View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19852_high_2 (Length: 527)

Name: NF19852_high_2
Description: NF19852
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19852_high_2
NF19852_high_2
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (1-517)||(38137627-38138143)
chr1 (2-517)||(43044997-43045511)
chr1 (2-485)||(45983480-45983953)
chr1 (2-376)||(43045588-43045964)
chr1 (2-319)||(45993260-45993577)
chr1 (2-517)||(40034468-40034976)
chr1 (2-376)||(43066443-43066819)
chr1 (2-376)||(43084016-43084392)
chr1 (2-304)||(7888547-7888849)
chr1 (2-304)||(7890812-7891114)
chr1 (2-310)||(3300940-3301247)
chr1 (2-348)||(51291793-51292132)
chr1 (395-517)||(7891113-7891235)
chr1 (393-517)||(3300731-3300855)
chr1 (381-517)||(43083841-43083978)
chr1 (393-517)||(43066870-43066994)
chr1 (3-183)||(43076558-43076737)
chr1 (395-485)||(7888848-7888938)
chr1 (390-446)||(50912450-50912506)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (2-517)||(34690843-34691342)
chr2 (2-517)||(34713255-34713754)
chr2 (2-517)||(16232184-16232691)
chr2 (13-316)||(33861039-33861342)
chr2 (476-517)||(33860838-33860879)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (5-517)||(4231462-4231981)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (1-516)||(4297480-4297991)
chr8 (2-304)||(1846607-1846909)
chr8 (2-186)||(4620023-4620207)
chr8 (2-152)||(4787278-4787428)
chr8 (281-468)||(4619735-4619922)
chr8 (395-517)||(1846486-1846608)
chr8 (233-316)||(4787459-4787542)
chr8 (407-516)||(4787583-4787692)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (2-319)||(16349339-16349656)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (2-264)||(7519487-7519749)
chr6 (2-264)||(7528858-7529120)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (54-196)||(39242152-39242300)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 517
Target Start/End: Original strand, 38137627 - 38138143
Alignment:
Q  1 gttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38137627 gttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactac 38137726  T
Q  101 tgcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38137727 tgcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaa 38137826  T
Q  201 ctggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38137827 ctggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaa 38137926  T
Q  301 caaggtatttatattttcatcctgtttgaagttgtatttcattgtttttatatttcatttgtataagtactaattgtgtgctatctatattgacagatgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38137927 caaggtatttatattttcatcctgtttgaagttgtatttcattgtttttatatttcatttgtataagtactaattgtgtgctatctatattgacagatgg 38138026  T
Q  401 atgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataacctagatgaaattcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38138027 atgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataacctagatgaaattcc 38138126  T
Q  501 atttgttcccatctctg 517  Q
    |||||||||||||||||    
T  38138127 atttgttcccatctctg 38138143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 2 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 43045511 - 43044997
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || |  |||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||| |||||||||||||    
T  43045511 ttcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtactact 43045412  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  43045411 gcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcatcattgattccactac 43045312  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    |||| |||||||||| |||  |||| |||| |||||||||  |||||||||||| ||||| |||  ||||||||||   |||||||||||||| ||||||    
T  43045311 tggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtgaagcaaatgatctgctgttgcaac 43045212  T
Q  302 aaggtattt-atattttcatcctgtttgaagttg--tatttcattgtttttatatttcatttgtataagtactaattgtgtgctatctatattg-acaga 397  Q
    ||||||||| ||||||||| ||   |||||||||  ||||| ||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||   ||| |||||| ||| |||||    
T  43045211 aaggtatttaatattttcagcc-ccttgaagttgtatatttgattatttttataattcatttatttaagtactaatt---tgc-atctatcttgaacaga 43045117  T
Q  398 tggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataacctagatgaaat 497  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||   | ||||||||||||| |||  ||||    
T  43045116 tggatgctactacacccaagtactccaagggtagatatgatgaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagacaaaat 43045017  T
Q  498 tccatttgttcccatctctg 517  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  43045016 tccatttgttcccatctctg 43044997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 2 - 485
Target Start/End: Original strand, 45983480 - 45983953
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |  ||||||||| | || ||||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||| |||    
T  45983480 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtgttacaattgacattaccctgtcgaagtttgagacaaacaagtacaact 45983579  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  45983580 gcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccactac 45983679  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    |||| |||||||||| || |||     | | |||||||||  |||||||||||||||||| |||  ||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  45983680 tggtggttttgaagccgg-tat-----gaatggtcagacccgtgaacatgctcttcttgccttcactcttggtgtgaatcaaatgatctgctgctgcaac 45983773  T
Q  302 aaggtatttatattttcatcctgtttgaagttgtatttcattgtttttatatttcatttgtataagtactaattgtgtgctatctatattgacagatgga 401  Q
    |||||||||||||||||  ||  ||| |  |||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| |     |||||    ||||||||||    
T  45983774 aaggtatttatattttccgcccctttaagattgtatttgattatttttataattcatttatataagtactaattat----catctaccccgacagatgga 45983869  T
Q  402 tgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataa 485  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||||||||| ||||||||||| | || ||| ||||| ||||| | | |||||||||||    
T  45983870 tgccactacacctaaatactctagggataggtatgtagaaattgtgaggcaagttttaccctgtttgaataaggttggctataa 45983953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 2 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 43045964 - 43045588
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || |  |||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||| |||||||||||||    
T  43045964 ttcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtactact 43045865  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  43045864 gcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcatcattgattccactac 43045765  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    |||| |||||||||| |||  |||| |||| |||||||||  |||||||||||| ||||| |||  ||||||||||   |||||||||||||| ||||||    
T  43045764 tggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtgaagcaaatgatctgctgttgcaac 43045665  T
Q  302 aaggtattt-atattttcatcctgtttgaagttg--tatttcattgtttttatatttcatttgtataagtactaattg 376  Q
    ||||||||| ||||||||| ||   |||||||||  ||||| ||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  43045664 aaggtatttaatattttcagcc-ccttgaagttgtatatttgattatttttataattcatttatttaagtactaattg 43045588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 2 - 319
Target Start/End: Original strand, 45993260 - 45993577
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||  |||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||| | |||||||  ||    
T  45993260 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaagactgagcgtgaaagaggtatcacaattgacagttctttgtcgaagtttgagacaaacaagtacagct 45993359  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  45993360 gcactgtcattgatgcctccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgattgtgctgttctcatcattgattccactac 45993459  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    | || |||||||||| |||  |||  |||| ||||||||   |||||||||||||||||| |||  ||||||||||   ||||||||||| |||||||||    
T  45993460 tcgtggttttgaagccggtatttcaaaggatggtcagactcgtgaacatgctcttcttgccttcactcttggtgtgaatcaaatgatctgttgctgcaac 45993559  T
Q  302 aaggtatttatattttca 319  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  45993560 aaggtatttctattttca 45993577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 2 - 517
Target Start/End: Original strand, 40034468 - 40034976
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||  ||||||||| | || ||||| |||||  |||| ||||||||||| ||||| ||| |||    
T  40034468 ttcaagtatgcttgggtacttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtgttacaattgatatttccatgtccaagtttgagacaaccaaataccact 40034567  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  40034568 gcactctcattgacgcccccggacaca--gatttcatcaagaacatgttaaccggcacgtccctagctgactgtgctgttctcatcattgattccagaac 40034665  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    ||||||||||||  ||||    | |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| |    ||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  40034666 tggtagttttgagactgg----tatca--atggtcagaccactgaacatgctcttcttgcctatactcttggtgtgaatcaaatgatctgctgctgcaac 40034759  T
Q  302 aaggtatttatattttcatcctgtttgaagttgtatttcattgtt----tttatatttcatttgta-taagtactaattgtgtgctatctatattgacag 396  Q
    ||||||||||||||| || ||  ||| |||||||||||  || ||    |||||| ||||||| || |||||||||||| |     |||||| |||||||    
T  40034760 aaggtatttatatttccagcccctttaaagttgtatttgtttatttttatttatagttcatttatattaagtactaattat----catctatcttgacag 40034855  T
Q  397 atggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataacctagatgaaa 496  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||| | | || || ||| |||||||  | |||||||||||||||  ||| |    
T  40034856 atggatgcaactacacccaaatactctaagggtaggtttgaagaacttgtgacgaatttctccccccttttgatcaaggttggctataacctatctgaca 40034955  T
Q  497 ttccatttgttcccatctctg 517  Q
    |||||||| ||||||| ||||    
T  40034956 ttccatttattcccatatctg 40034976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 2 - 376
Target Start/End: Original strand, 43066443 - 43066819
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || |  |||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||| |||||||||||||    
T  43066443 ttcaagtatgcctgggttcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtactact 43066542  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  43066543 gcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcatcattgattccactac 43066642  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    |||| |||||||||| |||  |||| |||| |||||||||  |||||||||||| ||||| |||  ||||||||||   |||||||||||||| ||||||    
T  43066643 tggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtgaagcaaatgatctgctgttgcaac 43066742  T
Q  302 aaggtattt-atattttcatcctgtttgaagttg--tatttcattgtttttatatttcatttgtataagtactaattg 376  Q
    ||||||||| ||||||||| ||   |||| ||||  ||||| ||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  43066743 aaggtatttaatattttcagcc-ccttgaggttgtatattttattatttttataattcatttatttaagtactaattg 43066819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 2 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 43084392 - 43084016
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || |  |||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||| |||||||||||||    
T  43084392 ttcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtactact 43084293  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  43084292 gcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcatcattgattccactac 43084193  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    |||| |||||||||| |||  |||| |||| |||||||||  |||||||||||| ||||| |||  ||||||||||   |||||||||||||| ||||||    
T  43084192 tggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtgaagcaaatgatctgctgttgcaac 43084093  T
Q  302 aaggtattt-atattttcatcctgtttgaagttg--tatttcattgtttttatatttcatttgtataagtactaattg 376  Q
    ||||||||| ||||||||| ||   |||| ||||  ||||| ||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  43084092 aaggtatttaatattttcagcc-ccttgaggttgtatattttattatttttataattcatttatttaagtactaattg 43084016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 2 - 304
Target Start/End: Original strand, 7888547 - 7888849
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||| |||| ||||  |||| ||    
T  7888547 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctttggaagtttcagacaaccagctactgct 7888646  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7888647 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcatcaagaacatgatcaccggggcgtctgaagctgattgtgctgttctcatcattgattccacaac 7888746  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    |||| |||||||||| |||| || | |||| ||||||||| ||||||||| ||  ||||| |||| ||| |||||     ||||||||||||||||||||    
T  7888747 tggtggttttgaagccggtttttgtaaggatggtcagaccactgaacatgttcaacttgccttcgctctcggtgtttaaaaaatgatctgctgctgcaac 7888846  T
Q  302 aag 304  Q
    |||    
T  7888847 aag 7888849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 304
Target Start/End: Original strand, 7890812 - 7891114
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| | |  ||    
T  7890812 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctgtggaagtttgagacaaccaacttccgct 7890911  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| |||      
T  7890912 gcactctcattgatgcccctggacacagggatttcattaagaacatgatcactggagcgtccgaagctgactgtgctgttcttatcattgattctacact 7891011  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    |||| ||||||| ||||||| || | || | ||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| |||||||||    |||||||||||||| || |||    
T  7891012 tggtggttttgacgctggtttttgtaagaatggtcagaccactgaacatgttcaacttgcattcgctcttggtgtttcacaaatgatctgctgttgtaac 7891111  T
Q  302 aag 304  Q
    |||    
T  7891112 aag 7891114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 3301247 - 3300940
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||    
T  3301247 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaatgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagactactaagtactact 3301148  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||    
T  3301147 gcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgttctgatcattgattccactac 3301048  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
     ||| |||||||||| |||   ||  |||| || ||||||  |||||| ||||||||||| |||  ||||||||||   |||||||| |  |||||||||    
T  3301047 cggtggttttgaagccggtatatcaaaggatgggcagacccgtgaacacgctcttcttgctttcactcttggtgtgaagcaaatgat-ttttgctgcaac 3300949  T
Q  302 aaggtattt 310  Q
    |||||||||    
T  3300948 aaggtattt 3300940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 2 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 51292132 - 51291793
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || | ||||||||| |    
T  51292132 ttcacgtatgcttgggtgcttgacaagttcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatccaagtttga-acaatcaagtactatt 51292034  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||    
T  51292033 gcactctcattgatgcccccggacatgggaatttcattaagaacatgatcgccgggccgttccaagctgactgtgttattctcatccttgattccacaac 51291934  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    |||  | |||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||   |||||||| ||||| || ||||||      | ||   |||||||||||    
T  51291933 tggcgggtttgaagctggttattctaaggatggtcagaccggtgaacatttgcttcttgccttcgtcctaggtgtg------aggaaacgctgctgcaac 51291840  T
Q  302 aaggtatttatattttcatcctgtttgaagttgtatttcattgtttt 348  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||| ||| ||||    
T  51291839 aaggtatttatattttcagcccttttaaagttgtatttgattctttt 51291793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 395 - 517
Target Start/End: Original strand, 7891113 - 7891235
Alignment:
Q  395 agatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataacctagatga 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   || ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |    
T  7891113 agatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaacaaattgtgagtcaaatttcaccctttttgagtgaggttggctataacctaggtaa 7891212  T
Q  495 aattccatttgttcccatctctg 517  Q
    |||||| ||| | || |||||||    
T  7891213 aattccttttatccctatctctg 7891235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 393 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 3300855 - 3300731
Alignment:
Q  393 acagatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataacctagat 492  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||   | ||||||||||||| |||     
T  3300855 acagatggatgccactacacctaagtactcgaagggtaggtatgaagaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagac 3300756  T
Q  493 gaaattccatttgttcccatctctg 517  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  3300755 aaaattccatttgttcccatctctg 3300731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 381 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 43083978 - 43083841
Alignment:
Q  381 ctatctatattga-cagatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttgg 479  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||   | |||||    
T  43083978 ctatctatcttgaacagatggatgctactacacccaagtactccaagggtagatatgatgaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttgg 43083879  T
Q  480 ctataacctagatgaaattccatttgttcccatctctg 517  Q
    |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  43083878 ctataacccagacaaaattccatttgttcccatctctg 43083841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 393 - 517
Target Start/End: Original strand, 43066870 - 43066994
Alignment:
Q  393 acagatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataacctagat 492  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||   | ||||||||||||| |||     
T  43066870 acagatggatgctactacacccaagtactccaagggtagatatgatgaaattgtgaaggaagtttcatcctatttgaagaaggttggctataacccagac 43066969  T
Q  493 gaaattccatttgttcccatctctg 517  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  43066970 aaaattccatttgttcccatctctg 43066994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 3 - 183
Target Start/End: Original strand, 43076558 - 43076737
Alignment:
Q  3 tcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactactg 102  Q
    |||||||||| ||| | || |||||||||| ||| || |  ||||||||||| || ||||| |||||||| |  ||||||||||| || ||| ||| |||    
T  43076558 tcaagtatgcctggatccttgacaagctcagggctgaacgtgaaagaggtat-accattgagatttctctctggaagtttgagacaacaaagaactgctg 43076656  T
Q  103 cactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttct 183  Q
    |  | ||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  43076657 cgttgtcattgatgtcccgggacacaagaatttcattaagaacatgatcactgggacgtcccaagctgattgtgctcttct 43076737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 395 - 485
Target Start/End: Original strand, 7888848 - 7888938
Alignment:
Q  395 agatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataa 485  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||  || |||||||||||    
T  7888848 agatggatgccactacacccatatactcctaggacaggtatgaagaaattgtgaatcaagtttcaccctttttgagagaggttggctataa 7888938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 390 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 50912506 - 50912450
Alignment:
Q  390 ttgacagatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgt 446  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  50912506 ttgacagatggatgctactactcccaaatactccaagggtaggtatgaagaaattgt 50912450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 2 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 34691342 - 34690843
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||  |||||||||||||| |||||||||||| ||   ||||||||||| |||||||||| ||    
T  34691342 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctatgc--aagtttgagacaaccaagtactgct 34691245  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  34691244 tcactctcattgatgctcccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattcgactac 34691145  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    | |  ||||   ||||||||  ||| || | ||||||||||  ||||||||||||||||| |||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  34691144 tagaggtttgcgagctggttggtctaagaatggtcagacctgggaacatgctcttcttgccttcactcttggtgtgaggcaaatgatctgctgctgcaac 34691045  T
Q  302 aaggtatttatattttcatcctgtttgaagttgtatttcattgtttttatatttcatttgtataagtactaattgtgtgctatctatattgacagatgga 401  Q
    ||||||||||||||||  ||            | |||| ||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||| | |   |||||| ||  ||||||||    
T  34691044 aaggtatttatatttt--tc-----------agcatttgattatttttataattcatttatataagtattaattat-taacatctatcttcgcagatgga 34690959  T
Q  402 tgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatg-ttggctataacctagatgaaattcc 500  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||  ||||| ||| | |||| ||||||  |||| |||||||    
T  34690958 tgccattacacccaaatactccaaggataggtatgaactaattgtgaagggaatttcacccgctttga-tgaggattggttataacacagataaaattcc 34690860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 2 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 34713754 - 34713255
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||  |||||||||||||| |||||||||||| ||   ||||||||||| |||||||||| ||    
T  34713754 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctatgc--aagtttgagacaaccaagtactgct 34713657  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  34713656 tcactctcattgatgctcccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattcgactac 34713557  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    | |  ||||   ||||||||  ||| || | ||||||||||  ||||||||||||||||| |||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  34713556 tagaggtttgcgagctggttggtctaagaatggtcagacctgggaacatgctcttcttgccttcactcttggtgtgaggcaaatgatctgctgctgcaac 34713457  T
Q  302 aaggtatttatattttcatcctgtttgaagttgtatttcattgtttttatatttcatttgtataagtactaattgtgtgctatctatattgacagatgga 401  Q
    ||||||||||||||||  ||            | |||| ||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||| | |   |||||| ||  ||||||||    
T  34713456 aaggtatttatatttt--tc-----------agcatttgattatttttataattcatttatataagtattaattat-taacatctatcttcgcagatgga 34713371  T
Q  402 tgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatg-ttggctataacctagatgaaattcc 500  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||  ||||| ||| | |||| ||||||  |||| |||||||    
T  34713370 tgccattacacccaaatactccaaggataggtatgaactaattgtgaagggaatttcacccgctttga-tgaggattggttataacacagataaaattcc 34713272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 2 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 16232691 - 16232184
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||  |||  ||||||||||| ||||||||||  |    
T  16232691 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgtt 16232592  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattcca 197  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||    
T  16232591 gcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcatcgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaattcca 16232492  T
Q  198 caactggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctg 297  Q
    | |||    ||||  |||||||||  ||| |||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| | |  |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  16232491 ctactctcggtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctgctgctg 16232392  T
Q  298 caacaaggtatttatattttcatcctgtttgaagttgtatttcattgtttttatatttcatttgtataagtactaattgtgtgctatctatattgacaga 397  Q
    |||||||||||| | ||||||| |   | |||         | ||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||| | |   |||||| || |||||    
T  16232391 caacaaggtattgacattttcagc--atctga---------ttattatttttataattcatttatataagtaataattat-taacatctatcttcacaga 16232304  T
Q  398 tggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatg-ttggctataacctagatgaaa 496  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| | ||||||||  |||||  || | |||| ||||||   ||||| |    
T  16232303 tgaatgccactacaccgaaatactccaaggacagatatgaagtaattgtgaagggagtttcacccgctttga-cgaggattggttataacgctgatgata 16232205  T
Q  497 ttccatttgttcccatctctg 517  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  16232204 ttccatttgttcccatctctg 16232184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 13 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 33861342 - 33861039
Alignment:
Q  13 ttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactactgcactctcatt 112  Q
    |||||| || ||||||||| |||| ||||  |||||||||||| | |||||| ||||| ||   || |||||||| | | |||||   | |||| |||||    
T  33861342 ttgggttcttgacaagctcgaggctgagcgtgaaagaggtatctccattgacgtttctatgcgtaattttgagacaaaccagtaccggtacactgtcatt 33861243  T
Q  113 gatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaactggtagttttg 212  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |  ||||| ||| | ||||| || ||| ||||  || |||||||| |  ||||| ||||||    
T  33861242 gatgcccctggacacagggattatattaagaacatgattaatgggacatcctatgctgattgcgctcttcttatcgttgattcctctcctggtggttttg 33861143  T
Q  213 aagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaacaaggtatttat 312  Q
    ||| ||||| |||| || | |||||||||  ||||||||| ||||| || | |  |||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |    
T  33861142 aagttggtttttctaagcatggtcagacccgtgaacatgcccttctcgcctgcactcttggtgtgcctcaaatgatctgctgcatcaacaaggtatttct 33861043  T
Q  313 attt 316  Q
    ||||    
T  33861042 attt 33861039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 476 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 33860879 - 33860838
Alignment:
Q  476 ttggctataacctagatgaaattccatttgttcccatctctg 517  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||    
T  33860879 ttggctataacctagacaaagttccatttgttcccatctctg 33860838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 5 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 4231981 - 4231462
Alignment:
Q  5 aagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactactgca 104  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||| || |||||||||||||    
T  4231981 aagtatgcttgggttcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagaccactaagtactactgca 4231882  T
Q  105 ctctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaactgg 204  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  4231881 ctgtcattgatgcccctggacacagggatttcattaagaacatgattactggtacatcccaagctgattgtgctgttctcatcattgattccaccactgg 4231782  T
Q  205 tagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaacaag 304  Q
    | ||||||||||||||  |||  |||| ||||||||   |||||||||||| ||||| |||  |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  4231781 tggttttgaagctggtatttccaaggatggtcagactcgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtgaggcaaatgatctgctgctgcaacaag 4231682  T
Q  305 gtattt---------atattttca-tcctgtttgaagttgtatttcattgtttttatatttcatttgtataagtactaattgtgtgctatctatattgac 394  Q
    ||||||         || |||| | |||  |||| ||||| ||||   | |||||||| ||   || || ||||||| ||| | ||||||||   |  ||    
T  4231681 gtatttgaactgtaaattttttgattcccctttgtagttgcatttggatatttttataatttgcttatacaagtactgattttttgctatct---tgaac 4231585  T
Q  395 agatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataacctagatga 494  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||   |||||||| ||||||||||||||| | ||| |||   |||   | ||||||||||||| |||| |    
T  4231584 agatggacgccactactcccaagtactccaagagcaggtatgatgaaattgtgaaggaagtatcatcctacatgaagaaggttggctataacccagataa 4231485  T
Q  495 aattccatttgttcccatctctg 517  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  4231484 aattccatttgttcccatctctg 4231462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 4297991 - 4297480
Alignment:
Q  1 gttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactac 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| ||||| || || || |||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||    
T  4297991 gttcaagtatgcttgggtacttgacaaactcaaagctgaccatgaaagaggtgccacaattgacatttctctgtccaagtttgagacaaacaagtacaac 4297892  T
Q  101 tgcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattcc---a 197  Q
    |||| | ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||| ||  |||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||   |    
T  4297891 tgcattgtcattgatgcccccggacatagggaatgcattaagaacatgaccactggagcgtccctagctaactgtgatgttctcgtcattgattccacta 4297792  T
Q  198 caactggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctg 297  Q
    | |||||| |||||||||| || |||     |   |||||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||| |   ||||| |||||||||||    
T  4297791 ctactggtggttttgaagccgg-tat-----gattggtcagacctttgaacatgctcttcttgccttcaatcttggtgcgaatcaaattatctgctgctg 4297698  T
Q  298 caacaaggtatttatattttcatcctgtttgaagttgtatttcattgtttttatatttcatttgtataagtactaattgtgtgctatctatattgacaga 397  Q
    ||||||||||||| |||||| | || |||| |  |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| |   | |||||| || |||||    
T  4297697 caacaaggtatttgtatttttagcccgtttaagattgtatttgattatttttataattcatttgtataaatactaattatcatc-atctatcttcacaga 4297599  T
Q  398 tggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataacctagatgaaat 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||     || || ||| | ||| ||||||  | ||||||||||| | | |||||||    
T  4297598 tggatgccactacacccaaatactccatggataggtatgtaaaaatatcagagcaagttttaacctatttgatcaaggttggctataagccatatgaaat 4297499  T
Q  498 tccatttgttcccatctct 516  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  4297498 tccatttattcccatctct 4297480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 1846909 - 1846607
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| | |  ||    
T  1846909 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatggaagtttgagacaaccaacttcctct 1846810  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||| |||||  ||||||| || ||| |    
T  1846809 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggagcatccgaagctgactgtgccgttcttatcattgactctacacc 1846710  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    |||| ||||||||||||||| || | || | |||||||||  |||||||| ||  ||||| | || |||||||||    ||||||||||||||||| |||    
T  1846709 tggtggttttgaagctggtttttgtaagaatggtcagaccaatgaacatgttcaacttgcctacgctcttggtgtttcacaaatgatctgctgctgtaac 1846610  T
Q  302 aag 304  Q
    |||    
T  1846609 aag 1846607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 4620207 - 4620023
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  4620207 ttcaaatatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaatcgacatttctctgtccaagtttgagacaaccaagtactact 4620108  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgt 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  4620107 gcactctcattgatgcccccggacacagagatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgactgtgctgttctcgt 4620023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 2 - 152
Target Start/End: Original strand, 4787278 - 4787428
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||  |||||||||  ||| |||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||| |||    
T  4787278 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaagggtgagcgtgaaagaggtgccacaattgacatttctatgtccaagtttgagacaaacaagtacaact 4787377  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatca 152  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  4787378 gcactgtcattgatgctcccggacacagggaatacattaggaacatgatca 4787428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 281 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 4619922 - 4619735
Alignment:
Q  281 caaatgatctgctgctgcaacaaggtatttatattttcatcctgtttgaagttgtatttca----ttgtttttatatttcatttgtataagtactaattg 376  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||  ||||||||||| |    || |||||||  ||||||| ||||| ||||||||     
T  4619922 caaatgatctgctgctacaacaaggtatttatattttcagccccttcaaagttgtattttaattattatttttattattcatttatataattactaattt 4619823  T
Q  377 tgtgctatctatattgacagatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttg 468  Q
    |     |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |  ||||||| |||||||    
T  4619822 tc----atctatcttgatagatggatgccactgcacccaaatactccaagtataggtatgaagaatttgtgaaaggtttttcacactttttg 4619735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 395 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 1846608 - 1846486
Alignment:
Q  395 agatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataacctagatga 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   || |||||||||||||||  || ||||||||||||| || | |    
T  1846608 agatggatgccactacacccaaatactccaaggataggtatgaacaaattgtgagtcaaatttcaccctttttgagcgaggttggctataacccaggtaa 1846509  T
Q  495 aattccatttgttcccatctctg 517  Q
    |||||| ||| | || |||||||    
T  1846508 aattccttttatccctatctctg 1846486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 233 - 316
Target Start/End: Original strand, 4787459 - 4787542
Alignment:
Q  233 ggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaacaaggtatttatattt 316  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| |||  | ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4787459 ggtcagacccttgaacatgctcttcttgccttcactgttggtgtgaagcaaatgatctgctgctgcaacaaggtatttatattt 4787542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 407 - 516
Target Start/End: Original strand, 4787583 - 4787692
Alignment:
Q  407 ctacacccaaatactccaaggataggtatgaagaaattgtgaaggaattttcaccctttttgattgatgttggctataacctagatgaaattccatttgt 506  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||  ||||||   |||| || ||| ||| ||||||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  4787583 ctacacccaaatactccacggttaggtatttagaaatatcgaagcaagttttaccatttttgatcaaggttggctataacccaaatgaaattccatttgt 4787682  T
Q  507 tcccatctct 516  Q
    ||||||||||    
T  4787683 tcccatctct 4787692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 16349656 - 16349339
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||| |||| |||  || |||||||| |||||||||  ||    
T  16349656 ttcaagtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgct 16349557  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||| ||||  || ||||||||||  |    
T  16349556 gcactatcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgctcttcttatcgttgattccactcc 16349457  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctgcaac 301  Q
    || | |||||| ||| |||  |||  |  | ||||||| |  |||||||||||| | ||| | |  |||||||||    |||||||||||||||||||||    
T  16349456 tgctggttttggagccggtatttccaataatggtcagatccgtgaacatgctctccatgcttactctcttggtgtcaagcaaatgatctgctgctgcaac 16349357  T
Q  302 aaggtatttatattttca 319  Q
    |||||||| |||||||||    
T  16349356 aaggtattcatattttca 16349339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 264
Target Start/End: Original strand, 7519487 - 7519749
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    |||||||| || ||||| || |||||||| ||||| ||||  |||||||| || || ||||| ||| || |||  || |||||||| |||||||||||||    
T  7519487 ttcaagtacgcatgggttcttgacaagcttaaggctgagcgtgaaagaggaattaccattgatattgctttgtggaaatttgagaccaccaagtactact 7519586  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||  ||||||| ||||| ||    
T  7519587 gcacagtcattgatgctcccggacatcgtgatttcatcaagaacatgattactggaacctcccaggctgattgtgctgtccttatcattgactccaccac 7519686  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcatt 264  Q
    |||| ||||||||||||||   ||| |||| || ||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  7519687 tggtggttttgaagctggtatctctaaggatggacagacccgtgagcatgctcttcttgcatt 7519749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 2 - 264
Target Start/End: Original strand, 7528858 - 7529120
Alignment:
Q  2 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcaggaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 101  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||  |||||||| || || || || ||| |  |||  || |||||||| |||||||||||||    
T  7528858 ttcaagtatgcatgggttcttgacaaacttaaggctgagcgtgaaagaggaattaccatcgatattgccttgtggaaatttgagaccaccaagtactact 7528957  T
Q  102 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattccacaac 201  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||| ||||| || ||  ||||||| ||||| ||    
T  7528958 gcacagtcattgatgctcccggacatcgtgatttcatcaagaacatgattactggaacctcccaggctgattgtgccgtgcttatcattgactccaccac 7529057  T
Q  202 tggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcatt 264  Q
    |||| ||||||||||||||   ||| |||| || ||||||  ||| || ||||||||||||||    
T  7529058 tggtggttttgaagctggtatctctaaggatggacagacccgtgagcacgctcttcttgcatt 7529120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 49; Significance: 9e-19; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 54 - 196
Target Start/End: Original strand, 39242152 - 39242300
Alignment:
Q  54 tcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactactgcactctcat---tgatgcccccggacacagggat---ttcattaagaacat 147  Q
    |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||   ||||||| | ||| ||||||||   ||| |||  | |||    
T  39242152 tcacaattgacattgctctgtccaagtttgagacaacaaagtactactgcactgtcattgatgatgcctctggagacagggatttcttccttaccaccat 39242251  T
Q  148 gatcaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattcc 196  Q
    ||||| | | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39242252 gatcaacagaacgtcccaacctgactgtgttgttctcgtcattgattcc 39242300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University