 gaagacttctttggtccaaatttagaatggtcctcttcggatatgtgtagctgtaattctcttcgcagtctaactataacaggttggcactcttcctatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |   |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||  |    
T  6851049 gaagacttctttggtccaaatctagaatggtcctctttggatttcaatagctgtaattctcttcgcactctaactacaacaggttggcattcttcctcct 6851148  T
Q  301 tgccttttg 309  Q
    |||||||||    
T  6851149 tgccttttg 6851157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 6236183 - 6236068
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgcc 100  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6236183 ttattgattgccaagagttggaggcgtcaattcccaaggctggtaatatcagtgagctagaactaaagagatgtgatggcattttgataaatgaattgcc 6236084  T
Q  101 atctagcttgaaaagg 116  Q
    ||| | ||||||||||    
T  6236083 atccaccttgaaaagg 6236068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 5 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 5297199 - 5297070
Alignment:
Q  5 tgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgccatct 104  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||||  |||||||   ||||||  ||||||||||||||||     
T  5297199 tgattgccaagagttggaggcttcgattcccaaggctgataatattgttgagctagagctaaaaggatgtgaaaacattttggtaaatgaattgccatcc 5297100  T
Q  105 agcttgaaaagggtcatcctttgtggatct 134  Q
    | ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  5297099 accttgaaaaatgtcatcctttgtggatct 5297070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 8469986 - 8469900
Alignment:
Q  30 attcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgccatctagcttgaaaagg 116  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||  |||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  8469986 attcccaagggtgataatatcatagagttagatctacagagatgtgatcacattttaataaatgaattgccaaccagcttgaaaagg 8469900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 114
Target Start/End: Original strand, 8570544 - 8570642
Alignment:
Q  16 agttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgccatctagcttgaaaa 114  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||  || | ||| |   ||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  8570544 agttggaggcttcaattcccaaggctgataatatcgaagagttatatctagatgaatgtgatagcattttggtaaatgaattgccatccagcttgaaaa 8570642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 41
Target Start/End: Original strand, 4390488 - 4390528
Alignment:
Q  1 ttattgattgtcaagagttgcaggcttcaattcccaaggct 41  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  4390488 ttattgattgccaagagttggaggtttcaattcccaaggct 4390528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0958 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0958
Description:

Target: scaffold0958; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 16 - 116
Target Start/End: Original strand, 1382 - 1481
Alignment:
Q  16 agttgcaggcttcaattcccaaggctgataatatcagtgacctagaactaaagagatgtgatggcattttaataaatgaattgccatctagcttgaaaag 115  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||  |||||||| |||||||  |||||||||| || || | |||||||||    
T  1382 agttggaggtttcaattcctaaggctgataatatcagagagctag-actaaacggatgtgatagcattttggtaaatgaatttccttccaacttgaaaag 1480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University