View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19846_low_1 (Length: 586)

Name: NF19846_low_1
Description: NF19846
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19846_low_1
NF19846_low_1
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (24-570)||(5161619-5162166)
chr4 (185-570)||(4855083-4855468)
chr4 (204-570)||(5215446-5215811)
chr4 (205-570)||(5197301-5197665)
chr4 (207-570)||(5183902-5184264)
chr4 (219-566)||(4840618-4840958)
chr4 (235-566)||(5174564-5174888)
chr4 (25-161)||(4854917-4855058)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 5162166 - 5161619
Alignment:
Q  24 caacaacaattcttcttctgattgctattagagtctgacaacagagtaattagataagcattaatatgaagaaagnnnnnnncataataatgtattcaat 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  5162166 caacaacaattcttcttctgattgctattagagtctgacaacagagtaattagataagcattaatatgaagaaagaaaaaaacataataatgtattcaat 5162067  T
Q  124 agcttcaaatcaaacaactgcagacaagtacatcacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagcttaaaatcatgtccagcatcaaactgtctgaaatt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5162066 agcttcaaatcaaacaactgcagacaagtacatcacacaaaaaacaatgaaaaaataaaaagagcttaaaatcatgtccagcatcaaactgtctgaaatt 5161967  T
Q  224 aacgataaatataaaaattacaatatccaaatatttgagactcaacgtaaagtttcaacaggtactacggacactcttcagtacaatggaaaagttggnn 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||      
T  5161966 aacgataaatataaaaattacaatatccaaatatttgagactccacgtaaagtttcaacaggtactacgtacactcttcagtacaatggaaaagttggaa 5161867  T
Q  324 nnnnnntacgtgcaaatttactaatgtaataaaaccaagccataccgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaaggccaacaatattgttatgt 423  Q
            |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161866 aaaaaaatcgtgcaaacttactaatgtaataaaaccaagccatac-gccaacgagcattgatacacaacactgttacgaaggccaacaatattgttatgt 5161768  T
Q  424 aagatgctgt-gaaac-tccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttgacacct 521  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161767 aagatgctgtagaaacctccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttgacacct 5161668  T
Q  522 tcacactttcggtcgaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgt 570  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161667 tcacactttcggtcgaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgt 5161619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 185 - 570
Target Start/End: Original strand, 4855083 - 4855468
Alignment:
Q  185 gagcttaaaatca--tgtc-cagcatcaaactgtctgaaattaacgataaatataaaaattacaatatccaaatatttgagactcaacgtaaagtttcaa 281  Q
    |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  4855083 gagcttaaaatcaaatgtctcagcatcaaactgtctgaaattaaagttaaatataaaaattacaatacccaaatatttgagactccacataaagtttcaa 4855182  T
Q  282 caggtactacggacactcttcagtacaatggaaaagttggnnnnnnnntacgtgcaaatttactaatgtaataaaaccaagccataccgccaacgagcat 381  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||        ||| | |||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||| | ||    
T  4855183 caggtactacggacactctttaatacaatggaaaagttggaaaaaagatacctacaaacttactaatgtaataaaaccaggccaaac-gccaacgtggat 4855281  T
Q  382 tgatacacaacactgttacgaaggccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttc 481  Q
    |||| ||  ||||||||| ||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4855282 tgatgca--acactgttatgaaggtcagtagtattgttatgtaagatggtgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttc 4855379  T
Q  482 attgtcattggattgtgatgatggtgaagacttgacaccttcacactttcggtcgaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgt 570  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  4855380 attgtcattggattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagatcgggattacctctgt 4855468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 204 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 5215811 - 5215446
Alignment:
Q  204 gcatcaaactgtctgaaattaacgataaatataaaaattacaatatccaaatatttgagactcaacgtaaagtttcaacaggtactacggacactcttca 303  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||||||||||||| |  || |||||||||||    
T  5215811 gcatcaaactgtctgaaattaaaggtaaatataaaaattacaatatccaaatatttgagacttcacttgaagtttcaacaggaataacagacactcttca 5215712  T
Q  304 gtacaatggaaaagttggnnnnnnnntacgtgcaaatttactaatgtaataaaaccaagccataccgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaa 403  Q
     ||||||||||| |||||        ||||   ||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||  ||||||||||||| |||    
T  5215711 atacaatggaaacgttggaaaaattttacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatac-gccaacgtggattgacgcacaacactgttatgaa 5215613  T
Q  404 ggccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgat 503  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||     
T  5215612 ggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgtcattggattgtgatgaa 5215513  T
Q  504 ggtgaagacttgacaccttcacactttcggtcgaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgt 570  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5215512 ggtgaagactcgacacgttcacacttttgatagaggagtggtccacaaagaccgggattacctctgt 5215446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 205 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 5197665 - 5197301
Alignment:
Q  205 catcaaactgtctgaaattaacgataaatataaaaattacaatatccaaatatttgagactcaacgtaaagtttcaacaggtactacggacactcttcag 304  Q
    ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||| || |||||||||     
T  5197665 catcaaattgtctgaaattaaaggtaaatataaaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaa 5197566  T
Q  305 tacaatggaaaagttggnnnnnnnntacgtgcaaatttactaatgtaataaaaccaagccataccgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaag 404  Q
    |||||||||||||||||        ||||   ||| ||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||    
T  5197565 tacaatggaaaagttggaaagaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatgc-gccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaag 5197467  T
Q  405 gccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatg 504  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5197466 gccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcctcttcttcattgtcattggattgggatgatg 5197367  T
Q  505 gtgaagacttgacaccttcacactttcggtcgaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgt 570  Q
    ||| || || ||||| ||||||||||||   |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  5197366 gtggaggctcgacacgttcacactttcgactgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgt 5197301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 207 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 5184264 - 5183902
Alignment:
Q  207 tcaaactgtctgaaattaacgataaatataaaaattacaatatccaaatatttgagactcaacgtaaagtttcaacaggtactacggacactcttcagta 306  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||    
T  5184264 tcaaactgtctggaattaacggtaaatataaaaaatacagtatccaaatattttagactccacataaagtttcaacaggaactatggacactcatcaata 5184165  T
Q  307 caatggaaaagttggnnnnnnnntacgtgcaaatttactaatgtaataaaaccaagccataccgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaaggc 406  Q
     |||||||||| |||        ||||   ||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| | |||||| |||| ||||||    
T  5184164 taatggaaaagatggaaagaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatac-gccaacgtggattgatgcccaacacagttatgaaggc 5184066  T
Q  407 caacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggt 506  Q
    ||| | |||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| || |||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  5184065 caatagtattgtaatataagatgttatgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttgcttttctccattgtcattggattgtgatgaaggt 5183966  T
Q  507 gaagacttgacaccttcacactttcggtcgaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgt 570  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| | |  ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  5183965 gaagactcgacacgttcacacttttgatttaggagttgtccgcaaagaccgggattacctctgt 5183902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 219 - 566
Target Start/End: Original strand, 4840618 - 4840958
Alignment:
Q  219 aaattaacgataaatataaaaattacaatatccaaatatttgagactcaacgtaaagtttcaacaggtactacggacactcttcagtacaatggaaaagt 318  Q
    ||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| |||      || |||||||||| | ||||||||||||||    
T  4840618 aaattaaagctaaagataaaaattacaatatccaaatattttagactccacataaagtttaaac------tatggacactctttaatacaatggaaaagt 4840711  T
Q  319 tggnnnnnnnntacgtgcaaatttactaatgtaataaaaccaagccataccgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaaggccaacaatattgt 418  Q
    |||        ||||   ||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  4840712 tggaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatac-gccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggctaacaatattgt 4840810  T
Q  419 tatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttgaca 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||| |||| | | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  4840811 tatgtaagatgctgtgaaactccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgaca 4840910  T
Q  519 ccttcacactttcggtcgaggagtgatccacaaagaccgggattacct 566  Q
      |||||||||||| | ||||| || |||||||||||| |||||||||    
T  4840911 tgttcacactttcgattgaggaatggtccacaaagaccaggattacct 4840958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 235 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 5174888 - 5174564
Alignment:
Q  235 taaaaattacaatatccaaatatttgagactcaacgtaaagtttcaacaggtactacggacactcttcagtacaatggaaaagttggnnnnnnnntacgt 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||      || |||||||||||| |||||||||||||||||        ||||     
T  5174888 taaaaattacaatatccaaatatttgagactccacataaagtttaaac------tatggacactcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgc 5174795  T
Q  335 gcaaatttactaatgtaataaaaccaagccataccgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaaggccaacaatattgttatgtaagatgctgtg 434  Q
      ||| ||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174794 ataaacttactgatataataaaaccaggccatac-gccaacgtggattgatgcacaaaactgttatgagggccaacaatattgttatgtaagatgctgtg 5174696  T
Q  435 aaactccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttgacaccttcacactttcggt 534  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||| |||| | | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||| |    
T  5174695 aaactccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactttcgat 5174596  T
Q  535 cgaggagtgatccacaaagaccgggattacct 566  Q
     || || || |||||||||||| |||||||||    
T  5174595 tgacgaatggtccacaaagaccaggattacct 5174564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 25 - 161
Target Start/End: Original strand, 4854917 - 4855058
Alignment:
Q  25 aacaacaattcttcttctgattgctattagagtctgacaac--agagt-aattagataagcattaatatgaaga--aagnnnnnnncataataatgtatt 119  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||        ||||||||  ||||    
T  4854917 aacaacaattcttcttttgattgctattacaaactgacaacatagagtaaattatataagcattaatatgaagaagaaaaaaaaaacataataacatatt 4855016  T
Q  120 caatagcttcaaatcaaacaactgcagacaagtacatcacac 161  Q
    |||||| || ||||||||| | | ||||||||||||||||||    
T  4855017 caatagttttaaatcaaaccaatacagacaagtacatcacac 4855058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University