View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF19863_high_5 (Length: 470)

Name: NF19863_high_5
Description: NF19863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF19863_high_5
NF19863_high_5
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (11-452)||(1308321-1308762)
chr1 (49-452)||(1287886-1288286)
[»] scaffold0245 (1 HSPs)
scaffold0245 (49-452)||(14153-14553)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 452
Target Start/End: Original strand, 1308321 - 1308762
Alignment:
Q  11 ataatactcctttaagcataacgaaagaaacaaaatatcttaccagtgatgcttcagagtaacgtggtggcggttgtgtatggtgctgacttgccccagt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1308321 ataatactcctttaagcataacgaaagaaacaaaatatcttaccagtgatgcttcagagtaacgtggtggcggttgtgtatggtgctgtcttgccccagt 1308420  T
Q  111 ttgaacaagatgtaacagatcctctttctatataataaaagtcaatgaagggaaatatgttgcacaattcatggcatcaataaatacttaatcgtaaatg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308421 ttgaacaagatgtaacagatcctctttctatataataaaagtcaatgaagggaaatatgttgcacaattcatggcatcaataaatacttaatcgtaaatg 1308520  T
Q  211 aagagtcagtatgtcaacaaagaaagcaatcaggaataggttttattctaccaatgtcgcaagtccatttcagattgatatgtacaactttctgcaccat 310  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308521 aagagtcattatgtcaacaaagaaagcaatcaggaataggttttattctaccaatgtcgcaagtccatttcagattgatatgtacaactttctgcaccat 1308620  T
Q  311 aaatgggaattcacagattggaaacacaaaaaagatacataacaaacctagcataaggcaaggtaagaacaatcagcaaaatgaatagacaaatttcagt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308621 aaatgggaattcacagattggaaacacaaaaaagatacataacaaacctagcataaggcaaggtaagaacaatcagcaaaatgaatagacaaatttcagt 1308720  T
Q  411 gacaaaatcatgttcataagcctcgattaaagttgatccttg 452  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1308721 gacaaaatcatgttcctaagcctcgattaaagttgatccttg 1308762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 49 - 452
Target Start/End: Original strand, 1287886 - 1288286
Alignment:
Q  49 cttaccagtgatgcttcagagtaacgtggtggcggttgtgtatggtgctgacttgccccagtttgaacaagatgtaacagatcctctttctatataataa 148  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  1287886 cttaccagtgatgcctcggagtaacgtggtggcggttgtgtatggtgctgactcgcctcagtttgaacaagatgtaacaaatcatctgtctatataataa 1287985  T
Q  149 aagtcaatgaagggaaatatgttgcacaattcatggcatcaataaatacttaatcgtaaatgaagagtcagtatgtcaacaaagaaagcaatcaggaata 248  Q
    |||||||||| ||||||  ||||  | |||| | |||||||||| |||   || | ||||| ||||||   |||||||| ||| ||||||||  |||||     
T  1287986 aagtcaatga-gggaaaggtgttaaataatttacggcatcaatacatatcgaagcataaataaagagtacttatgtcaaaaaataaagcaatggggaatt 1288084  T
Q  249 ggttttattctaccaatgtcgcaagtccatttcagattgatatgtacaactttctgcaccataaatgggaattcacagattggaaacacaaaaaagatac 348  Q
     |||||  ||||| ||||  |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  1288085 agttttgatctactaatggtgcaagtccgtttgcgattgatatgtacaactttctgcaccataaatgggaactcactgattggaaacacaaaaaagatac 1288184  T
Q  349 ataacaaacctagcataaggcaaggtaagaacaatcagcaaaatgaatagacaaatttcagtgacaaaatcatgttcataagcctcgattaaagttgatc 448  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||  |||| || ||   |||| |||||| |||||||||||||    
T  1288185 ataacaaacctagcataagtcaaggtaagaacaattagcaaaatgaataggcaactttca--gacataaacacactcatgagcctccattaaagttgatc 1288282  T
Q  449 cttg 452  Q
    ||||    
T  1288283 cttg 1288286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0245 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0245
Description:

Target: scaffold0245; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 49 - 452
Target Start/End: Original strand, 14153 - 14553
Alignment:
Q  49 cttaccagtgatgcttcagagtaacgtggtggcggttgtgtatggtgctgacttgccccagtttgaacaagatgtaacagatcctctttctatataataa 148  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  14153 cttaccagtgatgcctcggagtaacgtggtggcggttgtgtatggtgctgactcgcctcagtttgaacaagatgtaacaaatcatctgtctatataataa 14252  T
Q  149 aagtcaatgaagggaaatatgttgcacaattcatggcatcaataaatacttaatcgtaaatgaagagtcagtatgtcaacaaagaaagcaatcaggaata 248  Q
    |||||||||| ||||||  ||||  | |||| | |||||||||| |||   || | ||||| ||||||   |||||||| ||| ||||||||  |||||     
T  14253 aagtcaatga-gggaaaggtgttaaataatttacggcatcaatacatatcgaagcataaataaagagtacttatgtcaaaaaataaagcaatggggaatt 14351  T
Q  249 ggttttattctaccaatgtcgcaagtccatttcagattgatatgtacaactttctgcaccataaatgggaattcacagattggaaacacaaaaaagatac 348  Q
     |||||  ||||| ||||  |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14352 agttttgatctactaatggtgcaagtccgtttgcgattgatatgtacaactttctgcaccataaatgggaactcactgattggaaacacaaaaaagatac 14451  T
Q  349 ataacaaacctagcataaggcaaggtaagaacaatcagcaaaatgaatagacaaatttcagtgacaaaatcatgttcataagcctcgattaaagttgatc 448  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||  |||| || ||   |||| |||||| |||||||||||||    
T  14452 ataacaaacctagcataagtcaaggtaagaacaattagcaaaatgaataggcaactttca--gacataaacacactcatgagcctccattaaagttgatc 14549  T
Q  449 cttg 452  Q
    ||||    
T  14550 cttg 14553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University