View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF19841_high_14 (Length: 472)
Name: NF19841_high_14
Description: NF19841
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF19841_high_14 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 463
Target Start/End: Original strand, 39211059 - 39211524
Alignment:
| Q |
1 |
ctcttattatttgccttgtgtactttctgctaccaagttgggtattgaggaaatattatcattatcttcggtatgagtatagtctttgatatgctatcta |
100 |
Q |
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| T |
39211059 |
ctcttattatttgccttgtgtactttctgctaccaagttgggtattgaggaaatattatcattatctttggtatgagtatagtctttgatatgctatcta |
39211158 |
T |
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| Q |
101 |
tttgttacttcatatgctatcaatttt-gagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaatat--tattctcccttatgaactttt |
197 |
Q |
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| T |
39211159 |
tttgttacttcatatgctatcaatttttgagttcctgcatctgagatcaattcttataattatgagatttggaatatattattctcccttatgaactttt |
39211258 |
T |
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| Q |
198 |
tcaattctttgcatataagaaaaacagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttcatcctgcatctgttacaattaagaacatgtgttaatt |
297 |
Q |
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| T |
39211259 |
tcaattctttgcatataagaaaaacagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttcatcctgcatctgttacaattaagaacatgtgtcaatt |
39211358 |
T |
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| Q |
298 |
gccctgcagctgttacatccaatttaagtagnnnnnnntgaaacaaatttatgatatcagctatatagtttttccactgcaacatctgttgtcaagattc |
397 |
Q |
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| T |
39211359 |
gccctgcagctgttacatccaatttaagtagaaaaaaatgaaacaaatttatgctatcagctatatagtttttccactgcaacatctgttgtcaagattc |
39211458 |
T |
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| Q |
398 |
aattagacatagtgaaattgacttaagtacattatactttcttatgactatgctttatagtattat |
463 |
Q |
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| T |
39211459 |
aattagacatagtgaaattgacttaagtacattatactttcttatgactatgctttattgtattat |
39211524 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 27509877 - 27509416
Alignment:
| Q |
1 |
ctcttattatttgccttgtgtactttctgctaccaagttgggtattgaggaaatattatcattatcttcggtatgagtatagtctttgatatgctatcta |
100 |
Q |
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| T |
27509877 |
ctcttattatttgccttgtgtactttctgctacgaagttgggtattaaggaaatactatcattatctttggtatgagta--gtctttgatatgctttcta |
27509780 |
T |
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| Q |
101 |
tttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaatattattct-cccttatgaactttttc |
199 |
Q |
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| T |
27509779 |
tttgttacttcatatgctatcaattttgagttcatgcatatgagttaaattctcataattatgagatttggaatattattcttcccttatgaactttttc |
27509680 |
T |
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| Q |
200 |
aattctttgcatataagaaaaacagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttcatcctgcatctgttacaattaagaacatgtgttaattgc |
299 |
Q |
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| T |
27509679 |
aattctttgcatataagaaaaatagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttcatcctgcatctgttacaattaagaacatgtgtcaattgc |
27509580 |
T |
|
| Q |
300 |
cctgcagctgttacatccaatttaagtagnnnnnnntgaaacaaatttatgatatcagctatatagtttttccactgcaacatctgttgtcaagattcaa |
399 |
Q |
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| T |
27509579 |
cctgcagctgttacatccaatttaagtagaaaaaaatgaaacaaatttatactatcagttatatagtttttcccctgcaacatctgttgtcaagattcaa |
27509480 |
T |
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| Q |
400 |
ttagacatagtgaaattgacttaagtacattatactttcttatgactatgctttatagtattat |
463 |
Q |
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| T |
27509479 |
ttagacatagtgaaattgactctagtacattatactttcttatgactatgctttattgtattat |
27509416 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 462
Target Start/End: Original strand, 27271527 - 27271994
Alignment:
| Q |
1 |
ctcttattatttgccttgtgtactttctgctaccaagttgggtattgaggaaatattatcattatcttcggtatgagtatagtctttgatatgctatcta |
100 |
Q |
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| T |
27271527 |
ctcttattagttgccttatgtactttctgctgccaagttcggcattaaggaaaaattatcattatctttggtataagtatagtcttcgatatgttatcca |
27271626 |
T |
|
| Q |
101 |
ttt-gttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaatattattc-tcccttatgaacttttt |
198 |
Q |
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| T |
27271627 |
ttttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgaattcaattctcataattatgacatttgaaatatcattcttcccttatgaacttttt |
27271726 |
T |
|
| Q |
199 |
caattctttgcatataagaaaaacagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttca--tcctgcatctgttacaattaagaacatg-tgttaa |
295 |
Q |
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| T |
27271727 |
aaattctttgcatacaagaaactcagcgcctcaattatgtatttcttaagctatcaattttcagttcttgcatctgttacaattaagatgatgatgacaa |
27271826 |
T |
|
| Q |
296 |
--ttgccctgcagctgttacatccaatttaagtagnnnnnnntgaaacaaatttatgatatcagctatatagtttttccactgcaacatctgttgtcaag |
393 |
Q |
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| T |
27271827 |
acattcactgcagctgttacatccaatttaggtag-aaaaaatgaaacatatttatactatcagctatatagtttttccactgcaacatctgttgtgaag |
27271925 |
T |
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| Q |
394 |
attcaattagacatagtgaaattgacttaagtacattatactttcttatgactatgctttatagtatta |
462 |
Q |
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| T |
27271926 |
attcaattagacacagtgaaatagacttaaatacattatactttcttatgactatgctttattgtatta |
27271994 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 29707329 - 29706863
Alignment:
| Q |
1 |
ctcttattatttgccttgtgtactttctgctaccaagttgggtattgaggaaatattatcattatcttcggtatgagtatagtctttgatatgctatcta |
100 |
Q |
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| T |
29707329 |
ctcttattagttgccttatgtactttctgctaccaagttgggtattaaggaaaaattatcattatctttggtataagtatagtcttcgatatgttatcta |
29707230 |
T |
|
| Q |
101 |
tttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaatattattc-tcccttatgaactttttc |
199 |
Q |
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| T |
29707229 |
tttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgaattcaattctcataattatgagatttgaaatatcattcttcccttatgaacttttta |
29707130 |
T |
|
| Q |
200 |
aattctttgcatataagaaaaacagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttca--tcctgcatctgttacaattaagaacatg-tgttaa- |
295 |
Q |
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| T |
29707129 |
aattctttgcatacaagaaacttagcgcctcaattatgtacttcttaagctatcaattttcagttcttgcatctgttacaattaagaagatgatgaaaaa |
29707030 |
T |
|
| Q |
296 |
-ttgccctgcagctgttacatccaatttaagtagnnnnnnntgaaacaaatttatgatatcagctatatagtttttccactgcaacatctgttgtcaaga |
394 |
Q |
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| | |||||| ||||||||| |||||| |||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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| T |
29707029 |
cattcactgcagttgttacatctaatttaggtagaaaaaatt-aaacatatttatactatcagctatatagtttttccactgcaacatctgttgtgaaga |
29706931 |
T |
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| Q |
395 |
ttcaattagacatagtgaaattgacttaagtacattatactttcttatgactatgctttatagtatta |
462 |
Q |
| |
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| T |
29706930 |
ttcaattagacacagtgaaatagacttaaatacattatactttcttatgactatgctttattgtatta |
29706863 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 4 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 42093418 - 42092950
Alignment:
| Q |
4 |
ttattatttgccttgtgtacttt-ctgctaccaagttgg----gtattgaggaaatattatcattatcttcggtatgagtatagtctttgatatgctatc |
98 |
Q |
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| T |
42093418 |
ttattagttgccttatgtacttttctgctaccaagttggttgggtattaaggaaaaattatcattatctttggtagaagta--gtctttgatatgctatc |
42093321 |
T |
|
| Q |
99 |
tatttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaatatta-ttctcccttatgaactttt |
197 |
Q |
| |
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| T |
42093320 |
tatttgttacttcttatgctatcaattttgagttcctgcatctgagttcatttctcataattatgagatttggaatatcatttgtcccttatgaactttc |
42093221 |
T |
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| Q |
198 |
tcaattctttgcatataagaaaaacagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttca--tcctgcatctgttacaattaagaacat--gtgtt |
293 |
Q |
| |
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| T |
42093220 |
tcaattctttgcatataagaaaaatagtgcttcaattatgtacttcaaatgctatcaattttgagttcatgcatatgttacaattaggcacatgagtatc |
42093121 |
T |
|
| Q |
294 |
aattgccctgcagctgttacatccaatttaagta-gnnnnnnntgaaacaaatttatgatatcagctatatagtttttccactgcaacatctgttgtcaa |
392 |
Q |
| |
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|
| T |
42093120 |
aattgccctgtggctgttacatccaatttcagtaggaaaaaaatgaaacaaatttataccatcagctttatagtttttccactgcagcacatgttgtcaa |
42093021 |
T |
|
| Q |
393 |
gattcaattagacatagtgaaattgacttaagtacattatactttcttatgactatgctttatagtattat |
463 |
Q |
| |
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| T |
42093020 |
gattcaattaaacatagtgaaatagacttaaatatattataccttcttatgactatactttactgtattat |
42092950 |
T |
|
Back To:
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