View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19828_low_1 (Length: 900)

Name: NF19828_low_1
Description: NF19828
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19828_low_1
NF19828_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (28-883)||(51531899-51532754)
chr4 (207-858)||(51526177-51526837)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 832; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 832; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 883
Target Start/End: Complemental strand, 51532754 - 51531899
Alignment:
Q  28 aatgttattaacaccaaaactctttgatccgatccgtgagtatgatgatgatgcatgaattaatgctagaggcgaaacagagagtttaaaattcacacac 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51532754 aatgttattaacaccaaaactctttgatccgatccgtgagtatgatgatgatgcatgaattaatgctagaggcgaaacagagagtttaaaattcacacac 51532655  T
Q  128 acaatgaaaagcatgttgaagatcatatacagaataaaagaactgaatatatctaataatcaagtacttattaataaattggggttaataataacccgtc 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51532654 acaatgaaaagcatgttgaagatcatatacagaataaaagaactgaaaatatctaataatcaagtacttattaataaattggggttaataataacccgtc 51532555  T
Q  228 tccgttttaattttacatagtttttctttgatacaataccaagaactgttatgaattgccacttgtttaatcactaaatacagtattatactgagacata 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51532554 tccgttttaattttacatagtttttctttgatacaataccaagaactgttatgaattcccacttgtttaatcactaaatacagtattatactgagacata 51532455  T
Q  328 catggttttaagttaaatttactttacactgtcaaacctgcagtgtaagttactccagcggaaggtaaccaaagatcccccagaataaattgagctacag 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  51532454 catggttttaagttaaatttactttacactgtcaaacctgcagtgtaagttactccagcggaaggtaaccaaagatcccccaaaataaattgagctacag 51532355  T
Q  428 taaacttttcagcctcgctcgaatcattcattacatggtacccagaccatttcacccgattcgctaccccagcacccggtccggagttcctgtattcact 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  51532354 taaacttttcagcctcgctcgaatcattcattacatggtacccagaccatttcacccgattcgctaccccagcacccggtccggagttcatgtattcact 51532255  T
Q  528 gtagtacaatgtatccaaaccaacacttccattgtactctagccacccttcgggacttatcgcgttactcatataggattgcatgaaaattgttcgcgaa 627  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51532254 gtagtacaatgtatccaaaccaacacttccattgtactctagccacccttcgggacttatcgcgttactcatataggattgcatgaaaattgttcgcgaa 51532155  T
Q  628 taaggcctccaaggtctaccaaggtatgttcggatggttgcaataaaaggtagaaggtcaaagtctgctgaaatgttgcagaattggaaggagaaaccgg 727  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51532154 taaggcctccaaggtctaccaaggtatgttcggatggttgcaataaaaggtagaaggtcaaagtctgctgaaatgttgcagaattggaaggagaaaccgg 51532055  T
Q  728 ttgttatgttcgggtctgttcgtccatgggctgcgacagtattcttttgtccttgcatccctttcttggctagaatttcgcaattctggaacataactgt 827  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51532054 ttgttacgttcgggtctgttcgtccatgggccgcgacagtattcttttgtccttgcatccctttcttggctagaatttcgcaattctggaacataactgt 51531955  T
Q  828 gccatttccaaaaatgaaatccaccgtaccagtgattttacacgctttgtagaatt 883  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51531954 gccatttccaaaaatgaaatccaccgtaccagtgattttacacgctttgtagaatt 51531899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 207 - 858
Target Start/End: Complemental strand, 51526837 - 51526177
Alignment:
Q  207 tggggttaataataacccgtctccgttttaattttacatagtttttctttgatacaataccaagaactgttatgaattgccac---ttgtttaatcacta 303  Q
    ||||||||| | |||||||| ||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||   |  |||||||||||    
T  51526837 tggggttaacagtaacccgtgtcc-ttttgcttttacatactttttctttgatacaataccaagaaccgttgtgaattacaacaactcttttaatcacta 51526739  T
Q  304 aatacagtattatactgagacatacatggtttta-------agttaaatttactttacactgtcaaacctgcagtgtaagttactccagcggaaggtaac 396  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||||  || |       |||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| || | ||||||||||    
T  51526738 aatacaatattatatttagacatacatgaattaatttgtcaagttaaatttactttacactttcaaaccagaagtgtaagttacaccggtggaaggtaac 51526639  T
Q  397 caaagatcccccagaataaattgagctacagtaaacttttcagcctcgctcgaatcattcattacatggtacccagaccatttcacccgattcgctaccc 496  Q
    ||||||| ||||  |||||||||||| ||||| || ||   |||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  51526638 caaagattcccctcaataaattgagccacagtgaatttagtagcctcactcgaatcattcaatacatggtatcctgaccatttcacccggttagctaccc 51526539  T
Q  497 cagcacccggtccggagttcctgtattcactgtagtacaatgtatccaaaccaacacttccattgtactctagccacccttcgggacttatcgcgttact 596  Q
    | ||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||||| | |||| ||| | | || ||  |||||| ||||||||| || ||||| |||| |||    
T  51526538 cggcacccggtccagagttcatgtattcagcgtagtacaatgtgttcaaagcaaaattaccgttccactctaaccacccttctggccttattgcgtcact 51526439  T
Q  597 catataggattgcatgaaaattgttcgcgaataaggcctccaaggtctaccaaggtatgttcggatggttgcaataaaaggtagaaggtcaaagtctgct 696  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||  |   | |||||||||||| | |||||     
T  51526438 catgtaggattgcataaaaattgttcgcgaataagtcttccagggtctaccaaggtatgttgggatggttgtgaccgatggtagaaggtcagaatctgcg 51526339  T
Q  697 gaaatgttgcagaattggaaggagaaaccggttgttatgttcgggtctgttcgtccatgggctgcgacagtattcttttgtccttgcatccctttcttgg 796  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |  |||||||||| ||||||| || || |  ||||| |||||||||    |||||||||||||||    
T  51526338 gaaatgttgcaaaattggaaggagaaaccagttggttggttcgggtcttttcgtccttgagcagtaacagtgttcttttgtttaggcatccctttcttgg 51526239  T
Q  797 ctagaatttcgcaattctggaacataactgtgccatttccaaaaatgaaatccaccgtacca 858  Q
    |||| ||||  || || ||||||| | | ||| | | |||||| ||||||||||| ||||||    
T  51526238 ctagtatttgacagttttggaacacagccgtggcgtctccaaagatgaaatccacagtacca 51526177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University