View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19854_low_3 (Length: 324)

Name: NF19854_low_3
Description: NF19854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19854_low_3
NF19854_low_3
[»] chr3 (28 HSPs)
chr3 (1-324)||(18017147-18017470)
chr3 (1-324)||(19465478-19465800)
chr3 (1-324)||(19382018-19382341)
chr3 (1-324)||(19352517-19352840)
chr3 (5-324)||(17943083-17943402)
chr3 (1-324)||(19425815-19426138)
chr3 (1-324)||(19394274-19394597)
chr3 (1-324)||(19335137-19335460)
chr3 (8-318)||(19354847-19355157)
chr3 (1-324)||(18166281-18166604)
chr3 (8-324)||(19415316-19415632)
chr3 (1-324)||(17726089-17726412)
chr3 (1-324)||(19027318-19027641)
chr3 (1-324)||(18872430-18872753)
chr3 (8-324)||(19376754-19377067)
chr3 (1-324)||(19400854-19401174)
chr3 (1-324)||(25464175-25464501)
chr3 (1-324)||(18117093-18117404)
chr3 (17-324)||(19456438-19456744)
chr3 (1-324)||(19438083-19438394)
chr3 (8-324)||(14894942-14895258)
chr3 (1-324)||(18147955-18148266)
chr3 (9-324)||(16678343-16678655)
chr3 (1-324)||(18109567-18109878)
chr3 (1-324)||(19462317-19462628)
chr3 (1-324)||(17950960-17951271)
chr3 (89-317)||(18104721-18104937)
chr3 (1-59)||(18104471-18104529)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (2-324)||(8460692-8461014)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (9-324)||(13665500-13665817)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-324)||(15536658-15536981)
chr4 (1-322)||(2709127-2709448)
[»] scaffold0274 (2 HSPs)
scaffold0274 (1-324)||(21710-22034)
scaffold0274 (1-317)||(2129-2445)
[»] scaffold0271 (1 HSPs)
scaffold0271 (1-317)||(11626-11942)
[»] scaffold0640 (1 HSPs)
scaffold0640 (1-317)||(6531-6844)
[»] scaffold0648 (1 HSPs)
scaffold0648 (1-313)||(2663-2976)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 28)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 18017147 - 18017470
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18017147 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttgggggtgttgaatttatcttgcaataattttgat 18017246  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18017247 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaagtcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactgtgcggggctcctcttaataattgtaccataa 18017346  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  18017347 cagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctaggcatgggagttggctttgcagc 18017446  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  18017447 aggtttctgggggatttgtggttc 18017470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 19465478 - 19465800
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19465478 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctct-aaactttttggaggtgttgaatttatcttgcaataattttgat 19465576  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| |  | ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19465577 ggaaaaattccaataggaactcaacttcaaagttttaatgtatcaagttatattgggaatcctaaactatgcggagctcctcttaataattgtaccataa 19465676  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  19465677 cagaagaaaatcctaaaactgcactgccatctacagagaatgaggatgatgaatcgataaaagaatcattgtatctaaggacgggagttggatttgcagc 19465776  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  19465777 aggtttctgggggatttgtggttc 19465800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 19382018 - 19382341
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19382018 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcaaagcatggctctcttaaactttttggaggtgttgaatttatcttgcaataattttgat 19382117  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19382118 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactatgcggagctcctcttaataattgtaccataa 19382217  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||| ||     
T  19382218 cagaagaaaatcctaaaactgcactgccatctacagagaatgaagatgatgaatctataatagagtcgttgtatctaggcatgggagttggatttggagt 19382317  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  19382318 aggtttttgggggatttgtggttc 19382341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 19352517 - 19352840
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||    
T  19352517 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattccgcagaccatggctcgcctaaactttttagaggttttaaatttatcttgcaataatttcaat 19352616  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||| |  | ||||||||||||| ||||||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||| |    
T  19352617 ggaaaaatcccaactggaacacaacttcaaagttttaatgcatcaagttacattgggaatcctagactatgtggagctcctcttaataattgtaccatga 19352716  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     ||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19352717 aagaagaaaatcctaagactgcaacgccatcaacagagaatgaaggtgatgactccataaaagaatcattgtatctaggcatgggagttggatttgcagc 19352816  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  19352817 aggtttctgggggatttgtggttc 19352840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 5 - 324
Target Start/End: Original strand, 17943083 - 17943402
Alignment:
Q  5 gatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgatggaa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17943083 gatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaattttttgggggtgttgaatttatcttgcaataattttgatggaa 17943182  T
Q  105 aaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataacaga 204  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| |  | ||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||  | |||    
T  17943183 aaatcccaattggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttacattgggaatcctaaactatgtggagctcctcttaataattgtaccacgaaaga 17943282  T
Q  205 agaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggt 304  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||||||||||    
T  17943283 agaaaatcctaaaactgcaaagccgtccacagagaatgaagatgatgactctataaaagaatcactgtaccttggcatgggggttggatttgcagcaggt 17943382  T
Q  305 ttctgggggatttgtggttc 324  Q
    || |||||||||||||||||    
T  17943383 ttttgggggatttgtggttc 17943402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 19425815 - 19426138
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| |   | || ||||||||||||||||||||  |     
T  19425815 tctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctgtcttaacctttttgggttttttgaatttatcttgcaataatttaaac 19425914  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||    | ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  19425915 ggaaaaatcccaactggaacacaacttcaaagaattaatgcatcgagttacattgggaatcctaaactatgcggagctcctctcaataattgtaccatga 19426014  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     ||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19426015 aagaagaaaatcctaaaactgcaacaccatctacaaagaatgaagatgatgactctatcaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagt 19426114  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  19426115 aggtttctgggggatttgtggttc 19426138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 19394274 - 19394597
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |     || ||| |||||| ||| ||||||||     
T  19394274 tctcgatctttccaataataagttttatggtgaaattcctcaaagcatggctctcttaaactttttgggttatttgaatctatcttacaacaattttgac 19394373  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||| ||||||||||  |     
T  19394374 ggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttatattgggaatcctaaactatgtggagctccacttagtaattgtaccgcag 19394473  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19394474 aagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatctacagagaatgaagatgaagactctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagt 19394573  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  19394574 aggtttctgggggatttgtggttc 19394597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 19335137 - 19335460
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||| |     || |||||||||| ||| | ||||||     
T  19335137 tctcgatctctctaataataagttttatggtgaaattcctcggagcatgtctgtcttaacctttttgggttatttgaatttatcttacaacagttttgaa 19335236  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||| |  | ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  19335237 ggaaaaatcccaactggaacacaacttcaaagttttaatgcatcgagttacattgggaatcctaaactgtgcggagctcctctcaataattgtaccatga 19335336  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19335337 aagaagaaaatcctaaaactgcaatgccatcaacagataatgaagatgacgactctttaagagaatcattgtatctagggatgagagttggatttgcagc 19335436  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  19335437 aggtttctgggggatttgtggttc 19335460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 8 - 318
Target Start/End: Original strand, 19354847 - 19355157
Alignment:
Q  8 ctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgatggaaaaa 107  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||     || |||||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  19354847 ctctctagtaataagttttatggtgacattcctcagagcatgtctctcttaacctttttaggttatttgaatttatcttacaacaattttgacggaaaaa 19354946  T
Q  108 tcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataacagaaga 207  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |  | |||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||  | ||||||    
T  19354947 tcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttacgttggaaatcctaaactatgcggagctcctctcaataattgtaccaagaaagaaga 19355046  T
Q  208 aaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggtttc 307  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  19355047 aaatcctaaaactgcaatgccatctacaaaaaatgaagatgacgactctatcaaagaatcattgtatctaggcatgggagttggatttgcagtaggtttc 19355146  T
Q  308 tgggggatttg 318  Q
    |||||||||||    
T  19355147 tgggggatttg 19355157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 18166281 - 18166604
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||     || |||||||||| |||||| |||||     
T  18166281 tctcgacctctctagtaataagttttatggtgaaattcctcagagcatctctctcttaacctttttaggttatttgaatttatcttacaataactttgac 18166380  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||||| ||||||||||| ||    
T  18166381 ggaataatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttatattgagaatcctaaactatgtggagctcctcttagtaattgtaccacaa 18166480  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     |||| ||||| |||||| ||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||     
T  18166481 aagaaaaaaattctaaaactgcaacgccgtctacaaagaatgaagatgatgactctataagagaatggttgtacctaggcatgggagttggatttgcagt 18166580  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  18166581 aggtttctgggggatttgtggttc 18166604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 324
Target Start/End: Original strand, 19415316 - 19415632
Alignment:
Q  8 ctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgatggaaaaa 107  Q
    ||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||    ||||||||||||| ||| | |||||| |||||||    
T  19415316 ctctcaaataataagttctacggtgaaattcctcagagcatgtctttcttaacctttttggattatttaaatttatcttacaacagttttgacggaaaaa 19415415  T
Q  108 tcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataacagaaga 207  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |  | | ||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  19415416 tcccaataggaactcaacttcaaagttttaacgcatcaagttacaacgggaatcctaaactatgcggagctcctcttaataattgtaccatcaaagaaga 19415515  T
Q  208 aaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggtttc 307  Q
    |||||||| || ||||| |||||| ||| ||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  19415516 aaatcctacaactgcaacgccatcaacaaagaatgaagattatgattctatgaaagattcattgtatctaggaatgggagtgggatttgcagtaggtttc 19415615  T
Q  308 tgggggatttgtggttc 324  Q
    |||||||||||||||||    
T  19415616 tgggggatttgtggttc 19415632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 17726412 - 17726089
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||| ||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||||| |     || |||||||||| ||| || ||||||    
T  17726412 tctcgacctctccaacaataatttttctggtgaaattcctcagagcatgtcttcgttacactttttgggttatttgaatttatcttacaacaagtttgat 17726313  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||||||| |||||||||||||||| | | || ||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  17726312 ggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttatattgggaatcattatctatgcggagctcctcttaataattgtaccatag 17726213  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     ||||||||||||||||| | ||| |   |||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17726212 aagaagaaaatcctaaaaattcaaagttgtctacaaagaatgaagatgatgactctatcaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagt 17726113  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  17726112 aggtttctgggggatttgtggttc 17726089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 19027641 - 19027318
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||| ||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||||| |     || |||||||||| ||| || ||||||    
T  19027641 tctcgacctctccaacaataatttttctggtgaaattcctcagagcatgtcttcgttacactttttgggttatttgaatttatcttacaacaagtttgat 19027542  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||||||| |||||||||||||||| | | || ||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  19027541 ggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttatattgggaatcattatctatgcggagctcctcttaataattgtaccatag 19027442  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     ||||||||||||||||| | ||| |   |||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19027441 aagaagaaaatcctaaaaattcaaagttgtctacaaagaatgaagatgatgactctatcaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagt 19027342  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  19027341 aggtttctgggggatttgtggttc 19027318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 18872753 - 18872430
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| | |     || |||||||||| ||| | ||||||     
T  18872753 tctcgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctctgttacactttatgggttatttgaatttatcttacaacagttttgaa 18872654  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||||| |  | ||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| ||    
T  18872653 ggaaaaattccaattggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttgcattgggaatcctaaactatgcggagatcctctcaataattgtaccacaa 18872554  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||     
T  18872553 aagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatctacaaagaatgaagattatgcttctataagagaatcaatgtatcttggcatgggagttggatttgcagt 18872454  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  18872453 aggtttctgggggatttgtggttc 18872430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 324
Target Start/End: Original strand, 19376754 - 19377067
Alignment:
Q  8 ctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgatggaaaaa 107  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |     || ||| |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  19376754 ctctctagtaataagttttatggtgaaattcctcagaccatgtctatcttaacctttttgggttatttgaatctatcttacaacaattttgatggaaaaa 19376853  T
Q  108 tcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataacagaaga 207  Q
    | |||| ||||||||||||||||| |  | ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    |||||||    
T  19376854 ttccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagttacattgggaatcctaaactatgcggagctcctcttaataattgtacc---gcagaaga 19376950  T
Q  208 aaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggtttc 307  Q
    | |  |||||| |||||  | |||||||  ||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  19376951 agaatctaaaaatgcaacacaatctacaaggaatgaggatagtgaatccataagagaatcattgtatctaggcatgggagttggatttgcagtaggtttc 19377050  T
Q  308 tgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||| |||||    
T  19377051 tgggggatttgcggttc 19377067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 19400854 - 19401174
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||     
T  19400854 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgac 19400953  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctct---------taataatt 191  Q
    |||| |||||||| |||| ||||| ||||||||  |||| ||||||| |  ||||| ||||| ||  | ||||| ||||||||         ||| ||||    
T  19400954 ggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaagcttcattggaaatccaaagttatgcggagctcctcttaaaaattgtaaaaatt 19401053  T
Q  192 gtaccataacagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttgg 291  Q
    ||||||    ||||||||||||||||| ||            |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| ||    
T  19401054 gtaccaaggaagaagaaaatcctaaaaatg------------cagagaatgaagatgacgaatctataaaagaatcgttgtaccttggcatgggagtggg 19401141  T
Q  292 atttgcagcaggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19401142 atttgcagtaggtttctgggggatttgtggttc 19401174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 25464175 - 25464501
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgtta-aatttatcttgcaataattttga 99  Q
    ||||||||| |||||||| ||| ||| ||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||| | ||  |||||||||| ||| ||||||||    
T  25464175 tctcgatctttctaataacaagctttgtggtggaattcctcaaagcctggttctcttaaacttttt-gagttatttgaatttatcttacaacaattttga 25464273  T
Q  100 tggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccata 199  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||||||| || || ||||| ||||| ||| | |||||   |||||||||  | ||||||| |    
T  25464274 tggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcggacttcctcttaaagagtgtaccaca 25464373  T
Q  200 acagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggat---gatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttg 296  Q
    | ||||||||||||||||| |||||  || ||| || ||| ||| |||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  25464374 aaagaagaaaatcctaaaaatgcaacaccgtctgcaaagagtgaagataacgatgactctataaaagaatcattgtatctaggcttgggagttggatttg 25464473  T
Q  297 cagcaggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  25464474 caataggtttctgggggatttgtggttc 25464501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 18117093 - 18117404
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgtta-aatttatcttgcaataattttga 99  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | | | ||  |||||||| | ||||||||||||    
T  18117093 tctcgatttttctaataataagctttgtggtgaaattcctcagagcatgtctctcttaa-cttttttgggttatttgaatttatcatacaataattttga 18117191  T
Q  100 tggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccata 199  Q
     ||||||||||||| || ||| |||||||||| |  | |||||||||| || ||||| ||||| ||| | ||||| |||||||||||||| |||||||      
T  18117192 cggaaaaatcccaatagcaacgcaacttcaaagttttaatgcatcaagctacattggcaatccaaaattatgcggcgctcctcttaataactgtaccacg 18117291  T
Q  200 acagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcag 299  Q
      |||||||||||||  || |            ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  18117292 gaagaagaaaatcctggaaat------------acagagaatgaagatgatgaatctataagagagtcattgtatctaggcatgggagtgggatttgcag 18117379  T
Q  300 caggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  18117380 taggtttctgggggatttgtggttc 18117404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 324
Target Start/End: Original strand, 19456438 - 19456744
Alignment:
Q  17 aataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgatggaaaaatcccaacag 116  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |     || |||||||| | ||||||||||||  |||||||||| | ||    
T  19456438 aataagttttgtggtgaaattccacagagcatgtctctcttaacctttttgggttatttgaatttatcatacaataattttgacagaaaaatcccgatag 19456537  T
Q  117 gaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataacagaagaaaatcctaa 216  Q
     ||| |||||||||| |  | | ||||| || || ||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||    
T  19456538 caacgcaacttcaaagttttaacgcatcgagctacattggaaatccaaaattatgcggagctcctcttaataattgtaccaaggaagaagaaaatcctaa 19456637  T
Q  217 aattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggtttctgggggatt 316  Q
     | |||||  ||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||| ||| ||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19456638 gactgcaac-ccatccacagagattgaagatgatgactctataagagaatcaatgtttctcggcttgggagttggatttgcagtaggtttctgggggatt 19456736  T
Q  317 tgtggttc 324  Q
    ||||||||    
T  19456737 tgtggttc 19456744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 19438083 - 19438394
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||    || |||||||| |  |||||||||||     
T  19438083 tctcgatctatctaataacaagttttttggtgaaattcctcaaggcatgtctctcttaacctttttggattatttgaatttatcatataataattttgac 19438182  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    |||| |||||| |  ||||| |||||||||| |  | ||||||| || || ||||| ||||||||| | || || | ||||||||||||||||||||       
T  19438183 ggaagaatcccgatcggaacgcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatcctaaattatgtggagttcctcttaataattgtaccacgg 19438282  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     ||||||||||||||||| ||            |||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  19438283 aagaagaaaatcctaaaaatg------------cagagaatgaagatgatgaatctataagagagtcgttgtatctaggcatgggagttggatttgcagt 19438370  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  19438371 aggtttttgggggatttgtggttc 19438394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 8 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 14895258 - 14894942
Alignment:
Q  8 ctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgatggaaaaa 107  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||| |     || |||||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  14895258 ctctctagtaataagttttatggtgaaattccgcagagcatgtctctcttaacatttttgggttatttgaatttatcttacaacaattttgacggaaaaa 14895159  T
Q  108 tcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataacagaaga 207  Q
    | |||||||||||||||||||||| |  | ||| ||| || || ||||| ||||||||||| ||||| |||||| | |  |||||||||| |  ||||||    
T  14895158 ttccaacaggaactcaacttcaaagttttaatgaatcgagctacattggaaatcctaaactatgcggagctcctgtaaccaattgtaccacagaagaaga 14895059  T
Q  208 aaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggtttc 307  Q
    ||||||||| | || || ||| | |||| ||| ||| || || || ||||||| ||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||| ||||||     
T  14895058 aaatcctaacactgaaaagccttttacacagattgaagacgaggactctataagagaatcaatgtatcttggcatgggaattggatttgcagtaggtttt 14894959  T
Q  308 tgggggatttgtggttc 324  Q
    |||||||||| ||||||    
T  14894958 tgggggatttctggttc 14894942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 18147955 - 18148266
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgtta-aatttatcttgcaataattttga 99  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||| | ||  |||||||| |  |||||||||||    
T  18147955 tctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattcctcagggcatgtctctcttaaccttttt-gagttatttgaatttatcatataataattttga 18148053  T
Q  100 tggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccata 199  Q
     |||| |||||| |  ||||| |||||||||| |  | ||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||      
T  18148054 cggaagaatcccgatcggaacacaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatcctaaactatgcggagctccccttaataattgtaccacg 18148153  T
Q  200 acagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcag 299  Q
      |||||||||||||  || ||||            |||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  18148154 gaagaagaaaatcctggaaatgca------------gagaatgaagatgatgaatctataagagagtcgttgtatttaggcatgggagtgggatttgcag 18148241  T
Q  300 caggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  18148242 taggtttctgggggatttgtggttc 18148266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 324
Target Start/End: Original strand, 16678343 - 16678655
Alignment:
Q  9 tctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgatggaaaaat 108  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||||||||||||| |     || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  16678343 tctctaataataagttttctggtgaaattcctcagagtgcgtctctcttaaactttttgggttatttgaatttgtcttgcaacaattttgacggaaaaat 16678442  T
Q  109 cccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataacagaagaa 208  Q
    ||| | ||||||||||||||||| |  | ||||||| || || ||||| ||||| ||| | ||||| |||||||| || || ||||||| ||   |||||    
T  16678443 cccgataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgcggagctcctctcaaaaactgtaccacaa---aagaa 16678539  T
Q  209 aatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggtttct 308  Q
    ||||||||||   |||  ||||||||||| | ||| ||| ||||  || ||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| | ||||||||    
T  16678540 aatcctaaaaacacaacaccatctacagaaagtgaagataatgatactctaaaagaatcattgtatctgggcttgggagttggttttgcggtaggtttct 16678639  T
Q  309 gggggatttgtggttc 324  Q
    |||| |||||||||||    
T  16678640 ggggtatttgtggttc 16678655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 18109567 - 18109878
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||| | |||||| |     || |||||||| |  ||||||||||||    
T  18109567 tctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattccccagggtatgtctctcttgacctttttgggttatttgaatttatcatataataattttgat 18109666  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    ||||||||||||   || || |||||||||| |  | ||||||| || || ||||| ||||| ||| | || ||  |||||||||||||||||||||       
T  18109667 ggaaaaatcccagtcggtacacaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatccaaaattatgtggatctcctcttaataattgtaccacgg 18109766  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     |||||||||| ||||||||            || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||     
T  18109767 aagaagaaaattctaaaatt------------actgagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtaccttggtatgggagtgggatttgcagt 18109854  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  18109855 aggtttctgggggatttgtggttc 18109878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 19462317 - 19462628
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgtta-aatttatcttgcaataattttga 99  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| | | | ||  |||||||| | ||||||||||||    
T  19462317 tctcgatttttctaataataagctttgtggtgaaattcctcggagcatgtctctcttaa-cttttttgggttatttgaatttatcatacaataattttga 19462415  T
Q  100 tggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccata 199  Q
     ||||||||||||| || ||| |||||||||| |  | |||||||||| || ||||| ||||| ||| | ||||| |||||||||||||| |||||||      
T  19462416 cggaaaaatcccaatagcaacgcaacttcaaagttttaatgcatcaagctacattggcaatccaaaattatgcggtgctcctcttaataactgtaccacg 19462515  T
Q  200 acagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcag 299  Q
      |||||||||||||  || |            ||||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  19462516 gaagaagaaaatcctggaaat------------acagagaatgaagatgatgaatctataagagagtcgttgtatttaggcatgggagtgggatttgcag 19462603  T
Q  300 caggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
     |||||||||||| |||||||||||    
T  19462604 taggtttctggggcatttgtggttc 19462628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 17950960 - 17951271
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgtta-aatttatcttgcaataattttga 99  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||| | |||||| ||| | ||  |||||||| |  |||||||||||    
T  17950960 tctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattcctcatggtatgtctctcttgaccttttt-gagttatttgaatttatcatataataattttga 17951058  T
Q  100 tggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccata 199  Q
    ||||||||||||    || || |||||||||| |  | ||||||| || || ||||| |||| |||| | || ||  ||||||||||||||||| |||      
T  17951059 tggaaaaatcccggtcggtacacaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggcaatcttaaattatgtggatctcctcttaataattgttccacg 17951158  T
Q  200 acagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcag 299  Q
      ||||||||||||||||| ||||            ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||    
T  17951159 gaagaagaaaatcctaaaaatgca------------gagaatgaggatgatgaatctctaaaagaatcattgtaccttggtatgggagtgggatttgcag 17951246  T
Q  300 caggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  17951247 taggtttctgggggatttgtggttc 17951271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 89 - 317
Target Start/End: Original strand, 18104721 - 18104937
Alignment:
Q  89 aataattttgatggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaata 188  Q
    ||||||||||| |||| |||||| || ||||| |||||||||| |  | |||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  18104721 aataattttgacggaagaatcccgaccggaacacaacttcaaagttttaatgcatcaagctacattggcaatcctaaactatgcggagctcctcttaata 18104820  T
Q  189 attgtaccataacagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagt 288  Q
    | |||||||  | |||||||||||||  || ||            ||||||||||  ||||||||||||||| ||| || |||||| |||| ||||||||    
T  18104821 actgtaccaggaaagaagaaaatcctggaaatg------------cagagaatgaaaatgatgaatctataagagagtcgttgtatttaggcatgggagt 18104908  T
Q  289 tggatttgcagcaggtttctgggggattt 317  Q
     |||||||||| ||| |||| ||||||||    
T  18104909 gggatttgcagtaggattcttggggattt 18104937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Original strand, 18104471 - 18104529
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaa 59  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  18104471 tctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattcctcaggacatgactctcttaa 18104529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 2 - 324
Target Start/End: Original strand, 8460692 - 8461014
Alignment:
Q  2 ctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgatg 101  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |    
T  8460692 ctcgacctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacg 8460791  T
Q  102 gaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataac 201  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| |  | ||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||  |     
T  8460792 gaaaaatcccaattggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattggaaatcctaaactgtgcggagctcctcttagtagttgtaccacgaa 8460891  T
Q  202 agaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagca 301  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||      
T  8460892 agaagaaaatcctaaaactgcaatgccgtctacagagaatgaagatgatgactctataagagaatcattgtatcttggcatgggagttggatttgcagtg 8460991  T
Q  302 ggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  8460992 ggtttttgggggatttgtggttc 8461014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 9 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 13665817 - 13665500
Alignment:
Q  9 tctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtg--ttaaatttatcttgcaataattttgatggaaaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||| ||      || |||||||||  ||| |||||||| ||||||    
T  13665817 tctctaataataagttttttggtgaaattcctcggagcatgtctatcttaacctttttggaatatatttgaatttatctcacaacaattttgacggaaaa 13665718  T
Q  107 atcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataacagaag 206  Q
    ||||| | ||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  13665717 atccctataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgtggagctcctcttaataattgtaccatgaaagaag 13665618  T
Q  207 aaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagcaggttt 306  Q
    ||||||||| || |||||  ||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||| | || || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  13665617 aaaatcctagaactgcaacaccatctacaaagaatgaagatgacgactctataaaagaatcattgaaccttggcatgggggttggatttgcagcaggttt 13665518  T
Q  307 ctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  13665517 ctgggggatatgtggttc 13665500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 15536658 - 15536981
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||  | |||||| |||||| |     || ||||||||||||||||||||  ||    
T  15536658 tctcgatctctctaataataagttttatggtgaaattcctcaaaacatgtttgtcttaacctttttgggttatttgaatttatcttgcaataatttcaat 15536757  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||||| |  | ||||||| ||||| |||| |||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||  |    
T  15536758 ggaaaaatcccaattggaacacaacttcaaagttttaatgcatcgagttacattgagaatcctaaactgtgtggagctcctctcaataattgtaccaaga 15536857  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     |||||||||||| ||||  ||||  ||||| ||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  15536858 aagaagaaaatcccaaaaccgcaacaccatccacagagaatgaagatgatgactctaacaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcggt 15536957  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15536958 aggtttctgggggatttgtggttc 15536981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 2709448 - 2709127
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  2709448 tctcgatctctctaacaataaattttttggtgaaattcctcagagcatggctatcataacctatttagaggttttaaatttatcttgcaataattttaat 2709349  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| | |  | |||| || || || |||||||| ||  || | ||||| ||||||||||| || |||||   |     
T  2709348 ggaaaaatcccaatagggactcaacttcagagttttaatgcttcgagctacattgggaacccacaattatgcggagctcctcttaaaaactgtactgcag 2709249  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     ||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||  || || || || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  2709248 aagaagaaaatcataaaaaggcaatgccatctagaggaaaagaagacgacgaatctataagagaatcattgtatctaggcatgggagttggatttgcagt 2709149  T
Q  301 aggtttctgggggatttgtggt 322  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  2709148 aggtttttgggggatttgtggt 2709127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 2)
Name: scaffold0274
Description:

Target: scaffold0274; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 21710 - 22034
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |     || || ||||||||||| |||||| |     
T  21710 tctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcggagcatgtctcacttaaactttttgggttatttgaacttatcttgcaacaattttaac 21809  T
Q  101 ggaaaaatcccaacagga-actcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccata 199  Q
    ||||  || ||||  ||  ||||||||||||| |  | ||||||| || |||||||  |||||  || | |||||  |||||||||| || | ||||| |    
T  21810 ggaactataccaaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgcggaactcctcttaaaaactataccaca 21909  T
Q  200 acagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcag 299  Q
      ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  21910 gaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatatacagagaatgaagatgatgactctgcaaaagagtcattgtatcttggcatgggggttggatttgcag 22009  T
Q  300 caggtttctgggggatttgtggttc 324  Q
      |||||||||||||||| ||||||    
T  22010 ttggtttctgggggatttttggttc 22034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 2445 - 2129
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgtta-aatttatcttgcaataattttga 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| || |   | ||  || ||||||||||| |||||| |    
T  2445 tctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcggagcatgtctcacttaaacttcttgggtttatttgaacttatcttgcaacaattttaa 2346  T
Q  100 tggaaaaatcccaacagga-actcaacttcaaactcgtga-tgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtacca 197  Q
     ||||  || ||||  ||  ||||||||||||| |  | | |||||| || |||||||  |||||  || | |||||  |||||||||| || |||||||    
T  2345 cggaactataccaaatggggactcaacttcaaagtttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgcggaactcctcttaaaaactgtacca 2246  T
Q  198 taacagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgc 297  Q
       ||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||| || |||||  ||||||||||    
T  2245 ---cagaagaaaatcctataactgcaaagccatatacagagaatgaagatgatgactctgcaaaagagtcattgtatcttggcatggggattggatttgc 2149  T
Q  298 agcaggtttctgggggattt 317  Q
    ||  ||||||||||||||||    
T  2148 agttggtttctgggggattt 2129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0271 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0271
Description:

Target: scaffold0271; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 11626 - 11942
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || |     || || ||||||||||| |||||| |     
T  11626 tctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctcacttaaacttcttgggttatttgaacttatcttgcaacaattttaac 11725  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    ||||  || ||||  || ||||||||||||| |  | ||||||| || |||||||  |||||  || | ||| |  |||||||||| |  ||||||| ||    
T  11726 ggaactataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgcagaactcctcttaaaagctgtaccacaa 11825  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
     ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||| || |||||  ||||||||||||     
T  11826 aagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatatacagagaatgaagatgatgactctgcaaaagagtcattgtatcttggcatggggattggatttgcagt 11925  T
Q  301 aggtttctgggggattt 317  Q
     ||||||||||||||||    
T  11926 tggtttctgggggattt 11942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0640
Description:

Target: scaffold0640; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 6531 - 6844
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || |     || || ||||||||||| |||||| |     
T  6531 tctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctcacttaaacttcttgggttatttgaacttatcttgcaacaattttaac 6630  T
Q  101 ggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccataa 200  Q
    ||||  || ||||  || ||||||||||||| |  | ||||||| || |||||||  |||||  || | |||||  |||||||||| || |||||||       
T  6631 ggaactataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgcggaactcctcttaaaaactgtacca--- 6727  T
Q  201 cagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcagc 300  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||| || |||||  ||||||||||||     
T  6728 cagaagaaaatcctataactgcaaagccatatacagagaatgaagatgatgactctgcaaaagagtcattgtatcttggcatggggattggatttgcagt 6827  T
Q  301 aggtttctgggggattt 317  Q
     ||||||||||||||||    
T  6828 tggtttctgggggattt 6844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0648 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0648
Description:

Target: scaffold0648; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 2976 - 2663
Alignment:
Q  1 tctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggtgttaaatttatcttgcaataattttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |     || || ||||||||||| |||||| |     
T  2976 tctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcggagcatgtctcacttaaactttttgggttatttgaacttatcttgcaacaattttaac 2877  T
Q  101 ggaaaaatcccaacagga-actcaacttcaaactcgtgatgcatcaagttatattgggaatcctaaactttgcggggctcctcttaataattgtaccata 199  Q
    ||||  || ||||  ||  ||||||||||||| |  | ||||||| || |||||||  |||||  || | |||||  |||||||||| || | ||||| |    
T  2876 ggaactataccaaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctatattgccaatccagaattatgcggaactcctcttaaaaactataccaca 2777  T
Q  200 acagaagaaaatcctaaaattgcaatgccatctacagagaatgaggatgatgaatctataaaagaatcattgtatctagggatgggagttggatttgcag 299  Q
      ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  2776 gaagaagaaaatcctaaaactgcaaagccatatacagagaatgaagatgatgactctgcaaaagagtcattgtatcttggcatgggggttggatttgcag 2677  T
Q  300 caggtttctggggg 313  Q
      ||||||||||||    
T  2676 ttggtttctggggg 2663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University