View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19824_low_6 (Length: 466)

Name: NF19824_low_6
Description: NF19824
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19824_low_6
NF19824_low_6
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (13-451)||(8042469-8042906)
chr6 (13-450)||(7970801-7971244)
chr6 (13-215)||(8032565-8032767)
chr6 (13-216)||(7977974-7978177)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (13-451)||(41381251-41381681)
chr2 (13-108)||(43854527-43854622)
[»] scaffold0531 (1 HSPs)
scaffold0531 (13-216)||(2339-2542)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (13-213)||(14197928-14198128)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 451
Target Start/End: Original strand, 8042469 - 8042906
Alignment:
Q  13 aagggtccaatgtggaaaggagttgttgttgcctacattattgttgctttatgctacttccctgttgctattatcggttattggatatttggcaatgagg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8042469 aagggtccaatgtggaaaggagttgttgttgcctacattattgttgctttgtgctacttccctgttgctattatcggttattggatatttggcaatgggg 8042568  T
Q  113 ttaaggataatatcctcgtgtcattggaaaacccagcttggcttattgcaatggctaacttttttgtggttttgcatgtgattggaagctatcaggtaaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8042569 ttaaggataatatcctcgtgtctttggaaaacccagcttggcttattgcaatggctaacttttttgtggttttgcatgtgattggaagttatcaggtaaa 8042668  T
Q  213 atttaattcttttacaaaacttcttagttaactattgttttgatttagtccataaatttttaagatgggatcataaggtcatgatcaaagttaaatttca 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8042669 atttaattcttttacaaaacttcttagttaaccattgttttgatttagtccataaatttttaagatgggaacataaggtcatgatc-aagttaaatttca 8042767  T
Q  313 aagtagttcttgaaatttaaaagtatc-atctcatttcttttgggtacacaatttagtcttgaaaatatgtttccataattaatttcataaaaagaagaa 411  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8042768 aagtagttcttg-aatttaaaagtatcgatctcatttcttttgggtacacaatttagtcttgaaaatatgtttccataattaatttcataaaaagaagaa 8042866  T
Q  412 gttaattctatagatcatttaaaaatttgtagtttgtatt 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8042867 gttaattctatagatcatttaaaaatttgtagtttgtatt 8042906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 13 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 7971244 - 7970801
Alignment:
Q  13 aagggtccaatgtggaaaggagttgttgttgcctacattattgttgctttatgctacttccctgttgctattatcggttattggatatttggcaatgagg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7971244 aagggtccaatgtggaaaggagttattgttgcatacattgttgttgctttgtgctactttcctgttgctcttatcggttattggatatttggcaatgggg 7971145  T
Q  113 ttaaggataatatcctcgtgtcattggaaaacccagcttggcttattgcaatggctaacttttttgtggttttgcatgtgattggaagctatcaggtaaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7971144 ttaaggataatatcctcgtgtctttggaaaacccagcttggcttattgcaatggctaacttttttgtggttttgcatgtgattggaagctaccaggtaaa 7971045  T
Q  213 atttaattcttttacaaaacttcttagttaactattgttttgatttagtccataaatttttaagatgggatcataaggtcatgatcaaagtt----aaat 308  Q
    ||||||||||||||  |||||| | ||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    ||||    
T  7971044 atttaattcttttatgaaacttttcagttaaccattattttcatttagtctataaatttttaagatgggatcataaggtcatgatcaaatttaacgaaat 7970945  T
Q  309 ttcaaagtagttcttgaaatttaaaagtatc-atctcatttcttttgggtac-acaatttagtcttgaaaatatgtttccataattaatttcataaaaag 406  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7970944 ttcaaagtaattcttaaaatttaaatgtatcgatctcatttcttttgggaacggcaatttagtcttgaaaatatgttttcataattaatttcataaaaag 7970845  T
Q  407 aagaagttaattctatagatcatttaaaaatttgtagtttgtat 450  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7970844 aagaagttaattttatagatcatttaaaaatttgcagtttgtat 7970801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 13 - 215
Target Start/End: Original strand, 8032565 - 8032767
Alignment:
Q  13 aagggtccaatgtggaaaggagttgttgttgcctacattattgttgctttatgctacttccctgttgctattatcggttattggatatttggcaatgagg 112  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| |    
T  8032565 aagggtccaatgtggagaggtgttgttgttgcctacattgttgttgctttgtgctactttcctgttgctattattggttattgggtgtttggtaatgaag 8032664  T
Q  113 ttaaggataatatcctcgtgtcattggaaaacccagcttggcttattgcaatggctaacttttttgtggttttgcatgtgattggaagctatcaggtaaa 212  Q
    ||||||||||| ||||  | || |||||||| |||| |||||| || |||||  ||||| | ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  8032665 ttaaggataatgtcctaatctctttggaaaaaccagtttggctcatcgcaatatctaacctatttgtagttttacatgtaattggaagctatcaggtaaa 8032764  T
Q  213 att 215  Q
    |||    
T  8032765 att 8032767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 7978177 - 7977974
Alignment:
Q  13 aagggtccaatgtggaaaggagttgttgttgcctacattattgttgctttatgctacttccctgttgctattatcggttattggatatttggcaatgagg 112  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  7978177 aaggttccaatgtggagaggagttgttgttgcatacattgttgttgctttgtgttacttccctgttgctcttattggttactggatatttggaaatgagg 7978078  T
Q  113 ttaaggataatatcctcgtgtcattggaaaacccagcttggcttattgcaatggctaacttttttgtggttttgcatgtgattggaagctatcaggtaaa 212  Q
    || | | | | |||||| | || ||  | || || || |||||||||||||  |||||| | ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  7978077 ttgatggtgacatcctcatatctttacagaaacctgcatggcttattgcaacagctaacatgtttgttgttattcatgtgattggaagctatcaggtaaa 7977978  T
Q  213 attt 216  Q
    ||||    
T  7977977 attt 7977974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 13 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 41381681 - 41381251
Alignment:
Q  13 aagggtccaatgtggaaaggagttgttgttgcctacattattgttgctttatgctacttccctgttgctattatcggttattggatatttggcaatgagg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||    
T  41381681 aagggtccaatgtggaaaggagttatctttgcctacatggttgttgctttgtgctactttcctgttgctattatcggttattatgtgtttggcaatgagg 41381582  T
Q  113 ttaaggataatatcctcgtgtcattggaaaacccagcttggcttattgcaatggctaacttttttgtggttttgcatgtgattggaagctatcaggtaaa 212  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  41381581 ttaaagataatatcctcatgtctttggaaaaaccagcttggcttattgcaatggctaacttttttgtggttttacatgtcattggaagctatcaggtaaa 41381482  T
Q  213 atttaattcttttacaaaacttcttagttaactattgttttgatttagtccataaatttttaagatgggatcataaggtcatgatcaaagtt----aaat 308  Q
    |||||||  |||||  |||||| ||||||||| ||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||      |||||||||||| ||    ||||    
T  41381481 atttaatctttttaggaaactttttagttaaccattattttcattttgtccatagatttttaagatgggat------gtcatgatcaaatttagcgaaat 41381388  T
Q  309 ttcaaagtagttcttgaaatttaaaagtatc-atctcatttcttttgggtacacaatttagtc-ttgaaaatatgtttccataattaatttcataaaaag 406  Q
    ||  ||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||        |||  |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||       
T  41381387 tttgaagtaattcttaaaatttaaaagtgtcgatctcatttc-----acgacaatatttagtctttgaaaatatattttcataattaatttcataaa--- 41381296  T
Q  407 aagaagttaattctatagatcatttaaaaatttgtagtttgtatt 451  Q
    | |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  41381295 atgaagttaaatctatagatcattttaaaatttgtagtttatatt 41381251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 108
Target Start/End: Original strand, 43854527 - 43854622
Alignment:
Q  13 aagggtccaatgtggaaaggagttgttgttgcctacattattgttgctttatgctacttccctgttgctattatcggttattggatatttggcaat 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |  | || || ||| |||| ||||| || || |||||||||||| |||| || |||||||| |||||||||    
T  43854527 aagggtccaatgtggagaggagttttattagcatatattgttgtagctttgtgttatttccctgttgctcttattggatattggatgtttggcaat 43854622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0531 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0531
Description:

Target: scaffold0531; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 13 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 2542 - 2339
Alignment:
Q  13 aagggtccaatgtggaaaggagttgttgttgcctacattattgttgctttatgctacttccctgttgctattatcggttattggatatttggcaatgagg 112  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| | |    
T  2542 aagggtccaatgtggagaggtgttgttgttgcctacattgttgttgctgtgtgctactttcctgttgctataattggttattggatgtttggcaatcaag 2443  T
Q  113 ttaaggataatatcctcgtgtcattggaaaacccagcttggcttattgcaatggctaacttttttgtggttttgcatgtgattggaagctatcaggtaaa 212  Q
    ||||||||||| ||||| | || |||||||| || |||||||| ||||||||  ||||| | ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2442 ttaaggataatgtcctcatctctttggaaaaacctgcttggctcattgcaatatctaacctatttgttgttttacatgtaattggaagctatcaggtaaa 2343  T
Q  213 attt 216  Q
    ||||    
T  2342 attt 2339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 14198128 - 14197928
Alignment:
Q  13 aagggtccaatgtggaaaggagttgttgttgcctacattattgttgctttatgctacttccctgttgctattatcggttattggatatttggcaatgagg 112  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |||| ||||| ||  |||| ||||| |||||||| || |||||| | || ||||||||||| ||||| |||   |    
T  14198128 aagggtccaatgtggagaggagtgattgtagcctatatagttgtagctttgtgctactttccagttgctctcattggttattggatgtttggaaatagtg 14198029  T
Q  113 ttaaggataatatcctcgtgtcattggaaaacccagcttggcttattgcaatggctaacttttttgtggttttgcatgtgattggaagctatcaggtaaa 212  Q
    || | || || || ||| || | || || || |||   ||||||||||||||||| ||| | ||||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  14198028 ttgatgacaacattctcatgactttagagaaaccaaactggcttattgcaatggcaaacatgtttgttgttatccatgttattggaagctaccaggtaaa 14197929  T
Q  213 a 213  Q
    |    
T  14197928 a 14197928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University