View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19836_low_5 (Length: 613)

Name: NF19836_low_5
Description: NF19836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19836_low_5
NF19836_low_5
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-597)||(13646170-13646773)
chr5 (1-454)||(13656646-13657099)
chr5 (22-420)||(13651432-13651833)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 13646773 - 13646170
Alignment:
Q  1 ccaaaagcaacaagaactaatagtacgaaaatgaatcaattgtattccaaactcagcagccaaatcagtagcaagatcaccaaatattccatccaaaata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13646773 ccaaaagcaacaagaactaatagtacgaaaatgaatcaattgtattccaaactcagcagccaaatcagtagcaagatcaccaaatattccatccaaaata 13646674  T
Q  101 atgcaacttattttctcagacacaataatatctctcaaaaaagacttaccatacaaactgagtgacgtaattacatcacctatcctttctccaaatccag 200  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13646673 atgcaacttattttctcggagacaattatatctttcaacaaaggcttaccatacaaactcagtgacgtaattacatcacctatcctttctccaaatccag 13646574  T
Q  201 gatgcttctcttcactatgaaaatcagagatagtcttgaattgaagcttagggtaacattctaaaagagcttgaatatcatcattgaattgtatgagtcg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13646573 gatgcttctcttcactatgaaaatcagagatagtcttgaattgaagcttagggtaacattctaaaagagcttgaatatcatcattgaattgtatgagtcg 13646474  T
Q  301 gttatggatgtattcagtgttgaggaaagttatgtaaatgttttgaattgcaagaagttcagctagctttagcattgaatttacatggccttgtgctgga 400  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13646473 gttatggatgtatttggtgttgaggaaagtgatgtagatgttttgaattgcaagaagttcagctagctttagcattgaatttacatggccttgtgctgga 13646374  T
Q  401 catgggaagattagcacatgtggagaagatttttccttaggttgtgtttccatttttcgaaaaatcttaattttgtgacctataactttcttgcatatgt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13646373 catgggaagattagcacatgtggagaagatttttccttaggttgtgtttccatttttcaaaaaatcttaattttgtgacctataactttcttgcatatgt 13646274  T
Q  501 aaaattaatgttgtgtggagttatatatgtattaaggttgcaaaattcaa-------atttgtgatgagttttgagtggtggataatgattggtactttg 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13646273 aaaattaatgttgtgtggagttatatatgtattaaggttgcaaaattcaaattgccgattcgtgatgagttttgagtggtggataatgattgatactttg 13646174  T
Q  594 atat 597  Q
    ||||    
T  13646173 atat 13646170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 13657099 - 13656646
Alignment:
Q  1 ccaaaagcaacaagaactaatagtacgaaaatgaatcaattgtattccaaactcagcagccaaatcagtagcaagatcaccaaatattccatccaaaata 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13657099 ccaaaagcaacaagcactaatagtacgaaaatgaatcaattgtatcccaaactcagcagccaaatcagtagcaagatcaccaaatattccatccaaaata 13657000  T
Q  101 atgcaacttattttctcagacacaataatatctctcaaaaaagacttaccatacaaactgagtgacgtaattacatcacctatcctttctccaaatccag 200  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  13656999 atgcaacttattttctcggagacaattatatctttcaacaaaggcttaccatacaaactcagtgacaaaattacatcacctaccttttctccaaatccag 13656900  T
Q  201 gatgcttctcttcactatgaaaatcagagatagtcttgaattgaagcttagggtaacattctaaaagagcttgaatatcatcattgaattgtatgagtcg 300  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13656899 gatgtttctcctcactgtgaaaatcagagatggtcttgaattgaagcttagggtaacattctaaaagagcttgaatatcatcattgaattgtatgagtcg 13656800  T
Q  301 gttatggatgtattcagtgttgaggaaagttatgtaaatgttttgaattgcaagaagttcagctagctttagcattgaatttacatggccttgtgctgga 400  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13656799 gttatggatgtatttggtgttgagaaaagtgatgtagatgttttgaattgcaagaagttcagctagctttagcattggatttacatggccttgtgctgga 13656700  T
Q  401 catgggaagattagcacatgtggagaagatttttccttaggttgtgtttccatt 454  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||| |||||| | ||||||    
T  13656699 catgggaagattagcacatgtggtaaggattttttcttgggttgtatatccatt 13656646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 22 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 13651833 - 13651432
Alignment:
Q  22 agtacgaaaatgaatcaattgtattccaaactcagcagccaaatcagtagcaagatcaccaaatattccatccaaaataatgcaacttattttctcagac 121  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  13651833 agtacgaaaatgtatcaactgtatcccaaattcagcagccaaatcagtagcaaggtcaccaaaacctccatctaaaataatgcaacttattttctcagag 13651734  T
Q  122 acaataatatctctcaaaaaagacttaccatacaaactgagtgacgtaattacatcacctatcctttctccaaatccaggatgcttctcttcactatgaa 221  Q
    |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| | | |  || | |||||||||  | ||  ||||||||||||||||||||||||| | | | ||||    
T  13651733 acaataatgtctctcaaagaaggcttaccatacatatttatggaggaaattacatctacaatgttttctccaaatccaggatgcttctccttattttgaa 13651634  T
Q  222 aatcagagatagtcttgaattgaagcttagggtaacattctaaaagagcttgaatatcatc---attgaattgtatgagtcggttatggatgtattcagt 318  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||  | || || ||||||   ||| ||    ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  13651633 aatcagagatggtcttgaattgaagcttagggtaacattgtgaaattgatttaacatcatcaatattcaaactaatgagtctgttgtggatgtattcagt 13651534  T
Q  319 gttgaggaaagttatgtaaatgttttgaattgcaagaagttcagctagctttagcattgaatttacatggccttgtgctggacatgggaagattagcaca 418  Q
    ||| ||||| ||||||| ||  |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13651533 gtttaggaatgttatgtgaagattttgaattaaaagaagttcagctagcttgagcattgtgtttacatggccttgtgctggacatgggaagattaacaca 13651434  T
Q  419 tg 420  Q
    ||    
T  13651433 tg 13651432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University