View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19840_low_1 (Length: 467)

Name: NF19840_low_1
Description: NF19840
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19840_low_1
NF19840_low_1
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (1-193)||(39861517-39861713)
chr8 (28-178)||(36731977-36732131)
chr8 (28-185)||(25128588-25128749)
chr8 (32-160)||(5882308-5882437)
chr8 (32-160)||(17450556-17450684)
chr8 (28-134)||(25191402-25191509)
chr8 (32-121)||(25129263-25129353)
chr8 (32-121)||(5881201-5881291)
chr8 (30-184)||(29266165-29266323)
chr8 (32-155)||(36731375-36731497)
chr8 (28-122)||(37437963-37438058)
chr8 (100-160)||(39130994-39131054)
chr8 (30-122)||(29361882-29361975)
chr8 (32-160)||(39860991-39861119)
chr8 (30-180)||(5332068-5332222)
chr8 (41-185)||(42987383-42987530)
chr8 (30-180)||(5330901-5331055)
chr8 (39-185)||(42986648-42986798)
[»] chr1 (33 HSPs)
chr1 (28-185)||(21790752-21790913)
chr1 (28-185)||(29858924-29859079)
chr1 (32-160)||(47052374-47052503)
chr1 (28-160)||(44233237-44233370)
chr1 (28-193)||(16960020-16960188)
chr1 (28-193)||(46284748-46284917)
chr1 (32-193)||(27651326-27651490)
chr1 (34-185)||(14886154-14886309)
chr1 (32-185)||(14886726-14886883)
chr1 (32-160)||(48302089-48302218)
chr1 (30-193)||(42986750-42986917)
chr1 (34-156)||(26897033-26897156)
chr1 (30-185)||(2271229-2271388)
chr1 (32-151)||(6690339-6690459)
chr1 (32-160)||(27651998-27652126)
chr1 (26-185)||(46285437-46285600)
chr1 (26-156)||(6690982-6691112)
chr1 (32-185)||(16959505-16959661)
chr1 (52-151)||(26896507-26896607)
chr1 (32-149)||(29859561-29859679)
chr1 (32-193)||(21791380-21791543)
chr1 (35-143)||(48301913-48302022)
chr1 (30-185)||(39848772-39848931)
chr1 (30-185)||(39847810-39847968)
chr1 (30-185)||(47374738-47374897)
chr1 (28-134)||(44234556-44234663)
chr1 (28-193)||(26212912-26213081)
chr1 (35-160)||(42986982-42987108)
chr1 (36-156)||(10716705-10716826)
chr1 (36-185)||(7011966-7012119)
chr1 (32-185)||(5216563-5216718)
chr1 (30-122)||(47374112-47374205)
chr1 (30-185)||(7012930-7013089)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (28-193)||(19653757-19653926)
chr6 (32-193)||(8993481-8993646)
chr6 (32-193)||(9017928-9018093)
chr6 (34-185)||(8992909-8993064)
chr6 (34-185)||(9017356-9017511)
chr6 (32-185)||(18649796-18649952)
chr6 (82-185)||(19651073-19651179)
chr6 (82-190)||(9280840-9280951)
chr6 (32-185)||(32907429-32907584)
[»] chr2 (22 HSPs)
chr2 (188-380)||(4446370-4446564)
chr2 (28-193)||(19386289-19386457)
chr2 (28-180)||(121311-121467)
chr2 (32-185)||(122851-123008)
chr2 (32-193)||(20202644-20202808)
chr2 (32-193)||(8911160-8911323)
chr2 (32-185)||(8911734-8911890)
chr2 (32-185)||(4776249-4776406)
chr2 (32-160)||(19386816-19386944)
chr2 (30-185)||(39629409-39629568)
chr2 (32-158)||(20203197-20203323)
chr2 (28-151)||(44929021-44929145)
chr2 (32-144)||(38956050-38956162)
chr2 (30-193)||(42848711-42848878)
chr2 (30-185)||(42849393-42849552)
chr2 (39-185)||(44926643-44926794)
chr2 (30-195)||(13327736-13327905)
chr2 (30-122)||(39628805-39628898)
chr2 (30-180)||(13328706-13328860)
chr2 (31-112)||(4776905-4776987)
chr2 (28-185)||(38273553-38273714)
chr2 (30-122)||(2477851-2477944)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (32-185)||(41710093-41710250)
chr3 (28-185)||(51827564-51827725)
chr3 (34-156)||(41709553-41709676)
chr3 (28-180)||(28907893-28908048)
chr3 (32-160)||(51829382-51829511)
chr3 (32-185)||(53948662-53948818)
chr3 (32-185)||(53949211-53949367)
chr3 (32-185)||(30834328-30834485)
chr3 (32-191)||(28908547-28908710)
chr3 (82-160)||(43400716-43400794)
chr3 (69-188)||(53948506-53948629)
chr3 (32-185)||(38798254-38798410)
chr3 (30-157)||(53949371-53949499)
chr3 (28-193)||(11238510-11238677)
chr3 (30-185)||(47169052-47169211)
chr3 (30-185)||(47167889-47168048)
chr3 (30-185)||(53949972-53950131)
chr3 (28-113)||(30833747-30833832)
chr3 (35-193)||(24485855-24486007)
chr3 (96-185)||(20200570-20200662)
chr3 (96-185)||(20202754-20202846)
chr3 (126-182)||(30833686-30833745)
[»] chr7 (26 HSPs)
chr7 (34-185)||(26774573-26774724)
chr7 (28-193)||(43334620-43334788)
chr7 (32-160)||(3474932-3475061)
chr7 (28-193)||(3163391-3163559)
chr7 (32-185)||(26773996-26774153)
chr7 (28-160)||(30469994-30470126)
chr7 (34-185)||(3475469-3475624)
chr7 (32-160)||(37422589-37422717)
chr7 (32-185)||(3162871-3163027)
chr7 (32-185)||(43334132-43334288)
chr7 (28-185)||(46428012-46428172)
chr7 (39-193)||(30469506-30469663)
chr7 (32-185)||(30659857-30660013)
chr7 (30-185)||(8487703-8487862)
chr7 (30-160)||(21866278-21866409)
chr7 (32-160)||(30660406-30660534)
chr7 (30-193)||(8487023-8487190)
chr7 (30-193)||(8512698-8512865)
chr7 (30-185)||(8513358-8513517)
chr7 (42-156)||(38816720-38816835)
chr7 (30-193)||(25245556-25245724)
chr7 (30-185)||(31178642-31178800)
chr7 (30-185)||(38059849-38060008)
chr7 (30-122)||(28451192-28451285)
chr7 (30-105)||(21865651-21865727)
chr7 (39-133)||(46427550-46427644)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (28-180)||(42519647-42519803)
chr5 (32-185)||(42520328-42520485)
chr5 (30-193)||(42521586-42521753)
chr5 (30-193)||(21147992-21148159)
chr5 (30-185)||(23206089-23206248)
chr5 (30-185)||(42520619-42520778)
chr5 (30-185)||(21145938-21146097)
chr5 (35-105)||(31218780-31218851)
chr5 (30-80)||(31219884-31219934)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (32-193)||(21824551-21824715)
chr4 (28-185)||(21825041-21825201)
chr4 (30-185)||(42882750-42882909)
chr4 (28-134)||(42883361-42883468)
chr4 (30-185)||(45919513-45919672)
chr4 (30-157)||(45920182-45920310)
chr4 (30-185)||(46619522-46619681)
chr4 (30-160)||(46618380-46618511)
chr4 (30-160)||(42058516-42058645)
chr4 (30-185)||(41695386-41695545)
chr4 (30-185)||(41696015-41696174)
chr4 (28-185)||(4158504-4158665)
chr4 (81-180)||(31915171-31915272)
chr4 (30-122)||(29212062-29212155)
chr4 (28-62)||(4157900-4157934)
chr4 (28-156)||(24377843-24377971)
chr4 (126-182)||(52362743-52362802)
[»] scaffold0155 (2 HSPs)
scaffold0155 (28-151)||(1674-1798)
scaffold0155 (32-193)||(992-1154)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (30-193)||(105504-105671)
scaffold0009 (30-185)||(106184-106343)
[»] scaffold0301 (1 HSPs)
scaffold0301 (30-193)||(20724-20889)
[»] scaffold0188 (1 HSPs)
scaffold0188 (30-185)||(25616-25775)
[»] scaffold0853 (2 HSPs)
scaffold0853 (30-193)||(609-771)
scaffold0853 (30-122)||(2219-2312)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 193
Target Start/End: Original strand, 39861517 - 39861713
Alignment:
Q  1 agaaatcaaatggcaatcattggtgccagagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  39861517 agaaatcaaatggcaatcattggtgcaagagaagaaagaataaattatttctaaaattaaaatttggctcatttgatcaagcacgtgagaatttaatgaa 39861616  T
Q  100 ttgatgagagacgttagattaaagttggattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  39861617 ttgatgagagacgttagattaaagttggattaatggttaggatttgatgttaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatcccatatat 39861713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 28 - 178
Target Start/End: Original strand, 36731977 - 36732131
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36731977 agagaagaaagaataaattatttctaaaattaaaatttggctcatttgatcaagcatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 36732076  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttga 178  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  36732077 gattaatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttga 36732131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 28 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 25128749 - 25128588
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||  |||| ||||||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||     
T  25128749 agagaagaaagaatattttatttctaaaattaaaatttgcatcatatgatcaagtatttgaatatttaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttt 25128650  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  25128649 gattaatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcttatc 25128588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 32 - 160
Target Start/End: Original strand, 5882308 - 5882437
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||  |||   |||||| ||||||||    
T  5882308 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggatcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgagcaacggcggattaatgttggatt 5882407  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    |||| ||| |||||  ||||||||||||||    
T  5882408 aatggttaggattttgtgtcaaatttaatt 5882437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 32 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 17450684 - 17450556
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| || | | ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  17450684 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaaattagataatttgataagcatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttgaatta 17450585  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  17450584 atggttatgatttggtgtcaaatttaatt 17450556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 28 - 134
Target Start/End: Original strand, 25191402 - 25191509
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  25191402 agagaagaaagaataaattatttctaaaattaaaatttgaatcagttgatcaagcatgtgaacatttactgaattgatgagggacgtcggattaaagttg 25191501  T
Q  127 gattaatg 134  Q
    ||||||||    
T  25191502 gattaatg 25191509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 32 - 121
Target Start/End: Original strand, 25129263 - 25129353
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaa 121  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25129263 aagaaataataaattatttctaaaattaaaatttggatcatttcatcaaacatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgttggattaa 25129353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 32 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 5881291 - 5881201
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaa 121  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5881291 aagaaagaatacattatttctaaaattaaagtttggatcatttcatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgttggattaa 5881201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 30 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 29266323 - 29266165
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||||||||||||  |||| |  | ||||||| || ||| ||| |||||||||||| | | |    
T  29266323 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaaagtgggtcatttgatcaagcatgtaaatacttaatgagtttatgggagccgttagattaaaatcgta 29266224  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatat 184  Q
    |||||  ||| |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||    
T  29266223 ttaatagttaggatttgatgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgattatat 29266165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 32 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 36731497 - 36731375
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||  |  || |||  |||||||||||||||| |||||||  |||||| |||| ||||    
T  36731497 aagaaagaataaattatttttaaaattaaattttggattatttgaa-agcatatgaacatttaatgaattgatgggagacgtcggattaaggttgaatta 36731399  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatt 155  Q
    ||| ||| |||||| |||||||||    
T  36731398 atggttaagatttggtgtcaaatt 36731375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 28 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 37438058 - 37437963
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaa 122  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||| | |||||||| |||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  37438058 agagaaaaaagaataaattatttctaaaattaaaagatggataatttgatcaaatatgtgagcatctaatgaattgatgggagccgttagattaaa 37437963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 100 - 160
Target Start/End: Original strand, 39130994 - 39131054
Alignment:
Q  100 ttgatgagagacgttagattaaagttggattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  39130994 ttgatgagagacgtcggattaaagtttgattaatggttatgatttggtgtcaaatttaatt 39131054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 29361975 - 29361882
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaa 122  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  |||| || | |||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  29361975 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgttagcacttaatgaattgatgggagccgttagattaaa 29361882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 32 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 39861119 - 39860991
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaa-agttggatt 130  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| | ||||||  |  ||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||  |||| |||    
T  39861119 aagaaagaataaattattactaaaattaaattttggattatttga-aagcatgtgagcatttaatgaattgatgggagacgtcggattaatggttgaatt 39861021  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    |||| ||| ||||| || ||||||| ||||    
T  39861020 aatggttaagatttaatatcaaattaaatt 39860991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 180
Target Start/End: Original strand, 5332068 - 5332222
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||  ||| ||||||||  |||||||   ||||||| || ||| ||| ||||||||||||   | |    
T  5332068 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaaggtgagtcacttgatcaagcatgtgagctcttaatgagtttatgggagccgttagattaaaaccgta 5332167  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatc 180  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  5332168 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatc 5332222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 41 - 185
Target Start/End: Original strand, 42987383 - 42987530
Alignment:
Q  41 taaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgattat 139  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||  || |||| | |||||||||||||| ||  | ||||||||||  |  ||||||  |||     
T  42987383 taaattatttttaaaattaaaaggtgggtcacttgatcaagcatatgagcacttaatgaattgatgtgaacctttagattaaaactatattaatagttag 42987482  T
Q  140 gatttgatgtcaaatttaatt--acaccttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||| |||||| |||||||  |||||  ||||||||||||| ||||    
T  42987483 gatttggtgtcaagtttaatttgacacccggtgtcatttgatcttatc 42987530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 5331055 - 5330901
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || ||| ||| ||||||||||||   | |    
T  5331055 agaagaaagtttaaattatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttatgggagccgttagattaaaaccgta 5330956  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatc 180  Q
    ||||||  ||  ||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  5330955 ttaatggctagaatttggtgtcaaatttaatttaacaccttggtgtcatttgatc 5330901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 42986798 - 42986648
Alignment:
Q  39 aataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgatt 137  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||| ||| |||||| || ||| ||| | |||||||||| ||||||| | ||| ||||||     |||||||  |    
T  42986798 aataaattatttataaaattaaaaggtgggtcacttgatcaaacatgcgagcacttaatgaattaatgagagccattaaattaaaacattattaatggct 42986699  T
Q  138 atgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||| || ||||||||||||| ||||    
T  42986698 atgatttggtgtcaaatttaatttgacactttggtgtcatttgatcctatc 42986648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 111; Significance: 8e-56; HSPs: 33)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 28 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 21790913 - 21790752
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21790913 agagaagaaagaattaattatttctaaaattaaaatttggctcatttgatcaagcatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 21790814  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  21790813 gattaatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 21790752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 28 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 29859079 - 29858924
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgg 127  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||     ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29859079 agagaagaaagaataaattatttctaaaattaaaatttgactcatttgat-----tgtgagaatttaatgaattgatgcgagacgttagattaaagttgg 29858985  T
Q  128 attaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  29858984 attaatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacatcttggtgtcatttgatcctatc 29858924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 32 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 47052503 - 47052374
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  47052503 aagaaagaataaattgtttttaaaattaaaatttagatcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgttggattaaagttgaatt 47052404  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  47052403 aatggttatgatttggtgtcaaatttaatt 47052374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 44233370 - 44233237
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44233370 agagaataaataataaattatttttaaaattaaaatttggatcatttgatcaagcatgtgagcatttaataaattgatgagagacgtcagattaaagttg 44233271  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    |||||||  |||  ||||||||||||||||||||    
T  44233270 gattaattgttagaatttgatgtcaaatttaatt 44233237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 28 - 193
Target Start/End: Original strand, 16960020 - 16960188
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  16960020 agagaagaaagaa-aaattgtttctaaaattaaaatttggataatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgatagacgttggattaaagttg 16960118  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acaccttg-tgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
     ||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| || |||||||||||| |||| |||||||    
T  16960119 aattaatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccatgatgtcatttgatcctatcccatatat 16960188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 28 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 46284917 - 46284748
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||  ||||||||||||  |||| || ||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  46284917 agagaagaaagaatattttatttctaaaattaaaatttgcatcatttgatcaagcatgtaagcatttaatgaattgttgagagacgtcggattaaagttg 46284818  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||||| |||| |||||||    
T  46284817 gattaatggttaggatttgatgtcaaatttaatttgacactttggtgtcatttgatcctatcccatatat 46284748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 32 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 27651490 - 27651326
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| || | | ||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  27651490 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaaattagataatttgataagtatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttgaatta 27651391  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||| |||||||||  ||||||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||| |||||||    
T  27651390 atggttatgatttagtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcatatcccatatat 27651326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 34 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 14886309 - 14886154
Alignment:
Q  34 gaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaa 132  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14886309 gaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagataatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgtcagattaaagttggattaa 14886210  T
Q  133 tgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    || |||||||||| |||||||||| |||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  14886209 tggttatgatttggtgtcaaatttgatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 14886154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Original strand, 14886726 - 14886883
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||| ||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  14886726 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagatcatttgctcaagcatgtgaacatttaatgaattgatgagagacgttggattaaagttgaatt 14886825  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  14886826 aatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 14886883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 32 - 160
Target Start/End: Original strand, 48302089 - 48302218
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | | ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  48302089 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaatgtagataatttgatcaaacatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgtgagattaaagttggatt 48302188  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  48302189 aatggttatggtttggtgtcaaatttaatt 48302218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 42986917 - 42986750
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| || ||||||| | |||||||||| ||||||| | ||||||||||   | |    
T  42986917 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaaggtggatcatttgatcaaacatgtgagcacttaatgaattaatgagagccattagattaaatgagta 42986818  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaa--ttacacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42986817 ttaatgactaagatttggtgtcaaatttaattttacatcttggtgtcatttgatcatatctcatatat 42986750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 34 - 156
Target Start/End: Original strand, 26897033 - 26897156
Alignment:
Q  34 gaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaa 132  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26897033 gaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagataatttgatcaagcatatgagtatttaatgaattgatgagagacgtcagattaaagttggattaa 26897132  T
Q  133 tgattatgatttgatgtcaaattt 156  Q
    || |||||||||| ||||||||||    
T  26897133 tggttatgatttggtgtcaaattt 26897156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 2271229 - 2271388
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||  ||||||  || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  2271229 agaagaaagaatacattatttctaaaattaaatttttgatcatttgatcaagcatgtgaacatctaatgaattgatgagggacgtcggattaaagttgga 2271328  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||| ||| |||||  ||||||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||    
T  2271329 ttaatggttaggatttagtgtcaaatttaatttgacacattggtgtcatttgatcatatc 2271388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 6690459 - 6690339
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||  ||||  |||||||||||||||    
T  6690459 aagaaataataaattatttctaaaattaaaatttggatcatttgatcaagcatgtgagcatttaataaattgatgagcaacgtcggattaaagttggatt 6690360  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtca 151  Q
    |||| ||| ||||||||||||    
T  6690359 aatggttaggatttgatgtca 6690339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 160
Target Start/End: Original strand, 27651998 - 27652126
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||    
T  27651998 aagaaagaacaaattgtttctaaaattaaaatttagataatttgataagcatgtgagcatttaatgaattgatgagaaacgtcggattaaagttgaatta 27652097  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  27652098 atggttatgatttggtgtcaaatttaatt 27652126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 26 - 185
Target Start/End: Original strand, 46285437 - 46285600
Alignment:
Q  26 ccagagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagt 124  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||  || |||| |||||||||||||||||   ||||   ||| | ||    
T  46285437 ccagaaaagaaagaataaattatttctaaaattaaaatttggataatttgatcaagcatttgagcatttaatgaattgatgatcaacgtcgaatttacgt 46285536  T
Q  125 tggattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  46285537 tggattaatggttaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcatatc 46285600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 26 - 156
Target Start/End: Original strand, 6690982 - 6691112
Alignment:
Q  26 ccagagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagt 124  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||| |  |||||||||    
T  6690982 ccagagaagaaagaatattttatttctaaa-ttaaaatttgaatcatttgatcaaacatgtgagtatttaatgaattgttgagagacatcggattaaagt 6691080  T
Q  125 tggattaatgattatgatttgatgtcaaattt 156  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  6691081 tggattaatggttatgatttggtgtcaaattt 6691112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 16959661 - 16959505
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  16959661 aagaaggaataaattatttctaaaattaaaatttggattatttgttcaaacatgtgagcatttaatgatttgatgagagacgtcagattaaag-tggatt 16959563  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||| ||| |||||  ||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||| ||||    
T  16959562 aatggttaggatttagtgtcaaatttaatttgacaccttggtgttatttgatcctatc 16959505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 52 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 26896607 - 26896507
Alignment:
Q  52 taaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgattatgatttgatgtc 150  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||    
T  26896607 taaaattaaaatttagatcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgttggattaaagttgaattaatagttatgatttggtgtc 26896508  T
Q  151 a 151  Q
    |    
T  26896507 a 26896507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 32 - 149
Target Start/End: Original strand, 29859561 - 29859679
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatca-atatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||||| || ||     
T  29859561 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttgtctcatttgatcatgcatgtgagcatttaatgaattgatgggagacatcggattaaagatgaatg 29859660  T
Q  131 aatgattatgatttgatgt 149  Q
    |||| |||  |||||||||    
T  29859661 aatggttaaaatttgatgt 29859679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 32 - 193
Target Start/End: Original strand, 21791380 - 21791543
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||  |  ||||||  |||||||||||||| | |||||||  |||||| |||| ||||    
T  21791380 aagaaagaataaattatttctaaaattaaattttggattatttgaa-agcatgtgaacatttaatgaattgacgggagacgtcggattaaggttgaatta 21791478  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||| ||| |||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| |||| |||||||    
T  21791479 atggttaagatttggtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatcccatatat 21791543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 35 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 48302022 - 48301913
Alignment:
Q  35 aaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaat 133  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||    
T  48302022 aaagaataaattgattctaaaattaaaatttagatcatttgatcaagcatgtgagcatttaacgaattgatgagagacatcagattaaagtttaattaat 48301923  T
Q  134 gattatgatt 143  Q
    ||||||||||    
T  48301922 gattatgatt 48301913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 39848772 - 39848931
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || ||||||| ||||||||||||  || |    
T  39848772 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttatgagagccgttagattaaaactgta 39848871  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  39848872 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 39848931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 39847968 - 39847810
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||  | ||||||| || ||||||| ||||||||||||   | |    
T  39847968 agaagaaagaataaattatttttaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgaacacttaatgagtttatgagagccgttagattaaaaccgta 39847869  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acaccttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||||||||  |||| | ||||||||||||| ||||    
T  39847868 ttaatgactaggatttggtgtcaaatttaatttgacacttggtgtcatttgatcctatc 39847810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 47374738 - 47374897
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||  ||| ||||||||  ||||||| | |||||||||| || |||| ||||||||||||   | |    
T  47374738 agaagaaagaataaattatttataaaaataaaagatgtgtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattaataagagccgttagattaaaacagta 47374837  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  47374838 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 47374897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 134
Target Start/End: Original strand, 44234556 - 44234663
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| || ||||||  ||||||| |||| |||| | |||| | ||||||||||    
T  44234556 agagaaaaaataataaattatttctaaaattaaaattcggatcatttgatcaaacatgtgatcatttaataaatttatgaaaaacgtcatattaaagttg 44234655  T
Q  127 gattaatg 134  Q
    ||||||||    
T  44234656 gattaatg 44234663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 28 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 26213081 - 26212912
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||| | |||   ||||||| |||| |||| |||||||  |     
T  26213081 agagaagaaagaatagattgtttctaaaattaaaaggtggctcatttaatcaaatatgtgagcacttataaaattgattagagccgttggattaaaacta 26212982  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
     |||||||  || |||||| |||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  26212981 tattaatggataagatttggtgtcaaattttatttgacaccttagtgtcatttgatcctatcccatatat 26212912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 160
Target Start/End: Original strand, 42986982 - 42987108
Alignment:
Q  35 aaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaat 133  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||| ||||||||  ||||||  | |||||||||||||| ||  | ||||||||||  |  ||||||    
T  42986982 aaagaataaattatttctaaaattaaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgaacacttaatgaattgatgtgaacctttagattaaaactatattaat 42987081  T
Q  134 gattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||    
T  42987082 ggttaggatttgatgtcaaatttaatt 42987108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 10716826 - 10716705
Alignment:
Q  36 aagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatg 134  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||| ||| |||||||||||| | | |||||||    
T  10716826 aagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgggagccgttagattaaaatcgtattaatg 10716727  T
Q  135 attatgatttgatgtcaaattt 156  Q
    ||||  ||||| ||| ||||||    
T  10716726 attagaatttggtgttaaattt 10716705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 36 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 7012119 - 7011966
Alignment:
Q  36 aagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatg 134  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || ||| ||| ||||||||||||   | |||||||    
T  7012119 aagaataaattatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttatgggagccgttagattaaacccgaattaatg 7012020  T
Q  135 attatgatttgatgtcaaatttaatt--acacct-tgtgtcatttgatcatatc 185  Q
      || |||||| ||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||    
T  7012019 gctaggatttggtgtcaaatttaatttgacacctcggtgtcatttgatcatatc 7011966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 5216718 - 5216563
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||  | ||||||  |  ||||||  |||||||||||||| | |||||||  |||||| |||| ||||    
T  5216718 aagaaataataaattatttctaaaattaaattttgaattatttgaa-agcatgtgaacatttaatgaattgacgggagacgtcggattaaggttgaatta 5216620  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||| ||| |||||| | ||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  5216619 atggttaagatttggtatcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 5216563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #32
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 47374205 - 47374112
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaa 122  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  47374205 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatggaagccgttagattaaa 47374112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #33
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 7012930 - 7013089
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | | ||||| || ||  ||| ||||||||||||   | |    
T  7012930 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaaagtgggtcacttgatcaagcatgtgagcactcaatgagtttatcggagccgttagattaaaaccgta 7013029  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  7013030 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 7013089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 95; Significance: 3e-46; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 28 - 193
Target Start/End: Original strand, 19653757 - 19653926
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||  || |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19653757 agagaagaaagaataaattatttctaaaattaaaatttggatcatttgattaaacatatgagcatttaatgaattgatgagagacgtcagattaaagttg 19653856  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  19653857 gattaatggttaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatcccatatat 19653926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 32 - 193
Target Start/End: Original strand, 8993481 - 8993646
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  8993481 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagatcatttgatcaaacatgtgagcatttaaagaatggatgagagacgttggattaaagttgaatt 8993580  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| |||| |||||||    
T  8993581 aatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccgtggtgtcatttgatcctatcccatatat 8993646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 32 - 193
Target Start/End: Original strand, 9017928 - 9018093
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  9017928 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagatcatttgatcaaacatgtgagcatttaaagaatggatgagagacgttggattaaagttgaatt 9018027  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| |||| |||||||    
T  9018028 aatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccgtggtgtcatttgatcctatcccatatat 9018093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 34 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 8993064 - 8992909
Alignment:
Q  34 gaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaa 132  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  8993064 gaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagataatttgatcaagcatgtgagtatttaatgaattgatgagagacgttggattaaagttgaattaa 8992965  T
Q  133 tgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    || |||||||||  ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  8992964 tggttatgatttagtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 8992909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 34 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 9017511 - 9017356
Alignment:
Q  34 gaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaa 132  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  9017511 gaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagataatttgatcaagcatgtgagtatttaatgaattgatgagagacgttggattaaagttgaattaa 9017412  T
Q  133 tgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    || |||||||||  ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  9017411 tggttatgatttagtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 9017356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Original strand, 18649796 - 18649952
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||| | |  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  18649796 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagataatttgttaagcatgtgagcattcaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttgaatta 18649895  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  18649896 atggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 18649952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 82 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 19651179 - 19651073
Alignment:
Q  82 atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttga 178  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  19651179 atgtgagcatttaatgaattaatgagagacgtcagattaaagttggattaatgattaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttga 19651080  T
Q  179 tcatatc 185  Q
    || ||||    
T  19651079 tcctatc 19651073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 82 - 190
Target Start/End: Original strand, 9280840 - 9280951
Alignment:
Q  82 atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttga 178  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||  |||| || |||||||||||    
T  9280840 atgtgagaatttaataaattgatgagagactttagattaaagttggattaatgatttggatttggtgtcaaatttaatttgacacattggtgtcatttga 9280939  T
Q  179 tcatatctcata 190  Q
    || |||| ||||    
T  9280940 tcctatcgcata 9280951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 32907584 - 32907429
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||  |  |||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||    
T  32907584 aagaaagaataaattatttctaaaattaaattttggattatttgaa-agcatgtgagcctttaatgaattgatgggagacgtcagattaaggttgaatta 32907486  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||| ||| |||||| ||||||||| ||||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  32907485 atggttaagatttggtgtcaaattaaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 32907429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 22)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 188 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 4446564 - 4446370
Alignment:
Q  188 atatatgaatagactaattcttacttttcacaccctatgtgtttttcaggcgctctannnnnnn-caaaaatactcttcagattttaaaatatgaaacct 286  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| |||   ||||||        ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4446564 atatatgagtaggctaattcttacttttcacatcctacgtgtttctcacatgctctattttttttcaaaaatactctttagattttaaaatatgaaacct 4446465  T
Q  287 agttcgaattatacaatccaaaaacaatgag-ttggacatcaatttttgcgaatacataaaacatgatccacgggatgccactgatccagcgcac 380  Q
    | |||| |||||||||| |||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4446464 acttcggattatacaattcaaaaacaatcagtttgcacagcaatttttgcgaatacataaaacattatccacgggatgccactgatccagtgcac 4446370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 28 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 19386457 - 19386289
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||    
T  19386457 agagaagaaagaa-aaattgtttctaaaattaaaatttggatcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgataatagatgttggattaaagttg 19386359  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
     ||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||| |||||||    
T  19386358 aattaatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcatatcccatatat 19386289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 28 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 121467 - 121311
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||     
T  121467 agagaagaaagaatattttatttctaaaattaaaatttgcatcatttgatcaagtatttgagtatttaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttt 121368  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatc 180  Q
    |||||||| |||||||||  ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  121367 gattaatggttatgatttagtgtcaaatttaatttgacaccttagtgtcatttgatc 121311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Original strand, 122851 - 123008
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||    
T  122851 aagaaagaatacattatttctaaaattaaagtttggatcatttcatcaagtatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgttggattaatgttgaatt 122950  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||| |||  ||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  122951 aatggttagaatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 123008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 32 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 20202808 - 20202644
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| || | | ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  20202808 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaaattagataatttgataagcatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttgaatta 20202709  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||   ||||||||||||| |||| |||||||    
T  20202708 atggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccacggtgtcatttgatcctatcccatatat 20202644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 8911323 - 8911160
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| || | | ||||||| |  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  8911323 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaaattagataatttgataagcatgtgagtatttaatga-ttgatgagagacgtcggattaaagttgaatta 8911225  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||| |||||||||| |||||||| |||||  ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||    
T  8911224 atggttatgatttggtgtcaaatataatttgacaccatggtgtcatttgatcctatctcatatat 8911160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Original strand, 8911734 - 8911890
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||  | ||||  ||||||||||| ||||    
T  8911734 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagataatttgataagcatgtgagcatttaatgaattgatggaaaacgtcggattaaagttgaatta 8911833  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  8911834 atggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 8911890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 4776406 - 4776249
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||||| ||||||||    
T  4776406 aagaaagaataaattatttctaaaattgaaattttgatcaattgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgagcaacgtcggattaatgttggatt 4776307  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||  ||| |||||  ||||||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||    
T  4776306 aattgttaggatttagtgtcaaatttaatttgacactttagtgtcatttgatcatatc 4776249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 32 - 160
Target Start/End: Original strand, 19386816 - 19386944
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||  || |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  19386816 aagaaggaataaattatttctaaaattaaaatttggattatttgttcaagcatatgagcatttaatgatttgatgagagacgtcagattaaag-tggatt 19386914  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    |||| ||| |||||  ||||||||||||||    
T  19386915 aatggttaggatttagtgtcaaatttaatt 19386944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 39629409 - 39629568
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| || |||||  ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||  || |    
T  39629409 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttaatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgagagccgttagattaaaactgta 39629508  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  ||  ||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  39629509 ttaatggctagaatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcatatc 39629568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 32 - 158
Target Start/End: Original strand, 20203197 - 20203323
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||   | ||||| | |  ||||||| ||| ||||||||||||| | ||||  ||||||||||| ||||    
T  20203197 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttatataatttgttaagcatgtgagcattcaatgaattgatgaaaaacgtcggattaaagttgaatta 20203296  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaa 158  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  20203297 atggttatgatttggtgtcaaatttaa 20203323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 28 - 151
Target Start/End: Original strand, 44929021 - 44929145
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||| ||     
T  44929021 agagaagaaataataaattatttctaaaattaaaaggtgggtcatttgatcaaatatgtgagcatttaatgaattgatgaacaccgttagattaaaatta 44929120  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtca 151  Q
     |||||||  || ||||| ||||||    
T  44929121 tattaatggctaggatttaatgtca 44929145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 32 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 38956162 - 38956050
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | | ||||| ||||  ||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  38956162 aagaaagaatagattatttctaaaattaaaatttagataatttgttcaagcatgtgagcatttaatgacttgacgagagacgttggattaaag-tggatt 38956064  T
Q  131 aatgattatgattt 144  Q
    |||| ||| |||||    
T  38956063 aatggttaggattt 38956050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 42848878 - 42848711
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||  | |||||||||||||| ||| ||||||||||||     |    
T  42848878 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgtgaacacttaatgaattgatgggagtcgttagattaaaaccata 42848779  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  |||||||  |||||||||||| |||| |||||||    
T  42848778 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttattgtcatttgatcctatcccatatat 42848711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 42849393 - 42849552
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| || |||||  ||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||   | |    
T  42849393 agaaaaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttaatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgggagccgttagattaaaaccgta 42849492  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  42849493 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 42849552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 39 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 44926794 - 44926643
Alignment:
Q  39 aataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaa-tttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgat 136  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||| ||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||  ||  ||||| ||||||  || |||||||      
T  44926794 aataaattatttgtaaaattaaaagatggatcagttgatcaagtatgtgagcactttaatgaattgattggaaccgttaaattaaaactgtattaatggg 44926695  T
Q  137 tatgatttgatgtcaaatttaatt--acaccttg-tgtcatttgatcatatc 185  Q
    || |||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  44926694 taggatttgatgtaaaatttaatttgacaccttgatgtcatttgatcatatc 44926643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 30 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 13327905 - 13327736
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  |||||||   | ||||| || ||  ||| ||||||||||||   | |    
T  13327905 agaagaaataataaattatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcgctcaatgagtttatcggagccgttagattaaaaccgta 13327806  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatatga 195  Q
    |||||| ||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||    
T  13327805 ttaatggttaggatttggtgtcaaatttaatttaacaccttggtgtcatttgatcttatcccatatatga 13327736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 39628898 - 39628805
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaa 122  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  39628898 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatggaagccgttagattaaa 39628805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 180
Target Start/End: Original strand, 13328706 - 13328860
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||| | || |||  || ||||||||||||   | |    
T  13328706 agaagaaagaataaattatttttaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaataagtttatggaagtcgttagattaaacccgta 13328805  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatc 180  Q
    ||||||  ||  ||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  13328806 ttaatggctagaatttggtgtcaaatttaatttaacaccttagtgtcatttgatc 13328860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 112
Target Start/End: Original strand, 4776905 - 4776987
Alignment:
Q  31 gaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacg 112  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||  ||||||||||||  || |||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  4776905 gaagaaagaatattttatttctaaaattaaaatttgcatcatttgatcaagcatatgagcatttaatgaattgttgaaagacg 4776987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 38273714 - 38273553
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    |||||||||||||||  || ||| |||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||| | |||  |||||||| |||| |||| |||||||  |     
T  38273714 agagaagaaagaataggttgtttctaaaattaaaaggtggctcatttaatcaaatatgtgagcacttatagaattgattagagccgttggattaaaacta 38273615  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
     |||||||  || |||||| |||||||||| |||  ||||||| |||| |||||||| ||||    
T  38273614 tattaatggataagatttggtgtcaaattttatttgacaccttggtgttatttgatcctatc 38273553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 122
Target Start/End: Original strand, 2477851 - 2477944
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaa 122  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||||||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || ||| ||| ||||||||||||    
T  2477851 agaagaaagtttaaattatttctaaaattaaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttatgggagccgttagattaaa 2477944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Original strand, 41710093 - 41710250
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  41710093 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagatcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgttggattaaagttgaatt 41710192  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acaccttg-tgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| || |||||||||||| ||||    
T  41710193 aatgattatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccatgatgtcatttgatcttatc 41710250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 28 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 51827725 - 51827564
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    |||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  51827725 agagaagatagaatattttatttctaaaattaaaatttgcatcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgttgagagacgtcggattaaagttg 51827626  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acaccttg-tgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  51827625 gattaatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccttgatgtcatttgatcatatc 51827564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 34 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 41709676 - 41709553
Alignment:
Q  34 gaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaa 132  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  41709676 gaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagataatttgatcaaacatgtgagtatttaatgaattgatgagagacgtcatattaaagttggattaa 41709577  T
Q  133 tgattatgatttgatgtcaaattt 156  Q
    || |||||||||| ||||||||||    
T  41709576 tggttatgatttggtgtcaaattt 41709553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 28 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 28908048 - 28907893
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    |||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||  |||||| |||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  28908048 agagaagaaaga-tattttatttctaaaattaaaatttgcatcatttaatcaaacatgtgaccatttaatgaattgttgagagacgtcggattaaagttg 28907950  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatc 180  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  28907949 gattaatggttaggatttgatgtcaaatttaatttgacaccttagtgtcatttgatc 28907893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 160
Target Start/End: Original strand, 51829382 - 51829511
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||||| ||||||||    
T  51829382 aagaaagaataaattatttctaaaattaaaatttggatcatttcatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgagcaacgtcggattaatgttggatt 51829481  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    |||| | | |||||||| ||||||||||||    
T  51829482 aatggtaaggatttgatttcaaatttaatt 51829511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 53948818 - 53948662
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| || | | ||||||| |  || |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  53948818 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaaattagataatttgataagcatttgagcatttaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttgaatta 53948719  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  53948718 atggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 53948662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Original strand, 53949211 - 53949367
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| || | | ||||| | |  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  53949211 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaaattagataatttgttaagcatgtgagcattcaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttgaatta 53949310  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  53949311 atggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 53949367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Original strand, 30834328 - 30834485
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| || |  | |||| |||| |||    
T  30834328 aagaaagaataaattatttctaaaattaaaatttggataatttgatcaagcatgtgagtatttaatgaattgatgagaaacatcgggttaatgttgaatt 30834427  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acaccttg-tgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||| ||| ||||| |||||||||||||||  | |||||| |||||||||||| ||||    
T  30834428 aatggttaggatttaatgtcaaatttaatttgataccttgatgtcatttgatcctatc 30834485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 32 - 191
Target Start/End: Original strand, 28908547 - 28908710
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||   ||||| ||||||||    
T  28908547 aagaaagaataaattatttctaaaattaaaatttggataatttgatcaagcatgtgagcatttaatcaattgatgagaaacgtcgaattaatgttggatt 28908646  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatat 191  Q
    |||| |||  ||||  ||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||| |||| |||||    
T  28908647 aatggttagaattttgtgtcaaatttaatttgacaccttagtgttatttgatcctatcccatat 28908710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 82 - 160
Target Start/End: Original strand, 43400716 - 43400794
Alignment:
Q  82 atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  43400716 atgtgagtatttaatgaattgatgagagacgttggattaaagttgaattaatggttatgatttggtgtcaaatttaatt 43400794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 69 - 188
Target Start/End: Original strand, 53948506 - 53948629
Alignment:
Q  69 tcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc 165  Q
    ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||   |||     
T  53948506 tcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgtagagagacgtcagattaaagttggattaatggttaggatttggtgtcaaatttaatttggcaca 53948605  T
Q  166 tt-gtgtcatttgatcatatctca 188  Q
    || |||||||||||||||||||||    
T  53948606 ttggtgtcatttgatcatatctca 53948629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 38798410 - 38798254
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||| | |  ||| ||| ||| |||||||||||| || ||||  ||||||||||| ||||    
T  38798410 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagataatttgttaagcatgcgagcattcaatgaattgatgtgaaacgtcggattaaagttgaatta 38798311  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||| |||| ||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  38798310 atggttataatttggtgtcaaatttaatttgacaccatagtgtcatttgatcctatc 38798254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 30 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 53949499 - 53949371
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||   | |    
T  53949499 agaaaaaagaataaattatttctaaaaataaaagatggatcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgggagccgttagattaaaaccgta 53949400  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaattta 157  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  53949399 ttaatgactatgatttggtgtcaaattta 53949371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 28 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 11238677 - 11238510
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgg 127  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |   |||||| |  |  ||||||| | |||||||||||||| ||  |||||||| ||| |||     
T  11238677 agaggagaaagaataaattatttctaaaattaaaaagtatgtcatttaaa-agcatgtgagcacttaatgaattgatgggaaccgttagatgaaaattgt 11238579  T
Q  128 attaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acaccttg-tgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  11238578 attaatggttaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttgatgtcatttgatcctatcccatatat 11238510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 47169052 - 47169211
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || ||| ||| ||||||||||||   | |    
T  47169052 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttatgggagccgttagattaaaaccgta 47169151  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  47169152 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcttatc 47169211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 47168048 - 47167889
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || | ||||  ||||||||||||   | |    
T  47168048 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaaggtggatcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttacgagaaccgttagattaaaaccgta 47167949  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  47167948 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 47167889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 53949972 - 53950131
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||||||||||  || |||||||||||    | |    
T  53949972 agaataaaaaataaattatttctaaaaataaaagatggatcacttgatcaaacatgtgagcacttaatgaattgatggaagccgttagattaagcccgta 53950071  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  53950072 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 53950131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 30833832 - 30833747
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgt 113  Q
    |||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||  |||||||| |||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  30833832 agagaagaaaga-tattttatttctaaaattaaaatttgcatcatttgaacaagcatgtgagcatttaatgaattgttgagagacgt 30833747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 35 - 193
Target Start/End: Original strand, 24485855 - 24486007
Alignment:
Q  35 aaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaat 133  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||  |   ||||||||||||  |||| |  | ||||||||||||||  |  |||||||||||| ||  ||||||    
T  24485855 aaagaataaattactattaaaattaaaaggtaaatcatttgatcaaacatgtaaccacttaatgaattgatggaaaccgttagattaaaattatattaat 24485954  T
Q  134 gattatgatttgatgtcaaatttaattacaccttgtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    || ||||||||  ||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24485955 gactatgatttagtgtcaaatttaa-------ttgtgtcatttgatcttatctcatatat 24486007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 185
Target Start/End: Original strand, 20200570 - 20200662
Alignment:
Q  96 tgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||   | |||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  20200570 tgaattgatgggagccgttagattaaaaccgtattaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 20200662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 185
Target Start/End: Original strand, 20202754 - 20202846
Alignment:
Q  96 tgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||   | |||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  20202754 tgaattgatgggagccgttagattaaaaccgtattaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 20202846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 126 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 30833745 - 30833686
Alignment:
Q  126 ggattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcat 182  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  30833745 ggattaatggttaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcat 30833686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 26)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 34 - 185
Target Start/End: Original strand, 26774573 - 26774724
Alignment:
Q  34 gaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaat 133  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26774573 gaaagaataaattatttctaaaattaaaatttagataatttgatcaa---gtgagcatttaatgaattgatgagagacgtcagattaaagttggattaat 26774669  T
Q  134 gattatgatttgatgtcaaatttaatt--acaccttg-tgtcatttgatcatatc 185  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||  ||||| || |||||||||||||||||    
T  26774670 ggttatgatttgatgtcaaatttgatttgacaccatgatgtcatttgatcatatc 26774724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 28 - 193
Target Start/End: Original strand, 43334620 - 43334788
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43334620 agagaagaaagaa-aaattgtttctaaaattaaaatttggatcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgatagacgttagattaaagttg 43334718  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--aca-ccttgtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
     ||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||| | | ||||||||||||| |||| |||||||    
T  43334719 aattaatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacatcatggtgtcatttgatcctatcccatatat 43334788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 32 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 3475061 - 3474932
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  3475061 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagatcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgttggattaaagttgaatt 3474962  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  3474961 aatggttatgatttggtgtcaaatttaatt 3474932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 28 - 193
Target Start/End: Original strand, 3163391 - 3163559
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  3163391 agagaagaaagaa-aaattgtttctaaaattaaaatttggatcatttaatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgatagacgttggattaaagttg 3163489  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
     ||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| |||| |||||||    
T  3163490 aattaatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatcccatatat 3163559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 26774153 - 26773996
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||    
T  26774153 aagaaagaataaattatttctaaaattaaaatttagatcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgacgagagacgttggattaaagttgaatt 26774054  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acaccttg-tgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||  ||||| || |||||||||||| ||||    
T  26774053 aatggttatgatttagtgtcaaatttaatttgacaccatgatgtcatttgatcctatc 26773996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 28 - 160
Target Start/End: Original strand, 30469994 - 30470126
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  30469994 agagaagaaagaa-aaattgtttctaaaattaaaatttggatcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgatagacgtttgattaaagttg 30470092  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
     ||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  30470093 aattaatggttatgatttggtgtcaaatttaatt 30470126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 34 - 185
Target Start/End: Original strand, 3475469 - 3475624
Alignment:
Q  34 gaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaa 132  Q
    ||||||||||||| ||| | |||||||||||| | | ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3475469 gaaagaataaattgtttcttaaattaaaatttagataatttgatcaagcatgtgagtatttaatgaattgatgagagacgtcagattaaagttggattaa 3475568  T
Q  133 tgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    || |||||||||| |||||||||| |||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  3475569 tggttatgatttggtgtcaaatttgatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 3475624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 32 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 37422717 - 37422589
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| || | | ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  37422717 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaaattagataatttgataagcatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttgaatta 37422618  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37422617 atggttatgatttgatgtcaaatttaatt 37422589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 3163027 - 3162871
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  3163027 aagaaggaataaattatttctaaaattaaaatttggattatttgttcaagcatgtgagcatttaatgatttgatgagagacgtcagattaaag-tggatt 3162929  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||| ||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  3162928 aatggttaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 3162871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 43334288 - 43334132
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||   ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  43334288 aagaaggaataaattatttctaaaattaaaatttggattatttgttcaggcatgtgagcatttaatgatttgatgagagacgtcagattaaag-tggatt 43334190  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  43334189 aatggttatgatttgatgtcaaacttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 43334132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 28 - 185
Target Start/End: Original strand, 46428012 - 46428172
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  46428012 agagaagaaagaa-aaattgtttctaaaattaaaatttagatcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgatagacgttggattaaagttg 46428110  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
     ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  46428111 aattaatggttataatttggtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 46428172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 39 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 30469663 - 30469506
Alignment:
Q  39 aataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgatt 137  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||| ||    
T  30469663 aataaattatttctaaaattaaaatttggattatttgttcaagcatgtgagcatttaatgatttgatgagagacgtcaaattaaag-tggattaatggtt 30469565  T
Q  138 atgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    | |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  30469564 aggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatcccatatat 30469506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 30660013 - 30659857
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| || | | ||||||| |  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  30660013 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaaattagataatttgataagcatgcgagcatttaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttgaatta 30659914  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  30659913 atggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 30659857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 8487703 - 8487862
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||  || |    
T  8487703 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgagagccgttagattaaaactgta 8487802  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  8487803 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttcgtgtcatttgatcctatc 8487862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 30 - 160
Target Start/End: Original strand, 21866278 - 21866409
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| || ||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||||||  || |    
T  21866278 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaaggtgggtcatttgatcaaacatgtgagcacttaatgaattgatgagaaacattagattaaaactgta 21866377  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    |||||| ||| |||||  |||||| |||||||    
T  21866378 ttaatggttaggattttgtgtcaactttaatt 21866409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 32 - 160
Target Start/End: Original strand, 30660406 - 30660534
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||| | |  ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  30660406 aagaaagaataaattgtttctaaaattaaaatttagataatttgttaagcatgggagcattcaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttgaatta 30660505  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    ||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  30660506 atggttatgatttggtctcaaatttaatt 30660534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 8487190 - 8487023
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||    | |    
T  8487190 agaacaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgagagccgttagattaagcccgta 8487091  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  8487090 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatcccatatat 8487023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 8512865 - 8512698
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||    | |    
T  8512865 agaataaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgagagccgttagattaagcccgta 8512766  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  8512765 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatcccatatat 8512698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 8513358 - 8513517
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||  || |    
T  8513358 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgggagccgttagattaaaactgta 8513457  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||| ||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  8513458 ttattggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 8513517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 42 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 38816835 - 38816720
Alignment:
Q  42 aaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgattatg 140  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||  |||||    
T  38816835 aaattgtttctaaaattaaaatttagataatttgatcaagcatgtgagcatttgatgaattgatgagagacatcagattaaagttagattaatagttatg 38816736  T
Q  141 atttgatgtcaaattt 156  Q
    ||||| ||||||||||    
T  38816735 atttggtgtcaaattt 38816720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 30 - 193
Target Start/End: Original strand, 25245556 - 25245724
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||| |||||| || ||||||| | |||||||||| ||||||| | ||||||||||   | |    
T  25245556 agaagaaagaataaattatttctaaaattaaaaggtggatcacttgatcaaacatgtgagcacttaatgaattaatgagagtcattagattaaaacagta 25245655  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtca-tttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||||||  || |||||| |||| |||||||||  |||| || |||||| |||||||||||| |||||||    
T  25245656 ttaatggctaagatttggtgtctaatttaatttgacacattggtgtcattttgatcatatcccatatat 25245724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 31178800 - 31178642
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| ||||||||| || ||| ||| ||||||||||||  || |    
T  31178800 agaagaaagaataa-ttatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagtatttaatgagtttatgggagccgttagattaaaactgta 31178702  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  31178701 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacatcttggtgtcatttgatcatatc 31178642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 38060008 - 38059849
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || ||| ||| ||||||||||||   | |    
T  38060008 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttatgggagccgttagattaaaaccgta 38059909  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  38059908 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 38059849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 28451285 - 28451192
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaa 122  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| |||||  | | ||| |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28451285 agaagaaagaatgaattatttctaaaaataaaagattggtcacttgatcaagtatgtgagtacttaatgaattgatgagagccgttagattaaa 28451192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 21865727 - 21865651
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatg 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||| || ||||||| | ||||||||||||||    
T  21865727 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaaggtgggtcacttgatcaaaaatgtgagcacttaatgaattgatg 21865651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 46427644 - 46427550
Alignment:
Q  39 aataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaat 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||| | | ||||||| |||||||||    
T  46427644 aataaattatttctaaaattaaaatttggattatttgttcaagcatgtgagcatttaatgatttgatgagagacatcatattaaag-tggattaat 46427550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 42519803 - 42519647
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||     
T  42519803 agagaagaaagaatattttatttctaaaattaaaatttgcatcatttgatcaagtatttgagtatttaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttt 42519704  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatc 180  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  42519703 gattaatggttatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatc 42519647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 185
Target Start/End: Original strand, 42520328 - 42520485
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||    
T  42520328 aagaaagaatacattatttctaaaattaaagtttggatcatttcatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgagagacgttggattaatgttgaatt 42520427  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||| |||  ||||| ||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||| ||||    
T  42520428 aatggttagaatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgttatttgatcctatc 42520485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 193
Target Start/End: Original strand, 42521586 - 42521753
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || ||||||| ||||||||||||   | |    
T  42521586 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttatgagagccgttagattaaaaccgta 42521685  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  42521686 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatcccatatat 42521753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 30 - 193
Target Start/End: Original strand, 21147992 - 21148159
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||  | ||||||| || ||| ||| ||||||||||||   | |    
T  21147992 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgtgaacacttaatgagtttatgggagccgttagattaaaaccgta 21148091  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  21148092 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatctcatatat 21148159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 23206089 - 23206248
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || ||||||| ||||||||||||   | |    
T  23206089 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttatgagagccgttagattaaaaccgta 23206188  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  23206189 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 23206248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 42520778 - 42520619
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || ||||||| ||||||||||||   | |    
T  42520778 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttatgagagtcgttagattaaaaccgta 42520679  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaattta--attacacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||| |||||||  || ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  42520678 ttaatggctaggatttggtgtaaaatttaatatgacaccttggtgtcatttgatcctatc 42520619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 21146097 - 21145938
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || ||| ||| ||||||||||||   | |    
T  21146097 agaagaaagtttaaattatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttatgggagccgttagattaaaaccgta 21145998  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  21145997 ttaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 21145938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 31218851 - 31218780
Alignment:
Q  35 aaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatg 105  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||   |||||| |||| |||||||||||    
T  31218851 aaagaataaattatttctaaaattaaaaggtgggtcatttgatcaaccttgtgagcatttgatgaattgatg 31218780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 80
Target Start/End: Original strand, 31219884 - 31219934
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa 80  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||  | | ||||||||||||    
T  31219884 agaagaaagaataaattaattttaaaattaaaaggtaggtcatttgatcaa 31219934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 32 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 21824715 - 21824551
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatt 130  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  21824715 aagaaggaataaattatttctaaaattaaaatttggattatttgttcaagcatgtgagcatttaatgatttgatgagagacgtcagattaaag-tggatt 21824617  T
Q  131 aatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acaccttg-tgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    |||| |||  ||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  21824616 aatggttagaatttggtgtcaaatttaatttgacaccttgatgtcatttgatcatatcccatatat 21824551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 28 - 185
Target Start/End: Original strand, 21825041 - 21825201
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  21825041 agagaagaaagaa-aaattgtttctaaaattaaaatttggatcatttgatcaagcatgtgagcatttaatgaattgatgatagacgttggattaaagttg 21825139  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacc-ttgtgtcatttgatcatatc 185  Q
     ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  21825140 aattaatggttataatttggtgtcaaatttaatttgacaccatggtgtcatttgatcctatc 21825201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 42882909 - 42882750
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||   ||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  42882909 agaagaaaaaataaattatttctaaaattaaatttttgatcatttgatcaggcatgggaacatttaatgaattgatgagggacgttagattaaaattgga 42882810  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||    
T  42882809 ttaatggttatgatttggtgtcaaatttaatttaacacattggtgtcatttgatcatatc 42882750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 28 - 134
Target Start/End: Original strand, 42883361 - 42883468
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  42883361 agagaagaaagaataaattatttataaaattaaaatttgaatcatttgatcaagcatgtgaacatttaatgaattgatgagggacgtcagattaaagttg 42883460  T
Q  127 gattaatg 134  Q
    ||||||||    
T  42883461 gattaatg 42883468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 45919672 - 45919513
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||   | |    
T  45919672 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgagagccgttagattaaaaccgta 45919573  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  45919572 ttaatgactaggatttgatgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 45919513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 157
Target Start/End: Original strand, 45920182 - 45920310
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||  || |    
T  45920182 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgggagccgttagattaaaactgta 45920281  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaattta 157  Q
    ||||||  ||  ||||| |||||||||||    
T  45920282 ttaatggctagaatttggtgtcaaattta 45920310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 46619522 - 46619681
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || ||| ||| ||||||||||||   | |    
T  46619522 agaagaaaaaataaattatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttatgggagccgttagattaaaaccgta 46619621  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||   ||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  46619622 ttaattgctatgatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcatatc 46619681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 46618511 - 46618380
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||| |||||| || ||||||| | ||||||| || ||||||  ||||||||||||   | |    
T  46618511 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaatgtggatcacttgatcaaacatgtgagcacttaatgagtttatgagaaccgttagattaaaaccgta 46618412  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    ||||||  || |||||||||||||||| ||||    
T  46618411 ttaatggctaggatttgatgtcaaattaaatt 46618380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 42058645 - 42058516
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggat 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |   ||||||||  |  ||||||  |||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||  ||    
T  42058645 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaaggtatatcatttga-aagcatgtgaacatttaatgaatttatgagaaccgttagattaaaattatat 42058547  T
Q  130 taatgattatgatttgatgtcaaatttaatt 160  Q
    ||||  ||| |||||| ||||||||||||||    
T  42058546 taatagttaggatttggtgtcaaatttaatt 42058516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 41695545 - 41695386
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||  |||  || ||||||||  ||||||  | ||||||||||||||  || ||||||||||||   | |    
T  41695545 agaaaaaagaataaattatttctaaaaataaaaaatgggccacttgatcaaacatgtgaacacttaatgaattgatggaagccgttagattaaaaccgta 41695446  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  41695445 ttaataattaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatc 41695386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 41696015 - 41696174
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||   ||| ||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||   | |    
T  41696015 agaagaaagaataaattattttaaaaaataaaggatgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgggagccgttagattaaaaccgta 41696114  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||   || |||||| ||||||||||||||  ||||||| || |||||||||| ||||    
T  41696115 ttaatagctaagatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtatcatttgatcctatc 41696174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 28 - 185
Target Start/End: Original strand, 4158504 - 4158665
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |   |||||||||| || ||||||| | ||||| |||| |||  |  |||||||||||| |||    
T  4158504 agagatgaaagaataaattatttctaaaattaaaagatatgtcatttgatcaaacatgtgagcacttaataaattaatggaaaccgttagattaaaattg 4158603  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacct-tgtgtcatttgatcatatc 185  Q
     |||||||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||    
T  4158604 tattaatggctaggatttggtgtcaaatttaatttgacacctaagtgtcatttgatcctatc 4158665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 31915272 - 31915171
Alignment:
Q  81 tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acaccttgtgtcatttga 178  Q
    |||||||| | ||||| |||| ||||||  ||||||||||||   | |||||||| ||  ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  31915272 tatgtgagcacttaataaattaatgagaaccgttagattaaaaccgtattaatgactagaatttggtgtcaaatttaatttgacaccttgtgtcatttga 31915173  T
Q  179 tc 180  Q
    ||    
T  31915172 tc 31915171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 30 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 29212155 - 29212062
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaa 122  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  29212155 agaagaaataataaattatttctaaaaataaaagatgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgggagctgttagattaaa 29212062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 28 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 4157934 - 4157900
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaa 62  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4157934 agagaagaaagaataaattatttctaaaattaaaa 4157900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 156
Target Start/End: Original strand, 24377843 - 24377971
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||  ||| |||||| |||||  ||||||  | |||| |||||||| ||||  |||||||||||  |     
T  24377843 agagaagaaagaatagattgtttctaaaattaaaaggtggttcattt-atcaagcatgtgatcacttaacgaattgattagagctgttagattaaaacta 24377941  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtcaaattt 156  Q
     |||||||| || |||||||||| ||||||    
T  24377942 tattaatgaataagatttgatgttaaattt 24377971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 126 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 52362802 - 52362743
Alignment:
Q  126 ggattaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acaccttg-tgtcatttgatcat 182  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  52362802 ggattaatggttaaaatttgatgtcaaatttaatttaacaccttgatgtcatttgatcat 52362743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155 (Bit Score: 69; Significance: 9e-31; HSPs: 2)
Name: scaffold0155
Description:

Target: scaffold0155; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 28 - 151
Target Start/End: Original strand, 1674 - 1798
Alignment:
Q  28 agagaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttg 126  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||     
T  1674 agagaagaaagaatattttatttctaaaattaaaatttgcatcatttgatcaagtatttgagtatttaatgaattgatgagagacgtcggattaaagttt 1773  T
Q  127 gattaatgattatgatttgatgtca 151  Q
    |||||||| |||||||||| |||||    
T  1774 gattaatggttatgatttggtgtca 1798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 1154 - 992
Alignment:
Q  32 aagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggatta 131  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| |  |  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||    
T  1154 aagaaagaataaattatttctaaaattaaagtttggatcatttca--agcatgtgagcatttaataaattgatgagagacgttggattaatgttgaatta 1057  T
Q  132 atgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||| ||| |||||| ||||||||||||||  |||| || ||||||||||||| |||| |||||||    
T  1056 atggttaggatttggtgtcaaatttaatttgacactttggtgtcatttgatcctatcccatatat 992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 49; Significance: 8e-19; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 30 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 105671 - 105504
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||  ||| ||||||||  ||||||  |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||   | |    
T  105671 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaagatgcgtcacttgatcaagcatgtgaacacataatgaattgatgggagccgttagattaaaaccgta 105572  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    |||||| ||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  105571 ttaatggttaagatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatcccatatat 105504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Original strand, 106184 - 106343
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||| | | |||||||||||    | |    
T  106184 agaataaagaataaattatttctaaaaataaaagatggatcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgaattgatgggcgccgttagattaagcccgta 106283  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    |||||| ||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  106284 ttaatggttaggatttggtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcatatc 106343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0301 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0301
Description:

Target: scaffold0301; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 30 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 20889 - 20724
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatc-aatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||| |||||| || ||||||  | |||||||||| ||  ||| | |||||||||| | | |    
T  20889 agaagaaagaataaattatttctaaaattaaaaggtggatcacttgatcaaacatgtgatcacttaatgaattaat--gagccattagattaaaatagta 20792  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    ||||||  || |||||  ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  20791 ttaatggctaggatttagtgtcaaatttaatttgacaccttggtgtcatttgatcctatctcatatat 20724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0188
Description:

Target: scaffold0188; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 25775 - 25616
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaat-atgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttgga 128  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |   ||| ||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||  || |    
T  25775 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaacatttgtcacttgatcaagcatgtgaacacttaatgaattgatgagagacgttagattaaaactgta 25676  T
Q  129 ttaatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatc 185  Q
    ||||||  |  |||||| ||||||||||||||  |||| || ||||||||||||| ||||    
T  25675 ttaatggctgggatttggtgtcaaatttaatttgacacattggtgtcatttgatcctatc 25616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0853 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0853
Description:

Target: scaffold0853; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 771 - 609
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaatatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaagttggat 129  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||    |||||| | ||||||| || ||| ||| ||||||||||||   | ||    
T  771 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaaggtggatcacttgatc----tgtgagcacttaatgagtttatgggagccgttagattaaaaccgtat 676  T
Q  130 taatgattatgatttgatgtcaaatttaatt--acacctt-gtgtcatttgatcatatctcatatat 193  Q
    |||||  || ||| || ||||||||||||||  |||| || ||||||||||||| |||| |||||||    
T  675 taatggctaggatctggtgtcaaatttaatttgacacattggtgtcatttgatcctatcccatatat 609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0853; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 122
Target Start/End: Original strand, 2219 - 2312
Alignment:
Q  30 agaagaaagaataaattatttttaaaattaaaatttggctcatttgatcaa-tatgtgagaatttaatgaattgatgagagacgttagattaaa 122  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||| ||| ||||||||  ||||||| | ||||||| || |||  || ||||||||||||    
T  2219 agaagaaagaataaattatttctaaaaataaaaggtgggtcacttgatcaagcatgtgagcacttaatgagtttatggaagccgttagattaaa 2312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University