View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19838_low_3 (Length: 625)

Name: NF19838_low_3
Description: NF19838
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19838_low_3
NF19838_low_3
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (19-615)||(33519813-33520407)
chr2 (31-615)||(33495647-33496228)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 615
Target Start/End: Original strand, 33519813 - 33520407
Alignment:
Q  19 cgtgcttcatagtatatggttataacttgtaagtaatttgtcaattaatgtttgataatggannnnnnnaaagattgaggaatggctattatttattaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33519813 cgtgcttcatagtatatggttataacttgtaagtaatttgtcaattaatgtttgataatggatttttttaaagattgaggaatggctattatttattaaa 33519912  T
Q  119 ttgtgatattagtggtcaatttacaactgtcactgataacatttgaactttatgccttgagattacacggtctggctcttaccagtatgctgagacctca 218  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33519913 ttgtgacattagtggtcaatttacaactgtcactgataacatttgaactttatgccttgagattacacggtctggctcttaccagtatgctgagacctca 33520012  T
Q  219 tgaacaattatttgataatcggttatgattgtaataaacataaatattgatatgatttcctttattttgtgcagacaggaatgaaatggttctttgtagt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33520013 tgaacaattatttgataatcggttatgattgtaatgaacataaatattgatatgatttcctttattttgtgcagacaggaatgaaatggttctttgtagt 33520112  T
Q  319 tccaaagggcatggagaatattgtaggctacataaagataaaatatcataacatgcccatgtatattacagaaaatggtgcgtgaatactcaataacatt 418  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33520113 tccaaagggcatggagaagattgtagactacataaagataaaatatcataacatgcccatgtatattacagaaaatggtgcgtgaatactcaataacatt 33520212  T
Q  419 atatgatctcattannnnnnnnnatatgtttttgcttgatcacttgtgtgatatcaaacacttcaatatgaattaagagataaagaaaggagtgactatt 518  Q
    |||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33520213 atatgatctcatt--ttttttttatatgtttttgcttgatcacttgtgtgatatcaaacacttcaatatgaattaagagataaagaaaggagtgactatt 33520310  T
Q  519 tgaaggtagttttttggtatgtaaatttgggctggagttatgaattggttaatatatcatggatgactgctcaaaatttgttgcaggatattcttcg 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33520311 tgaaggtagttttttggtatgtaaatttgggctggagttatgaattggttaatatatcatggatgactgctcaaaatttgttgcaggatattcttcg 33520407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 31 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 33496228 - 33495647
Alignment:
Q  31 tatatggttataacttgtaagtaatttgtcaattaatgtttgataatggannnnnnnaaagattgaggaatggctattatttattaaattgtgatattag 130  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       || |||||  |||||  ||||||||| ||||  |||| | ||     
T  33496228 tatatggttataacttgcaagtaatttgtcaattaatgtttgataatggatttttttaaggattggagaatgaatattatttagtaaa--gtgacactaa 33496131  T
Q  131 tggtcaatttacaactgtcactgataacatttgaactttatgccttgagattacacggtctggctcttaccagtatgctgagacctcatgaacaattatt 230  Q
    | |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||  |||||||||  |  ||| | | ||||||||||||||||    
T  33496130 ttgtcattttacaactgtcattgataagatttgaacttcatgtcttgaggttacacggtcaagctcttaccgttgagcttacatctcatgaacaattatt 33496031  T
Q  231 tgataatcggttatgattgtaataaacataaatattgatatgatttcctttattttgtgcagacaggaatgaaatggttctttgtagttccaaagggcat 330  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||||||    
T  33496030 tgataatcggttacgattgtaatgaacataaatattgatatgatttcttttgtttagagcagacaggaatgccaaggttctttgtggttccaaagggcat 33495931  T
Q  331 ggagaatattgtaggctacataaagataaaatatcataacatgcccatgtatattacagaaaatggtgcgtgaatactcaataacattatatgatctcat 430  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33495930 ggagaagattgtagactacataaagataaaataccaaaacctgcccatgtatattacagaaaatggtgtgtgaatactcaataacattatatgatctcat 33495831  T
Q  431 tannnnnnnnnatatgtttttgcttgatcacttgtgtgatatcaaacacttcaatatgaattaagagataaagaaaggagtgactatttgaaggtagttt 530  Q
    |          |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  33495830 t--ttctttttatatgtttttgcttgatcacttgtttaatatcaaacactttaatatgcattatgagacaaagaaaggagtgactctttgaaggtggttt 33495733  T
Q  531 tttggtatgtaaatttggg-ctggagttatgaattggttaatatatcatggatgactgctcaaaatttgttgcaggatattcttcg 615  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||  | ||||||||||||||||| ||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  33495732 tttgttatgtaaatttgggtatggaagtttgaattggttaatatatgatggatggctatacaaaatttgttgcaggatattcttcg 33495647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University