View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19861_low_2 (Length: 351)

Name: NF19861_low_2
Description: NF19861
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19861_low_2
NF19861_low_2
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (11-336)||(44146363-44146688)
chr1 (11-336)||(44614055-44614383)
chr1 (11-336)||(35900493-35900818)
chr1 (11-310)||(11542861-11543160)
chr1 (16-279)||(44794071-44794334)
chr1 (11-326)||(17810064-17810379)
chr1 (214-336)||(44784081-44784203)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (11-336)||(29227264-29227589)
chr2 (11-336)||(29340563-29340888)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (11-336)||(27540-27865)
[»] scaffold0017 (2 HSPs)
scaffold0017 (11-336)||(170927-171252)
scaffold0017 (11-336)||(182014-182339)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (11-336)||(29505914-29506242)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-336)||(26729672-26729997)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Original strand, 44146363 - 44146688
Alignment:
Q  11 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44146363 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 44146462  T
Q  111 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44146463 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 44146562  T
Q  211 gagaaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcatt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44146563 gagaaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcatt 44146662  T
Q  311 ctacatgagcatggggataggattct 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  44146663 ctacatgagcatggggataggattct 44146688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Original strand, 44614055 - 44614383
Alignment:
Q  11 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 110  Q
    |||||||||||| || | | | |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||||||||||||  ||||||  |||||||||||  | |||    
T  44614055 cataggaaacttcaagttacttgaatttcttgatctgtcaagaaattgtctttcaggtagaattccttccagtatagctcgcattgatcgtcttgccatg 44614154  T
Q  111 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 210  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||| ||| || ||||||||||| || ||| |||||||||||||  |||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  44614155 ttggatttgtcaaacaatcagctctgtggaaacattccaattggaacgcagctgcagagctttaatgcttcaagttttgaaggaaattcaaatctctgtg 44614254  T
Q  211 gagaaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcagga---gatgacaattcaatatttttagaagc 307  Q
    ||||||| |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||||    
T  44614255 gagaaccccttgatagaaaatgtccagaagaagatccatcaaaacatcaagtgccaacaactgatgcaggagatgatgataattcaatatttttggaagc 44614354  T
Q  308 attctacatgagcatggggataggattct 336  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44614355 attatacatgagcatggggataggattct 44614383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Original strand, 35900493 - 35900818
Alignment:
Q  11 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 110  Q
    |||||||||||| || ||| | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||  |    
T  35900493 cataggaaacttcaagtcacttgaatttcttgatctctcaagaaatcatctttcaggaagaattccttccagtctagcccacattgatcgtctcacttgg 35900592  T
Q  111 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 210  Q
    |||||||||||||| ||   |||||||| ||||||||||||||| || ||  ||||||  |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |    
T  35900593 ttggacttgtcaaacaacaagctctatgtgaaaattccaattggaacgcaactgcagacatttaacgcttcatgttttgaagaaaattctaatctctgcg 35900692  T
Q  211 gagaaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcatt 310  Q
    |||||||||||||||  || |||||||| ||||||||| | ||| |||||||||  || |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  35900693 gagaaccacttgatataaagtgtccaggcgaagagccaccgaaatatcaagtgcaaacaactgatgcaggagatgacaatttaatatttttggaagcatt 35900792  T
Q  311 ctacatgagcatggggataggattct 336  Q
     ||||||||   ||||||||||||||    
T  35900793 atacatgagtggggggataggattct 35900818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 11 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 11543160 - 11542861
Alignment:
Q  11 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 110  Q
    |||||||||||| || ||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |    
T  11543160 cataggaaacttcaagtcacttgaatttcttgatctgtcaagaaaccgtctttcaggcagaattccttccagtctagctcatattgatcgtctcacttgg 11543061  T
Q  111 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 210  Q
    |||||||||||||| ||||  || ||||| ||| |||||||||| |  ||| | ||||  |||| | |||||  |||||||||||||| |||||| ||||    
T  11543060 ttggacttgtcaaacaatcaactatatggaaaagttccaattggaaggcagcttcagacatttagcgcttcaagttttgaaggaaattataatctttgtg 11542961  T
Q  211 gagaaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcatt 310  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11542960 gagaaccacttgatataaaatgtcctggagaagattcaccaaaacatcaagtgccgacaactgatgcagaagatgacaattcaatatttttggaagcatt 11542861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 44794334 - 44794071
Alignment:
Q  16 gaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatgttgga 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |    
T  44794334 gaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcatttgtcaggcaaaattccttccagtctagctcatattgatcgtcttactatgttaaa 44794235  T
Q  116 cttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtggagaa 215  Q
     || ||||| |||  |||||||||  ||||||||||||| || ||| ||||||  || ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44794234 tttttcaaacaatgagctctatggagaaattccaattggaacgcagctgcagacattcaacgcttcaagttttgaaggaaattctaatctctgtggagaa 44794135  T
Q  216 ccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcag 279  Q
    || |||||||  ||||| |||| ||||||||||  |||||  ||| |||| || ||||||||||    
T  44794134 ccccttgatagaaaatgcccagaagaagagccagaaaaaccacaactgccaacaactgatgcag 44794071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 11 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 17810379 - 17810064
Alignment:
Q  11 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 110  Q
    |||||||||||| || ||| | |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||    
T  17810379 cataggaaacttcaaatcactcgaatttcttgatctgtcaagaaatcatctgtcaggcagaattccttccagtctagctcacattgatcgtctctctatg 17810280  T
Q  111 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 210  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| || ||| | ||||  |||||  ||||   ||| |||| ||||| |||||| ||||    
T  17810279 ttggatttgtcaaacaatcagctctatggaaaaattccaattggaacgcagcttcagacatttaatgcttccagtttcgaagaaaattttaatctttgtg 17810180  T
Q  211 gagaaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcatt 310  Q
    |||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||  |||| |    |||||| || ||  ||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||    
T  17810179 gagaaccacttgataaaatatgtcctggagaagatcccgcaaatccgagagtgccaacaacaaatgcaggagatgagaactcaatgtttttagaaacatt 17810080  T
Q  311 ctacatgagcatgggg 326  Q
     |||||||||||||||    
T  17810079 atacatgagcatgggg 17810064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 214 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 44784203 - 44784081
Alignment:
Q  214 aaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcattcta 313  Q
    |||||||| |||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||    
T  44784203 aaccacttcatataaaatgtccaggtgaagagccaccaaaacatcaagtgccaacaattgatgctggagatgacaattcagtatttttggaagcgttata 44784104  T
Q  314 catgagcatggggataggattct 336  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  44784103 catgagcatggggataggattct 44784081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 166; Significance: 8e-89; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 29227589 - 29227264
Alignment:
Q  11 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 110  Q
    |||||||||||| || ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||    
T  29227589 cataggaaacttcaaatcactcgaatttcttgatctgtcaagaaatcgtctttcaggtagaattccttccagtctagctcacattgatcgtcttgctatg 29227490  T
Q  111 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 210  Q
    ||||| |||||| | ||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||  |||||| |||||||| || || ||||    
T  29227489 ttggatttgtcacacaatcaactctatggaaaaattccaattggaacacagttgcagacctttaatgcttcaagttttgatggaaattccaacctttgtg 29227390  T
Q  211 gagaaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcatt 310  Q
    |||| || |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  29227389 gagatccccttgatagaaaatgtccaggagaagagcaatcaaaaccacaagtgccaacaactgatgtaggagatgacaattcaatatttctggaagcatt 29227290  T
Q  311 ctacatgagcatggggataggattct 336  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  29227289 ctacatgagcatggggctaggattct 29227264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 29340888 - 29340563
Alignment:
Q  11 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 110  Q
    |||||||||||| || ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||    
T  29340888 cataggaaacttcaaatcactcgaatttcttgatctgtcaagaaatcgtctttcaggtagaattccttccagtctagctcacattgatcgtcttgctatg 29340789  T
Q  111 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 210  Q
    ||||| |||||| | ||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||  |||||| |||||||| || || ||||    
T  29340788 ttggatttgtcacacaatcaactctatggaaaaattccaattggaacacagttgcagacctttaatgcttcaagttttgatggaaattccaacctttgtg 29340689  T
Q  211 gagaaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcatt 310  Q
    |||| || |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  29340688 gagatccccttgatagaaaatgtccaggagaagagcaatcaaaaccacaagtgccaacaactgatgtaggagatgacaattcaatatttctggaagcatt 29340589  T
Q  311 ctacatgagcatggggataggattct 336  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  29340588 ctacatgagcatggggctaggattct 29340563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 27865 - 27540
Alignment:
Q  11 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 110  Q
    |||||||||||| || ||| | |||||||| ||||| |||||||||| | | |||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||    
T  27865 cataggaaacttcaaatcacttgaatttctagatctgtcaagaaatcatttgtcaggcgaaattccttccagtctagctcgcattgatcgtctcactatg 27766  T
Q  111 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 210  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||| || ||| ||||||  |||||| |||||  ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27765 ttggatttgtcaaacaatcagctctatgggaaagttccagttggaacgcagctgcagacatttaacgcttcaagttttgaagggaattcaaatctctgtg 27666  T
Q  211 gagaaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcatt 310  Q
    ||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| ||| ||||||  |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  27665 gagaaccccttgatagaaaatgcccaggagaagaaccagcaaaaccacaagtgccaacaactgatgcaggagatgaaaattcaatattttttgaagcatt 27566  T
Q  311 ctacatgagcatggggataggattct 336  Q
     || ||||||||||||||||||||||    
T  27565 atatatgagcatggggataggattct 27540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 2)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Original strand, 170927 - 171252
Alignment:
Q  11 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 110  Q
    |||||||||||| || ||| | |||||||| ||||| |||||||||| | | |||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||    
T  170927 cataggaaacttcaaatcacttgaatttctagatctgtcaagaaatcatttgtcaggcgaaattccttccagtctagctcgcattgatcgtctcactatg 171026  T
Q  111 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 210  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||| || ||| ||||||  |||||| |||||  ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  171027 ttggatttgtcaaacaatcagctctatgggaaagttccagttggaacgcagctgcagacatttaacgcttcaagttttgaagggaattcaaatctctgtg 171126  T
Q  211 gagaaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcatt 310  Q
    ||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| ||| ||||||  |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  171127 gagaaccccttgatagaaaatgcccaggagaagaaccagcaaaaccacaagtgccaacaactgatgcaggagatgaaaattcaatattttttgaagcatt 171226  T
Q  311 ctacatgagcatggggataggattct 336  Q
     || ||||||||||||||||||||||    
T  171227 atatatgagcatggggataggattct 171252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Original strand, 182014 - 182339
Alignment:
Q  11 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 110  Q
    |||||||||||| || ||| | |||||||||||||| |||||||||  ||| ||||| | |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||  |    
T  182014 cataggaaacttcaagtcactcgaatttcttgatctgtcaagaaataatctgtcaggaagaattccttccagtctagctcacattgaccgtctcacttgg 182113  T
Q  111 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 210  Q
    |||||||||||| | ||||  ||| ||||||||||||||||||| || ||| ||||||  |||||| |||||  |||||||| |||||||||||| ||||    
T  182114 ttggacttgtcatacaatcatctcaatgggaaaattccaattggaacgcagctgcagacatttaacgcttcaagttttgaagaaaattctaatctatgtg 182213  T
Q  211 gagaaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcatt 310  Q
    || ||||||||||||  || |||||| | |||||| || |||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  182214 gataaccacttgatataaagtgtccatgcgaagagacaccaaaacatcaagtgccaacaacggatgcaggagatgaaaattcagtatttttggaagcatt 182313  T
Q  311 ctacatgagcatggggataggattct 336  Q
     || ||||||||||||||||||||||    
T  182314 atatatgagcatggggataggattct 182339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 29506242 - 29505914
Alignment:
Q  11 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 110  Q
    ||||||||| || || ||| | |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |    
T  29506242 cataggaaaattcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacg 29506143  T
Q  111 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 210  Q
    ||||| |||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||| || ||| ||||||  |||| | |||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  29506142 ttggatttgtcaaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcgcttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtg 29506043  T
Q  211 gagaaccacttgataataaatgtccaggag---aagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagc 307  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||||||   |||||||  |||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  29506042 gagagccacttgatataaaatgtccaggagaagaagagccgccaaaacatcaagtgccaataactgatgcaggagattacagttcaatatttttggaagc 29505943  T
Q  308 attctacatgagcatggggataggattct 336  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29505942 attatacatgagcatggggctaggattct 29505914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Original strand, 26729672 - 26729997
Alignment:
Q  11 cataggaaactttaactcattagaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatg 110  Q
    |||||||||||| || ||| | |||||||||||||| ||||| |||| | | ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  26729672 cataggaaacttcaaatcacttgaatttcttgatctatcaagtaatcatttgtcaggaagaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactatg 26729771  T
Q  111 ttggacttgtcaaataatcggctctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtg 210  Q
    ||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||| |||||  |  ||| ||||| |||||||||  |||||||||    
T  26729772 ttggatttgtcaaacaatctgctctatgggaagattccaactggaatacagttgcagagttttaatgccgcatgttttggaggaaattccgatctctgtg 26729871  T
Q  211 gagaaccacttgataataaatgtccaggagaagagccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcatt 310  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || ||  || ||||| | || |||||||||||||| ||||| ||    
T  26729872 gagaaccacttggtataaaatgtccaggagaagagccaaccgaacatcaagtgccaacaacaaattcaggaaacgagaattcaatatttttggaagcttt 26729971  T
Q  311 ctacatgagcatggggataggattct 336  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  26729972 atacatgagcatggggataggattct 26729997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University