View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19836_low_1 (Length: 1145)
Name: NF19836_low_1
Description: NF19836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19836_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 455; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 534 - 1132
Target Start/End: Complemental strand, 8355267 - 8354629
Alignment:
| Q |
534 |
tatcatgaacagaggaacaaagttgataatatttaggatatcaaattacccaacaggaacatagagggattcagacaatcttaattgttcgtcttgattc |
633 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
8355267 |
tatcatgaacagaggaacaaagttgatattatttaggatatcaaattacccaacaggaacatagagggattcagacaatcttaattgttcgtcttgattc |
8355168 |
T |
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| Q |
634 |
taaatttaagttttaatttactttcaatttgtaaaccaacttggaatgcaaacccctgaaatttatatttgtatgacttataaaacatataaaatcatcc |
733 |
Q |
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| T |
8355167 |
taaatttaagttttaatttactttcaatttgtaaaccaacttggaatgcaaacccctgaaatttatatttatatgacttataaaacatataaaatcatcc |
8355068 |
T |
|
| Q |
734 |
tttttgag------------------tactataagaaagggaccaaaaccgatagtttttaaaatgaatgaccaagtactccattattaaaggagcaatc |
815 |
Q |
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|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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| T |
8355067 |
tttttgagtttaaaaaaaaataaaaatactataagaaagggaccaaaaccgatagtttttaaaatgaatgaccaagtactccattattaaaggaccaatc |
8354968 |
T |
|
| Q |
816 |
cgagta--attca-----aggataggatagataagtaatcttattaaaatagatagactagggtgtatttttgaactgagtctcttacaacaacaaaaac |
908 |
Q |
| |
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|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
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| T |
8354967 |
cgagtaatattcaaggataggataggatagataagtaatcttattaaaatagatagactagggtgtatttttgaactgag--tcttacaacaacaaaaac |
8354870 |
T |
|
| Q |
909 |
aaaacagttatccatg------------atatatctatcattcccaaagcaaaaggtt-----ttaggttgcaggggaagcattagcaatgtcaatgaca |
991 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
8354869 |
aaaacagttatccatgatatatatatatatatatatatcattcccaaagcaaagggttttaggttaggttgcaggggaagcattagcaatgtcaatgaca |
8354770 |
T |
|
| Q |
992 |
aaacggtaacgaacatcattcttcacaagacgctgaaaagcttcattgattgtatcagctttgattaattcaatgtcacatgtgatattatgcttcccac |
1091 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
8354769 |
aaacggtaacgaacatcattcttcaaaagacgctgaaaagcttcattgattgtatcagctttgattaattcaatgtcacatgtgatattatgcttcccac |
8354670 |
T |
|
| Q |
1092 |
aaacatccaacatttcttgagtctcttttattcctcctatg |
1132 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
8354669 |
aaacatccaacatttcttgagtctcttttattcctcctatg |
8354629 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 50 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 8355714 - 8355524
Alignment:
| Q |
50 |
tcatttaccacccaattaacataaggcttttagcagtgaaggcataagatgtgatcctaacaaccataagaggcaattttcaacccttggcaacaagatt |
149 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8355714 |
tcatttaccacccaattaacataaggcttttagccgtgaaggcataagatgtgatcctaacaaccataagaggcaattttcaacccttggcaacaagatt |
8355615 |
T |
|
| Q |
150 |
gaaaactcgtcactctatttgcatgtattactcattagattatgattgaataataaacatctatggtattgtttaaaaccatgtgatatat |
240 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8355614 |
gaaaactcgtcactctatttgcatgtattactcattagattatgattgaataataaacatctatggtactgtttaaaaccatgtgatatat |
8355524 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 235 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 8355477 - 8355265
Alignment:
| Q |
235 |
atatatgagtcctctttaatgcaatctataaatatgttttgtttattcattatcttgtgttgaatgatttttattgtttgatcaactctaaactaatttt |
334 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
8355477 |
atatatgagtcctctttaatgcaatctataaatatgttt-----attcattatcttgtgttgaatgatttttattgtttgatcaactgtaaactaatttt |
8355383 |
T |
|
| Q |
335 |
aaaatatatacaaatcactattaacactaggttttgtaactagaactagatataatgctctctgattaatttatctagacata-gaaattaactagcgtc |
433 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
8355382 |
aaaata----caaatcacaattaacactaggttttgtaactagaactagatataatgctctctgattaatttatctagacataggaaattaactagcgtc |
8355287 |
T |
|
| Q |
434 |
aaactcttgataatactagtat |
455 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
8355286 |
aaactcttgataatactagtat |
8355265 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 352 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 46801027 - 46800960
Alignment:
| Q |
352 |
ctattaacactaggttttgtaactagaactagatataatgctctctgattaatttatctagacataga |
419 |
Q |
| |
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||||||||| || ||||||||||| || ||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
46801027 |
ctattaacattatgttttgtaacttaaaataggtataatgttatctaattaatttatctagacataga |
46800960 |
T |
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