View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19824_high_6 (Length: 443)

Name: NF19824_high_6
Description: NF19824
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19824_high_6
NF19824_high_6
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (30-432)||(30483781-30484192)
chr2 (133-432)||(30424759-30425058)
chr2 (134-432)||(30394786-30395084)
chr2 (133-429)||(30437050-30437346)
chr2 (133-432)||(30468858-30469157)
chr2 (133-432)||(30475820-30476119)
chr2 (133-428)||(30430796-30431091)
chr2 (133-432)||(30384352-30384651)
chr2 (133-431)||(8379528-8379826)
chr2 (133-432)||(23768060-23768359)
chr2 (133-431)||(23783712-23784010)
chr2 (177-283)||(30403899-30404005)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (131-414)||(41627754-41628037)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (133-290)||(15852260-15852417)
chr8 (184-296)||(15845104-15845216)
chr8 (184-296)||(15859298-15859410)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 30484192 - 30483781
Alignment:
Q  30 atcaaaatttgctttaggtttgacttagttttgaagattattcggccgacccaaatggagaccggaatgatcaagtcactaaattgatcgataaacagtg 129  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | |||| || ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30484192 atcaaaatttgctttaggtctgacttagttttaaagattattggaccgatcctaatggagactggaataatccagtcactaaattgatcgataaacagtg 30484093  T
Q  130 aat---------atacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgctt 220  Q
    |||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30484092 aatttttaggagatacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgctt 30483993  T
Q  221 gccaattagggtgcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattac 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30483992 gccaattagggtgcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattac 30483893  T
Q  321 atcatcaagattcattccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattcttagtggct 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30483892 atcatcaagattcattccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattcttagtggct 30483793  T
Q  421 tcacctgccttt 432  Q
    ||||||||||||    
T  30483792 tcacctgccttt 30483781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 133 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 30425058 - 30424759
Alignment:
Q  133 atacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggt 232  Q
    |||||||| |||||||||||  |||| || ||||| || ||||  |||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||| ||||||||| |||||    
T  30425058 atacttacgatcttaagatgacttagcccgtcaaagtcaggtttattgttgccaaaaacttgtaatacttcttcccttgcacgttcttgccaatcagggt 30424959  T
Q  233 gcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattacatcatcaagatt 332  Q
     ||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |    
T  30424958 acctactcaacaacaccattgtccaaacaagcaaaacagaagtggtctcttggcctgcaaagtagaagagcttgcattcctctattacatcatcaagact 30424859  T
Q  333 cattccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattcttagtggcttcacctgccttt 432  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||  ||||  ||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30424858 cattccaacattcttattgttgccgtgttcttccatttctttgtgatttgactctaaaagtatacctaataagtcatccttagtggcttcacctgccttt 30424759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 134 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 30395084 - 30394786
Alignment:
Q  134 tacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggtg 233  Q
    ||||||||||||| || |  ||||| || ||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||| || ||||||| |||||||| |||||     
T  30395084 tacttacaatctttaggttatttagcccatcaaaatctggttttttgttgccaaagacatgtaacacttcctccctagcacgtgtttgccaatcagggta 30394985  T
Q  234 cctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattacatcatcaagattc 333  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||  | ||| | ||||||||||| || ||||| ||||||| ||    
T  30394984 cctactcaacaatatcattgtccaaacaagcaaaaccgaagtagtttcttgccctgcaaaatggaacaacttgcattcctcgactacatgatcaagactc 30394885  T
Q  334 attccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattcttagtggcttcacctgccttt 432  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  30394884 attccaacactcttattgttgttgttattttcaatttccttatgatttgattcaagaagaatactcaataagtcattcttagtggattcaccagccttt 30394786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 133 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 30437346 - 30437050
Alignment:
Q  133 atacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggt 232  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| || |||||||| ||||  ||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  30437346 atacttacaatcttaagatgacttagcccatcaaaatcgggtttattgttgccaaatacttgtaatacttcctcccttgcacgtgcttgccaatcagggt 30437247  T
Q  233 gcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattacatcatcaagatt 332  Q
     ||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||| || ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |    
T  30437246 acctactcaacaacactattgtccaaacaagcaaaacagaagttgtctctgcacctgcaaagtagaatagcttgcattcctctattacatcgtcaagact 30437147  T
Q  333 cattccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattcttagtggcttcacctgcc 429  Q
    |||||||||||||||||||||||  |  ||||  ||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| || |||| ||| || ||||||||||||    
T  30437146 cattccaacattcttattgttgtcatgttcttccatttctttgtgatttgactctaaaagtatacctaacaaatcatcctttgttgcttcacctgcc 30437050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 133 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 30469157 - 30468858
Alignment:
Q  133 atacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggt 232  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| || |||||||| ||||  ||||||||||| || ||||  ||||| || |||||||| ||||||||||  ||||    
T  30469157 atacttacaatcttaagatgacttagcccgtcaaaatcaggtttattgttgccaaagacctgtaatacttcttcccttgcacgcgcttgccaatcggggt 30469058  T
Q  233 gcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattacatcatcaagatt 332  Q
     |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||| |    
T  30469057 acctactcaataacaccattgtccaaacaagcaaaacagaagtggtctcttggcctgcaaagtagaatagcttgcattcctctatcacatcatcaagact 30468958  T
Q  333 cattccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattcttagtggcttcacctgccttt 432  Q
    |||||| |||| ||||||||||   |  ||||  ||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| || |||| |||||| |||||||||||||||    
T  30468957 cattccgacatccttattgttgccatgttcttccatttctttgtgatttgactctaaaagtatacctaacaaatcatccttagttgcttcacctgccttt 30468858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 133 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 30476119 - 30475820
Alignment:
Q  133 atacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggt 232  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| || ||||| |  |||||||| |||||||| |||||||||| ||| |    
T  30476119 atacttacaatcttaagttggtttagtccatcaaaatctggttttttattgccgaagacttgcaatacttcctcccttgcacgagcttgccaatcaggat 30476020  T
Q  233 gcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattacatcatcaagatt 332  Q
     ||||||||| || |  |||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |  |||||||| |||||| |    
T  30476019 acctactcaacaacatcattgcccaaacaagcaaaacagaagtggtctcttgccctgcaaagtagaatagcttgcattcttctattacatcgtcaagact 30475920  T
Q  333 cattccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattcttagtggcttcacctgccttt 432  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||  ||||  ||||| ||||||||  |||| | ||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||    
T  30475919 cattccgacatccttattgttgtcgtgttcttccatttctttgtgattcaactccaaaagtatacctaataaatcatccttagttgcttcacccgccttt 30475820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 133 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 30431091 - 30430796
Alignment:
Q  133 atacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggt 232  Q
    |||||||| |||||||||||  |||| || ||||| |||||||  ||||||||||| |||||||  ||||| || ||||||||| |||||||||  || |    
T  30431091 atacttacgatcttaagatgacttagcccgtcaaattctggtttattgttgccaaatacttgtaatacttcttcccttgcacgttcttgccaatctggtt 30430992  T
Q  233 gcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattacatcatcaagatt 332  Q
     ||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |    
T  30430991 acctactcaacaacaccattgtccaaacaagcaaaacagaagtggtctcttgtcctgcaaagtagaagagcttgcattcctctattacatcatcaagact 30430892  T
Q  333 cattccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattcttagtggcttcacctgc 428  Q
    ||||||||||||||||||||||   |  ||||  ||||| || ||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  30430891 cattccaacattcttattgttgccttgttcttccatttctttttgatttgactctaaaagtatacctaataagtcatccttagttgctttacctgc 30430796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 133 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 30384651 - 30384352
Alignment:
Q  133 atacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggt 232  Q
    |||||||| ||||| || |  ||||| || ||||||||||||| | |||||||||| || |||| ||||||||| |||||||| | |||||||| |||||    
T  30384651 atacttacgatctttaggttatttagcccatcaaaatctggttttctgttgccaaagacatgtaacacttcctcccttgcacgggtttgccaatcagggt 30384552  T
Q  233 gcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattacatcatcaagatt 332  Q
     ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| || ||||  ||||||| || ||| | ||||||||||| || ||||||||||||| |    
T  30384551 acctactcaataatatcattgtccaaacaagcaaaaccgaagtagtctcttgacctgcaaagtggaacaacttgcattcctcgactacatcatcaagact 30384452  T
Q  333 cattccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattcttagtggcttcacctgccttt 432  Q
    |||||| |||| ||| ||||| |  || || | |||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  30384451 cattcccacatccttgttgttttcattttcgtcaatttccttgcgatttgactcaagaagaatgctcaataagtcattcctagtgggctcacctgccttt 30384352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 133 - 431
Target Start/End: Original strand, 8379528 - 8379826
Alignment:
Q  133 atacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggt 232  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||||||| | ||||||| |||||||||||| | |||||  |||||||| || |||||| ||||||||| |||||    
T  8379528 atacttacaatcttaagtttatttagtccttcatagtctggttttttgttgccaaatatttgtaatacttcctccctagcacgttcttgccaatcagggt 8379627  T
Q  233 gcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattacatcatcaagatt 332  Q
     ||||||||| ||||  |||||||||||||||| |  |||||| | ||||| |||||| | |||||||| ||||||||||   | |||||| |||||| |    
T  8379628 acctactcaacaatatcattgtccaaacaagcatagttgaagtagattcttgccctgccaagtagaataacttgcattcccccactacatcttcaagact 8379727  T
Q  333 cattccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattcttagtggcttcacctgcctt 431  Q
    |||||| | |||||| |||||    | |||| ||||||| | ||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  8379728 cattcccatattcttgttgtttccatgatctctaatttcttggtggtttgactctagaagaagacctaacaagtcattctcagttgcttcacctgcctt 8379826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 133 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 23768359 - 23768060
Alignment:
Q  133 atacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggt 232  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||| ||||| ||||||| ||  |||||||| |  | ||  |||||||  |  |||||| |||||||||  ||||    
T  23768359 atacttacaatcttaagtttatttagtccatcaaagtctggtttttcattgccaaatatctctaatacttccttccgggcacgttcttgccaatctgggt 23768260  T
Q  233 gcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattacatcatcaagatt 332  Q
    |||||||||| || || || ||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||  | ||||| | ||||||||  || ||| || |||||| |    
T  23768259 gcctactcaacaacaccatcgtccaaacaagcaaatctgaagtagtctcttgccctgcaatatggaataacatgcattccccgactacttcttcaagact 23768160  T
Q  333 cattccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattcttagtggcttcacctgccttt 432  Q
    || ||| | ||||||   |||    |  ||||||||||| ||||| || ||||| || || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23768159 caatcccatattcttgaagtttccatgttctttaatttctttgtggttcgactctaggaggagacctaataagtcattctcagtggcttcacctgccttt 23768060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 133 - 431
Target Start/End: Original strand, 23783712 - 23784010
Alignment:
Q  133 atacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggt 232  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||| ||||| || |||| ||  |||||||| |  | ||  |||||||  ||||||||| ||||||||| |||||    
T  23783712 atacttacaatcttaagtttatttagtccatcaaagtcgggtttttcattgccaaatatctctaatacttccttccttgcacgttcttgccaatcagggt 23783811  T
Q  233 gcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattacatcatcaagatt 332  Q
     ||||||||| || || || ||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||  | ||||| | ||||||||  || ||| || |||||| |    
T  23783812 acctactcaacaacaccatcgtccaaacaagcaaatctgaagtagtctcttgccctgcaacatggaataacctgcattccccgactacttcttcaagact 23783911  T
Q  333 cattccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattcttagtggcttcacctgcctt 431  Q
    || ||| | ||||||   |||    |  |||||||||||  |||| || ||||| || || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23783912 caatcccatattcttgacgtttccatgttctttaatttctctgtggttcgactctaggaggagacctaataagtcattctcagtggcttcacctgcctt 23784010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 177 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 30404005 - 30403899
Alignment:
Q  177 tttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggtgcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtg 276  Q
    ||||| |||||||||||| |  ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |  |||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||| |||    
T  30404005 tttgtcgccaaaaacttgcaaaacttcctctctagctcgtgcttgccaatcaggatatctactcaacaatatcattgtccaaacaagcagaactgatgtg 30403906  T
Q  277 gtttctt 283  Q
    | |||||    
T  30403905 gattctt 30403899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 131 - 414
Target Start/End: Original strand, 41627754 - 41628037
Alignment:
Q  131 atatacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagg 230  Q
    |||||||||||||||| |  |  ||||| || |||||||  |||| |||||||||||| | |||||  |||||||| ||||| | ||||||||| | |||    
T  41627754 atatacttacaatcttcaagttatttagcccatcaaaattaggttttttgttgccaaagatttgtaatacttcctcccttgcccttgcttgccactcagg 41627853  T
Q  231 gtgcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgcaaggtagaatagcttgcattccttgattacatcatcaaga 330  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||| || |||| |||||||| |||||| | |||||||||||  |||||||| |||| |    
T  41627854 gtacctactcaataataccattgtccaaacaagtaaagttgaagtagtctcttgccctgcaaagtagaacaacttgcattcctgaattacatcttcaata 41627953  T
Q  331 ttcattccaacattcttattgttgttgttatctttaatttccttgtgatttgactcaagaagaatacctaataagtcattctta 414  Q
    |||||||| ||||||   |||||    |  ||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||    
T  41627954 ttcattcccacattcacgttgtttccatgttctttaatttccttgtggtttgtctctataagaatacctaataaatcattctta 41628037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 290
Target Start/End: Original strand, 15852260 - 15852417
Alignment:
Q  133 atacttacaatcttaagatggtttagtccttcaaaatctggttgtttgttgccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggt 232  Q
    |||| |||||| ||||| ||  |||||||||| || | ||| | || ||| ||||||||||| |  |||||||  ||||||||| ||||||| | ||| |    
T  15852260 atacgtacaattttaagttgacttagtccttcgaagtttggattttggttcccaaaaacttgcaaaacttcctgccttgcacgttcttgccattcaggat 15852359  T
Q  233 gcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttcttcccctgc 290  Q
     ||| |  ||||| || ||||||||||| ||||||  ||||||||| |||| ||||||    
T  15852360 acctgcctaataacaccattgtccaaaccagcaaacttgaagtggtctcttgccctgc 15852417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 184 - 296
Target Start/End: Original strand, 15845104 - 15845216
Alignment:
Q  184 ccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggtgcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttctt 283  Q
    ||||||||||| |  |||||||  ||||||||| ||||||| | ||| | ||| |  ||||| || ||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||    
T  15845104 ccaaaaacttgcaaaacttcctgccttgcacgttcttgccattcaggatacctgcctaataacaccattgtccaaaccagcaaacttgaagtggtctctt 15845203  T
Q  284 cccctgcaaggta 296  Q
     ||| ||||||||    
T  15845204 gcccagcaaggta 15845216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 184 - 296
Target Start/End: Original strand, 15859298 - 15859410
Alignment:
Q  184 ccaaaaacttgtagcacttcctctcttgcacgtgcttgccaattagggtgcctactcaataatacaattgtccaaacaagcaaaactgaagtggtttctt 283  Q
    ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| | ||| | ||| |  ||||| || ||||||||||| ||||||  | |||| || ||||    
T  15859298 ccaaaaacttgcaaaacttcctcccttgcacgtgcttgccattcaggatacctgcctaataacaccattgtccaaaccagcaaactttaagtcgtctctt 15859397  T
Q  284 cccctgcaaggta 296  Q
     ||| ||||||||    
T  15859398 gcccagcaaggta 15859410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University