View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19838_low_12 (Length: 381)

Name: NF19838_low_12
Description: NF19838
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19838_low_12
NF19838_low_12
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-366)||(47922410-47922775)
chr1 (1-294)||(47901356-47901649)
chr1 (1-264)||(47916080-47916343)
chr1 (1-268)||(47907626-47907893)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 47922775 - 47922410
Alignment:
Q  1 aatgaacatgttcagggtgatatggaggacattatatgtgataattacaacattgattgctatgatatttccatttttcaacaacattgttggtttgtta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47922775 aatgaacatgttcagggtgatatggaggacattatatgtgataattacaacattgattgctatgatatttccatttttcaacaacattgttggtttgtta 47922676  T
Q  101 ggagccatgtcgttctttcccttgaccgtgcactttccaatagagatgtacctgaaacaagctagagtgaccaagtattcttgtatatggataaggatga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47922675 ggagccatgtcgttctttcccttgaccgtgtactttccaatagagatgtacctgaaacaagctagagtacccaagtattcttgtatatggataaggatga 47922576  T
Q  201 aactgctaagtggattttgtttgattgtcactcttgttggtgttgttgcatcaatccaaggaatcatcgtaggtctaaagacctataagcccttcaagtc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47922575 aactgctaagtggattttgtttgattgtcactcttgttggtgttgttgcatcaatccaaggaatcatcgtaggtcttaagacctataagcccttcaagtc 47922476  T
Q  301 taactaggtctaatgaagtgtcacaagaatgataagattttatgagaaaatttaaatattatcgat 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47922475 taactaggtctaatgaagtgtcacctgaatgataagattttatgagaaaatttaaatattatcgat 47922410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 47901649 - 47901356
Alignment:
Q  1 aatgaacatgttcagggtgatatggaggacattatatgtgataattacaacattgattgctatgatatttccatttttcaacaacattgttggtttgtta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||||    
T  47901649 aatgaacatgttcagggtgatatggaggacattatatgtgatattcacaacagtgattgctatgatatttccattcttcaacagcgttgtgggtttgtta 47901550  T
Q  101 ggagccatgtcgttctttcccttgaccgtgcactttccaatagagatgtacctgaaacaagctagagtgaccaagtattcttgtatatggataaggatga 200  Q
    ||||| || || |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| | |||| |||| ||||||| |||||||||  | ||||    
T  47901549 ggagctatttcattctttcctttgacagtgtactttccaatagagatgtacttgacacaagccaaagtgcccaaatattcttctatatggattggaatga 47901450  T
Q  201 aactgctaagtggattttgtttgattgtcactcttgttggtgttgttgcatcaatccaaggaatcatcgtaggtctaaagacctataagccctt 294  Q
    || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||  |||||||  ||  ||  || |||||||||||||||||    
T  47901449 aattgctaagttggttttgtttgattgtcactcttgttgctgcagttggatcaattgaaggaattgtcacagacctcaagacctataagccctt 47901356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 47916343 - 47916080
Alignment:
Q  1 aatgaacatgttcagggtgatatggaggacattatatgtgataattacaacattgattgctatgatatttccatttttcaacaacattgttggtttgtta 100  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||| ||    
T  47916343 aatgaacatgttcaggttgacatggaggacaatttatgtgataatcacaacattgattgctatgatattaccattcttcaacaacgttgtgggtttgcta 47916244  T
Q  101 ggagccatgtcgttctttcccttgaccgtgcactttccaatagagatgtacctgaaacaagctagagtgaccaagtattcttgtatatggataaggatga 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||   |||| |||||||||||  |||||||||  ||||||    
T  47916243 ggagccatatcgttctttcccttgacagtgtactttccaacagagatgtacttgacacaagcccaagtgcccaagtattctactatatggattgggatga 47916144  T
Q  201 aactgctaagtggattttgtttgattgtcactcttgttggtgttgttgcatcaatccaaggaat 264  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||  |||||||    
T  47916143 aattgctaagtggtttttgtttgattgtcactcttgttgctgcagttggatcaattgaaggaat 47916080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 47907893 - 47907626
Alignment:
Q  1 aatgaacatgttcagggtgatatggaggacattatatgtgataattacaacattgattgctatgatatttccatttttcaacaacattgttggtttgtta 100  Q
    |||||| ||||| ||| | || ||||||||| | ||||||||| | || ||| |||||||||| ||||| ||||| ||||| | |||||| || ||| ||    
T  47907893 aatgaatatgtttaggttaatttggaggacaatgtatgtgatattcacgacagtgattgctatcatattaccattcttcaatagcattgtgggattgcta 47907794  T
Q  101 ggagccatgtcgttctttcccttgaccgtgcactttccaatagagatgtacctgaaacaagctagagtgaccaagtattcttgtatatggataaggatga 200  Q
    |||||||| || || ||||| ||||| ||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||  ||  |||| ||||||| |||||||||  | ||||    
T  47907793 ggagccatatccttttttccattgacagtgtactttccaacagaaatgtatctgaaacaagctaaggttcccaaatattcttctatatggattggaatga 47907694  T
Q  201 aactgctaagtggattttgtttgattgtcactcttgttggtgttgttgcatcaatccaaggaatcatc 268  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||   ||||||||||    
T  47907693 aacttctaagtgggttttgcttgattgtcactcttgttgctgcagttggatcaattgtaggaatcatc 47907626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University