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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19842_low_1 (Length: 936)

Name: NF19842_low_1
Description: NF19842
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19842_low_1
NF19842_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (15-921)||(18275401-18276311)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 800; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 800; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 921
Target Start/End: Original strand, 18275401 - 18276311
Alignment:
Q  15 acagacgagaaagaatgagtagtaccccaggaaaagtctctccttgcagcaagtatcggatattcaaatcaagtgttcctacaacactttttattatcga 114  Q
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T  18275401 acagacgagaaagaacgagtagtaccccaggaaaagtctctccttgcagcaagtatcggatattcaaatcaagtgttcctacaacactttttattatcga 18275500  T
Q  115 gcgctttacattcttctgctcctttctcacctgataaacataaatccaaacaccgtaagtcgaatcatactcaaggaaaatcaactttcaaacagtaaat 214  Q
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T  18275501 gcgctttacattcttctgctcctttctcacctgataaacataaatccaaacaccgtaagtcgaatcatactcaaggaaaatcaactttcaaacagtaaat 18275600  T
Q  215 aactcaacaaagttagagctttaatcgaagttagagctttaaattatatatattt----tttcaacctgaannnnnnn-aactagatcagaatctcagat 309  Q
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T  18275601 aactcaacaaagttagagctttaatcgaagttagagctttaaattatatatatatatattttcaacctgaattttttttaactagatcagaatctcagat 18275700  T
Q  310 gagattgatttaccgcgataatgcatgcgcagctgtccccattttgcaccttgcaccgcttttttaccgcattaaattcctaaacaatagggattcttgt 409  Q
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T  18275701 gagattgatttaccgcgataatgcatgcgcagctgtccccattttgcaccttgcaccgcttttttaccgcattaaattcctaaacaatagggattcttgt 18275800  T
Q  410 taaattttcatgaaagacactccaatgtatacaataccaagtaaggaaattaagcgctgccaactcctacctggtcagcaaatttccttttgtagatatc 509  Q
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T  18275801 taaattttcatgaaagacactccaatgtatacagtactaagtaaggaaattaagcgctgccaactcctacctggtcagcaaatttccttttgtagatatc 18275900  T
Q  510 aatatatctnnnnnnnnnnncataatcgcagttagtactacccaaattcttacctattgttaatcaagtcaaatgatttacacccacaaccggtagggtc 609  Q
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T  18275901 aatatatctaaaaaaaaaa-cataatcgcagttagtactacccaaattcttacctattgttaatcaagtcaaatgatttacacccacaaccggtaggttc 18275999  T
Q  610 attcagattacttcctatattctactatttacaaaactgattattgacattatccatcttgatctggtttatagtttgttctcaattcaagtaccacaat 709  Q
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T  18276000 attcagattacttcctatattctactatttacaaaactgattattgacattatccatcttgatctggtttatagtttgttctcaattcaagtaccacaat 18276099  T
Q  710 ttgctcaacataagttttacacaatttttcaattcattctacagaatccttatgcatgaaaaaacattggagatttgtgatgtattttgtatcatacctt 809  Q
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T  18276100 ttgctcaacataagttttacacattttttcaattcattctacagaatccttatgcatgaaaaaacattggagatttgtgatgtattttgtatcatacctt 18276199  T
Q  810 tcatatgttcgattctcccaatgactttctgctcgtagccaggctgctgtctaccacataattcaaaaacatacaaataaataaaagaaaatatattttg 909  Q
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T  18276200 tcatatgttcgattctcccaatgactttctgctcgtagccaggctgctgtctaccacataattcaaaaacttacaaataaataaaagaaaatatattttg 18276299  T
Q  910 tgtaatattatt 921  Q
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T  18276300 tgtaatattatt 18276311  T

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