View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19836_low_2 (Length: 947)

Name: NF19836_low_2
Description: NF19836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19836_low_2
NF19836_low_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (13-930)||(5436604-5437522)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 883; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 883; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 930
Target Start/End: Complemental strand, 5437522 - 5436604
Alignment:
Q  13 aatatgatgatggaatatcctatggcactaaagaaggtggagctgccatcgtttgatggtgacaatcccgtaggatggatcacattagcagagacatact 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5437522 aatatgatgatggaatatcctatggcactaaagaaggtggagctgccatcgtttgatggtgacaatcccgtaggatggatcacattagcagagacatact 5437423  T
Q  113 ttgaagtacaagagacataagatgatgtgaaggtttgtttgacaaagttgagcatggagggtgctaccattcattggttcaacattcttcgagaaataga 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5437422 ttgaagtacaagagacataagatgatgtgaaggtttgtttgacaaagttgcacatggagggtgctaccattcattggttcaacattcttcgagaaataga 5437323  T
Q  213 gaatgacttaatgtgggagaagttcaaaaggcgttgattgaacgttatgggggacgacaaagcgacaatccctttgaagaactcaaagatttgaaacaga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5437322 gaatgacttaatgtgggagaagttcaaaaggcgttgattgaacgttatgggggacgacaaagcgacaatccctttgaagaactcaaagatttgaaacaga 5437223  T
Q  313 ctgagacagtggatgagtacatatcaaaatttgagaatatctcttctcaagtacgatagttcccagaggatcagtgtctaggttatttaatcagtggact 412  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5437222 ctgagacggtggatgagtacatatcaaaatttgagaatatctcttctcaagtacgatagttcccagaggatcggtgtctaggttatttaatcagtggact 5437123  T
Q  413 ccaagcagtgatccgattgtaggtgaggacgatcaatcttcacacacgggttcagacaatgaaattggcaagggacattgagacagaattgtgaggggct 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5437122 ccaagcagtgatccgattgtaggtgaggacgatcaatcttcacacacgggttcagacaatgaaattggcaagggacattgagacagaattgtgaggggct 5437023  T
Q  513 ctgattcctcgaagcgatggaggaaagtactccaaaca-gggaaaagaggaaacaggttgaactttgggtttatcgttagggaaggaaatgggtcgggtc 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5437022 ctgattcctcgaagcgatggaggaaagtactccaaacaggggaaaagaggaaacaggttgaactttgggtttatcgttagggaaggaaatgggtcgggtc 5436923  T
Q  612 aatacttagacccaagtaaaagaaatatgatttttgggccaaatgggagtaatcaacccataactggtcaaactgggtcaatttttaatccgggtgcaag 711  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5436922 aatacttaggcccaagtaaaagaaatatgatttttgggccaaatgggagtaatcaacccataactggtcaaactgggtcaatttttaatctgggtgcaag 5436823  T
Q  712 catctcccttgttcagaattaatggatcgtaaagctcgagggttgtgtttccgatgtgggcagcgctaccacccgcaccctcaattcacgtagaaacaac 811  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5436822 catctcccttgttcagaattaatggatcgtaaagctcgagggttgtgtttccgatgtggggagcgctaccacccgcaccctcaattcacgtagaaacaac 5436723  T
Q  812 tctgcgtcgtaatcctgggtgatgacgaactgttaatgaagagggagaaaccatgacaattgagttgaaggatggagagaaggaagacatacttgtctat 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5436722 tctgcgtcgtaatcctgggtgatgacgaactgttaatgaagagggagaaaccatgacaattgagttgaaggatggagagaaggaagacatacttgtctat 5436623  T
Q  912 aactcaatggggctgtgtg 930  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5436622 aactcaatggggctgtgtg 5436604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University