View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19849_low_8 (Length: 248)

Name: NF19849_low_8
Description: NF19849
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19849_low_8
NF19849_low_8
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (13-229)||(37633791-37634007)
chr3 (13-229)||(37639619-37639835)
chr3 (13-229)||(37644993-37645209)
chr3 (13-229)||(37647906-37648122)
chr3 (13-229)||(37650818-37651034)
chr3 (13-229)||(37636705-37636921)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (13-139)||(32387230-32387356)
chr4 (51-170)||(32380837-32380956)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 37634007 - 37633791
Alignment:
Q  13 cagagaagaggaagggctacaaccttttggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37634007 cagagaagaggaagggctacaaccttttggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 37633908  T
Q  113 tgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagcaccgttacctgggacaacaactctatctcagtgttgaatcaaaagaaaagtctactagggat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37633907 tgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagcaccgttacctgggacaacaactttatctcagtgttgaatcagaagaaaagtctactagggat 37633808  T
Q  213 gaatacaaccttcctga 229  Q
    |||||||||||||||||    
T  37633807 gaatacaaccttcctga 37633791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 37639835 - 37639619
Alignment:
Q  13 cagagaagaggaagggctacaaccttttggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639835 cagagaagaggaagggctacaaccttttggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 37639736  T
Q  113 tgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagcaccgttacctgggacaacaactctatctcagtgttgaatcaaaagaaaagtctactagggat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37639735 tgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagcaccgttacctgggacaacaactttatctcagtgttgaatcagaagaaaagtctactagggat 37639636  T
Q  213 gaatacaaccttcctga 229  Q
    |||||||||||||||||    
T  37639635 gaatacaaccttcctga 37639619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 37645209 - 37644993
Alignment:
Q  13 cagagaagaggaagggctacaaccttttggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37645209 cagagaagaggaagggctacaaccttttggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 37645110  T
Q  113 tgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagcaccgttacctgggacaacaactctatctcagtgttgaatcaaaagaaaagtctactagggat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37645109 tgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagcaccgttacctgggacaacaactttatctcagtgttgaatcagaagaaaagtctactagggat 37645010  T
Q  213 gaatacaaccttcctga 229  Q
    |||||||||||||||||    
T  37645009 gaatacaaccttcctga 37644993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 37648122 - 37647906
Alignment:
Q  13 cagagaagaggaagggctacaaccttttggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37648122 cagagaagaggaagggctacaaccttttggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 37648023  T
Q  113 tgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagcaccgttacctgggacaacaactctatctcagtgttgaatcaaaagaaaagtctactagggat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37648022 tgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagcaccgttacctgggacaacaactttatctcagtgttgaatcagaagaaaagtctactagggat 37647923  T
Q  213 gaatacaaccttcctga 229  Q
    |||||||||||||||||    
T  37647922 gaatacaaccttcctga 37647906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 37651034 - 37650818
Alignment:
Q  13 cagagaagaggaagggctacaaccttttggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37651034 cagagaagaggaagggctacaaccttttggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 37650935  T
Q  113 tgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagcaccgttacctgggacaacaactctatctcagtgttgaatcaaaagaaaagtctactagggat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37650934 tgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagcaccgttacctgggacaacaactttatctcagtgttgaatcagaagaaaagtctactagggat 37650835  T
Q  213 gaatacaaccttcctga 229  Q
    |||||||||||||||||    
T  37650834 gaatacaaccttcctga 37650818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 13 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 37636921 - 37636705
Alignment:
Q  13 cagagaagaggaagggctacaaccttttggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37636921 cagagaagaggaagggctacaaccttctggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 37636822  T
Q  113 tgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagcaccgttacctgggacaacaactctatctcagtgttgaatcaaaagaaaagtctactagggat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37636821 tgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagcaccgttacctgggacaacaactttatctcagtgttgaatcagaagaaaagtctactagggat 37636722  T
Q  213 gaatacaaccttcctga 229  Q
    |||||||||||||||||    
T  37636721 gaatacaaccttcctga 37636705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 13 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 32387356 - 32387230
Alignment:
Q  13 cagagaagaggaagggctacaaccttttggatgccatcagcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaa 112  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||||||  | ||||| |||||| | || |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  32387356 cagagaagagaaagaactacaaccttttggatgcagtgagcaggcacacagtgcaagtgttccccaagtcatgggccgcaattatgttgacattcgacaa 32387257  T
Q  113 tgctggtatgtggcaattgaggtcaga 139  Q
     |||||||||||| | ||||| |||||    
T  32387256 cgctggtatgtggaacttgagatcaga 32387230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 51 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 32380956 - 32380837
Alignment:
Q  51 agcagacacacaattcaggtgttccctaaatcatgggctgcaatcatgttgacattcgacaatgctggtatgtggcaattgaggtcagagcatgcagagc 150  Q
    ||||||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||  ||||| | ||||||||||||  ||| |||     
T  32380956 agcagacacaccattcaagtatttccaaaatcatgggctgcaataatgttgtcattcgacaacgttggagtgtggaatttgaggtcagagattgctgaga 32380857  T
Q  151 accgttacctgggacaacaa 170  Q
    | |||||| |||||||||||    
T  32380856 atcgttacttgggacaacaa 32380837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University