View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19847_low_2 (Length: 566)

Name: NF19847_low_2
Description: NF19847
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19847_low_2
NF19847_low_2
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (17-551)||(15040044-15040578)
chr1 (41-434)||(15016520-15016910)
chr1 (77-431)||(14522977-14523328)
chr1 (192-513)||(15001433-15001754)
chr1 (33-551)||(14503270-14503785)
chr1 (33-418)||(15024538-15024920)
chr1 (33-418)||(15031879-15032261)
chr1 (33-512)||(14467130-14467606)
chr1 (40-510)||(14533061-14533528)
chr1 (192-434)||(15010405-15010647)
chr1 (192-418)||(15036441-15036667)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (40-511)||(5819-6287)
scaffold0400 (40-519)||(12099-12575)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (40-511)||(6463-6931)
scaffold0365 (40-519)||(12742-13218)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (326-373)||(17847997-17848044)
chr7 (340-440)||(14605297-14605397)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 487; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 15040578 - 15040044
Alignment:
Q  17 agatagcaacctccttcaatgaggcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcc 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040578 agatagcaacttccttcaatgaggcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcc 15040479  T
Q  117 tagctcctttggaatttctcctgttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaa 216  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040478 tagctccattggaatttctcctgttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaa 15040379  T
Q  217 ttattgttggagattttaaggcttatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaattttattaccactcaattccatgcagtaca 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15040378 ttattgttggagattttaaggcttatgagattcttgcgttttccccaattaggtgaaatatggccaaaatatttattaccactcaattccatgtagtaca 15040279  T
Q  317 agtttggacacacaccaaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttgg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040278 agtttggacacacaccaaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaagtctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttgg 15040179  T
Q  417 aattggacctgtgaactgattatttctagccgagaacacagttaactttccactattacatatattgtgaggtaaatgacctatgaaattattatcacct 516  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15040178 aattggacctgtgaactgagtatttctagccgagaacacagttaactttccactactacatatattgggaggtaaatgacctatgaaattattatcacca 15040079  T
Q  517 aactgcagaatcttcaatttgttaagcctattcat 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040078 aactgcagaatcttcaatttgttaagcctattcat 15040044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 41 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 15016910 - 15016520
Alignment:
Q  41 caatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcctagctcctttggaatttctcctgt 140  Q
    |||||||| |||||||||| || ||||  | |||| |||||| ||||||||    ||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||  || ||    
T  15016910 caatttgttcaggaacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagttt---gatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgt 15016814  T
Q  141 tagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattttaaggctt 240  Q
     || || || || ||||| | ||||  ||||||||| ||||| |   | | |||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15016813 aagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatgcttcctgtcaaattattgttggagattttaaggctt 15016714  T
Q  241 atgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaattttattaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacaccaaagctat 340  Q
     |||||||||||    |||||||||| || ||||| || ||| | |  |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| ||||    
T  15016713 gtgagattcttgcactttccccaatttggagaaatttgaccatacaaattattatcactcaattccatgtagtccaagtttggatacacaccaaaactat 15016614  T
Q  341 ctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaactg 434  Q
     ||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||| |||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||    
T  15016613 ttgttatatttccagtcagttggttttgttcaagcctcagtctcttaaggcttgagcaattcttcaaactctctggaactaggcctgtgaactg 15016520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 77 - 431
Target Start/End: Original strand, 14522977 - 14523328
Alignment:
Q  77 tacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcctagctcctttggaatttctcctgttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaatt 176  Q
    ||||||||||||||||   ||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| | |||||||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  14522977 tacttatcgagagttg---gatcagtgcagataagtttcctagatcctttggaatttttcctataagttgatttgaggacaagtcaagtatatgtaaatt 14523073  T
Q  177 ggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattttaaggcttatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaata 276  Q
    ||||||  || |||||||| ||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||    | |||||||| || |||| |    
T  14523074 ggttgcttcagccaattctggtggtatgcttcctattaaattattattggagattttaaggcttgtcagattcttgcacttcccccaatttggagaaaga 14523173  T
Q  277 tggccaaaaattttattaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacaccaaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattc 376  Q
    |  ||| |||  |||||| |||| ||||| ||| ||| ||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |  | || |||||| | || ||    
T  14523174 taaccataaaaattattatcacttaattctatgtagtccaaatttggatacacaccaaaactatctgttatatttcctgtcattttgttttggttaagtc 14523273  T
Q  377 tcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaa 431  Q
    ||| |||  | || || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  14523274 tcaatcttataaggctagaacagttcttcaaactctctggaattggaccagtgaa 14523328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 192 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 15001754 - 15001433
Alignment:
Q  192 ttctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattttaaggcttatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaatttta 291  Q
    |||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    |||||||||| || |||| ||| ||| |||  |||    
T  15001754 ttctggtggtatgcttcctgtcaaattattgttggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaatta 15001655  T
Q  292 ttaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacaccaaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagac 391  Q
    ||| ||||||| |||||| | | ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||| | || |    
T  15001654 ttatcactcaaatccatgtattccaaatttggatacacaccaaagctgtctgttatatttccagtcagttggttttgttgaagtctcactctcgtaaggc 15001555  T
Q  392 ttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaactgattatttctagccgagaacacagttaactttccactattacatatattgtgaggtaa 491  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||| |||  |  | | | |||||   ||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||    
T  15001554 ttgagcaattcttcaaactctctggaactaggcctgtgaactggttaagtgcaacagtgaacatttttaacttcccaccgttacaaatattgtgaggtaa 15001455  T
Q  492 atgacctatgaaattattatca 513  Q
    |||||| |  ||||||||||||    
T  15001454 atgaccaacaaaattattatca 15001433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 14503785 - 14503270
Alignment:
Q  33 caatgaggcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcctagctcctttggaatt 132  Q
    |||||| |||||||||| |||||| || || ||||  | |||| |||||||||||||||    ||||||  |||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  14503785 caatgatgcaatttgtataggaacctctccagaaagatgattgttacttatcgagagttt---gatcaacaaagacaagtttcctagatcctttggaatt 14503689  T
Q  133 tctcctgttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattt 232  Q
    | ||| || || || || || ||||| | ||||  |||||||||  ||| | || |||||||| |||||||| | ||||||||||| || ||||||||||    
T  14503688 tttccagtaagatggtttgatgacaagttaagttcatgtaaattaattgtctcagccaattcttgtggtatatttcctgttaaattgttattggagattt 14503589  T
Q  233 taaggcttatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaattttattaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacacc 332  Q
    |||||||| ||||| |||||    |||||||||| ||||| | ||||||| | |  |||||  |||||||||||||| ||| ||| | |||| | |||||    
T  14503588 taaggcttgtgagactcttgcactttccccaatttggtgatagatggccatacaaattattttcactcaattccatgtagtccaaatgtggataaacacc 14503489  T
Q  333 aaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaac 432  Q
    ||| | |||||||||||||||||  | ||| |||| || ||  || |||||  | || || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||     
T  14503488 aaaaccatctgttatatttccagttaattgatttttttgaagcctaactctaataaggctggagcaattctttaaactctttggaattggccctgtgaat 14503389  T
Q  433 tgattatttctagccgagaacacagttaactttccactattacatatattgtgaggtaaatgacctatgaaattattatcacctaactgcagaatcttca 532  Q
    || ||||| ||||| | |||    || ||| |||||| |  ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||| ||| ||||    
T  14503388 tggttattactagcagtgaaatttgtcaacattccaccaacacaaatgttgtgaggtaaatggcctatgaaattattatcagataattgcaaaattttca 14503289  T
Q  533 atttgttaagcctattcat 551  Q
    | ||| | | |||||||||    
T  14503288 aattggttatcctattcat 14503270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 15024920 - 15024538
Alignment:
Q  33 caatgaggcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcctagctcctttggaatt 132  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || |||| || |||| |||||| ||||||||    ||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  15024920 caatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaaggtgattgttacttaacgagagttt---gatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 15024824  T
Q  133 tctcctgttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattt 232  Q
    | ||| ||||| || || || ||||| | |||    |||||||| ||||| |   | |  ||| ||||||| || ||||||||||||||    |||||||    
T  15024823 tttcccgttagatggtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgcgctgcctagctctggtggtattcttcctgttaaattattaccagagattt 15024724  T
Q  233 taaggcttatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaattttattaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacacc 332  Q
    |||||||| |||||||||||    |||||||||| || |||| ||| ||| |||  |||||| || |||| |||||| |||||||||||||| |||||||    
T  15024723 taaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacacc 15024624  T
Q  333 aaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttggaa 418  Q
    ||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||  |||||||| || || ||| | |||||||||||||||| |||||    
T  15024623 aaaactatttgttatatttccagtcagttggttttgatcaagcctcactcttttaaggcttaagcaattcttcaaactctctggaa 15024538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 15032261 - 15031879
Alignment:
Q  33 caatgaggcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcctagctcctttggaatt 132  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || |||| || |||| |||||| ||||||||    ||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  15032261 caatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaaggtgattgttacttaacgagagttt---gatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 15032165  T
Q  133 tctcctgttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattt 232  Q
    | ||| ||||| || || || ||||| | |||    |||||||| ||||| |   | |  ||| ||||||| || ||||||||||||||    |||||||    
T  15032164 tttcccgttagatggtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgcgctgcctagctctggtggtattcttcctgttaaattattaccagagattt 15032065  T
Q  233 taaggcttatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaattttattaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacacc 332  Q
    |||||||| |||||||||||    |||||||||| || |||| ||| ||| |||  |||||| || |||| |||||| |||||||||||||| |||||||    
T  15032064 taaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaattattatcattcaagtccatgtagtacaagtttggatacacacc 15031965  T
Q  333 aaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttggaa 418  Q
    ||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||  |||||||| || || ||| | |||||||||||||||| |||||    
T  15031964 aaaactatttgttatatttccagtcagttggttttgatcaagcctcactcttttaaggcttaagcaattcttcaaactctctggaa 15031879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 33 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 14467606 - 14467130
Alignment:
Q  33 caatgaggcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcctagctcctttggaatt 132  Q
    |||||| |||| |||| |||||||||| |||||||  | |||| |||||| |||||||||   ||||||  |||||||| |  |||||||||||||||||    
T  14467606 caatgatgcaacttgtgcaggaacttctcctgaaagatgattgttacttaccgagagttg---gatcaacaaagataagctttctagctcctttggaatt 14467510  T
Q  133 tctcctgttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattt 232  Q
    | ||| || || || || || ||||  |  |||  ||||||||| ||||| |   | | |||| | ||||| || ||||||||||| || ||| ||||||    
T  14467509 tttcccgtaagatggtttgaagacaggtttagttcatgtaaatttgttgctcggcctagttctggcggtatgcttcctgttaaattgttattgaagattt 14467410  T
Q  233 taaggcttatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaattttattaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacacc 332  Q
    |||||| | |||||||| ||  | |||||||||| ||||| | ||||||| | |  |||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||  ||| ||    
T  14467409 taaggcatgtgagattcatgcattttccccaattcggtgatagatggccatacaaattattatcactcaattccatgtagtccaattttggatgcacgcc 14467310  T
Q  333 aaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaac 432  Q
    ||||  ||| ||||||||  |||  ||||| ||||||| ||  || ||||| |  || || || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  14467309 aaaggcatcagttatattgtcagttagttgattttgttgaagccttactctataaaggctagagcagttcttcaaactctttggaattgggcctgtgaat 14467210  T
Q  433 tgattatttctagccgagaacacagttaactttccactattacatatattgtgaggtaaatgacctatgaaattattatc 512  Q
    || ||||| || || ||||||  |||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14467209 tggttattgctggcggagaaccaagttaactttccaccagcacatatgttgtgaggtaaatgacctgtgaaattattatc 14467130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 40 - 510
Target Start/End: Original strand, 14533061 - 14533528
Alignment:
Q  40 gcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcctagctcctttggaatttctcctg 139  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||  | |||| || ||||||||||||    ||| ||  |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| |    
T  14533061 gcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagttt---gattaacaaagataagtttcctagctcctctggaatttttccag 14533157  T
Q  140 ttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattttaaggct 239  Q
    | || || || || |||| || ||||   ||||| |  ||||| ||| | | |||| | ||||| || || |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  14533158 taagatggtttgaagacagattaagttcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgaggtatgcttccagttaaattattgttggagatttgaagact 14533257  T
Q  240 tatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaattttattaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacaccaaagcta 339  Q
    | |||| ||||||    | |||||||| ||||| ||||||||| |||  |||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||| |||| ||||||  |    
T  14533258 tgtgagtttcttgcacttaccccaatttggtgatatatggccataaaaattattatcactcaattccatgtagtccaaatttggatacacgccaaaggca 14533357  T
Q  340 tctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaactgattat 439  Q
    || ||||||||  |||  | ||| ||||||| || ||| |||||  | ||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||    
T  14533358 tcagttatattgtcagttatttgattttgttgaagtcttactctgataagactggagcacttcttcaaactctttggaattgggcctgtgaattggttat 14533457  T
Q  440 ttctagccgagaacacagttaactttccactattacatatattgtgaggtaaatgacctatgaaattatta 510  Q
    | || || ||||||  ||||||||||| || |  ||| || ||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  14533458 tgctggcggagaacttagttaactttctaccagcacaaatgttgagaggtaaatgacctgtgaaattatta 14533528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 192 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 15010647 - 15010405
Alignment:
Q  192 ttctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattttaaggcttatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaatttta 291  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||||||    |||||||| |||||| ||||| |||||    |||||||||| || |||| ||| ||| |||  |||    
T  15010647 ttctggtggtattcttcctgttaaattattaccagagatttttaggcttgtgagaatcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaatta 15010548  T
Q  292 ttaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacaccaaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagac 391  Q
    ||| |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||| |||| | || |    
T  15010547 ttatcactcaattccatgtagtccaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtaagttggttttgatcaagcctcagtctcgtaaggc 15010448  T
Q  392 ttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaactg 434  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||    
T  15010447 ttgagcaattcttcaaactctctggaactaggcctgtgaactg 15010405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 192 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 15036667 - 15036441
Alignment:
Q  192 ttctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattttaaggcttatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaatttta 291  Q
    |||| ||||||| || || |||||||||||   ||||||||| |||||| |||||||||||    |||||||||| || |||| ||| ||| |||  |||    
T  15036667 ttctggtggtattcttccagttaaattattaccggagatttttaggcttgtgagattcttgcactttccccaatttggagaaagatgaccataaaaatta 15036568  T
Q  292 ttaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacaccaaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagac 391  Q
    ||| ||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| | ||  |||| |||||  || |    
T  15036567 ttatcactcaagtccatgtagtccaagtttggatacacaccaaaactctctgttatatttccagtcagttggttttggttaagcctcaatctctcaaggc 15036468  T
Q  392 ttgaacaattcttcaaactctttggaa 418  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||    
T  15036467 ttgagcaattcttcaaactctctggaa 15036441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 40 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 6287 - 5819
Alignment:
Q  40 gcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcctagctcctttggaatttctcctg 139  Q
    ||||||||| |||||||||| |||  ||  | ||||||||||||| |||| ||   ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6287 gcaatttgttcaggaacttctcctacaagatgattgctacttatcaagagctg---gatcaatgaggataagtttcctagctcctttggaatttctcctg 6191  T
Q  140 ttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattttaaggct 239  Q
    | |||||||||||||| |  || |||| |  ||||||||||||  |  |||||||  ||||||| || |||| || |||||| ||| | | |||||||||    
T  6190 tgagttgattcgaggaaaggtccagtatagttaaattggttgcttcggccaattcgggtggtatgcttcctgatatattattattgaaaactttaaggct 6091  T
Q  240 tatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaattttattaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacaccaaagcta 339  Q
    | |||||||||||    |||||||||| || || | ||| ||| |||  |||||| |||||||||||||  | | ||| || ||| ||||||||||||||    
T  6090 tgtgagattcttgcactttccccaatttggagagagatgaccataaaaattattatcactcaattccatatattccaaattcggatacacaccaaagcta 5991  T
Q  340 tctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaactgattat 439  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||||||| || |||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||| | ||||  ||||||| ||||    
T  5990 tctgttatatttgcagtcagttggttttgttgaagtctcactctcttaaggcttgagcaattttttaaactctttggaactagaccaatgaactggttat 5891  T
Q  440 ttctagccgagaacacagttaactttccactattacatatattgtgaggtaaatgacctatgaaattattat 511  Q
    | ||||  |||||   ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5890 tactagtggagaaacgagttaactttccactaacacatatattgtgaggtaaatgacctgtgaaattattat 5819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 40 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 12575 - 12099
Alignment:
Q  40 gcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcctagctcctttggaatttctcctg 139  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||  | |||| || ||||||||||||    ||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |    
T  12575 gcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagttt---gattaacaaagataagtttcctagctcctttggaatttttccag 12479  T
Q  140 ttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattttaaggct 239  Q
    | || || || || |||| || ||||   ||||| |  ||||| ||| | | |||| | ||||| || || |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  12478 taagatggtttgaagacagattaagttcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgcggtatgcttccagttaaattattgttggagatttgaagact 12379  T
Q  240 tatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaattttattaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacaccaaagcta 339  Q
    | |||| ||||||    | |||||||| ||||| ||||||||| |||  |||||| |||| ||||||||| ||  ||| | |||| | |||||||| | |    
T  12378 tgtgagtttcttgcacttaccccaatttggtgatatatggccataaaaattattatcacttaattccatgtagaccaaatgtggataaacaccaaaacca 12279  T
Q  340 tctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaactgattat 439  Q
    ||||||||||||||||  | ||| |||| || ||  || |||||  | || || || ||||||||||||||| |||||| |   |||||||| |||||||    
T  12278 tctgttatatttccagttaattgatttttttgaagcctaactctaataaggctggagcaattcttcaaactcattggaactaatcctgtgaaatgattat 12179  T
Q  440 ttctagccgagaacacagttaactttccactattacatatattgtgaggtaaatgacctatgaaattattatcacctaac 519  Q
    |    || | ||||  |  |||||||||||||  ||| || ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  12178 tggatgcagtgaaccaatataactttccactaacacaaatgttgtgcggtaattgacctgtgaaattattatcacctaac 12099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 40 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 6931 - 6463
Alignment:
Q  40 gcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcctagctcctttggaatttctcctg 139  Q
    ||||||||| |||||||||| |||  ||  | ||||||||||||| |||| ||   ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6931 gcaatttgttcaggaacttctcctacaagatgattgctacttatcaagagctg---gatcaatgaggataagtttcctagctcctttggaatttctcctg 6835  T
Q  140 ttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattttaaggct 239  Q
    | |||||||||||||| |  || |||| |  ||||||||||||  |  |||||||  ||||||| || |||| || |||||| ||| | | |||||||||    
T  6834 tgagttgattcgaggaaaggtccagtatagttaaattggttgcttcggccaattcgggtggtatgcttcctgatatattattattgaaaactttaaggct 6735  T
Q  240 tatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaattttattaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacaccaaagcta 339  Q
    | |||||||||||    |||||||||| || || | ||| ||| |||  |||||| |||||||||||||  | | ||| || ||| ||||||||||||||    
T  6734 tgtgagattcttgcactttccccaatttggagagagatgaccataaaaattattatcactcaattccatatattccaaattcggatacacaccaaagcta 6635  T
Q  340 tctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaactgattat 439  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||||||| || |||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||| | ||||  ||||||| ||||    
T  6634 tctgttatatttgcagtcagttggttttgttgaagtctcactctcttaaggcttgagcaattttttaaactctttggaactagaccaatgaactggttat 6535  T
Q  440 ttctagccgagaacacagttaactttccactattacatatattgtgaggtaaatgacctatgaaattattat 511  Q
    | ||||  |||||   ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6534 tactagtggagaaacgagttaactttccactaacacatatattgtgaggtaaatgacctgtgaaattattat 6463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 40 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 13218 - 12742
Alignment:
Q  40 gcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaagataagttgcctagctcctttggaatttctcctg 139  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||  | |||| || ||||||||||||    ||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |    
T  13218 gcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagttt---gattaacaaagataagtttcctagctcctttggaatttttccag 13122  T
Q  140 ttagttgattcgaggacaaatcaagtaaatgtaaattggttgccccaaccaattctagtggtatactccctgttaaattattgttggagattttaaggct 239  Q
    | || || || || |||| || ||||   ||||| |  ||||| ||| | | |||| | ||||| || || |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  13121 taagatggtttgaagacagattaagttcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgcggtatgcttccagttaaattattgttggagatttgaagact 13022  T
Q  240 tatgagattcttgtgtcttccccaattaggtgaaatatggccaaaaattttattaccactcaattccatgcagtacaagtttggacacacaccaaagcta 339  Q
    | |||| ||||||    | |||||||| ||||| ||||||||| |||  |||||| |||| ||||||||| ||  ||| | |||| | |||||||| | |    
T  13021 tgtgagtttcttgcacttaccccaatttggtgatatatggccataaaaattattatcacttaattccatgtagaccaaatgtggataaacaccaaaacca 12922  T
Q  340 tctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaactgattat 439  Q
    ||||||||||||||||  | ||| |||| || ||  || |||||  | || || || ||||||||||||||| |||||| |   |||||||| |||||||    
T  12921 tctgttatatttccagttaattgatttttttgaagcctaactctaataaggctggagcaattcttcaaactcattggaactaatcctgtgaaatgattat 12822  T
Q  440 ttctagccgagaacacagttaactttccactattacatatattgtgaggtaaatgacctatgaaattattatcacctaac 519  Q
    |    || | ||||  |  |||||||||||||  ||| || ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  12821 tggatgcagtgaaccaatataactttccactaacacaaatgttgtgcggtaattgacctgtgaaattattatcacctaac 12742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 326 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 17848044 - 17847997
Alignment:
Q  326 acacaccaaagctatctgttatatttccagcaagttggttttgttcaa 373  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17848044 acacaccaaagaaatctgttatatttccagaaagttggttttgttcaa 17847997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 340 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 14605397 - 14605297
Alignment:
Q  340 tctgttatatttccagcaagttggttttgttcaattctcactctctttagacttgaacaattcttcaaactctttggaattggacctgtgaactgattat 439  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |  ||  | |  || || |||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || ||||    
T  14605397 tctgttatatttccagtaagttggttttgttcaagtctaatcctaataatgctagagcaattcttcaaactctttggaactgagcctgtgaagtggttat 14605298  T
Q  440 t 440  Q
    |    
T  14605297 t 14605297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University