View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19848_low_13 (Length: 372)

Name: NF19848_low_13
Description: NF19848
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19848_low_13
NF19848_low_13
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (12-356)||(26086959-26087303)
chr7 (12-356)||(26110746-26111090)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (12-356)||(15821901-15822245)
chr6 (12-356)||(4498349-4498693)
chr6 (12-356)||(34307895-34308239)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (12-356)||(552548-552892)
chr5 (12-356)||(30282960-30283304)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 12 - 356
Target Start/End: Original strand, 26086959 - 26087303
Alignment:
Q  12 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26086959 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 26087058  T
Q  112 cgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcacaatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  26087059 cgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcacaatggtttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatc 26087158  T
Q  212 ttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacataga 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  26087159 ttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaaggcgacccgcataga 26087258  T
Q  312 tcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataac 356  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26087259 tcgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaac 26087303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 12 - 356
Target Start/End: Original strand, 26110746 - 26111090
Alignment:
Q  12 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26110746 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 26110845  T
Q  112 cgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcacaatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  26110846 cgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcacaatggtttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatc 26110945  T
Q  212 ttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacataga 311  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  26110946 ttaaccattgttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaaggcgacccgcataga 26111045  T
Q  312 tcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataac 356  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26111046 tcgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaac 26111090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 12 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 15822245 - 15821901
Alignment:
Q  12 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15822245 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 15822146  T
Q  112 cgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcacaatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  15822145 cgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcacaatggtttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatc 15822046  T
Q  212 ttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacataga 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  15822045 ttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaaggcgacccgcataga 15821946  T
Q  312 tcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataac 356  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15821945 tcgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaac 15821901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 12 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 4498693 - 4498349
Alignment:
Q  12 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4498693 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 4498594  T
Q  112 cgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcacaatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  4498593 cgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcacaatggtttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatc 4498494  T
Q  212 ttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacataga 311  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  4498493 ttaaccatggttcatgaaggagatttgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaaggcgacccgcataga 4498394  T
Q  312 tcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataac 356  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4498393 ttgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaac 4498349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 12 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 34308239 - 34307895
Alignment:
Q  12 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34308239 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccttgtgcaaaacggttctccaat 34308140  T
Q  112 cgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcacaatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  34308139 cgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcgcaatggttttagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatc 34308040  T
Q  212 ttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacataga 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  34308039 ttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaatgcgacccgcataga 34307940  T
Q  312 tcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataac 356  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34307939 tcgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaac 34307895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 12 - 356
Target Start/End: Original strand, 552548 - 552892
Alignment:
Q  12 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  552548 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 552647  T
Q  112 cgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcacaatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  552648 cgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcacaatggtttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatc 552747  T
Q  212 ttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacataga 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  552748 ttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaaggcgacccgcataga 552847  T
Q  312 tcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataac 356  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  552848 tcgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaac 552892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 12 - 356
Target Start/End: Original strand, 30282960 - 30283304
Alignment:
Q  12 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30282960 ataggaggagatatcaagattaccttgttgaaatttagccaattcctcaagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaat 30283059  T
Q  112 cgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcacaatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatc 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  30283060 cgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcacaatggtttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatc 30283159  T
Q  212 ttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacataga 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  30283160 ttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagggtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaaggcgacccgcataga 30283259  T
Q  312 tcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataac 356  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30283260 tcgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaac 30283304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University