View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19857_low_2 (Length: 856)

Name: NF19857_low_2
Description: NF19857
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19857_low_2
NF19857_low_2
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (19-839)||(17440868-17441688)
chr2 (186-280)||(17446954-17447048)
[»] chr6 (41 HSPs)
chr6 (139-450)||(33387495-33387806)
chr6 (47-310)||(33261842-33262117)
chr6 (529-813)||(33304176-33304478)
chr6 (504-808)||(9166428-9166741)
chr6 (169-439)||(33303855-33304119)
chr6 (135-303)||(33409303-33409477)
chr6 (504-807)||(33644560-33644881)
chr6 (230-406)||(33644952-33645128)
chr6 (174-303)||(28870678-28870806)
chr6 (549-807)||(33057290-33057554)
chr6 (135-303)||(33398391-33398565)
chr6 (186-312)||(33407756-33407882)
chr6 (548-809)||(33262337-33262616)
chr6 (544-808)||(33387861-33388143)
chr6 (188-406)||(33284987-33285205)
chr6 (546-809)||(33271513-33271782)
chr6 (186-312)||(33396806-33396932)
chr6 (548-803)||(33285305-33285581)
chr6 (181-406)||(9166135-9166357)
chr6 (174-312)||(33281096-33281234)
chr6 (189-313)||(33271219-33271343)
chr6 (722-807)||(33398957-33399042)
chr6 (117-303)||(33358220-33358423)
chr6 (568-690)||(28870318-28870446)
chr6 (713-806)||(33409866-33409959)
chr6 (47-122)||(33282168-33282243)
chr6 (252-406)||(31563227-31563381)
chr6 (47-121)||(33387382-33387456)
chr6 (547-693)||(31562970-31563122)
chr6 (169-297)||(33056937-33057062)
chr6 (591-688)||(33398832-33398929)
chr6 (509-597)||(33358605-33358693)
chr6 (546-693)||(33409687-33409840)
chr6 (47-122)||(33283898-33283973)
chr6 (722-808)||(28870188-28870274)
chr6 (127-222)||(31563391-31563498)
chr6 (371-450)||(33358494-33358567)
chr6 (47-122)||(33397969-33398044)
chr6 (47-122)||(33408879-33408954)
chr6 (722-772)||(33358799-33358849)
chr6 (355-409)||(33409529-33409583)
[»] scaffold0428 (4 HSPs)
scaffold0428 (47-312)||(5615-5892)
scaffold0428 (546-806)||(6099-6377)
scaffold0428 (174-312)||(13018-13156)
scaffold0428 (47-122)||(12009-12084)
[»] scaffold1408 (2 HSPs)
scaffold1408 (546-806)||(353-631)
scaffold1408 (173-312)||(7-146)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (544-695)||(31499199-31499356)
chr4 (713-813)||(31479022-31479122)
chr4 (713-793)||(31504227-31504307)
chr4 (544-809)||(31472565-31472851)
chr4 (722-798)||(31148191-31148267)
chr4 (715-806)||(31157122-31157213)
chr4 (610-688)||(31157002-31157080)
chr4 (244-301)||(31485298-31485355)
chr4 (542-595)||(31504437-31504490)
chr4 (173-314)||(31499553-31499694)
chr4 (230-301)||(31479558-31479629)
chr4 (641-695)||(31148107-31148161)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 739; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 739; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 17441688 - 17440868
Alignment:
Q  19 atcatggaaaagttaacaagannnnnnngaattatcttccgtacctttgcttgttgttgacaacagagattgttgttgcggttgatttgttatcacttgt 118  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17441688 atcatggaaaagttaacaagatttttttgaattatcttccgtacctttgcttgttgttgacaacagagattgttgttgcagttgatttgttatcacttgt 17441589  T
Q  119 tgactttcttctttgtgaagtagttatgacttgtgagatgaatgattcttgttctggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagcc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17441588 tgactttcttctttgtgaagtagttatgacttgtgagatgaatgattcttgttctggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagcc 17441489  T
Q  219 aaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcaccttcatacccaaagctt 318  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17441488 aaggttttttcgtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcacctccatacccaaagctt 17441389  T
Q  319 gccccttaaaaatttcaaaactgatttctcgaaatgcatgataggactcacagtggaagtagattatccataggtgacttgatttggttgttatcgtaac 418  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17441388 gcccctcaaaaatttcaaaacggatttctcgaaatgcatgataggactcacagtggaagtagattatccatatgtgacttgatttggttgttatcgtaac 17441289  T
Q  419 aagacttccattgagaattaccggaacactcacagttattctactcagagacttatccgacttatgcttattaaatggatatttcaaaaccagttccata 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17441288 aagacttccattgagaattaccggaacactcacagttattctactcagagacttatctgacttacgcttattaaatggatatttcaaaaccagttccata 17441189  T
Q  519 tgggccaacgatggaaacctcccacgatgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattattgtcatgcttaataggagattggt 618  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17441188 tgggccgacgatggaaacctcccacgatgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattattgtcatgcttaataggagattggt 17441089  T
Q  619 ctattcttattgaatcaccaacgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcctattcaaatagaaagagtttgc 718  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17441088 ctattcttattgaatcacccacgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcctattcaaatagaaagggtttgc 17440989  T
Q  719 cttaatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcctgtaggccggtaa 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17440988 cttaatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcctgtaggccggtaa 17440889  T
Q  819 tatccgccctcaactcgttcc 839  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  17440888 tatccgccctcaactcgttcc 17440868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 186 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 17447048 - 17446954
Alignment:
Q  186 tcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacataccca 280  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||       || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17447048 tcttcaatttcaaaaatcttgcacttctgagccaaggaattttcgttattcaacattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacataccca 17446954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 151; Significance: 2e-79; HSPs: 41)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 139 - 450
Target Start/End: Original strand, 33387495 - 33387806
Alignment:
Q  139 tagttatgacttgtgagatgaatgattcttgttctggttgt------gtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtg 232  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||      ||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||       |||    
T  33387495 tagttatgacttgtgacatgaatgattcttgttgtggttgtagttgtgtcccatcttcaattgccaaaatcttacacttcggagccaaggaattttcgtg 33387594  T
Q  233 attcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcaccttcatacccaaagcttgccccttaaaaatt 332  Q
    ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  33387595 atttatcattggtaagttgaattcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcacctccatacccaaagcttgccccttaaaaatg 33387694  T
Q  333 tcaaaactgatttctcgaaatgcatgataggactcacagtggaagtagattatccataggtgacttgatttggttgttatcgtaacaagacttccattga 432  Q
    ||||||| ||| | || |||| |||   ||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||| ||||||||    
T  33387695 tcaaaacagatatttccaaattcatccgaggactctcgtgggaagtagattatccataggtgacttgatttgg------tcgtaacaagacctccattga 33387788  T
Q  433 gaattaccggaacactca 450  Q
    |||| || ||||||||||    
T  33387789 gaatgactggaacactca 33387806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 47 - 310
Target Start/End: Original strand, 33261842 - 33262117
Alignment:
Q  47 gaattatcttccgtacctttgcttgttgttgacaacagagattgttgttgcggttgatttgttatcacttgttgactttcttctttgtgaagtagttatg 146  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||  ||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  33261842 gaattatcttcagtacctctgcttgcggttgaaaacagagattgtttttgcgtttgacttgttatcacttgttgacttttttctctgtgaagtagttatg 33261941  T
Q  147 acttgtgagatgaatgattcttgttc------------tggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgat 234  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||        ||||    
T  33261942 acttgtgaggtgaatgattcttgttctgattgtggttgtggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttacatttcgaagccaaggatttttcatgat 33262041  T
Q  235 tcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcaccttcatacc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33262042 tcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaatgatacccgcaactcttcacctccatacc 33262117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 529 - 813
Target Start/End: Original strand, 33304176 - 33304478
Alignment:
Q  529 atggaaacctcccacgatgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatat------tattgtcatgcttaataggagattggtctat 622  Q
    |||||||| ||| || || |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||      ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  33304176 atggaaacatccaacaatcaggtgccatggaaaataccgcacaacatagaaagccaatgatataattgttattgtcatgcataataggagatcggtctat 33304275  T
Q  623 tcttattgaatcaccaacgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcctattcaaa----------tagaaa-- 710  Q
    |  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||| || ||||          ||| |       
T  33304276 ttgtattgaatcacccacgctcttattgttgatccaaattggtatttcatttcctggagtaacaatttgaatccaat-caaaggacgtagggtaggattg 33304374  T
Q  711 -gagtttgccttaatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcctgta 809  Q
     |||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33304375 tgagtttgcctcaatgaattgtgtcaaccatgaaaatgtcatgctactgcaacgttccctctcacccaattttggacagttgaaaatgaacaatcctgta 33304474  T
Q  810 ggcc 813  Q
    ||||    
T  33304475 ggcc 33304478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 504 - 808
Target Start/End: Original strand, 9166428 - 9166741
Alignment:
Q  504 aaaaccagttccatatgggccaacgatggaaacctcccacgatgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgata------ttattgt 597  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||| ||||| | ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||      |||||||    
T  9166428 aaaaccagttccatacgggccggcgatgaaaacccctcaccacgaggtgccatggagaatactgcacaacatacaaagccaatgatattattgttattgt 9166527  T
Q  598 catgcttaataggagattggtctattcttattgaatcaccaacgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcct 697  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||  ||| ||| || | ||||||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||    
T  9166528 catgcataataggagttaggtctattggtatcgaaccatccacgctccgattgttgatccaacttggtatttcaattcctggcgtaacaatttgaatcct 9166627  T
Q  698 attcaaatagaa---agagtttgccttaatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaag 794  Q
    ||  || | | |    | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| | |||| ||||| ||||||||||||     
T  9166628 atcaaagtgggatggtgggtttgcctgaataaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgcaatgttccttatcactcaattctggacagttgaaa 9166727  T
Q  795 atgaacaatcctgt 808  Q
    |||| |||||||||    
T  9166728 atgaccaatcctgt 9166741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 169 - 439
Target Start/End: Original strand, 33303855 - 33304119
Alignment:
Q  169 gttctggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttg 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||         ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||     
T  33303855 gttctggttgtgtctcatcttcaattgccaaattcttgcacttcccagccaagaaattttcttgattcatcattgttaagttgaattcttgcaggtcttc 33303954  T
Q  269 tttacatacccaacgatacccgcaactcttcaccttcatacccaaagcttgccccttaaaaatttcaaaactgatttctcgaaatgcatgataggactca 368  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||  ||| |||  |||| |||||| | ||||  ||||| |  |||| ||  |||||||||     
T  33303955 tttacatacccaccgatacccgcaactcttcacctccaaactaaaatcttcaccctcaaaaatattaaaatggattttttcaaattcactataggactct 33304054  T
Q  369 cagtggaagtagattatccataggtgacttgatttggttgttatcgtaacaagacttccattgagaattac 439  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||      || ||||||||| |||||||||||||||    
T  33304055 cgggggaagtagattatccataggtgacttgatttgg------tcataacaagacctccattgagaattac 33304119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 135 - 303
Target Start/End: Original strand, 33409303 - 33409477
Alignment:
Q  135 gaagtagttatgacttgtgagatgaatgattcttgttctggttgtg------tctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnn 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||          
T  33409303 gaagtagttatgacttgtgagatgaatgattcttgttctggttgtggttgtgtctcgccttcaattgccataatcttacacttctgagccaaggaatttt 33409402  T
Q  229 ngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcacct 303  Q
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33409403 catgattcatcattgtgaagttgaacttttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaacttttcacct 33409477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 504 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 33644881 - 33644560
Alignment:
Q  504 aaaaccagttccatatgggccaacgatggaaacctcccacgatgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattattgt------ 597  Q
    ||||| |||||||||  || | ||||||||| || || |||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||          
T  33644881 aaaactagttccataatggtcgacgatggaacccgcctacgacgtggtgccatggtaaatactgcacaacatacaaatccaatgatattattgttattgt 33644782  T
Q  598 catgcttaataggagattggtctattcttattgaatcaccaacgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcct 697  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||  |||||||| ||| || || | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| ||||    
T  33644781 catgcataataggagattcgtctatttgtattgaataacccacactttgattgttgatccaacttggtatttcacttcctggagttacaatttgagtcct 33644682  T
Q  698 attcaaataga------aaga------gtttgccttaatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttgga 785  Q
    ||  || |||       | ||      |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| |    
T  33644681 atcaaagtaggttgggtaggattgtaggtttgcctgaatgaattgtatcatccatgaaaatgtcatgctcctgcaacgttccctctcacccaattttgaa 33644582  T
Q  786 cagttgaagatgaacaatcctg 807  Q
    |||||||| |||| ||||||||    
T  33644581 cagttgaaaatgaccaatcctg 33644560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 230 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 33645128 - 33644952
Alignment:
Q  230 gtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcaccttcatacccaaagcttgccccttaaaa 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| || || ||||    
T  33645128 gtgattcatcattgttaagttgaactattgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccacaactcttcaccttcatacccagaccttccctctcaaaa 33645029  T
Q  330 atttcaaaactgatttctcgaaatgcatgataggactcacagtggaagtagattatccataggtgacttgatttggt 406  Q
    || ||||||  ||||  || |||| ||| |||||| || |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33645028 atgtcaaaatagattcttccaaattcattataggaatctcgagggaagtagattatccataggtgacttgatttggt 33644952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 174 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 28870806 - 28870678
Alignment:
Q  174 ggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttac 273  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28870806 ggttgtgtcccatcttcaatttccaaaatcttgaacttctgagccaaggaatttttgtg-ttcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttac 28870708  T
Q  274 atacccaacgatacccgcaactcttcacct 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28870707 atacccaacgatacccgcaactcttcacct 28870678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 549 - 807
Target Start/End: Original strand, 33057290 - 33057554
Alignment:
Q  549 ggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattattgtcat------gcttaataggagattggtctattcttattgaatcaccaacgc 642  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      || ||||||||||| ||||||||  |||||||| ||| |  |    
T  33057290 ggtgccatcgtaaatgctgcacaacatacaataccaatgatattattgtcattgtcatgcctaataggagatcggtctattgctattgaataacccatcc 33057389  T
Q  643 tcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcctattca-aatagaaa---gagtttgccttaatgaattgcatcatcc 738  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||    ||| || || ||   | ||||||||||||||||||  ||||||    
T  33057390 tctgattgttgatccaacttggtatttcacttcctggattaactatttgaatc----tcagaagaggaacgtgggtttgccttaatgaattgtttcatcc 33057485  T
Q  739 atgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcctg 807  Q
    || ||| ||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  33057486 ataaaagtgtcatgctcctgcaatgttccctctcacccaattttggacagttgaaaatgagcaatcctg 33057554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 135 - 303
Target Start/End: Original strand, 33398391 - 33398565
Alignment:
Q  135 gaagtagttatgacttgtgagatgaatgattcttgttctggttgtg------tctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnn 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||  |||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||          
T  33398391 gaagtagttatgacttgtgagatgaatgattcttgttctggttgtggttgtgtctcgccttcaattgccataatcttacacttttgagcaaaggaatttt 33398490  T
Q  229 ngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcacct 303  Q
      |||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33398491 catgattcatcattgtgaagttcaactttcgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcacct 33398565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 186 - 312
Target Start/End: Original strand, 33407756 - 33407882
Alignment:
Q  186 tcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgat 285  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33407756 tcttcaatttccaaaatcttgcacttctgagccaaggaattttcgtgattcatcattgttaagttgaacttttgtaggtcttgtttacatacccaactat 33407855  T
Q  286 acccgcaactcttcaccttcataccca 312  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||    
T  33407856 acccgcagctcttcaccttcgtaccca 33407882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 548 - 809
Target Start/End: Original strand, 33262337 - 33262616
Alignment:
Q  548 aggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattattgt------catgcttaataggagattggtctattcttattgaatcaccaacg 641  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||      ||||| ||||||||| |||||||| |  |||||||||||| | |    
T  33262337 aggtgtcatggaaaatacaacacaacatagaaagccaatgatattattgttattatcatgcataataggagtttggtctactggtattgaatcacccatg 33262436  T
Q  642 ctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcctattcaaata------gaaaga------gtttgccttaatgaatt 729  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| |  || ||||||      | | ||      || ||| | ||||||||    
T  33262437 ctctgattgttgatccaacttggtatttcatttcctggactaacaatttgaaactcatccaaataagtagggtaggattgttggtatgcttgaatgaatt 33262536  T
Q  730 gcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcctgta 809  Q
    |  || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  33262537 gtgtcgtccatgaaaatgtcatgctactgcaacgttccctctcacccaattttggacagttgaaaatgaccaatcctgta 33262616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 544 - 808
Target Start/End: Original strand, 33387861 - 33388143
Alignment:
Q  544 gatgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattattgt------catgcttaataggagattggtctattcttattgaatcacc 637  Q
    |||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||      ||||| |||||||  ||| |||||||  ||||||||||||    
T  33387861 gatgaggttccattgtaaatactgcacaacatagaaagccaatgatattattgttattgtcatgcataataggcaatttgtctattagtattgaatcacc 33387960  T
Q  638 aacgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcctattcaaatagaaagagt------------ttgccttaatg 725  Q
     | ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||| |||||| |||  ||||||  || ||            ||||||||||     
T  33387961 catgctctgattgttgatccaactcggtatttcacttcctgtagtaacaatttgaatcgtatcaaaataggcagggtaggtttgtcggtttgccttaata 33388060  T
Q  726 aattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcctgt 808  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||    
T  33388061 aattgtgtcatccatgaaaatgtcatgctactgcaacactccctatcacccagttttggacagttgaaaacgatcaatcctgt 33388143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 188 - 406
Target Start/End: Original strand, 33284987 - 33285205
Alignment:
Q  188 ttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatac 287  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33284987 ttcaattgccataatcttacacttcggagccaaggatattttgtgattcatcattgttaaattgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatat 33285086  T
Q  288 ccgcaactcttcaccttcatacccaaagcttgccccttaaaaatttcaaaactgatttctcgaaatgcatgataggactcacagtggaagtagattatcc 387  Q
    || ||||| ||||||| |||||||||| |||  |||  || ||| | | ||||||||| |  ||||  || ||||||||| |    || |||||||||||    
T  33285087 ccacaactgttcacctccatacccaaatcttcacccccaacaatgtaacaactgattttttcaaatttatcataggactctctagagaggtagattatcc 33285186  T
Q  388 ataggtgacttgatttggt 406  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  33285187 atagatgacttgatttggt 33285205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 546 - 809
Target Start/End: Original strand, 33271513 - 33271782
Alignment:
Q  546 tgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattattgtcatgcttaataggagattggtctattcttattgaatcaccaacgctct 645  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||   ||||| ||  || |||    ||||||  ||| |||||||| | |||||    
T  33271513 tgaggtgccacggaaaatactacacagcatacaaagccaatggtattat---catgcatagcagaagagaattctattggtatcgaatcacccatgctct 33271609  T
Q  646 tattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcctattcaaatagaaa---gagtttgccttaatgaattgcatcatccatga 742  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | |||||||| |  |||||||||  |    | ||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  33271610 gattgttgatccaacttggtatttcacttcctggagttataatatgaaactcattcaaataagattgcgggtttgccataatgaattgtatcatccatga 33271709  T
Q  743 aaatgtcatgctactgtaacattccctctcac------ccaattttggacagttgaagatgaacaatcctgta 809  Q
    |||||||| ||||||| ||| |||||||||||      ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  33271710 aaatgtcaagctactgcaacgttccctctcacagtcagccaattttggacagttgaaaatgaccaatcctgta 33271782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 186 - 312
Target Start/End: Original strand, 33396806 - 33396932
Alignment:
Q  186 tcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgat 285  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||        ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33396806 tcttcaatttccaaaatcttgcacttctgaaccaaggaattttcatgattcatcattgttaagttgaacttttgtaggtcttgtttacatacccaactat 33396905  T
Q  286 acccgcaactcttcaccttcataccca 312  Q
    ||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  33396906 acctgcagctcttcacctccataccca 33396932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 548 - 803
Target Start/End: Original strand, 33285305 - 33285581
Alignment:
Q  548 aggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattat------tgtcatgcttaataggagattggtctattcttattgaatcaccaacg 641  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||      |||||||| |||||||||||  |||||||  |||||||  ||| |||    
T  33285305 aggtgccacggaaaacactgcacaacatacaaagccaatgatattattgttattgtcatgcataataggagatctgtctattggtattgaactacccacg 33285404  T
Q  642 ctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcctattcaaata------------gaaagagtt----tgccttaatg 725  Q
    |||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||             |||| |||    |||||  |||    
T  33285405 ctctgattattaatccaacttggtatttcacttcctggagtaacaatatgaatcc-cttcaaataaggacgcagggtaaaagtgttggtatgcctggatg 33285503  T
Q  726 aattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaat 803  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  33285504 aattgtatcatccatgaaaatgccatgctactgcaacgttccctttcacctaattttggacagttgaaaatgaccaat 33285581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 181 - 406
Target Start/End: Original strand, 9166135 - 9166357
Alignment:
Q  181 tctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacataccca 280  Q
    ||||||| | |||||||||| |||||||| || ||||||| |       ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9166135 tctcatcctaaattgccaaagtcttgcacgtccgagccaatgatttttcgtgattcatc---gttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacataccca 9166231  T
Q  281 acgatacccgcaactcttcaccttcatacccaaagcttgccccttaaaaatttcaaaactgatttctcgaaatgcatgataggactcacagtggaagtag 380  Q
    ||| || || ||| |||||||||||||| ||||| |||  |||  || ||| ||||||  ||||| || |||| |||  |||||||| | | ||| ||||    
T  9166232 acggtatccacaagtcttcaccttcatatccaaaccttcaccccgaataatgtcaaaatggatttttccaaattcatcgtaggactctcgggggaggtag 9166331  T
Q  381 attatccataggtgacttgatttggt 406  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||    
T  9166332 attatccataggtgactggatttggt 9166357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 174 - 312
Target Start/End: Original strand, 33281096 - 33281234
Alignment:
Q  174 ggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttac 273  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  33281096 ggttgtgtcccatcttcaatttccaaaatcttgcacttctgagccaaggaagcttcatgattcattattgttaaactgaactcttgtaggtcttgtttac 33281195  T
Q  274 atacccaacgatacccgcaactcttcaccttcataccca 312  Q
    |||  ||||||| | ||||||||||||||| | ||||||    
T  33281196 atattcaacgatgcacgcaactcttcacctccgtaccca 33281234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 189 - 313
Target Start/End: Original strand, 33271219 - 33271343
Alignment:
Q  189 tcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacc 288  Q
    ||||||||||||||||| || ||  |||||||||       |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33271219 tcaattgccaaaatcttacattttggagccaaggaattttcgtgattcagcattgttatattgaactcttgtaggtcttgtttacatatccaacgatacc 33271318  T
Q  289 cgcaactcttcaccttcatacccaa 313  Q
    ||||||||||||||| |||||||||    
T  33271319 cgcaactcttcacctccatacccaa 33271343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 722 - 807
Target Start/End: Original strand, 33398957 - 33399042
Alignment:
Q  722 aatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcctg 807  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  33398957 aatgaattgtatcatccatgaaaatgtcatgctactgcaacgttccctctcacccaattttgaacagttgaaaatgaccaatcctg 33399042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 117 - 303
Target Start/End: Original strand, 33358220 - 33358423
Alignment:
Q  117 gttgactttcttctttgtgaagtagttatgacttgtgagatgaatgattcttgttct------------------ggttgtgtctcatcttcaattgcca 198  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||| |||| ||||||||||||||    
T  33358220 gttgactttcttctctgtgaagtaattatgacttgtgagatgaatgattcttgttctagttgcggttgcggttgcggttgcgtctaatcttcaattgcca 33358319  T
Q  199 aaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactctt 298  Q
    |||||||||| |||  ||  |||        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||    
T  33358320 aaatcttgcatttcccagttaagagattttcgtgattcatcattgtgaagttgaactcttgtaggtcttgttta-aaacccaacgatactcacaactctt 33358418  T
Q  299 cacct 303  Q
    |||||    
T  33358419 cacct 33358423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 568 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 28870446 - 28870318
Alignment:
Q  568 cacaacatacaaaaccaatgatattattgtcatgct------taataggagattggtctattcttattgaatcaccaacgctcttattgttgatccaact 661  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |      |||||||||||| |||||||  ||||||| |||| | ||||| |||||| ||||||||    
T  28870446 cacaacatacaaagccaatgatattattgttattgtcatttataataggagattcgtctatttgtattgaaccacccatgctctgattgttaatccaact 28870347  T
Q  662 tggtatttcgcttcctggactaacaatat 690  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  28870346 tggtatttcacttcctggagtaacaatat 28870318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 713 - 806
Target Start/End: Original strand, 33409866 - 33409959
Alignment:
Q  713 gtttgccttaatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcct 806  Q
    |||||||| |||||| ||   ||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33409866 gtttgcctgaatgaaatgtgccatccatgaaattgtgatgctactgcaacgttccctctcaaccaattttggacagttgaaaatgaacaatcct 33409959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 47 - 122
Target Start/End: Original strand, 33282168 - 33282243
Alignment:
Q  47 gaattatcttccgtacctttgcttgttgttgacaacagagattgttgttgcggttgatttgttatcacttgttgac 122  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  33282168 gaattatcttcagtacctctgcttgcagttgacaacagagattgtttttgcggttgacttgttagcacttgttgac 33282243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 252 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 31563381 - 31563227
Alignment:
Q  252 aactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcaccttcatacccaaagcttgccccttaaaaatttcaaaactgatttctcgaa 351  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    ||  ||   ||  |||||| ||||||  ||||| |||||    
T  31563381 aactcttgtaggtcatgtttacatacccaacgatatccgcaactcttcaccctcataggtgaaattttagccgaaaaaatgtcaaaatggatttttcgaa 31563282  T
Q  352 atgcatgataggactcacagtggaagtagattatccataggtgacttgatttggt 406  Q
    || |||||   ||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31563281 attcatgacgtgaccctcgagggaagtagattatccataggtgacttgatttggt 31563227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 47 - 121
Target Start/End: Original strand, 33387382 - 33387456
Alignment:
Q  47 gaattatcttccgtacctttgcttgttgttgacaacagagattgttgttgcggttgatttgttatcacttgttga 121  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  33387382 gaattatcttcagtacctctgcttgcggttgacaacagagattgtttttgcggttaacttgttatcacttgttga 33387456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 547 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 31563122 - 31562970
Alignment:
Q  547 gaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatat------tattgtcatgcttaataggagattggtctattcttattgaatcaccaac 640  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||      ||||||||||| ||  ||||||    ||||||  |||||||||||| |     
T  31563122 gaggcgccacggaaaatactgcacaacatacaaagccaatgatatcattgatattgtcatgcataggaggagagaactctattggtattgaatcacccat 31563023  T
Q  641 gctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaa 693  Q
    ||| | ||||||||||||| | |||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  31563022 gctatgattgttgatccaattcggtatttcacttcctggaacaacaatatgaa 31562970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 169 - 297
Target Start/End: Original strand, 33056937 - 33057062
Alignment:
Q  169 gttctggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttg 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||  ||||       ||||||||| |   |||| ||||| |||||||  |||||    
T  33056937 gttctggttgtgtctcatcttcaattgtcaaaattttgcactttggagttaaggaatttttgtgattcatga---ttaaattgaattcttgtatatcttg 33057033  T
Q  269 tttacatacccaacgatacccgcaactct 297  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33057034 tttacatacccaacgataaccgcaactct 33057062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 591 - 688
Target Start/End: Original strand, 33398832 - 33398929
Alignment:
Q  591 ttattgtcatgcttaataggagattggtctattcttattgaatcaccaacgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaat 688  Q
    ||||| |||||| ||  ||||||| ||||||||  |||||||||||| || | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  33398832 ttattatcatgcatagcaggagataggtctatttgtattgaatcacccacacactgattgttgatccaacttggtatttcacttcctggaataacaat 33398929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 509 - 597
Target Start/End: Original strand, 33358605 - 33358693
Alignment:
Q  509 cagttccatatgggccaacgatggaaacctcccacgatgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattattgt 597  Q
    |||||||||| ||| | ||| ||||||   |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33358605 cagttccataagggaccacggtggaaaatacccatgctgaggtgtcatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgacattattgt 33358693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 546 - 693
Target Start/End: Original strand, 33409687 - 33409840
Alignment:
Q  546 tgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattattgtcatgct------taataggagattggtctattcttattgaatcaccaa 639  Q
    |||||||||||||||| || | |||||| |||||| ||||| |||||||||| ||  |      ||| ||||||||  || |||  ||||||| |||| |    
T  33409687 tgaggtgccatggaaattaatacacaacttacaaagccaataatattattgttattgtcatttataacaggagattcatcaattgatattgaagcaccca 33409786  T
Q  640 cgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaa 693  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||    
T  33409787 cgctctgattgttgatccaacttggtatttcacttcctggagttacaatttgaa 33409840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 47 - 122
Target Start/End: Original strand, 33283898 - 33283973
Alignment:
Q  47 gaattatcttccgtacctttgcttgttgttgacaacagagattgttgttgcggttgatttgttatcacttgttgac 122  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  33283898 gaattatcttcagtaccgctgcttgcagttgacaacagagattgtttttgcggttgacttgttagcacttcttgac 33283973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 722 - 808
Target Start/End: Complemental strand, 28870274 - 28870188
Alignment:
Q  722 aatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcctgt 808  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||   ||| |||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  28870274 aatgaattgtttcatccatgaaaatgccatgctacaacaacgttccctctcacctaaatttggacagttgaaaatgatcaaacctgt 28870188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 31563498 - 31563391
Alignment:
Q  127 ttctttgtgaagtagttatgacttgtgagatgaatgattcttgttctg------------gttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctg 214  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||            |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |    
T  31563498 ttctttgtgaattagttatgacttatgagatgaaagattattgttctgcttgcagttgtggttgtgtctcatcttcaattgccaaattctttcacttccg 31563399  T
Q  215 agccaagg 222  Q
    ||||||||    
T  31563398 agccaagg 31563391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 371 - 450
Target Start/End: Original strand, 33358494 - 33358567
Alignment:
Q  371 gtggaagtagattatccataggtgacttgatttggttgttatcgtaacaagacttccattgagaattaccggaacactca 450  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||       ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  33358494 gtggaagtagattatccacaggtgacttgatttgg------gcgtaataagacctccattgagaattactggaacactca 33358567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 47 - 122
Target Start/End: Original strand, 33397969 - 33398044
Alignment:
Q  47 gaattatcttccgtacctttgcttgttgttgacaacagagattgttgttgcggttgatttgttatcacttgttgac 122  Q
    ||||||||||| |||||| |||| |  |||||||||| |||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||    
T  33397969 gaattatcttcagtacctctgctagcggttgacaacaaagattgtttttgcggtcaacttgttatcacttgttgac 33398044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 47 - 122
Target Start/End: Original strand, 33408879 - 33408954
Alignment:
Q  47 gaattatcttccgtacctttgcttgttgttgacaacagagattgttgttgcggttgatttgttatcacttgttgac 122  Q
    ||||||||||| |||||| |||| |  |||||||||| |||||||| || |||| || ||||||||||||||||||    
T  33408879 gaattatcttcagtacctctgctagcggttgacaacaaagattgtttttccggtcgacttgttatcacttgttgac 33408954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 722 - 772
Target Start/End: Original strand, 33358799 - 33358849
Alignment:
Q  722 aatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctc 772  Q
    |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  33358799 aatgaattgtttcatccatgaaagtgtcatgctactgcaacgttccctctc 33358849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 355 - 409
Target Start/End: Original strand, 33409529 - 33409583
Alignment:
Q  355 catgataggactcacagtggaagtagattatccataggtgacttgatttggttgt 409  Q
    ||| ||||||||| | | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  33409529 catcataggactctcgggggaagtagactagccataggtgacttgatttggttgt 33409583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 136; Significance: 2e-70; HSPs: 4)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 47 - 312
Target Start/End: Original strand, 5615 - 5892
Alignment:
Q  47 gaattatcttccgtacctttgcttgttgttgacaacagagattgttgttgcggttgatttgttatcacttgttgactttcttctttgtgaagtagttatg 146  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||  ||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5615 gaattatcttcagtacctctgcttgcggttgaaaacagagattgtttttgcgtttgacttgttatcacttgttgactttcttctctgtgaagtagttatg 5714  T
Q  147 acttgtgagatgaatgattcttgttc------------tggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgat 234  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||        ||||    
T  5715 acttgtgaggtgaatgattcttgttctgattgtggttgtggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttacatttcgaagccaaggatttttcatgat 5814  T
Q  235 tcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcaccttcataccca 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  5815 tcatcattgttaagttgaactcttgtaagttttgtttacatacccaacgatacccgcaacacttcacatccataccca 5892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 546 - 806
Target Start/End: Original strand, 6099 - 6377
Alignment:
Q  546 tgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattatt------gtcatgcttaataggagattggtctattcttattgaatcaccaa 639  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||      ||||||  ||| |||||||| |||||||  ||||||| |||| |    
T  6099 tgaggtgccatgcaaaatactgcacaaaatacaaagccaatgatattattcttattgtcatgtataacaggagattcgtctattagtattgaaccaccca 6198  T
Q  640 cgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcctattcaaata------gaaaga------gtttgccttaatgaa 727  Q
     ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| |  || ||||||      | | ||      |||||||| ||||||    
T  6199 tgctctgattgttgatccagcttggtatttcacttcctggagtaacaatttgaagctcatacaaatacggaccgtaggattgttggtttgcctgaatgaa 6298  T
Q  728 ttgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcct 806  Q
    |||  |||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  6299 ttgtttcatccatgaaaatgttatgctactacaacattccctctcacccaattttggacagttgaaaatgaccaatcct 6377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 174 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 13156 - 13018
Alignment:
Q  174 ggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttac 273  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  13156 ggttgtgtcccatcttcaatttccaaaatcttgcacttctgagccaaggaagcttcatgattcattattgttaaactgaactcttgtaggtcttgtttac 13057  T
Q  274 atacccaacgatacccgcaactcttcaccttcataccca 312  Q
    |||  ||||||| | ||||||||||||||| | ||||||    
T  13056 atattcaacgatgcacgcaactcttcacctccgtaccca 13018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 47 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 12084 - 12009
Alignment:
Q  47 gaattatcttccgtacctttgcttgttgttgacaacagagattgttgttgcggttgatttgttatcacttgttgac 122  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  12084 gaattatcttcagtacctctgcttgcagttgacaacagagattgtttttgcggttgacttgttagcacttgttgac 12009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 2)
Name: scaffold1408
Description:

Target: scaffold1408; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 546 - 806
Target Start/End: Original strand, 353 - 631
Alignment:
Q  546 tgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattatt------gtcatgcttaataggagattggtctattcttattgaatcaccaa 639  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||      ||||||  ||| |||||||| |||||||  ||||||| |||| |    
T  353 tgaggtgccatgcaaaatactgcacaaaatacaaagccaatgatattattcttattgtcatgtataacaggagattcgtctattagtattgaaccaccca 452  T
Q  640 cgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcctattcaaata------gaaaga------gtttgccttaatgaa 727  Q
     ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| |  || ||||||      | | ||      |||||||| ||||||    
T  453 tgctctgattgttgatccagcttggtatttcacttcctggagtaacaatttgaagctcatacaaatacggaccgtaggattgttggtttgcctgaatgaa 552  T
Q  728 ttgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcct 806  Q
    |||  |||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  553 ttgtttcatccatgaaaatgttatgctactacaacattccctctcacccaattttggacagttgaaaatgaccaatcct 631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 173 - 312
Target Start/End: Original strand, 7 - 146
Alignment:
Q  173 tggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgttta 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  7 tggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttacatttcgaagccaaggatttttcatgattcatcattgttaagttgaactcttgtaagttttgttta 106  T
Q  273 catacccaacgatacccgcaactcttcaccttcataccca 312  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  107 catacccaacgatacccgcaacacttcacatccataccca 146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 63; Significance: 6e-27; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 544 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 31499356 - 31499199
Alignment:
Q  544 gatgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatatta------ttgtcatgcttaataggagattggtctattcttattgaatcacc 637  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      ||||||||  |||| ||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  31499356 gatgaggtgccatagaaaatactgcacaacatacaaagccaatgatattattgttattgtcatggataatgggagatgagtctattcgtattgaatcacc 31499257  T
Q  638 aacgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatc 695  Q
       ||||| ||| || | |||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  31499256 cttgctctgattcttaaaccaacttgatatttcacttcctggagtaacaatatgaatc 31499199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 713 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 31479122 - 31479022
Alignment:
Q  713 gtttgccttaatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcctgtaggc 812  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  31479122 gtttgcctgaatgaattgtatcatccatgaaaatgtcatgctactccaacgttccgtttcacccaatttaggacagttgaaaatgaacaatcctataggc 31479023  T
Q  813 c 813  Q
    |    
T  31479022 c 31479022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 713 - 793
Target Start/End: Complemental strand, 31504307 - 31504227
Alignment:
Q  713 gtttgccttaatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaa 793  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  31504307 gtttgccttaatgaattgtatcatccatgaaaatgtcattctaatgtagcattccctctcatccaatttaggacagttgaa 31504227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 544 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 31472851 - 31472565
Alignment:
Q  544 gatgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattattgt------catgcttaataggagattggtctattcttattgaatcacc 637  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||      ||||| |||| ||||||  ||||| || ||| ||||||||    
T  31472851 gatgaggtgctatagaaaatactacacaacatatacaaccaatgatattattgttattgtcatgcataatgggagatgagtctaatcgtatcgaatcacc 31472752  T
Q  638 aacgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatcctattcaaatagaaagag------------tttgccttaatg 725  Q
       | ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||  |||   || ||  || |            ||||||| ||||    
T  31472751 cttgttctgattgttgaaccaacttggtatttcacttcctggagtaacaatctgaattatatcataacagtcagggaaggattgtggatttgcctgaatg 31472652  T
Q  726 aattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaaca---ttccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcctgta 809  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||| || || ||||   ||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||    
T  31472651 agttgtatcatccatgaaaatgtcatgttagtgcaacaatgttccctctcacccaaattaggacagttgaaaatgagcaatcctgta 31472565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 722 - 798
Target Start/End: Original strand, 31148191 - 31148267
Alignment:
Q  722 aatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatga 798  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  31148191 aatgagttgtatcatccatgaaaatatcatgctattccaacattccctctcacccaatttaggacagttgaaaatga 31148267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 715 - 806
Target Start/End: Original strand, 31157122 - 31157213
Alignment:
Q  715 ttgccttaatgaattgcatcatccatgaaaatgtcatgctactgtaacattccctctcacccaattttggacagttgaagatgaacaatcct 806  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||| || ||  ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||    
T  31157122 ttgcctgaatcaattgtatcatccatgaaaatgccatgctattgcaatcttcactctcacccaatttaggacagttgaaaatgaccaatcct 31157213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 610 - 688
Target Start/End: Original strand, 31157002 - 31157080
Alignment:
Q  610 gagattggtctattcttattgaatcaccaacgctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaat 688  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  31157002 gagataggtccattcttattgaatcaccctcgctctgattgttgaaccaaattggtatttcacttccaggaataacaat 31157080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 244 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 31485355 - 31485298
Alignment:
Q  244 ttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcac 301  Q
    |||||||||||||||| || || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31485355 ttaagttgaactcttgcagatcctgcttaaatacccaacgatacccgcaactcttcac 31485298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 542 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 31504490 - 31504437
Alignment:
Q  542 acgatgaggtgccatggaaaatactgcacaacatacaaaaccaatgatattatt 595  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31504490 acgacgaggttccatggaaaatactacacaacatacacaaccaatgatattatt 31504437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 31499694 - 31499553
Alignment:
Q  173 tggttgtgtctcatcttcaattgccaaaatcttgcacttctgagccaaggnnnnnnngtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgttta 272  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||   ||| ||||       ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||    
T  31499694 tggttgtgcctcatcttcaattgccaaagacttgcgctttccagctaaggtatttctgtgattcatcattgttaagttcaactcttgtagatcatgctta 31499595  T
Q  273 catacccaacgatacccgcaactcttcaccttcatacccaaa 314  Q
     |||||||  | |||||| || | |||||||| ||| |||||    
T  31499594 tatacccagtggtacccgaaaattttcacctttataaccaaa 31499553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 230 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 31479629 - 31479558
Alignment:
Q  230 gtgattcatcattgttaagttgaactcttgtaggtcttgtttacatacccaacgatacccgcaactcttcac 301  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||| | |||||||| ||||| ||| |||||||    
T  31479629 gtgattcatctttgttaagttgaattcttgtagatcctgtttataaacccaacggtacccacaattcttcac 31479558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 641 - 695
Target Start/End: Original strand, 31148107 - 31148161
Alignment:
Q  641 gctcttattgttgatccaacttggtatttcgcttcctggactaacaatatgaatc 695  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||    
T  31148107 gctctgattgttgaaccaacttggtatttcacttcccggagtaacaatttgaatc 31148161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University