View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19836_low_42 (Length: 303)

Name: NF19836_low_42
Description: NF19836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19836_low_42
NF19836_low_42
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (21-293)||(6523089-6523361)
chr3 (21-293)||(6556321-6556593)
chr3 (21-293)||(7586025-7586297)
chr3 (22-292)||(6945423-6945693)
chr3 (21-293)||(6528620-6528892)
chr3 (21-293)||(6841180-6841446)
chr3 (21-292)||(6942091-6942362)
chr3 (21-293)||(6733828-6734100)
chr3 (21-293)||(6781563-6781835)
chr3 (21-248)||(8452834-8453061)
chr3 (21-293)||(8469714-8469986)
chr3 (156-293)||(8588077-8588214)
chr3 (21-209)||(6730329-6730517)
chr3 (72-116)||(6450452-6450496)
chr3 (21-109)||(6796356-6796444)
[»] scaffold0425 (1 HSPs)
scaffold0425 (21-293)||(9369-9641)
[»] scaffold1643 (1 HSPs)
scaffold1643 (21-293)||(324-596)
[»] scaffold2053 (1 HSPs)
scaffold2053 (172-292)||(13-133)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 173; Significance: 5e-93; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 293
Target Start/End: Original strand, 6523089 - 6523361
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  6523089 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagttgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactagcctgaaaaagttactcctttggc 6523188  T
Q  121 gaaatcggtacacggagttctccgtggaccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccctt 220  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  6523189 aaaatcggaacacggagttctccgtggaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagacttgaagttggatttcagaggctgtgtaaactgtccctc 6523288  T
Q  221 tttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 293  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |    || || |||||||| |||  |||||||||||||||||||    
T  6523289 tttggatttacgttgctataattttcttcgtgatctttcaataaaaggctggtgctcctcctccttgcctttg 6523361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 21 - 293
Target Start/End: Original strand, 6556321 - 6556593
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  6556321 attcccaagagtgataatatgatagagttagatatacagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactagcctgaaaaagttactccttcggc 6556420  T
Q  121 gaaatcggtacacggagttctccgtggaccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccctt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||  || |||| ||| || ||||| |     
T  6556421 gaaatcggtacacggagttctccgtgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagcgttggagttgaattggagtggctctgtgaaatgtccttc 6556520  T
Q  221 tttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 293  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |    || || |||||||| |||  |||||||||||||||||||    
T  6556521 tttggatttacgttgctataattttcttcgtgatctttcaataaaaggctggtgctcctcctccttgcctttg 6556593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 21 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 7586297 - 7586025
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||  ||| |||||  |     
T  7586297 attccgaagtgtgataatatgatagagttagatataaagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgacaaatttgaaaagtttattccttt-gt 7586199  T
Q  121 ga-aatcggtacacggagttctccgtggaccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccct 219  Q
    || |||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||  |||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7586198 gataatcagtacaccgagttctccgtggaccaaaatctaatcaatattctctttcttgaagtgttgaagtttgatttcagaggctgtgtaaactgtccct 7586099  T
Q  220 ttttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 293  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |    || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7586098 ctttggatttacgttgctataattctcttcgtgatctttcaataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 7586025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 22 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 6945693 - 6945423
Alignment:
Q  22 ttcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagcg 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||| |||| | |||  | |    
T  6945693 ttcccaagagtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgacaaatttgaaaaggttattacttt-gtg 6945595  T
Q  122 a-aatcggtacacggagttctccgtggaccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccctt 220  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  6945594 ataatcagtacaccgagttctccgtggaccaaaatctaatcaatattctctttcttgaaaagttgaggttggatttcagaggctgtgtaaactgtccctc 6945495  T
Q  221 tttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatggcactcctcctccttgccttt 292  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||   || || || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6945494 tttggatttacgttgctataattatcttgaaagactttcaataaaaggatggcattcctcctccttgccttt 6945423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 293
Target Start/End: Original strand, 6528620 - 6528892
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||  |  |||||| |||| |||||  |     
T  6528620 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatatacagacatgtgatagaattttggtaaatgaatttccgacgagtttgaaaaggttattccttt-gt 6528718  T
Q  121 ga-aatcggtacacggagttctccgtggaccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccct 219  Q
    || |||| |||||| ||||| ||| || | |||| | |||| |||||||||||||||||| ||||||  |||||||  || |||| ||| || ||||| |    
T  6528719 gataatcagtacaccgagttatccatgcagcaaaatgtaataaattttccctttcttgaagagttggggttggattggagtggctctgtgaaatgtcctt 6528818  T
Q  220 ttttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 293  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6528819 ctttggatttacgttgctataattctctttggagactatcaataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 6528892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 21 - 293
Target Start/End: Original strand, 6841180 - 6841446
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||  |     
T  6841180 attcccaagagtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgaccagcttgaaaaggttactcctt-tgt 6841278  T
Q  121 ga-aatcggtacacggagttctccgtggaccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccct 219  Q
    || ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |      |||| ||| || ||||| |    
T  6841279 gataatcaatacacggagttctccgtggaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagagttggaattggct------ggctctgtgaaatgtcctt 6841372  T
Q  220 ttttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 293  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||   || || || ||| ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  6841373 ctttggatttaagttgctataattctcttcaaagactttcaatagaaggatggggctcctcctccttgcctttg 6841446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 21 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 6942362 - 6942091
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  ||| |||||        
T  6942362 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgaccagcttgaaaagtttattcctttgtt 6942263  T
Q  121 gaaatcggtacacggagttctccgtggaccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccctt 220  Q
      |||| |||||| ||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||  |||| |||  | ||||| |     
T  6942262 ataatcagtacaccgagttctccttgcaccaaaatgtaatcaattttccctttctcgaagagttggtgttggattttactggctttgtggaatgtccttc 6942163  T
Q  221 tttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatggcactcctcctccttgccttt 292  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||  |  || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6942162 tttggatttacgttgctataattccctttctacactttcaataaaaggatggcactcctcctccttgccttt 6942091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 21 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 6734100 - 6733828
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||| |||||        
T  6734100 attcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacggagatgtgatagaattttggtaaatgaattgcctaccagtttgaaaaagttagtcctttctg 6734001  T
Q  121 gaaatcggtacacggagttctccgtgga-ccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccct 219  Q
     ||||| |||||| |||||||| ||||| |||||| ||| |||| | | || |||||||  ||||| | |||||||  || || | |||||| ||||| |    
T  6734000 aaaatcagtacaccgagttctctgtggagccaaac-ttagtcaactataccattcttgacgagttgaatttggattggagtggttttgtaaagtgtcctt 6733902  T
Q  220 ttttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 293  Q
     |||||||||  |||| |||||||||||| |    || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6733901 ctttggatttgtgttgttataattctcttggtgatctttcaataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 6733828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 21 - 293
Target Start/End: Original strand, 6781563 - 6781835
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||| |||||        
T  6781563 attcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacggagatgtgatagaattttggtaaatgaattgcctaccagtttgaaaaagttagtcctttctg 6781662  T
Q  121 gaaatcggtacacggagttctccgtgga-ccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccct 219  Q
     ||||| |||||| |||||||| ||||| |||||| ||| |||| | | || |||||||  ||||| | |||||||  || || | |||||| ||||| |    
T  6781663 aaaatcagtacaccgagttctctgtggagccaaac-ttagtcaactataccattcttgacgagttgaatttggattggagtggttttgtaaagtgtcctt 6781761  T
Q  220 ttttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 293  Q
     |||||||||  |||| |||||||||||| |    || || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6781762 ctttggatttgtgttgttataattctcttggtgatctttcaataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 6781835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 21 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 8453061 - 8452834
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| || |||       
T  8453061 attcccaacggtgataatatcatagatttagatataaagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgaccagcttgaaaaagttattcattcttg 8452962  T
Q  121 gaaatcggtacacggagttctccgtggaccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccctt 220  Q
     ||| |||||||||||||||||||| || || | |||  ||||   | || ||||||||  |||||| |||||||| |  |||| | |||| ||||||      
T  8452961 aaaaccggtacacggagttctccgtagagcagattttcgtcaacagtaccattcttgaagtgttggagttggatttgaatggctctttaaaatgtcccac 8452862  T
Q  221 tttggatttacgttgctataattctctt 248  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||    
T  8452861 tttggatttgtgttgctataattctctt 8452834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 21 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 8469986 - 8469714
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||  ||||||   |||||  ||||||||||||| ||  || |||||| |||  || |||       
T  8469986 attcccaagggtgataatatcatagagttagatctacagagatgtgatcacattttaataaatgaattgccaaccagcttgaaaaggttcgtctttcgtg 8469887  T
Q  121 gaaatcggtacacggagttctccgtggaccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccctt 220  Q
     |||| ||| | |  ||||||||||||| |||| |||||||||   | |  |||||||| ||||| | || ||||||| ||||| |||||| |||| ||     
T  8469886 aaaattggttcgccaagttctccgtggagcaaattttaatcaacaatactattcttgaagagttgaagtttgattttataggctctgtaaaatgtctctc 8469787  T
Q  221 tttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 293  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||| |    || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8469786 tttggatttgcgatgctatagttctcttcgtgatctttcaataacaggatggcactcctcctccttgcctttg 8469714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 156 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 8588214 - 8588077
Alignment:
Q  156 ttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccctttttggatttacgttgctataattctctttggagcc 255  Q
    |||||||||||| | ||||||||| ||||| | ||||||||||  ||||  ||  | ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||  |||  |    
T  8588214 ttaatcaattttacatttcttgaagagttgtatttggattttactggcttagtggagtgtccctctttggatctgcgttgccataattctctccggaaac 8588115  T
Q  256 tatctataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 293  Q
    | || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  8588114 tttcaataaaaggatggcgctcctactccttgcctttg 8588077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 209
Target Start/End: Original strand, 6730329 - 6730517
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| ||| || ||  |   ||||| || |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||  |     
T  6730329 attcccaagggtgataatatcatagatttacatctagtgggatgtgaaagcattttggtaaatgaattgccgactagcttgaaaaagttagtcctttggg 6730428  T
Q  121 gaaatcggtacacggagttctccgtggaccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgta 209  Q
     || ||||||||   |||||||| |||| ||||||||  ||||   | ||  ||||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  6730429 aaagtcggtacattaagttctccttggagcaaacttttctcaacaataccaatcttgaagagttggagtttgattttagaggctttgta 6730517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 116
Target Start/End: Original strand, 6450452 - 6450496
Alignment:
Q  72 attttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactcctt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  6450452 attttggtaaatgaattgccgactagcttgaaaaagttagtcctt 6450496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 109
Target Start/End: Original strand, 6796356 - 6796444
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagtt 109  Q
    ||||| ||| |||||| |||  || ||||| ||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||    
T  6796356 attccaaagggtgatagtatcgtacagttatatatacagagttgtggtaaaattttggtaaatgaattgccaacaagcttgaaaaagtt 6796444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 21 - 293
Target Start/End: Original strand, 9369 - 9641
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||||||  ||    
T  9369 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatatacaaagttgtgatagaattttggtaaatgaattgccgaccagcttgaaaagtttactcctttggc 9468  T
Q  121 gaaatcggtacacggagttctccgtggaccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccctt 220  Q
     |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||  |||| |||  | |||||||     
T  9469 aaaatcggtacactgagttctctgtggaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaatcgttgcaattggattttactggctttgtggaatgtccctc 9568  T
Q  221 tttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 293  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9569 tttggatctacgttgctataattctctttggagactatcaatacaaggatggcattcctcctccttgcctttg 9641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1643 (Bit Score: 134; Significance: 9e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold1643
Description:

Target: scaffold1643; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 596 - 324
Alignment:
Q  21 attcccaagtgtgataatatgatagagttagatataaagaattgtgatagaattttggtaaatgaattgccgactggcctgaaaaagttactccttcagc 120  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||| |||| |||||  |     
T  596 attcccaagagtgataatatgatagagttagatataaggagatgtgatagaattttggtaaatgaattgtcgaccagcttgaaaaggttattccttt-gt 498  T
Q  121 ga-aatcggtacacggagttctccgtggaccaaactttaatcaattttccctttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccct 219  Q
    || |||| |||||| |||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| |||  | |||||||    
T  497 gataatcagtacaccgagttctccccgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagagttgcaattggattttactggctttgtggaatgtccct 398  T
Q  220 ttttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 293  Q
     ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  397 ctttggatctacattgctataattctctttggagactatcaataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2053 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold2053
Description:

Target: scaffold2053; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 172 - 292
Target Start/End: Original strand, 13 - 133
Alignment:
Q  172 ttcttgaaaagttggaattggattttagaggctgtgtaaactgtccctttttggatttacgttgctataattctctttggagcctatctataaaaggatg 271  Q
    |||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  13 ttcttgaagagttgaagttggatttcagaggctgtgtaaactgtccctctttggatttacgttgctataattctctttggagactatcaataaaaggatg 112  T
Q  272 gcactcctcctccttgccttt 292  Q
    |||||| ||||| ||||||||    
T  113 gcactcatcctcgttgccttt 133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University